binaries/src/mafft/core/restoreu.c

   1 #include "mltaln.h"
   2
   3 #define DEBUG 0
   4
   5 char *alignmentfile;
   6
   7 static void fillorichar( int nseq, int *oripos, char **a, char **s )
   8 {
   9         int i;
  10         char *pta, *pts;
  11         for( i=0; i<nseq; i++ )
  12         {
  13                 pta = a[i];
  14                 pts = s[oripos[i]];
  15                 while( *pta )
  16                 {
  17                         if( *pta != '-' ) *pta = *pts++;
  18                         if( *pta++ == 0 )
  19                         {
  20                                 fprintf( stderr, "ERROR!!\n" );
  21                                 fprintf( stderr, "alignment is inconsistent with the original sequences\n" );
  22                                 exit( 1 );
  23                         }
  24                 }
  25                 if( *pts != 0 )
  26                 {
  27                         fprintf( stderr, "ERROR!!\n" );
  28                         fprintf( stderr, "alignment is inconsistent with the original sequences\n" );
  29                         exit( 1 );
  30                 }
  31         }
  32 }
  33
  34 void arguments( int argc, char *argv[] )
  35 {
  36     int c;
  37
  38     while( --argc > 0 && (*++argv)[0] == '-' )
  39         {
  40         while ( (c = *++argv[0]) )
  41                 {
  42             switch( c )
  43             {
  44                                 case 'i':
  45                                         inputfile = *++argv;
  46                                         --argc;
  47                                         goto nextoption;
  48                                 case 'a':
  49                                         alignmentfile = *++argv;
  50                                         --argc;
  51                                         goto nextoption;
  52                 default:
  53                     fprintf( stderr, "illegal option %c\n", c );
  54                     argc = 0;
  55                     break;
  56             }
  57                 }
  58                 nextoption:
  59                         ;
  60         }
  61     if( argc != 0 )
  62     {
  63         fprintf( stderr, "options: Check source file !\n" );
  64         exit( 1 );
  65     }
  66 }
  67
  68
  69
  70 int main( int argc, char *argv[] )
  71 {
  72         FILE *infp;
  73         FILE *alfp;
  74         char **name;
  75         char **aname;
  76         char **oname;
  77         char **seq;
  78         char **aseq;
  79         int *nlen;
  80         int *oripos;
  81         char *npt, *npt2;
  82         int i, o, prelen;
  83         int nlenmin;
  84         int njobs, njoba;
  85
  86         arguments( argc, argv );
  87
  88         if( inputfile )
  89         {
  90                 infp = fopen( inputfile, "r" );
  91                 if( !infp )
  92                 {
  93                         fprintf( stderr, "Cannot open %s\n", inputfile );
  94                         exit( 1 );
  95                 }
  96         }
  97         else
  98                 infp = stdin;
  99
 100         if( alignmentfile )
 101         {
 102                 alfp = fopen( alignmentfile, "r" );
 103                 if( !alfp )
 104                 {
 105                         fprintf( stderr, "Cannot open %s\n", alignmentfile );
 106                         exit( 1 );
 107                 }
 108         }
 109         else
 110         {
 111                 fprintf( stderr, "No alignment is given.\n" );
 112                 exit( 1 );
 113         }
 114
 115         dorp = NOTSPECIFIED;
 116         getnumlen_casepreserve( infp, &nlenmin );
 117         njobs = njob;
 118 //      fprintf( stderr, "in infp, %d x %d - %d %c\n", njob, nlenmin, nlenmax, dorp );
 119
 120         seq = AllocateCharMtx( njob, nlenmax+1 );
 121         name = AllocateCharMtx( njob, B+1 );
 122         nlen = AllocateIntVec( njob );
 123         oripos = AllocateIntVec( njob );
 124         readData_pointer_casepreserve( infp, name, nlen, seq );
 125
 126         dorp = NOTSPECIFIED;
