conf/Executable.properties.dundee

   1 ###########################################################################################
   2 #                                                                                         #
   3 #            THIS IS JABAWS EXECUTABLE CONFIGURATION FILE FOR DUNDEE                      #
   4 #                                                                                         #
   5 ###########################################################################################
   6
   7 ### Properties supported by executables.
   8 ### <execname> is one of the available applications:
   9 ### [clustalw, mafft, muscle, propcons, tcoffee, iupred, jronn, globplot, disembl, aacon, jpred]
  10
  11 ### Path to the native executable on Windows must be either absolute,
  12 ### or relative to JABAWS web application
  13 # local.<execname>.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe
  14
  15 ### Path to the native executable not on Windows (e.g. Linux, Mac)
  16 ### must be either absolute, or relative to JABAWS web application
  17 # local.<execname>.bin = binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  18
  19 ### Path to the native executable on the Cluster (must be accessible from all
  20 ### Cluster nodes which will run JABAWS jobs). The path must be absolute.
  21 # cluster.<execname>.bin = /home/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  22
  23 ### At least one of the path to the native executable should be defined.
  24
  25 ### If an application supports presets, the preset file can have either
  26 ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file.
  27 ### The file is optional.
  28 # <execname>.presets.file = conf/settings/ClustalPresets.xml
  29
  30 ### If an application supports parameters, the parameter file can have either
  31 ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file.
  32 ### The file is optional.
  33 # <execname>.parameters.file = conf/settings/ClustalParameters.xml
  34
  35 ## Application limits, absolute or relative to
  36 ## the JABAWS web application path to the file. Optional.
  37 ## Use this if you want to limit the size of the job to be accepted by a
  38 ## Webservice. The limits files we use in Dundee are provided with JABAWS.
  39 # <execname>.limits.file=conf/settings/ClustalLimits.xml
  40
  41 ## Flags passed to the Cluster batch manager for the application. Optional.
  42 ## This example sets a maximum execution time to 24 hours and maximum amount of
  43 ## memory per task to 6Gb for SGE and OGE Cluster batch managers.
  44 ## Please note that all the examples of this parameter below are correct for
  45 ## Sun Grid Engine or Open Grid Engine (untested) only! If you use a different
  46 ## batch manager you would need to specify different flags.
  47 # <execname>.cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M
  48
  49 ## Environmental variables required by native executables. Optional.
  50 ## Format: VARIABLE_NAME1#VARIABLE_VALUE1;VARIABLE_NAME2#VARIABLE_VALUE2;
  51 # <execname>.bin.env = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;
  52
  53 ## Parameter supported by the executable Jar files, such as jronn and aacon,
  54 ## point to the location of the jar file. Also, local.<execname>.bin,
  55 ## local.<execname>.bin.windows properties are optional for these, if not
  56 ## provided they will be replaced to the java executable path from JAVA_HOME
  57 ## environmental variable.
  58 #<execname>.jar.file = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar
  59
  60 ###########################################################################################
  61 #                             CLUSTAL W CONFIGURATION                                     #
  62 ###########################################################################################
  63 local.clustalw.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe
  64 local.clustalw.bin         = binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  65 cluster.clustalw.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  66 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
  67 clustalw.-matrix.path      = binaries/matrices
  68 clustalw.presets.file      = conf/settings/ClustalPresets.xml
  69 clustalw.parameters.file   = conf/settings/ClustalParameters.xml
  70 clustalw.limits.file       = conf/settings/ClustalLimits.xml
  71 clustalw.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
  72
  73
  74 ###########################################################################################
  75 #                                  CLUSTAL OMEGA CONFIGURATION                            #
  76 ###########################################################################################
  77 local.clustalo.bin.windows = binaries/windows/clustalo/clustalo.exe
  78 local.clustalo.bin         = binaries/src/clustalo/src/clustalo
  79 cluster.clustalo.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/clustalo/src/clustalo
  80 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
  81 #clustalo.presets.file      = conf/settings/ClustaloPresets.xml
  82 clustalo.parameters.file   = conf/settings/ClustaloParameters.xml
  83 clustalo.limits.file       = conf/settings/ClustaloLimits.xml
  84 ### ClustalO can be executed on multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPUs:
  85 clustalo.cluster.cpunum    = 4
  86 ### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task
  87 clustalo.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=3400M
  88
  89
  90 ###########################################################################################
  91 #                                  MUSCLE CONFIGURATION                                   #
  92 ###########################################################################################
  93 local.muscle.bin.windows = binaries/windows/muscle.exe
  94 local.muscle.bin         = binaries/src/muscle/muscle
  95 cluster.muscle.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/muscle/muscle
  96 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
  97 muscle.-matrix.path      = binaries/matrices
  98 muscle.presets.file      = conf/settings/MusclePresets.xml
  99 muscle.parameters.file   = conf/settings/MuscleParameters.xml
 100 muscle.limits.file       = conf/settings/MuscleLimits.xml
 101 muscle.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 102
 103
 104 ###########################################################################################
 105 #                                  MAFFT CONFIGURATION                                    #
 106 ###########################################################################################
 107 local.mafft.bin         = binaries/src/mafft/scripts/mafft
 108 cluster.mafft.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/mafft/scripts/mafft
 109 # These paths will be converted to absolute if relative.
