conf/Executable.properties.dundee

   1 ###########################################################################################
   2 #                                                                                         #
   3 #            THIS IS JABAWS EXECUTABLE CONFIGURATION FILE                                 #
   4 #                                                                                         #
   5 ###########################################################################################
   6
   7 ### Properties supported by executables.
   8 ### <execname> is one of the available applications:
   9 ### [clustalw, mafft, muscle, propcons, tcoffee, iupred, jronn, globplot, disembl, aacon, jpred]
  10
  11 ### Path to the native executable on Windows must be either absolute,
  12 ### or relative to JABAWS web application
  13 # local.<execname>.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe
  14
  15 ### Path to the native executable not on Windows (e.g. Linux, Mac)
  16 ### must be either absolute, or relative to JABAWS web application
  17 # local.<execname>.bin = binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  18
  19 ### Path to the native executable on the cluster (must be accessible from all
  20 ### cluster nodes which will run JABAWS jobs). The path must be absolute.
  21 # cluster.<execname>.bin = /home/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  22
  23 ### At least one of the path to the native executable should be defined.
  24
  25 ### If an application supports presets, the preset file can have either
  26 ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file.
  27 ### The file is optional.
  28 # <execname>.presets.file = conf/settings/ClustalPresets.xml
  29
  30 ### If an application supports parameters, the parameter file can have either
  31 ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file.
  32 ### The file is optional.
  33 # <execname>.parameters.file = conf/settings/ClustalParameters.xml
  34
  35 ## Application limits, absolute or relative to
  36 ## the JABAWS web application path to the file. Optional.
  37 ## Use this if you want to limit the size of the job to be accepted by a
  38 ## Webservice. The limits files we use in Dundee are provided with JABAWS.
  39 # <execname>.limits.file=conf/settings/ClustalLimits.xml
  40
  41 ## Flags passed to the cluster batch manager for the application. Optional.
  42 ## This example sets a maximum execution time to 24 hours and maximum amount of
  43 ## memory per task to 6Gb for SGE and OGE cluster batch managers.
  44 ## Please note that all the examples of this parameter below are correct for
  45 ## Sun Grid Engine or Open Grid Engine (untested) only! If you use a different
  46 ## batch manager you would need to specify different flags.
  47 # <execname>.cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M
  48
  49 ## Environmental variables required by native executables. Optional.
  50 ## Format: VARIABLE_NAME1#VARIABLE_VALUE1;VARIABLE_NAME2#VARIABLE_VALUE2;
  51 # <execname>.bin.env = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;
  52
  53 ## Parameter supported by the executable Jar files, such as jronn and aacon,
  54 ## point to the location of the jar file. Also, local.<execname>.bin,
  55 ## local.<execname>.bin.windows properties are optional for these, if not
  56 ## provided they will be replaced to the java executable path from JAVA_HOME
  57 ## environmental variable.
  58 #<execname>.jar.file = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar
  59
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  64 #                                  CLUSTAL CONFIGURATION                                  #
  65 ###########################################################################################
  66 local.clustalw.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe
  67 local.clustalw.bin         = binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  68 cluster.clustalw.bin       = /home/jabaws/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  69 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
  70 clustalw.-matrix.path      = binaries/matrices
  71 clustalw.presets.file      = conf/settings/ClustalPresets.xml
  72 clustalw.parameters.file   = conf/settings/ClustalParameters.xml
  73 clustalw.limits.file       = conf/settings/ClustalLimits.xml
  74 clustalw.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
  75
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  78 #                                  CLUSTAL OMEGA CONFIGURATION                            #
  79 ###########################################################################################
  80 local.clustalo.bin.windows = binaries/windows/clustalo/clustalo.exe
  81 local.clustalo.bin         = binaries/src/clustalo/src/clustalo
  82 cluster.clustalo.bin       = /home/jabaws/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/clustalo/src/clustalo
  83 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
  84 #clustalo.presets.file      = conf/settings/ClustaloPresets.xml
  85 clustalo.parameters.file   = conf/settings/ClustaloParameters.xml
  86 clustalo.limits.file       = conf/settings/ClustaloLimits.xml
  87 ### ClustalO can be executed on multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPUs:
  88 clustalo.cluster.cpunum    = 4
  89 ### This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task
  90 clustalo.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l ram=3400M -l h_cpu=24:00:00
  91
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  94 #                                  MUSCLE CONFIGURATION                                   #
  95 ###########################################################################################
  96 local.muscle.bin.windows = binaries/windows/muscle.exe
  97 local.muscle.bin         = binaries/src/muscle/muscle
  98 cluster.muscle.bin       = /home/jabaws/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/muscle/muscle
  99 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
 100 muscle.-matrix.path      = binaries/matrices
 101 muscle.presets.file      = conf/settings/MusclePresets.xml
 102 muscle.parameters.file   = conf/settings/MuscleParameters.xml
 103 muscle.limits.file       = conf/settings/MuscleLimits.xml
 104 muscle.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 105
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 108 #                                  MAFFT CONFIGURATION                                    #
 109 ###########################################################################################
 110 local.mafft.bin         = binaries/src/mafft/scripts/mafft
 111 cluster.mafft.bin       = /home/jabaws/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/mafft/scripts/mafft
 112 # These paths will be converted to absolute if relative.
