binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/scarna.hpp

   1
   2 #ifndef __SCARNA_HPP__
   3 #define __SCARNA_HPP__
   4
   5 #include <iostream>
   6 using namespace std;
   7
   8 #define WORDLENGTH 2         /* default word length in stem candidates (SCs) */
   9
  10 #define THR 0.01
  11
  12 // the parameter trained by maximazing the sps of tRNA
  13 //#define MULTISCORE    9.870619  //multiple score with the constant.
  14 //#define MULTIRIBOSUM  0.452626  //multiple ribosum_score with the constant
  15 //#define MULTIPENALTY  24.263776 //multiple penalty with the constatnt
  16 //#define MULTISTACKING 45.208927 //multiple stacking energy with the constatnt
  17
  18 /*
  19 #define MULTIRIBOSUM       1
  20 #define MULTIPENALTY       3.1
  21 #define MULTISCORE         3.7
  22 #define MULTISTACKING      0.1
  23 #define MULTIDELTASCORE    9.4
  24 #define MULTIDELTASTACKING 8.6
  25 */
  26 /*
  27 #define MULTIRIBOSUM       1
  28 #define MULTIPENALTY       1.1162
  29 #define MULTISCORE         0.53299
  30 #define MULTISTACKING      4.25669
  31 #define MULTIDELTASCORE    1.17805
  32 #define MULTIDELTASTACKING 4.2016
  33 */
  34 // new CRF DATA 550 sigma 1
  35
  36 #define MULTIRIBOSUM       1
  37 #define MULTIPENALTY       1.82294
  38 #define MULTISCORE         0.250631
  39 #define MULTISTACKING      2.35517
  40 #define MULTIDELTASCORE    1.1781
  41 #define MULTIDELTASTACKING 2.45417
  42
  43 /*
  44 #define MULTIRIBOSUM       1
  45 #define MULTIPENALTY       0.478054
  46 #define MULTISCORE         1.36322
  47 #define MULTISTACKING      4.96635
  48 #define MULTIDELTASCORE    1.14239
  49 #define MULTIDELTASTACKING 7.32992
  50 */
  51 // CRF DATA 900 sigma 1
  52 /*
  53 #define  MULTIRIBOSUM       1
  54 #define  MULTIPENALTY       2.28364
  55 #define  MULTISCORE         0.00945681
  56 #define  MULTISTACKING      2.25357
  57 #define  MULTIDELTASCORE    1.02201
  58 #define  MULTIDELTASTACKING 2.21293
  59 */
  60
  61 /*
  62 #define RNAMATCHAA    506159
  63 #define RNAMATCHAT    359916
  64 #define RNAMATCHAG    451319
  65 #define RNAMATCHAC    390720
  66 #define RNAMATCHTT    398658
  67 #define RNAMATCHTG    377069
  68 #define RNAMATCHTC    378456
  69 #define RNAMATCHGG    554695
  70 #define RNAMATCHGC    419950
  71 #define RNAMATCHCC    479030
  72 #define GAPPENALTY    190947
  73 #define GAPEXTENTIONPENALTY -118817
  74 */
  75 // RIBOSUM
  76 #define RNAMATCHAA    2.22
  77 #define RNAMATCHAT    -1.39
  78 #define RNAMATCHAG    -1.46
  79 #define RNAMATCHAC    -1.86
  80 #define RNAMATCHTT     1.65
  81 #define RNAMATCHTG    -1.74
  82 #define RNAMATCHTC    -1.05
  83 #define RNAMATCHGG     1.03
  84 #define RNAMATCHGC    -2.48
  85 #define RNAMATCHCC     1.16
  86 //#define GAPPENALTY     9.42   // 3default linear gap penalry in RNA sequence alignment
  87 //#define GAPPENALTY    9.18743
  88 //#define GAPPENALTY     5.00
  89 //#define GAPEXTENTIONPENALTY 7.15
  90 //#define GAPEXTENTIONPENALTY 9.62003
  91
  92 #define GAPPENALTY 5
  93 #define GAPEXTENTIONPENALTY 2.5
  94 //#define GAPPENALTY 8.08875
  95 //#define GAPEXTENTIONPENALTY 3.89655
  96
  97 #define REFINEMENTREPS 0
  98 #define SCSLENGTH 2
  99 #define BASEPROBTHRESHOLD 0.01
 100 #define BASEPAIRCONST 6
 101 #define BANDWIDTH 500
 102 #define USERFOLD false
 103
 104 extern float  RNA_Match_AA;
 105 extern float  RNA_Match_AT;
 106 extern float  RNA_Match_AG;
 107 extern float  RNA_Match_AC;
 108 extern float  RNA_Match_TT;
 109 extern float  RNA_Match_TG;
 110 extern float  RNA_Match_TC;
 111 extern float  RNA_Match_GG;
 112 extern float  RNA_Match_GC;
 113 extern float  RNA_Match_CC;
 114 extern float  RNA_Gap_Penalty;
 115 extern float  RNA_Gap_Extension;
 116
 117 extern int numIterativeRefinementReps;
 118 extern bool PostProcessAlignment;
 119 extern int scsLength;
 120 extern float BaseProbThreshold;
 121 extern float BasePairConst;
 122
 123 #endif /*__SCARNA_HPP__*/
 124