binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/postProcessings.cpp

   1 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
   2 // postProcessings.cpp
   3 //
   4 // several post process functions after aligning two profile stem candidate sequences
   5 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
   6
   7 #include <iostream>
   8 #include "scarna.hpp"
   9 #include "StemCandidate.hpp"
  10 #include <vector>
  11 #include <string>
  12
  13 using namespace::MXSCARNA;
  14
  15 void printStructure(std::vector<StemCandidate> *pscs1, std::vector<StemCandidate> *pscs2, std::vector<int> *matchPSCS1, std::vector<int> *matchPSCS2);
  16
  17 void removeConflicts(std::vector<StemCandidate> *pscs1, std::vector<StemCandidate> *pscs2, std::vector<int> *matchPSCS1, std::vector<int> *matchPSCS2)
  18 {
  19     int size = matchPSCS1->size();
  20
  21     std::vector<int> found(size, 0);
  22     for(int k = size - 1; k >= 0; k--) {
  23         int i    = matchPSCS1->at(k);
  24         int i_rv = pscs1->at(i).GetRvscnumber();
  25         int j    = matchPSCS2->at(k);
  26         int j_rv = pscs2->at(j).GetRvscnumber();
  27
  28         found[k] = 0;
  29
  30         for(int m = size - 1; m >= 0; m--) {
  31             if ( (matchPSCS1->at(m) == i_rv) && (matchPSCS2->at(m) == j_rv) ) {
  32                 found[k] = 1;
  33                 break;
  34             }
  35         }
  36     }
  37
  38     int pt = 0;
  39     for(int k = 0; k < size; k++) {
  40         matchPSCS1->at(pt) = matchPSCS1->at(k);
  41         matchPSCS2->at(pt) = matchPSCS2->at(k);
  42         if(found[k] == 1) ++pt;
  43     }
  44
  45     matchPSCS1->resize(pt);
  46     matchPSCS2->resize(pt);
  47
  48     //printStructure (pscs1, pscs2, matchPSCS1, matchPSCS2);
  49 }
  50
  51 void printStructure(std::vector<StemCandidate> *pscs1, std::vector<StemCandidate> *pscs2, std::vector<int> *matchPSCS1, std::vector<int> *matchPSCS2)
  52 {
  53     int size = matchPSCS1->size();
  54     int len  = WORDLENGTH;
  55     std::vector<char> structure1(100, '.');
  56     std::vector<char> structure2(100, '.');
  57     for(int k = 0; k < size; k++) {
  58         int i    = matchPSCS1->at(k);
  59         int pos1 = pscs1->at(i).GetPosition();
  60         int j    = matchPSCS2->at(k);
  61         int pos2 = pscs2->at(j).GetPosition();
  62         for(int l = 0; l < len; l++) {
  63             if(pscs1->at(i).GetDistance() > 0) {
  64                 structure1[pos1 + l] = '(';
  65             }
  66             else {
  67                 structure1[pos1 + l] = ')';
  68             }
  69
  70             if(pscs2->at(j).GetDistance() > 0) {
  71                 structure2[pos2 + l] = '(';
  72             }
  73             else {
  74                 structure2[pos2 + l] = ')';
  75             }
  76         }
  77         /*
  78         std::cout << i << "\t" << pscs1->at(i).GetLength() << "\t" << pscs1->at(i).GetPosition() << "\t" << pscs1->at(i).GetRvposition() << "\t" << pscs1->at(i).GetDistance()  << "\t" << pscs1->at(i).GetContPos() << "\t" << pscs1->at(i).GetBeforePos() << "\t" << pscs1->at(i).GetRvscnumber() << endl;
  79         */
  80     }
  81     size = structure1.size();
  82     for(int k = 0; k < size; k++) {
  83         std::cout << structure1[k];
  84     }
  85     std::cout << endl;
  86     for(int k = 0; k < size; k++) {
  87         std::cout << structure2[k];
  88     }
  89     std::cout << endl;
  90 }
  91