conf/Executable.properties

   1 ###########################################################################################\r
   2 #                                                                                         #\r
   3 #            THIS IS JABAWS EXECUTABLE CONFIGURATION FILE                                 #\r
   4 #                                                                                         #\r
   5 ###########################################################################################\r
   6 \r
   7 ### Properties supported by executables.\r
   8 ### <execname> is one of the available applications: \r
   9 ### [clustalw, mafft, muscle, propcons, tcoffee, iupred, jronn, globplot, disembl, aacon, jpred]\r
  10 \r
  11 ### Path to the native executable on Windows must be either absolute, \r
  12 ### or relative to JABAWS web application\r
  13 # local.<execname>.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe\r
  14 \r
  15 ### Path to the native executable not on Windows (e.g. Linux, Mac)\r
  16 ### must be either absolute, or relative to JABAWS web application\r
  17 # local.<execname>.bin = binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  18 \r
  19 ### Path to the native executable on the cluster (must be accessible from all \r
  20 ### cluster nodes which will run JABAWS jobs). The path must be absolute. \r
  21 # cluster.<execname>.bin = /home/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  22 \r
  23 ### At least one of the path to the native executable should be defined.\r
  24 \r
  25 ### If an application supports presets, the preset file can have either  \r
  26 ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file. \r
  27 ### The file is optional.\r
  28 # <execname>.presets.file = conf/settings/ClustalPresets.xml\r
  29 \r
  30 ### If an application supports parameters, the parameter file can have either \r
  31 ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file. \r
  32 ### The file is optional.\r
  33 # <execname>.parameters.file = conf/settings/ClustalParameters.xml\r
  34 \r
  35 ## Application limits, absolute or relative to \r
  36 ## the JABAWS web application path to the file. Optional.\r
  37 ## Use this if you want to limit the size of the job to be accepted by a \r
  38 ## Webservice. The limits files we use in Dundee are provided with JABAWS. \r
  39 # <execname>.limits.file=conf/settings/ClustalLimits.xml\r
  40 \r
  41 ## Flags passed to the cluster batch manager for the application. Optional.\r
  42 ## This example sets a maximum execution time to 24 hours and maximum amount of \r
  43 ## memory per task to 6Gb for SGE and OGE cluster batch managers.\r
  44 ## Please note that all the examples of this parameter below are correct for \r
  45 ## Sun Grid Engine or Open Grid Engine (untested) only! If you use a different \r
  46 ## batch manager you would need to specify different flags.  \r
  47 # <execname>.cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M\r
  48 \r
  49 ## Environmental variables required by native executables. Optional. \r
  50 ## Format: VARIABLE_NAME1#VARIABLE_VALUE1;VARIABLE_NAME2#VARIABLE_VALUE2; \r
  51 # <execname>.bin.env = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;\r
  52 \r
  53 ## Parameter supported by the executable Jar files, such as jronn and aacon, \r
  54 ## point to the location of the jar file. Also, local.<execname>.bin, \r
  55 ## local.<execname>.bin.windows properties are optional for these, if not \r
  56 ## provided they will be replaced to the java executable path from JAVA_HOME \r
  57 ## environmental variable. \r
  58 #<execname>.jar.file = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar\r
  59 \r
  60 \r
  61 \r
  62 \r
  63 ###########################################################################################\r
  64 #                             CLUSTAL W CONFIGURATION                                     #\r
  65 ###########################################################################################\r
  66 local.clustalw.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe\r
  67 local.clustalw.bin         = binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  68 #cluster.clustalw.bin       =/home/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2\r
  69 ### This parameter specifies the directory where the matrices files are stored\r
  70 clustalw.-matrix.path      = binaries/matrices\r
  71 clustalw.presets.file      = conf/settings/ClustalPresets.xml\r
  72 clustalw.parameters.file   = conf/settings/ClustalParameters.xml\r
  73 clustalw.limits.file      = conf/settings/ClustalLimits.xml\r
  74 #clustalw.cluster.settings =-l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
  75 \r
  76 \r
  77 ###########################################################################################\r
  78 #                             CLUSTAL OMEGA CONFIGURATION                                 #\r
  79 ###########################################################################################\r
  80 local.clustalo.bin.windows = binaries/windows/clustalo/clustalo.exe\r
  81 local.clustalo.bin         = binaries/src/clustalo/src/clustalo\r
  82 #cluster.clustalo.bin       = /home/jabaws/binaries/src/clustalo/src/clustalo\r
  83 ### This parameter specifies the directory where the matrices files are stored\r
  84 #clustalo.presets.file      = conf/settings/ClustaloPresets.xml\r
  85 clustalo.parameters.file   = conf/settings/ClustaloParameters.xml\r
  86 clustalo.limits.file       = conf/settings/ClustaloLimits.xml\r
  87 ### ClustalO can be run on multiple CPUs on the cluster. This parameter specifies CPU #NN\r
  88 clustalo.cluster.cpunum    = 4\r
  89 ### This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task\r
  90 #clustalo.cluster.settings  = -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l ram=1700M -l h_cpu=24:00:00\r
  91 \r
  92 \r
  93 ###########################################################################################\r