 127         getnumlen( alfp );
 128         njoba = njob;
 129 //      fprintf( stderr, "in alfp, %d x %d %c\n", njob, nlenmax, dorp );
 130         aseq = AllocateCharMtx( njob, nlenmax+1 );
 131         aname = AllocateCharMtx( njob, B+1 );
 132         oname = AllocateCharMtx( njob, B+1 );
 133         readData_pointer( alfp, aname, nlen, aseq );
 134
 135         for( i=0; i<njob; i++ ) gappick_samestring( seq[i] );
 136
 137         if( njoba != njobs )
 138         {
 139                 fprintf( stderr, "ERROR!!\n" );
 140                 fprintf( stderr, "In input file,\n" );
 141                 fprintf( stderr, "njob = %d\n", njobs );
 142                 fprintf( stderr, "but in alignment file,\n" );
 143                 fprintf( stderr, "njob = %d\n", njoba );
 144                 exit( 1 );
 145         }
 146
 147         for( i=0; i<njob; i++ )
 148         {
 149 #if 0
 150                 if( strstr( aname[i], "_seed_" ) )
 151                 {
 152                         npt2 = aname[i] + 7;
 153                         strcpy( oname[i], "=_seed_" );
 154                 }
 155                 else
 156                 {
 157                         npt2 = aname[i] + 1;
 158                         strcpy( oname[i], "=" );
 159                 }
 160
 161                 fprintf( stderr, "npt2 = %s\n", npt2 );
 162
 163                 o = oripos[i] = atoi( npt2 );
 164                 npt = strstr( npt2, "_oripos_" );
 165                 if( npt == NULL )
 166                 {
 167                         fprintf( stderr, "Format error!\n" );
 168                         exit( 1 );
 169                 }
 170                 npt += 8;
 171                 strcat( oname[i], npt+1 );
 172 #endif
 173                 npt = strstr( aname[i], "_oripos_" );
 174                 if( npt == NULL )
 175                 {
 176                         fprintf( stderr, "Format error!\n" );
 177                         exit( 1 );
 178                 }
 179                 npt2 = npt - 2;
 180                 while( isdigit( *npt2-- ) );
 181                 npt2 += 2;
 182                 npt += 8;
 183                 o = oripos[i] = atoi( npt2 );
 184 //              fprintf( stderr, "npt2 = :%s:\n", npt2 );
 185 //              fprintf( stderr, "npt = :%s:\n", npt );
 186 //              fprintf( stderr, "aname[i] = :%s:\n", aname[i] );
 187 //              fprintf( stderr, "npt2-aname[i] = :%d:\n", npt2-aname[i] );
 188
 189                 prelen = npt2-aname[i];
 190                 strncpy( oname[i], aname[i], prelen ); oname[i][prelen] = 0;
 191                 strcat( oname[i], npt+1 );
 192
 193                 if( strncmp( npt, name[o], 10 ) )
 194                 {
 195                         fprintf( stderr, "ERROR!!\n" );
 196                         fprintf( stderr, "In input file,\n" );
 197                         fprintf( stderr, "name[%d] = %s\n", o, name[o] );
 198                         fprintf( stderr, "but in alignment file,\n" );
 199                         fprintf( stderr, "name[%d] = %s\n", i, aname[i] );
 200                         exit( 1 );
 201                 }
 202 #if 0
 203                 else
 204                 {
 205                         fprintf( stderr, "OK!!\n" );
 206                         fprintf( stderr, "In input file,\n" );
 207                         fprintf( stderr, "name[%d] = %s\n", o, name[o] );
 208                         fprintf( stderr, "and in alignment file,\n" );
 209                         fprintf( stderr, "name[%d] = %s\n", i, aname[i] );
 210                         fprintf( stderr, "\n" );
 211                 }
 212 #endif
 213         }
 214 //      fprintf( stderr, "seq[0] = %s\n", seq[0] );
 215 //      fprintf( stderr, "aseq[0] = %s\n", aseq[0] );
 216
 217         fillorichar( njob, oripos, aseq, seq );
 218
 219
 220         writeData_pointer( stdout, njob, oname, nlen, aseq );
 221
 222         FreeCharMtx( seq );
 223         FreeCharMtx( aseq );
 224         FreeCharMtx( name );
 225         FreeCharMtx( aname );
 226         free( nlen );
 227
 228         return( 0 );
 229 }