binaries/src/mafft/extensions/mxscarna_src/vienna/energy_param.hpp

   1 /*
   2     Current free energy parameters are summarized in:
   3
   4     D.H.Mathews, J. Sabina, M. ZUker, D.H. Turner
   5     "Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves
   6     prediction of RNA secondary structure"
   7     JMB, 288, pp 911-940, 1999
   8
   9     Enthalpies taken from:
  10
  11     A. Walter, D Turner, J Kim, M Lyttle, P M"uller, D Mathews, M Zuker
  12     "Coaxial stckaing of helices enhances binding of oligoribonucleotides.."
  13     PNAS, 91, pp 9218-9222, 1994
  14
  15     D.H. Turner, N. Sugimoto, and S.M. Freier.
  16     "RNA Structure Prediction",
  17     Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 17, 167-192, 1988.
  18
  19     John A.Jaeger, Douglas H.Turner, and Michael Zuker.
  20     "Improved predictions of secondary structures for RNA",
  21     PNAS, 86, 7706-7710, October 1989.
  22
  23     L. He, R. Kierzek, J. SantaLucia, A.E. Walter, D.H. Turner
  24     "Nearest-Neughbor Parameters for GU Mismatches...."
  25     Biochemistry 1991, 30 11124-11132
  26
  27     A.E. Peritz, R. Kierzek, N, Sugimoto, D.H. Turner
  28     "Thermodynamic Study of Internal Loops in Oligoribonucleotides..."
  29     Biochemistry 1991, 30, 6428--6435
  30
  31
  32 */
  33
  34 #ifndef ENERGY_PARAM_H
  35 #define ENERGY_PARAM_H
  36
  37 #include <iostream>
  38 #include <cstdlib> // by katoh
  39
  40 using namespace std;
  41 namespace MXSCARNA {
  42 class energy_param {
  43
  44     static const int    INF;
  45     static const int    NST;
  46     static const int    DEF;
  47
  48     static const double lxc37; /* parameter for logarithmic loop
  49                              energy extrapolation            */
  50     static const int stack37[8][8];
  51     static const int enthalpies[8][8];
  52     static const int oldhairpin37[31];
  53     static const int hairpin37[31];
  54     static const int oldbulge37[31];
  55     static const int bulge37[31];
  56     static const int oldinternal_loop37[31];
  57     static const int internal_loop37[31];
  58     static const int mismatchI37[8][5][5];
  59     static const int mismatchH37[8][5][5];
  60     static const int mism_H[8][5][5];
  61     static const int dangle5_37[8][5];
  62     static const int dangle3_37[8][5];
  63     static const int dangle3_H[8][5];
  64     static const int dangle5_H[8][5];
  65     static const int ML_BASE37;
  66     static const int ML_closing37;
  67     static const int ML_intern37;
  68     static const int MAX_NINIO;
  69     static const int F_ninio37[5];
  70     static const char Tetraloops[1400];
  71     static const char Tetrastrings[30][7];
  72     static const int TETRA_ENERGY37[200];
  73     static const int TETRA_ENTH37;
  74     static const int TerminalAU;
  75     static const int DuplexInit;
  76
  77     static const int int11_37[8][8][5][5];
  78     static const int int11_H[8][8][5][5];
  79     static const int int21_37[8][8][5][5][5];
  80     static const int int21_H[8][8][5][5][5];
  81     static const int int22_37[8][8][5][5][5][5];
  82     static const int int22_H[8][8][5][5][5][5];
  83
  84     int convertPairType(int type);
  85     int convertBaseType(int type);
  86     int convertLeftType(int type);
  87     int convertRightType(int type);
  88
  89  public:
  90     int getMaxNinio();
  91     int getNinio(int i);
  92     int getDangle5(int i, int j);
  93     int getDangle3(int i, int j);
  94     int getHairpin(int i);
  95     int getInternalLoop(int i);
  96     int getBulge(int i);
  97     const char *getTetraLoop(int i);
  98     int getTetraLoopEnergy(int i);
  99     int getStack(int i, int j);
 100     int getTstackH(int i, int j);
 101     int getTstackI(int i, int j);
 102     int getInt11(int i, int j, int k);
 103     int getInt21(int i, int j, int k, int l);
 104     int getInt22(int i, int j, int k, int l);
 105     int getMLintern();
 106     int getMLBase();
 107     int getMLclosing();
 108     int getTerminalAU();
 109 };
 110 }
 111 #endif