1 ################################################################################
2 # Makefile for probcons
3 ################################################################################
5 ################################################################################
6 # 1) Choose C++ compiler.
7 ################################################################################
11 ################################################################################
13 # a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
14 # b) PROFILE mode -- for gprof
16 ################################################################################
17 BIG_INLINE_LIMIT = 20000
19 PROBCONS = ./probconsRNA
22 # no -Wall option for warning
23 CXXFLAGS = -O3 -funroll-loops -finline-limit=$(BIG_INLINE_LIMIT)
24 OFLAGS = -DNDEBUG -DNumInsertStates=1 -DVERSION="2.0" $(CXXFLAGS) $(CFLAGS1)
25 LIBS = -L$(PROBCONS) -L./
26 INCL = -I$(PROBCONS) -I$(VIENNA) -I./
28 ################################################################################
30 ################################################################################
34 OBJS = Main.o McCaskill.o vienna/energy_param.o seq2scs.o Globaldp.o postProcessings.o AlifoldMEA.o
40 $(CXX) $(LIBS) $(OFLAGS) -lm -o $@ $(OBJS)
52 #probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
53 # $(CXX) -lm -o probcons $(OBJS)
56 Main.o : $(PROBCONS)/SafeVector.h $(PROBCONS)/FileBuffer.h $(PROBCONS)/Sequence.h $(PROBCONS)/MultiSequence.h $(PROBCONS)/EvolutionaryTree.h scarna.hpp BPPMatrix.hpp StemCandidate.hpp Globaldp.hpp AlifoldMEA.h Main.cc
57 $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c Main.cc -o Main.o
58 McCaskill.o: McCaskill.hpp $(VIENNA)/energy_param.hpp Util.hpp Beta.hpp ScoreType.hpp McCaskill.cpp
59 $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c McCaskill.cpp -o McCaskill.o
60 $(VIENNA)/energy_param.o: $(VIENNA)/energy_param.hpp $(VIENNA)/energy_param.cpp
61 $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c $(VIENNA)/energy_param.cpp -o $(VIENNA)/energy_param.o
62 seq2scs.o: $(PROBCONS)/SafeVector.h StemCandidate.hpp $(PROBCONS)/Sequence.h $(PROBCONS)/MultiSequence.h BPPMatrix.hpp nrutil.h seq2scs.cpp
63 $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c seq2scs.cpp -o seq2scs.o
64 Globaldp.o: Globaldp.hpp nrutil.h Util.hpp Beta.hpp scarna.hpp StemCandidate.hpp $(PROBCONS)/MultiSequence.h $(PROBCONS)/Sequence.h BPPMatrix.hpp
65 $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c Globaldp.cpp -o Globaldp.o
66 GlobalParameters.o: scarna.hpp
67 $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c GlobalParameters.cpp -o GlobalParameters.o
68 postProcessings.o: StemCandidate.hpp scarna.hpp
69 $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c postProcessings.cpp -o postProcessings.o
70 AlifoldMEA.o: nrutil.h Util.hpp Beta.hpp BPPMatrix.hpp $(PROBCONS)/MultiSequence.h $(PROBCONS)/Sequence.h $(PROBCONS)/SafeVector.h
71 $(CXX) $(INCL) $(OFLAGS) -c AlifoldMEA.cpp -o AlifoldMEA.o
75 rm -f $(TARGETS) *.o *.h~ *.hpp~ *.cpp~ *.cc~ $(VIENNA)/*.o
76 $(MAKE) -C $(PROBCONS) clean