binaries/src/mafft/core/mltaln.h

   1 #define USE_XCED 0
   2
   3 #if USE_XCED
   4 #include "config.h"
   5 #include "share.h"
   6 #else
   7 #endif
   8
   9 #include <stdio.h>
  10 #include <stdlib.h>
  11 #include <stddef.h>
  12 #include <sys/types.h>
  13 #include <string.h>
  14 #include <unistd.h>
  15 #include <math.h>
  16 #include <ctype.h>
  17 #include "mtxutl.h"
  18 #include <float.h>
  19 #ifdef enablemultithread
  20 #include <pthread.h>
  21 #endif
  22
  23 #define VERSION "6.857b"
  24 #define SHOWVERSION fprintf( stderr, "%s (%s) Version " VERSION " alg=%c, model=%s\n%d thread(s)\n", progName( argv[0] ), (dorp=='d')?"nuc":"aa", alg, modelname, nthread )
  25
  26 #define FFT_THRESHOLD  80
  27 #define FFT_WINSIZE_P   20
  28 #define FFT_WINSIZE_D   100
  29 #define DISPSEQF  60
  30 #define DISPSITEI    0
  31 #define MAXITERATION 500
  32 #define M   50000       /* njob no saidaiti */
  33 #define N 5000000       /* nlen no saidaiti */
  34 #define MAXSEG 100000
  35 #define B     256
  36 #define C     60       /*  1 gyou no mojisuu */
  37 #define D      6
  38 #define rnd() ( ( 1.0 / ( RAND_MAX + 1.0 ) ) * rand() )
  39 #define MAX(X,Y)    ( ((X)>(Y))?(X):(Y) )
  40 #define MIN(X,Y)    ( ((X)<(Y))?(X):(Y) )
  41 #define G(X)        ( ((X)>(0))?(X):(0) )
  42 #define BEFF   1.0   /* 0.6 ni suruto zureru */
  43 #define WIN   3
  44 #define SGAPP -1000
  45 #define GETA2 0.001
  46 #define GETA3 0.001
  47 #define NOTSPECIFIED  100009
  48 #define SUEFF   0.1  /* upg/(spg+upg)  -> sueff.sed */
  49 #define DIVLOCAL 0
  50 #define INTMTXSCALE 1000000.0
  51 #define JTT 201
  52 #define TM  202
  53
  54 extern char modelname[100];
  55 extern int njob, nlenmax;
  56 extern int amino_n[0x80];
  57 extern char amino_grp[0x80];
  58 extern int amino_dis[0x80][0x80];
  59 extern int amino_disLN[0x80][0x80];
  60 extern double amino_dis_consweight_multi[0x80][0x80];
  61 extern int n_dis[26][26];
  62 extern int n_disFFT[26][26];
  63 extern float n_dis_consweight_multi[26][26];
  64 extern char amino[26];
  65 extern double polarity[20];
  66 extern double volume[20];
  67 extern int ribosumdis[37][37];
  68
  69 extern int ppid;
  70 extern double thrinter;
  71 extern double fastathreshold;
  72 extern int pslocal, ppslocal;
  73 extern int constraint;
  74 extern int divpairscore;
  75 extern int fmodel; // 1-> fmodel 0->default -1->raw
  76 extern int nblosum; // 45, 50, 62, 80
  77 extern int kobetsubunkatsu;
  78 extern int bunkatsu;
  79 extern int dorp;
  80 extern int niter;
  81 extern int contin;
  82 extern int calledByXced;
  83 extern int devide;
  84 extern int scmtd;
  85 extern int weight;
  86 extern int utree;
  87 extern int tbutree;
  88 extern int refine;
  89 extern int check;
  90 extern double cut;
  91 extern int cooling;
  92 extern int penalty, ppenalty, penaltyLN;
  93 extern int RNApenalty, RNAppenalty;
  94 extern int RNApenalty_ex, RNAppenalty_ex;
  95 extern int penalty_ex, ppenalty_ex, penalty_exLN;
  96 extern int penalty_EX, ppenalty_EX;
  97 extern int penalty_OP, ppenalty_OP;
  98 extern int offset, poffset, offsetLN, offsetFFT;
  99 extern int RNAthr, RNApthr;
 100 extern int scoremtx;
 101 extern int TMorJTT;
 102 extern char use_fft;
 103 extern char force_fft;
 104 extern int nevermemsave;
 105 extern int fftscore;
 106 extern int fftWinSize;
 107 extern int fftThreshold;
 108 extern int fftRepeatStop;
 109 extern int fftNoAnchStop;
 110 extern int divWinSize;
 111 extern int divThreshold;
 112 extern int disp;
 113 extern int outgap;
 114 extern char alg;
 115 extern int cnst;
 116 extern int mix;
 117 extern int tbitr;
 118 extern int tbweight;
 119 extern int tbrweight;
 120 extern int disopt;
 121 extern int pamN;
 122 extern int checkC;
 123 extern float geta2;
 124 extern int treemethod;
 125 extern int kimuraR;
 126 extern char *swopt;
 127 extern int fftkeika;
 128 extern int score_check;
 129 extern char *inputfile;
 130 extern char *addfile;
 131 extern int addprofile;
 132 extern float consweight_multi;
 133 extern float consweight_rna;
 134 extern char RNAscoremtx;
 135
 136 extern char *signalSM;
 137 extern FILE *prep_g;
 138 extern FILE *trap_g;
