binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/Makefile

   1 ################################################################################
   2 # Makefile for probcons
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   4
   5 ################################################################################
   6 # 1) Choose C++ compiler.
   7 ################################################################################
   8
   9 CXX = g++
  10
  11 ################################################################################
  12 # 2) Set C++ flags.
  13 #    a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
  14 #    b) PROFILE mode -- for gprof
  15 #    c) RELEASE mode
  16 ################################################################################
  17
  18 OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=1 -DVERSION="1.10"
  19
  20 # debug mode
  21 #CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -DENABLE_CHECKS -fno-inline $(OTHERFLAGS)
  22
  23 # profile mode
  24 #CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic $(OTHERFLAGS)
  25
  26 # release mode
  27 #CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer
  28 CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
  29
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  31 # 3) Dependencies
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  33
  34 TARGETS = probcons
  35 #compare project makegnuplot
  36
  37 .PHONY : all
  38 all : $(TARGETS)
  39
  40 #probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
  41 probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h
  42         $(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o probcons Main.cc
  43
  44 compare : MultiSequence.h Sequence.h FileBuffer.h SafeVector.h CompareToRef.cc
  45         $(CXX) $(CXXFLAGS) -o compare CompareToRef.cc
  46
  47 fixref : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h FixRef.cc
  48         $(CXX) $(CXXFLAGS) -o fixref FixRef.cc
  49
  50 project : MultiSequence.h Sequence.h SafeVector.h ProjectPairwise.cc
  51         $(CXX) $(CXXFLAGS) -o project ProjectPairwise.cc
  52
  53 makegnuplot : MakeGnuPlot.cc
  54         $(CXX) $(CXXFLAGS) -o makegnuplot MakeGnuPlot.cc
  55
  56 .PHONY : clean
  57 clean:
  58         rm -f $(TARGETS)