binaries/windows/clustalo/ChangeLog

   1 2016-07-01 Release 1.2.2 (AndreaGiacomo)
   2
   3         - fixed a memory leak in hhalign
   4         - paralleised hhalign
   5         - increased MAC-RAM default from 2GB to 8GB
   6
   7         (no new command-line flags)
   8
   9 2014-02-28 Release 1.2.1 (AndreaGiacomo)
  10
  11         - corrected Clustal format consensus line
  12         - label justification (multi-bit)
  13
  14 2013-06-12 Release 1.2.0 (AndreaGiacomo)
  15
  16         --is-profile              disable check if profile, force profile (default no)
  17         --use-kimura              use Kimura distance correction for aligned sequences (default no)
  18         --percent-id              convert distances into percent identities (default no)
  19
  20         fixed bug in --output-order=tree-order for pair-wise alignment
  21
  22         Kimura distance correction no longer default for protein
  23
  24         fixed bug in Viterbi algorithm (predominantly affected long nucleotide but also protein, to lesser extent)
  25
  26                 Viterbi is less (~10x) memory hungry than MAC but still scales quadratically with length:
  27
  28                 2GB of RAM (ClustalO default) can align sequences of 6.5k residues with MAC and 18k with Viterbi
  29
  30                 8GB of RAM (EBI limit) can align sequences of 12.5k residues with MAC and 37k with Viterbi
  31
  32                 A Viterbi alignment of sequences of 100k residues will require 59GB of RAM
  33
  34
  35 2013-05-16 Release 1.1.1
  36
  37           --cluster-size=<n>        soft maximum of sequences in sub-clusters
  38           --clustering-out=<file>   Clustering output file
  39           --residuenumber, --resno  in Clustal format print residue numbers (default no)
  40           --wrap=<n>                number of residues before line-wrap in output
  41           --output-order={input-order,tree-order} MSA output order like in input/guide-tree
  42
  43         turned off Kimura correction for DNA/RNA
  44
  45         enable distance matrix output after initial mBed but subsequent full distance calculation
  46
  47         enable termination after distance/guide-tree calculation (--max-hmm-iterations=-1)
  48
  49         longer sequence labels
  50
  51 2012-04-25 Release 1.1.0
  52
  53    DNA and RNA support now added. Sequence type can be specified manually
  54    using --seqtype={Protein|DNA|RNA}
  55
  56 2012-03-27 Release 1.0.4
  57
  58    zipped input now supported
  59
  60 2011-09-07 Release 1.0.3
  61
  62 Bugs fixed:
  63
  64    input failed if first line in fasta file was empty
  65
  66    input failed if Clustal formatted file had trailing residue numbers
  67
  68    '*' character was causing problems, did not get filtered out by squid
  69
  70    --outfmt=fasta was not recognized
  71
  72    '~' gap characters were not recognized in MSF format
  73
  74    amended README re sequence/profile alignment
  75
  76    disallowed empty sequences
  77
  78    doxygen documentation fixes and fix of API example
  79
  80    introduced MAC-RAM flag to set amount of RAM given to MAC (in MB)
  81
  82 2011-06-23 Release 1.0.2
  83
  84 2011-06-17 Release 1.0.0 (DeshilHollesEamus)
  85
  86 2010-06-17 Release 0.0.1 (Dubliniensis)
  87
  88                 First "release" as program has been able for a while to perform
  89                 all basic tasks without problems.
  90
  91                 Non-standard features already built-in include:
  92                 HMM-iteration (using HMMER for building an HMM) and guide-tree
  93                 iteration. On top of that HMM input works fine and
  94                 background-frequencies are added to the HHalign process.
  95
  96                 Known issues: RNA/DNA alignment is considered buggy. Aligned
  97                 sequences have to be dealigned for HHalign to work properly.
  98
  99                 The HMMER version message can be ignored if no HMM-iteration
 100                 was used.