 139 extern char **seq_g;
 140 extern char **res_g;
 141 extern int rnakozo;
 142 extern char rnaprediction;
 143
 144 /* sengen no ichi ha koko dake de ha nai */
 145 extern void constants();
 146 extern char **Calignm1();
 147 extern char **Dalignm1();
 148 extern char **align0();
 149 extern double Cscore_m_1( char **, int, int, double ** );
 150 extern double score_m_1(  char **, int, int, double ** );
 151 extern double score_calc0( char **, int, double **, int );
 152 extern char seqcheck( char ** );
 153 extern float substitution( char *, char * );
 154 extern float substitution_score( char *, char * );
 155 extern float substitution_nid( char *, char * );
 156 extern float substitution_hosei( char *, char * );
 157 extern double ipower( double, int );
 158 extern float translate_and_Calign();
 159 extern float A__align();
 160 extern float A__align11();
 161 extern float A__align_gapmap();
 162 extern float partA__align();
 163 extern float L__align11();
 164 extern float G__align11();
 165 extern float Falign();
 166 extern float Falign_localhom();
 167 extern float Conalign();
 168 extern float Aalign();
 169 extern float imp_match_out_sc( int, int );
 170 extern float part_imp_match_out_sc( int, int );
 171 extern void ErrorExit();
 172 extern void cpmx_calc();
 173 extern void intergroup_score( char **, char **, double *, double *, int, int, int, double * );
 174 extern int conjuctionfortbfast();
 175 extern int fastconjuction();
 176 extern char seqcheck( char ** );
 177
 178 typedef struct _LocalHom
 179 {
 180         int nokori;
 181         struct _LocalHom *next;
 182         struct _LocalHom *last;
 183         int start1;
 184         int end1;
 185         int start2;
 186         int end2;
 187         double opt;
 188         int overlapaa;
 189         int extended;
 190         double importance;
 191         float fimportance;
 192         double wimportance;
 193         char korh;
 194 } LocalHom;
 195
 196 typedef struct _NodeInCub
 197 {
 198         int step;
 199         int LorR;
 200 } NodeInCub;
 201
 202 typedef struct _Node
 203 {
 204         struct _Node *children[3];
 205         int tmpChildren[3];
 206         double length[3];
 207         double *weightptr[3];
 208         int top[3];
 209         int *members[3];
 210 } Node;
 211
 212 typedef struct _Segment
 213 {
 214         int start;
 215         int end;
 216         int center;
 217         double score;
 218         int skipForeward;
 219         int skipBackward;
 220         struct _Segment *pair;
 221         int  number;
 222 } Segment;
 223
 224 typedef struct _Segments
 225 {
 226         Segment group1;
 227         Segment group2;
 228         int number1;
 229         int number2;
 230 } Segments;
 231
 232 typedef struct _Bchain
 233 {
 234         struct _Bchain *next;
 235         struct _Bchain *prev;
 236         int pos;
 237 } Bchain;
 238
 239 typedef struct _Achain
 240 {
 241         int next;
 242         int prev;
 243 //      int curr;
 244 } Achain;
 245
 246
 247 typedef struct _Fukusosuu
 248 {
 249     double R;
 250     double I;
 251 } Fukusosuu;
 252
 253 typedef struct _Gappattern
 254 {
 255         int len;
 256         float freq;
 257 } Gappat;
 258
 259 typedef struct _RNApair
 260 {
 261         int uppos;
 262         float upscore;
 263         int downpos;
 264         float downscore;
 265         int bestpos;
 266         float bestscore;
 267 } RNApair;
 268
 269 typedef struct _Treedep
 270 {
 271         int child0;
 272         int child1;
 273         int done;
 274 } Treedep;
 275
 276
 277 #include "fft.h"
 278 #include "dp.h"
 279 #include "functions.h"
 280
 281 #ifdef enablemultithread
 282 #define TLS __thread
 283 #else
 284 #define TLS
 285 #endif
 286
 287 extern TLS int commonAlloc1;
 288 extern TLS int commonAlloc2;
 289 extern TLS int **commonIP;
 290 extern TLS int **commonJP;
 291 extern int nthread;
 292 extern int randomseed;
 293 extern int parallelizationstrategy;
 294 #define BESTFIRST 0
 295 #define BAATARI0 1
 296 #define BAATARI1 2
 297 #define BAATARI2 3
 298
 299 extern int scoreout;
 300 extern int outnumber;
 301
 302 extern char *newgapstr;