  94 #                               MUSCLE CONFIGURATION                                      #\r
  95 ###########################################################################################\r
  96 local.muscle.bin.windows = binaries/windows/muscle.exe\r
  97 local.muscle.bin         = binaries/src/muscle/muscle\r
  98 #cluster.muscle.bin       = /home/jabaws/binaries/src/muscle/muscle\r
  99 ### This parameter specifies the directory where the matrices files are stored\r
 100 muscle.-matrix.path      = binaries/matrices\r
 101 muscle.presets.file      = conf/settings/MusclePresets.xml\r
 102 muscle.parameters.file   = conf/settings/MuscleParameters.xml\r
 103 muscle.limits.file       = conf/settings/MuscleLimits.xml\r
 104 #muscle.cluster.settings  = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 105 \r
 106 \r
 107 ###########################################################################################\r
 108 #                               MAFFT CONFIGURATION                                       #\r
 109 ###########################################################################################\r
 110 local.mafft.bin        = binaries/src/mafft/scripts/mafft\r
 111 #cluster.mafft.bin      = /home/jabaws/binaries/src/mafft/scripts/mafft\r
 112 # These paths will be converted to absolute if relative.\r
 113 mafft.bin.env          = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;\r
 114 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
 115 mafft.--aamatrix.path  = binaries/matrices\r
 116 mafft.presets.file     = conf/settings/MafftPresets.xml\r
 117 mafft.parameters.file  = conf/settings/MafftParameters.xml\r
 118 mafft.limits.file      = conf/settings/MafftLimits.xml\r
 119 #mafft.cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 120 \r
 121 \r
 122 ###########################################################################################\r
 123 #                      TCOFFEE CONFIGURATION                                              #\r
 124 ###########################################################################################\r
 125 local.tcoffee.bin        = binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee\r
 126 #cluster.tcoffee.bin      = /home/jabaws/binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee\r
 127 # This variable is required by tcoffee\r
 128 tcoffee.bin.env          = HOME_4_TCOFFEE#jobsout;\r
 129 tcoffee.presets.file     = conf/settings/TcoffeePresets.xml\r
 130 tcoffee.parameters.file  = conf/settings/TcoffeeParameters.xml\r
 131 tcoffee.limits.file      = conf/settings/TcoffeeLimits.xml\r
 132 ### Tcoffee can be executed on multiple CPUs if run on the cluster. This parameter defines CPUs #N\r
 133 #tcoffee.cluster.cpunum   = 4\r
 134 ### This paramer defines queue setting with CPUNUM on the cluster\r
 135 #tcoffee.cluster.settings = -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l ram=1700M -l h_cpu=24:00:00\r
 136 \r
 137 \r
 138 ###########################################################################################\r
 139 #                      PROBCONS CONFIGURATION                                             #\r
 140 ###########################################################################################\r
 141 local.probcons.bin         = binaries/src/probcons/probcons\r
 142 #cluster.probcons.bin       = /home/jabaws/binaries/src/probcons/probcons\r
 143 probcons.parameters.file   = conf/settings/ProbconsParameters.xml\r
 144 probcons.limits.file       = conf/settings/ProbconsLimits.xml\r
 145 ### This parameter defines queue settings for PROBCON on the cluster\r
 146 #probcons.cluster.settings  = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 147 \r
 148 \r
 149 ###########################################################################################\r
 150 #                      JRONN CONFIGURATION                                                #\r
 151 ###########################################################################################\r
 152 ### If no local path is specified, Java is loaded from JAVA_HOME variable for local \r
 153 ### execution. However, cluster.jronn.bin MUST be specified for running Jronn on the cluster.\r
 154 #local.jronn.bin.windows  = D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe \r
 155 #local.jronn.bin          = /sw/java/latest/bin/java\r
 156 #cluster.jronn.bin        = /sw/java/latest/bin/java\r
 157 jronn.jar.file           = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar\r
 158 jronn.limits.file        = conf/settings/JronnLimits.xml\r
 159 ## Jronn can use multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPUs\r
 160 #jronn.cluster.cpunum     = 4\r
 161 ### This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task\r
 162 #jronn.cluster.settings   = -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00\r
 163 \r
 164 \r
 165 ###########################################################################################\r
 166 #                      DISEMBL CONFIGURATION                                              #\r
 167 ###########################################################################################\r
 168 local.disembl.bin         = binaries/src/disembl/DisEMBL.py\r
 169 #cluster.disembl.bin       = /home/jabaws/binaries/src/disembl/DisEMBL.py\r
 170 disembl.limits.file       = conf/settings/DisemblLimits.xml\r
 171 #disembl.cluster.settings  = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 172 \r
 173 \r
 174 ###########################################################################################\r
 175 #                      GLOBPLOT CONFIGURATION                                             #\r
 176 ###########################################################################################\r
 177 local.globplot.bin         = binaries/src/globplot/GlobPlot.py\r
 178 #cluster.globplot.bin       = /home/jabaws/binaries/src/globplot/GlobPlot.py\r
 179 #globplot.bin.env           = PYTHONPATH#/home/jabaws/binaries/src/globplot/biopython-1.50\r
