binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/Defaults.h

   1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   2 // Defaults.h
   3 //
   4 // Default constants for use in PROBCONS.  The emission
   5 // probabilities were computed using the program used to build
   6 // the BLOSUM62 matrix from the BLOCKS 5.0 dataset.  Transition
   7 // parameters were obtained via unsupervised EM training on the
   8 // BALIBASE 2.0 benchmark alignment database.
   9 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  10
  11 #ifndef DEFAULTS_H
  12 #define DEFAULTS_H
  13
  14 #include <string>
  15
  16 using namespace std;
  17 /* Default */
  18 namespace MXSCARNA {
  19 /*
  20 float initDistrib1Default[] = { 0.9588437676f, 0.0205782652f, 0.0205782652f };
  21 float gapOpen1Default[] = { 0.0190259293f, 0.0190259293f };
  22 float gapExtend1Default[] = { 0.3269913495f, 0.3269913495f };
  23 */
  24
  25 /* EMtrainingALL.txt*/
  26 float initDistrib1Default[] = { 0.9234497547, 0.0385021642, 0.0385021642 };
  27 float gapOpen1Default[] = { 0.0266662259, 0.0266662259 };
  28 float gapExtend1Default[] = { 0.3849118352, 0.3849118352 };
  29
  30
  31 float initDistrib2Default[] = { 0.9615409374f, 0.0000004538f, 0.0000004538f, 0.0192291681f, 0.0192291681f };
  32 float gapOpen2Default[] = { 0.0082473317f, 0.0082473317f, 0.0107844425f, 0.0107844425f };
  33 float gapExtend2Default[] = { 0.3210460842f, 0.3210460842f, 0.3298229277f, 0.3298229277f };
  34
  35 string alphabetDefault = "ACGUTN";
  36
  37 //float emitSingleDefault[6] = {
  38 //   0.2174750715, 0.2573366761, 0.3005372882, 0.2233072966, 0.2233072966, 0.0004049665
  39 //};
  40
  41 /* Default */
  42 /*
  43 float emitSingleDefault[6] = {
  44   0.2270790040f, 0.2422080040f, 0.2839320004f, 0.2464679927f, 0.2464679927f, 0.0003124650f
  45 };
  46 */
  47
  48 /* EMtrainingALL.txt */
  49 float emitSingleDefault[6] = {
  50     0.2017124593, 0.2590311766, 0.2929603755, 0.2453189045, 0.2453189045, 0.0000873194 };
  51
  52 /* ACGUTN */
  53 /* Default */
  54 /*
  55 float emitPairsDefault[6][6] = {
  56   { 0.1487240046f, 0.0184142999f, 0.0361397006f, 0.0238473993f, 0.0238473993f, 0.0000375308f },
  57   { 0.0184142999f, 0.1583919972f, 0.0275536999f, 0.0389291011f, 0.0389291011f, 0.0000815823f },
  58   { 0.0361397006f, 0.0275536999f, 0.1979320049f, 0.0244289003f, 0.0244289003f, 0.0000824765f },
  59   { 0.0238473993f, 0.0389291011f, 0.0244289003f, 0.1557479948f, 0.1557479948f, 0.0000743985f },
  60   { 0.0238473993f, 0.0389291011f, 0.0244289003f, 0.1557479948f, 0.1557479948f, 0.0000743985f },
  61   { 0.0000375308f, 0.0000815823f, 0.0000824765f, 0.0000743985f, 0.0000743985f, 0.0000263252f }
  62 };
  63 */
  64 /* EMtrainingALL.txt */
  65 float emitPairsDefault[6][6] = {
  66     { 0.1659344733, 0.0298952684, 0.0543937907, 0.0344539173, 0.0344539173, 0.0000032761 },
  67     { 0.0298952684, 0.1817403436, 0.0415624641, 0.0589077808, 0.0589077808, 0.0000117011 },
  68     { 0.0543937907, 0.0415624641, 0.2342105955, 0.0410407558, 0.0410407558, 0.0000072893 },
  69     { 0.0344539173, 0.0589077808, 0.0410407558, 0.1578272283, 0.1578272283, 0.0000067871 },
  70     { 0.0344539173, 0.0589077808, 0.0410407558, 0.1578272283, 0.1578272283, 0.0000067871 },
  71     { 0.0344539173, 0.0589077808, 0.0410407558, 0.1578272283, 0.1578272283, 0.0000067871 },
  72 //    { 0.0000032761, 0.0000117011, 0.0000072893, 0.0000067871, 0.0000067871, 0.0000000166 }
  73 };
  74
  75   /*
  76 float emitPairsDefault[6][6] = {
  77     {0.1731323451, 0.0378843173, 0.0656677559, 0.0450690985, 0.0450690985, 0.0000215275},
  78     {0.0378843173, 0.1611578614, 0.0492933467, 0.0651549697, 0.0651549697, 0.0000362353},
  79     {0.0656677559, 0.0492933467, 0.1937607974, 0.0464556068, 0.0464556068, 0.0000293904},
  80     {0.0450690985, 0.0651549697, 0.0464556068, 0.1622997671, 0.1622997671, 0.0000352637},
  81     {0.0450690985, 0.0651549697, 0.0464556068, 0.1622997671, 0.1622997671, 0.0000352637},
  82     {0.0000215275, 0.0000362353, 0.0000293904, 0.0000352637, 0.0000352637, 0.0000000000}
  83 };
  84   */
  85 }
  86 #endif