binaries/src/mafft/license.extensions

   1 The 'extension' directory contains codes from
   2
   3 (1) the Vienna RNA package
   4 (2) MXSCARNA
   5 (3) ProbConsRNA
   6
   7 These packages are distributed under different licenses:
   8
   9 -------------------------------------------------------------------------------
  10 (1) The Vienna RNA package
  11
  12 See ./extensions/mxscarna_src/vienna/COPYING and http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/
  13
  14                          Disclaimer and Copyright
  15
  16 The programs, library and source code of the Vienna RNA Package are free
  17 software. They are distributed in the hope that they will be useful
  18 but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
  20
  21 Permission is granted for research, educational, and commercial use
  22 and modification so long as 1) the package and any derived works are not
  23 redistributed for any fee, other than media costs, 2) proper credit is
  24 given to the authors and the Institute for Theoretical Chemistry of the
  25 University of Vienna.
  26
  27 If you want to include this software in a commercial product, please contact
  28 the authors.
  29
  30 Reference:
  31   Ivo L Hofacker and  Martin Fekete and  Peter F Stadler
  32   Secondary structure prediction for aligned RNA sequences.
  33   J Mol Biol. 2002 vol. 319 (18) pp.3724-32
  34
  35 -------------------------------------------------------------------------------
  36 (2) MXSCARNA
  37
  38 See ./extensions/mxscarna_src/README and http://www.ncrna.org/software/mxscarna/
  39
  40 * Author
  41  Yasuo Tabei
  42
  43  Department of Computational Biology,
  44  Graduate School of Frontier Science,
  45  The University of Tokyo
  46  and
  47  Computational Biology Research Center (CBRC),
  48  National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
  49
  50  E-mail: scarna AT m.aist.go.jp
  51
  52 * What is MXSCARNA
  53  MXSCARNA (Multiplex Stem Candidate Aligner for RNAs) is a tool for
  54  fast structural multiple alignment of RNA sequences using progressive
  55  alignment based on pairwise structural alignment algorithm of SCARNA.
  56
  57 * License
  58  While its original source code is provided as free software, MXSCARNA
  59  contains the source codes of ProbCons and Rfold and the energy parameters
  60  of Vienna RNA package (version 1.5).
  61  The author thanks Dr. Chuong Do, Dr. Hisanori Kiryu and Dr. Ivo Hofacker,
  62  the authors of ProbCons, Rfold and Vienna RNA package respectively,
  63  and Institute for Theoretical Chemistry of the  University of Vienna.
  64
  65  The source code of Rfold is located in ./extensions/mxscarna_src/rfold-0.1, which includes
  66  energy parameters of Vienna RNA package in ./extensions/mxscarna_src/rfold-0.1/src/vienna.
  67  Energy parameters of Vienna RNA package are also included in the source
  68  code of MXSCARNA (./extensions/mxscarna_src/vienna). Please follow ./extensions/mxscarna_src/rfold-0.1/readme.txt
  69  file, which describes the license of Rfold, and
  70  ./extensions/mxscarna_src/rfold-0.1/src/vienna/COPYING file and ./extensions/mxscarna_src/vienna/COPYING file,
  71  which describe the copyright notice of the Vienna RNA package.
  72  The source code of ProbCons is located in ./extensions/mxscarna_src/probconsRNA. Please follow
  73  ./extensions/mxscarna_src/probcons/README.
  74
  75  The original part of MXSCARNA is provided as free software. It is
  76  distributed in the hope that it will be useful but WITHOUT ANY WARRANTY;
  77  without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
  78  PARTICULAR PURPOSE.
  79
  80  Permission is granted for research, educational, and commercial use
  81  and modification so long as
  82  1) the package and any derived works are not redistributed for any fee,
  83     other than media costs,
  84  2) proper credit is given to
  85     the authors of MXSCARNA, ProbCons, Rfold and Vienna RNA package,
  86     the Univeristy of Tokyo,
  87     Computational Biology Research Center (CBRC), AIST
  88     and Institute for Theoretical Chemistry of the  University of Vienna.
  89
  90  If you want to include this software in a commercial product, please
  91  contact the author.
  92
  93 * Citation
  94  Yasuo Tabei, Hisanori Kiryu, Taishin Kin, Kiyoshi Asai
  95  A fast structural multiple alignment method for long RNA sequences.
  96  BMC bioinformatics 9:33 (2008)
  97
  98 ---------------------------------------------------------------------------------
  99 (3) ProbCons
 100
 101 See ./extensions/mxscarna_src/probconsRNA/README and http://probcons.stanford.edu/
 102
 103 * Author
 104   Chuong Do
 105
 106 * License
 107 PROBCONS has been made  freely  available  as  PUBLIC  DOMAIN
 108 software and hence is not subject to copyright in the  United
 109 States.  This system and/or any portion of  the  source  code
 110 may be used, modified, or redistributed without restrictions.
 111 PROBCONS is distributed WITHOUT WARRANTY, express or implied.
 112 The authors accept NO LEGAL LIABILITY OR  RESPONSIBILITY  for
 113 loss due to reliance on the program.
 114
 115 * Citation
 116 Do CB, Mahabhashyam MS, Brudno M, Batzoglou S.
 117 ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment.
 118 Genome Res. 2005 15:330-40.
 119
 120 -------------------------------------------------------------------------------