 110 mafft.bin.env           = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;
 111 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
 112 mafft.--aamatrix.path   = binaries/matrices
 113 mafft.presets.file      = conf/settings/MafftPresets.xml
 114 mafft.parameters.file   = conf/settings/MafftParameters.xml
 115 mafft.limits.file       = conf/settings/MafftLimits.xml
 116 mafft.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 117
 118
 119 ###########################################################################################
 120 #                                  TCOFFEE CONFIGURATION                                  #
 121 ###########################################################################################
 122 local.tcoffee.bin         = binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee
 123 cluster.tcoffee.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee
 124 # This variable is required by tcoffee
 125 tcoffee.bin.env           = HOME_4_TCOFFEE#jobsout;
 126 tcoffee.presets.file      = conf/settings/TcoffeePresets.xml
 127 tcoffee.parameters.file   = conf/settings/TcoffeeParameters.xml
 128 tcoffee.limits.file       = conf/settings/TcoffeeLimits.xml
 129 ### Tcoffee can be executed on multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPUs:
 130 tcoffee.cluster.cpunum    = 4
 131 ### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task
 132 tcoffee.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=3400M
 133
 134
 135 ###########################################################################################
 136 #                                  PROBCONS CONFIGURATION                                 #
 137 ###########################################################################################
 138 local.probcons.bin         = binaries/src/probcons/probcons
 139 cluster.probcons.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/probcons/probcons
 140 probcons.parameters.file   = conf/settings/ProbconsParameters.xml
 141 probcons.limits.file       = conf/settings/ProbconsLimits.xml
 142 probcons.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 143
 144
 145 ###########################################################################################
 146 #                                  JRONN CONFIGURATION                                    #
 147 ###########################################################################################
 148 ### If no local path is specified, Java is loaded from JAVA_HOME variable for local execution
 149 ### However, cluster.jronn.bin MUST be specified for running Jronn on the Cluster.
 150 #local.jronn.bin.windows  = D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe
 151 local.jronn.bin          = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java
 152 cluster.jronn.bin        = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java
 153 jronn.jar.file           = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar
 154 jronn.limits.file        = conf/settings/JronnLimits.xml
 155 ### Jronn can use multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPU:
 156 jronn.cluster.cpunum     = 4
 157 ### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task
 158 jronn.cluster.settings   = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 159
 160
 161 ###########################################################################################
 162 #                                  DISEMBL CONFIGURATION                                  #
 163 ###########################################################################################
 164 local.disembl.bin        = binaries/src/disembl/DisEMBL.py
 165 cluster.disembl.bin      = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/disembl/DisEMBL.py
 166 disembl.limits.file      = conf/settings/DisemblLimits.xml
 167 disembl.cluster.settings = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 168
 169
 170 ###########################################################################################
 171 #                                  GLOBPLOT CONFIGURATION                                 #
 172 ###########################################################################################
 173 local.globplot.bin        = binaries/src/globplot/GlobPlot.py
 174 cluster.globplot.bin      = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/globplot/GlobPlot.py
 175 globplot.bin.env          = PYTHONPATH#/homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/globplot/biopython-1.50
 176 globplot.limits.file      = conf/settings/GlobPlotLimits.xml
 177 globplot.cluster.settings = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 178
 179
 180 ###########################################################################################
 181 #                                 IUPRED CONFIGURATION                                    #
 182 ###########################################################################################
 183 #local.iupred.bin.windows = binaries/windows/iupred/iupred.exe
 184 local.iupred.bin         = binaries/src/iupred/iupred
 185 ### This must point to the directory where iupred binary is, with other files it
 186 ### depends on. This path will be converted to absolute if relative at runtime.
