binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/probconsRNA/ProjectPairwise.cc

   1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   2 // ProjectPairwise
   3 //
   4 // Program for projecting multiple alignments to all pairwise
   5 // alignments.
   6 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   7
   8 #include "SafeVector.h"
   9 #include "MultiSequence.h"
  10 #include <string>
  11 #include <sstream>
  12 #include <iomanip>
  13 #include <iostream>
  14 #include <list>
  15 #include <set>
  16 #include <limits>
  17 #include <cstdio>
  18 #include <cstdlib>
  19 #include <cerrno>
  20 #include <iomanip>
  21
  22 bool compressGaps = true;
  23
  24 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  25 // main()
  26 //
  27 // Main program.
  28 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  29
  30 int main (int argc, char **argv){
  31
  32   // check arguments
  33   if (argc < 2){
  34     cerr << "Usage: project ALIGNMENT [-nocompressgaps]" << endl;
  35     exit (1);
  36   }
  37
  38   for (int i = 2; i < argc; i++){
  39     if (strcmp (argv[i], "-nocompressgaps") == 0)
  40       compressGaps = false;
  41     else {
  42       cerr << "Unrecognized option: " << argv[i] << endl;
  43       exit (1);
  44     }
  45   }
  46
  47   MultiSequence *align = new MultiSequence (string (argv[1])); assert (align);
  48
  49   int N = align->GetNumSequences();
  50   for (int i = 0; i < N; i++){
  51     for (int j = i+1; j < N; j++){
  52       string name = align->GetSequence(i)->GetHeader() + "-" + align->GetSequence(j)->GetHeader() + ".fasta";
  53       ofstream outfile (name.c_str());
  54
  55       if (compressGaps){
  56         set<int> s;
  57         s.insert (i); s.insert (j);
  58         MultiSequence *proj = align->Project (s);
  59         proj->WriteMFA (outfile);
  60         delete proj;
  61       }
  62       else {
  63         align->GetSequence(i)->WriteMFA (outfile, 60);
  64         align->GetSequence(j)->WriteMFA (outfile, 60);
  65       }
  66       outfile.close();
  67     }
  68   }
  69
  70   delete align;
  71 }