 113 mafft.bin.env           = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;
 114 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
 115 mafft.--aamatrix.path   = binaries/matrices
 116 mafft.presets.file      = conf/settings/MafftPresets.xml
 117 mafft.parameters.file   = conf/settings/MafftParameters.xml
 118 mafft.limits.file       = conf/settings/MafftLimits.xml
 119 mafft.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 120
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 122 ###########################################################################################
 123 #                                  TCOFFEE CONFIGURATION                                  #
 124 ###########################################################################################
 125 local.tcoffee.bin         = binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee
 126 cluster.tcoffee.bin       = /home/jabaws/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee
 127 # This variable is required by tcoffee
 128 tcoffee.bin.env           = HOME_4_TCOFFEE#jobsout;
 129 tcoffee.presets.file      = conf/settings/TcoffeePresets.xml
 130 tcoffee.parameters.file   = conf/settings/TcoffeeParameters.xml
 131 tcoffee.limits.file       = conf/settings/TcoffeeLimits.xml
 132 ### Tcoffee can be executed on multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPUs:
 133 tcoffee.cluster.cpunum    = 4
 134 ### This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task
 135 tcoffee.cluster.settings  = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l ram=3400M -l h_cpu=24:00:00
 136
 137
 138 ###########################################################################################
 139 #                                  PROBCONS CONFIGURATION                                 #
 140 ###########################################################################################
 141 local.probcons.bin         = binaries/src/probcons/probcons
 142 cluster.probcons.bin       = /home/jabaws/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/probcons/probcons
 143 probcons.parameters.file   = conf/settings/ProbconsParameters.xml
 144 probcons.limits.file       = conf/settings/ProbconsLimits.xml
 145 probcons.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 146
 147
 148 ###########################################################################################
 149 #                                  JRONN CONFIGURATION                                    #
 150 ###########################################################################################
 151 ### If no local path is specified, Java is loaded from JAVA_HOME variable for local
 152 ### execution. However, cluster.jronn.bin MUST be specified for running Jronn on the cluster.
 153 #local.jronn.bin.windows  = D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe
 154 local.jronn.bin          = /home/jabaws/java/jdk/bin/java
 155 cluster.jronn.bin        = /home/jabaws/java/jdk/bin/java
 156 jronn.jar.file           = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar
 157 jronn.limits.file        = conf/settings/JronnLimits.xml
 158 ### Jronn can use multiple CPUs. This parameter specifies the number of CPU:
 159 jronn.cluster.cpunum     = 4
 160 ### This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task
 161 jronn.cluster.settings   = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l h_cpu=24:00:00
 162
 163
 164 ###########################################################################################
 165 #                                  DISEMBL CONFIGURATION                                  #
 166 ###########################################################################################
 167 local.disembl.bin        = binaries/src/disembl/DisEMBL.py
 168 cluster.disembl.bin      = /home/jabaws/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/disembl/DisEMBL.py
 169 disembl.limits.file      = conf/settings/DisemblLimits.xml
 170 disembl.cluster.settings = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 171
 172
 173 ###########################################################################################
 174 #                                  GLOBPLOT CONFIGURATION                                 #
 175 ###########################################################################################
 176 local.globplot.bin        = binaries/src/globplot/GlobPlot.py
 177 cluster.globplot.bin      = /home/jabaws/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/globplot/GlobPlot.py
 178 globplot.bin.env          = PYTHONPATH#/home/jabaws/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/globplot/biopython-1.50
 179 globplot.limits.file      = conf/settings/GlobPlotLimits.xml
 180 globplot.cluster.settings = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 181
 182
 183 ###########################################################################################
 184 #                                 IUPRED CONFIGURATION                                    #
 185 ###########################################################################################
 186 local.iupred.bin.windows = binaries/windows/iupred/iupred.exe
 187 local.iupred.bin         = binaries/src/iupred/iupred
 188 ### This must point to the directory where iupred binary is, with other files it
 189 ### depends on. This path will be converted to absolute if relative at runtime.
 190 iupred.bin.env           = IUPred_PATH#binaries/src/iupred
 191 cluster.iupred.bin       = /home/jabaws/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/iupred/iupred
 192 iupred.parameters.file   = conf/settings/IUPredParameters.xml
 193 iupred.limits.file       = conf/settings/IUPredLimits.xml
 194 iupred.cluster.settings  = -P webservices -R y -l h_cpu=24:00:00 -l ram=6000M
 195
 196
 197 ###########################################################################################
 198 #                                  AACON CONFIGURATION                                    #
 199 ###########################################################################################
 200 ### This is just a path to the standard java executable
 201 local.aacon.bin          = /home/jabaws/java/jdk/bin/java
 202 cluster.aacon.bin        = /home/jabaws/java/jdk/bin/java
 203 ### Path to the AACon library
 204 aacon.jar.file           = binaries/windows/aaconservation.jar
 205 aacon.parameters.file    = conf/settings/AAConParameters.xml
 206 aacon.presets.file       = conf/settings/AAConPresets.xml
 207 aacon.limits.file        = conf/settings/AAConLimits.xml
 208 ### AACon can use multiple CPUs
 209 ### This parameter specifies the number of CPUs to use
 210 aacon.cluster.cpunum     = 4
 211 ### This reserves a slot with CPUNUM on the cluster for the task
 212 aacon.cluster.settings   = -P webservices -R y -q 64bit-pri.q -pe smp 4 -l ram=3400M -l h_cpu=24:00:00