 187 iupred.bin.env           = IUPred_PATH#binaries/src/iupred
 188 cluster.iupred.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/iupred/iupred
 189 iupred.parameters.file   = conf/settings/IUPredParameters.xml
 190 iupred.limits.file       = conf/settings/IUPredLimits.xml
 191 iupred.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 192
 193
 194 ###########################################################################################
 195 #                                  AACON CONFIGURATION                                    #
 196 ###########################################################################################
 197 ### This is just a path to the standard java executable
 198 local.aacon.bin          = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java
 199 cluster.aacon.bin        = /homes/www-jws2/java/jdk/bin/java
 200 ### Path to the AACon library
 201 aacon.jar.file           = binaries/windows/aaconservation.jar
 202 aacon.parameters.file    = conf/settings/AAConParameters.xml
 203 aacon.presets.file       = conf/settings/AAConPresets.xml
 204 aacon.limits.file        = conf/settings/AAConLimits.xml
 205 ### AACon can use multiple CPUs
 206 ### This parameter specifies the number of CPUs to use
 207 aacon.cluster.cpunum     = 4
 208 ### This reserves a slot with CPUNUM on the Cluster for the task
 209 aacon.cluster.settings   = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=3400M
 210
 211 ###########################################################################################
 212 #                               JPRED CONFIGURATION                                       #
 213 ###########################################################################################
 214 #local.jpred.bin        = binaries/src/jpred/jpred.pl
 215 #cluster.jpred.bin      = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/jpred/jpred.pl
 216 ## These paths will be converted to absolute if relative.
 217 #jpred.bin.env          = BLASTMAT#binaries/src/jpred/data/blast
 218 ## The varible jpred.data.uniref.path define a path to Uniref90 files used by Jpred. If
 219 ## you install the database to a different path chenge the variable here
 220 #jpred.data.uniref.path = /homes/www-jpred/databases
 221 ## WARNING!!!
 222 ## Redefine jpred.data.uniref.name if you do undestand what the variable means
 223 #jpred.data.uniref.name = cluster
 224 #### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
 225 #jpred.presets.file     = conf/settings/JpredPresets.xml
 226 #jpred.parameters.file  = conf/settings/JpredParameters.xml
 227 #jpred.limits.file      = conf/settings/JpredLimits.xml
 228 #jpred.cluster.cpunum   = 4
 229 #jpred.cluster.settings = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00 -l ram=8000M
 230
 231 ###########################################################################################
 232 #                               RNAALIFOLD CONFIGURATION                                  #
 233 ###########################################################################################
 234 local.rnaalifold.bin.windows = binaries/windows/ViennaRNA/RNAalifold.exe
 235 local.rnaalifold.bin         = binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold
 236 cluster.rnaalifold.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold
 237 rnaalifold.parameters.file   = conf/settings/RNAalifoldParameters.xml
 238 rnaalifold.limits.file       = conf/settings/RNAalifoldLimits.xml
 239 rnaalifold.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 240
 241 ###########################################################################################
 242 #                                 MSAProbs CONFIGURATION                                  #
 243 ###########################################################################################
 244 local.msaprobs.bin         = binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs
 245 cluster.msaprobs.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs
 246 msaprobs.parameters.file   = conf/settings/MSAprobsParameters.xml
 247 msaprobs.limits.file       = conf/settings/MSAprobsLimits.xml
 248 msaprobs.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 249
 250 ###########################################################################################
 251 #                                  GLprobs CONFIGURATION                                  #
 252 ###########################################################################################
 253 local.glprobs.bin         = binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs
 254 cluster.glprobs.bin       = /homes/www-jws2/servers/tomcat-8.5.11_jaba-2.2/webapps/jabaws-dev/binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs
 255 glprobs.parameters.file   = conf/settings/GLprobsParameters.xml
 256 glprobs.limits.file       = conf/settings/GLprobsLimits.xml
 257 glprobs.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -q c6100.q -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M