 180 globplot.limits.file       = conf/settings/GlobPlotLimits.xml\r
 181 #globplot.cluster.settings  = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 182 \r
 183 \r
 184 ###########################################################################################\r
 185 #                      IUPRED CONFIGURATION                                               #\r
 186 ###########################################################################################\r
 187 local.iupred.bin.windows = binaries/windows/iupred/iupred.exe \r
 188 local.iupred.bin         = binaries/src/iupred/iupred\r
 189 ### This must point to the directory where iupred binary is, with other files it \r
 190 ### depends on. This path will be converted to absolute if relative at runtime. \r
 191 iupred.bin.env           = IUPred_PATH#binaries/src/iupred\r
 192 #cluster.iupred.bin       = /home/jabaws/binaries/src/iupred/iupred\r
 193 iupred.parameters.file   = conf/settings/IUPredParameters.xml\r
 194 iupred.limits.file       = conf/settings/IUPredLimits.xml\r
 195 #iupred.cluster.settings  = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 196 \r
 197 \r
 198 ###########################################################################################\r
 199 #                       AACON CONFIGURATION                                               #\r
 200 ###########################################################################################\r
 201 ### This is just a path to the standard java executable \r
 202 #local.aacon.bin.windows  = D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe \r
 203 #local.aacon.bin          = /sw/java/latest/bin/java\r
 204 #cluster.aacon.bin        = /sw/java/latest/bin/java\r
 205 ### Path to the AACon library\r
 206 aacon.jar.file           = binaries/windows/aaconservation.jar\r
 207 aacon.parameters.file    = conf/settings/AAConParameters.xml\r
 208 aacon.presets.file       = conf/settings/AAConPresets.xml\r
 209 aacon.limits.file        = conf/settings/AAConLimits.xml\r
 210 ### AACon can use multiple CPUs. This parameter defines the number of CPUs:\r
 211 #aacon.cluster.cpunum     = 4\r
 212 ### This parameter defines queue settings for AACON on the cluster\r
 213 #aacon.cluster.settings   = -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l ram=1700M -l h_cpu=24:00:00\r
 214 \r
 215 ###########################################################################################\r
 216 #                               JPRED CONFIGURATION                                       #\r
 217 ###########################################################################################\r
 218 local.jpred.bin        = binaries/src/jpred/jpred.pl\r
 219 #cluster.jpred.bin      = /home/jabaws/binaries/src/jpred/jpred.pl\r
 220 # These paths will be converted to absolute if relative.\r
 221 jpred.bin.env          = BLASTMAT#binaries/src/jpred/data/blast\r
 222 # The varible jpred.data.uniref.path define a path to Uniref90 files used by Jpred. If \r
 223 # you install the database to a different path chenge the variable here\r
 224 jpred.data.uniref.path = /data/UNIREFdb\r
 225 # WARNING!!! \r
 226 # Redefine jpred.data.uniref.name if you do undestand what the variable means\r
 227 jpred.data.uniref.name = cluster\r
 228 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored\r
 229 jpred.presets.file     = conf/settings/JpredPresets.xml\r
 230 jpred.parameters.file  = conf/settings/JpredParameters.xml\r
 231 jpred.limits.file      = conf/settings/JpredLimits.xml\r
 232 jpred.cluster.cpunum   = 4\r
 233 #jpred.cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 234 \r
 235 ###########################################################################################\r
 236 #                               RNAALIFOLD CONFIGURATION                                  #\r
 237 ###########################################################################################\r
 238 local.rnaalifold.bin.windows = binaries/windows/ViennaRNA/RNAalifold.exe\r
 239 local.rnaalifold.bin         = binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold\r
 240 #cluster.rnaalifold.bin      = /homes/www-jws2/test-servers/tomcat7-jaba3/webapps/jabawsRNA/binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold\r
 241 rnaalifold.parameters.file   = conf/settings/RNAalifoldParameters.xml\r
 242 rnaalifold.limits.file       = conf/settings/RNAalifoldLimits.xml\r
 243 rnaalifold.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 244 \r
 245 ###########################################################################################\r
 246 #                                 MSAProbs CONFIGURATION                                  #\r
 247 ###########################################################################################\r
 248 local.msaprobs.bin         = binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs\r
 249 cluster.msaprobs.bin       = /homes/www-jws2/test-servers/tomcat7-jaba3/webapps/jabawsRNA/binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs\r
 250 msaprobs.parameters.file   = conf/settings/MSAprobsParameters.xml\r
 251 msaprobs.limits.file       = conf/settings/MSAprobsLimits.xml\r
 252 msaprobs.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r
 253 \r
 254 ###########################################################################################\r
 255 #                                  GLprobs CONFIGURATION                                  #\r
 256 ###########################################################################################\r
 257 local.glprobs.bin         = binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs\r
 258 cluster.glprobs.bin       = /homes/www-jws2/test-servers/tomcat7-jaba3/webapps/jabawsRNA/binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs\r
 259 glprobs.parameters.file   = conf/settings/GLprobsParameters.xml\r
 260 glprobs.limits.file       = conf/settings/GLprobsLimits.xml\r
 261 glprobs.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M\r