conf/settings/AAConParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.conservation.AACon</runnerClassName>\r
   4 \r
   5     <options>\r
   6         <name>Normalize</name>\r
   7         <description>\r
   8             Normalize the results. Normalized results have values between 0 and 1. Please note however, \r
   9             that some results cannot be normalized. In such a case, the system returns not \r
  10             normalized value. The following formula is used for normalization n = (d - dmin)/(dmax - dmin)\r
  11             Negative results first converted to positive by adding a greatest absolute result value.\r
  12         </description>\r
  13         <optionNames>-n</optionNames>\r
  14         <defaultValue>-n</defaultValue>\r
  15         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  16     </options>\r
  17 \r
  18     <options>\r
  19         <name>SHENKIN</name>\r
  20         <description></description>\r
  21         <optionNames>-m=SHENKIN</optionNames>\r
  22         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SHENKIN</furtherDetails>\r
  23         <defaultValue>-m=SHENKIN</defaultValue>\r
  24     </options>\r
  25 \r
  26     <options>\r
  27         <name>KABAT</name>\r
  28         <description></description>\r
  29         <optionNames>-m=KABAT</optionNames>\r
  30         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#KABAT</furtherDetails>\r
  31     </options>\r
  32 \r
  33     <options>\r
  34         <name>JORES</name>\r
  35         <description></description>\r
  36         <optionNames>-m=JORES</optionNames>\r
  37         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#JORES</furtherDetails>\r
  38     </options>\r
  39 \r
  40     <options>\r
  41         <name>SCHNEIDER</name>\r
  42         <description></description>\r
  43         <optionNames>-m=SCHNEIDER</optionNames>\r
  44         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SCHNEIDER</furtherDetails>\r
  45     </options>\r
  46 \r
  47     <options>\r
  48         <name>GERSTEIN</name>\r
  49         <description></description>\r
  50         <optionNames>-m=GERSTEIN</optionNames>\r
  51         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#GERSTEIN</furtherDetails>\r
  52     </options>\r
  53 \r
  54     <options>\r
  55         <name>TAYLOR_GAPS</name>\r
  56         <description></description>\r
  57         <optionNames>-m=TAYLOR_GAPS</optionNames>\r
  58         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#TAYLOR_GAPS</furtherDetails>\r
  59     </options>\r
  60 \r
  61     <options>\r
  62         <name>TAYLOR_NO_GAPS</name>\r
  63         <description></description>\r
  64         <optionNames>-m=TAYLOR_NO_GAPS</optionNames>\r
  65         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#TAYLOR_NO_GAPS</furtherDetails>\r
  66     </options> \r
  67     <options>\r
  68         <name>ZVELIBIL</name>\r
  69         <description></description>\r
  70         <optionNames>-m=ZVELIBIL</optionNames>\r
  71         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#ZVELIBIL</furtherDetails>\r
  72     </options>\r
  73 \r
  74     <options>\r
  75         <name>KARLIN</name>\r
  76         <description></description>\r
  77         <optionNames>-m=KARLIN</optionNames>\r
  78         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#KARLIN</furtherDetails>\r
  79     </options>\r
  80 \r
  81     <options>\r
  82         <name>ARMON</name>\r
  83         <description></description>\r
  84         <optionNames>-m=ARMON</optionNames>\r
  85         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#ARMON</furtherDetails>\r
  86     </options>\r
  87 \r
  88     <options>\r
  89         <name>THOMPSON</name>\r
  90         <description></description>\r
  91         <optionNames>-m=THOMPSON</optionNames>\r
  92         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#THOMPSON</furtherDetails>\r
  93     </options>\r
  94 \r
  95     <options>\r
  96         <name>NOT_LANCET</name>\r
  97         <description></description>\r
  98         <optionNames>-m=NOT_LANCET</optionNames>\r
  99         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#NOT_LANCET</furtherDetails>\r
 100     </options>\r
 101 \r
 102     <options>\r
 103         <name>MIRNY</name>\r
 104         <description></description>\r
 105         <optionNames>-m=MIRNY</optionNames>\r
 106         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#MIRNY</furtherDetails>\r
 107     </options>\r
 108 \r
 109     <options>\r
 110         <name>WILLIAMSON</name>\r
 111         <description></description>\r
 112         <optionNames>-m=WILLIAMSON</optionNames>\r
 113         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#WILLIAMSON</furtherDetails>\r
 114     </options> \r
 115     <options>\r
 116         <name>LANDGRAF</name>\r
 117         <description></description>\r
 118         <optionNames>-m=LANDGRAF</optionNames>\r
 119         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#LANDGRAF</furtherDetails>\r
 120     </options>\r
 121 \r
 122     <options>\r
 123         <name>SANDER</name>\r
 124         <description></description>\r
 125         <optionNames>-m=SANDER</optionNames>\r
 126         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SANDER</furtherDetails>\r
 127     </options>\r
 128 \r
 129     <options>\r
 130         <name>VALDAR</name>\r
 131         <description></description>\r
 132         <optionNames>-m=VALDAR</optionNames>\r
 133         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#VALDAR</furtherDetails>\r
 134     </options>\r
 135 \r
 136     <options>\r
 137         <name>SMERFS</name>\r
 138         <description></description>\r
 139         <optionNames>-m=SMERFS</optionNames>\r
 140         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt#SMERFS</furtherDetails>\r
 141     </options>\r
 142 \r
 143     <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
 144 \r
 145     <parameters>\r
 146         <name>SMERFS Window Width</name>\r
 147         <description>\r
 148             The width of the window for SMERFS. Optional, defaults to 7\r
 149         </description>\r
 150         <optionNames>-smerfsWW</optionNames>\r
 151         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
 152         <defaultValue>7</defaultValue>\r
 153         <validValue>\r
 154             <type>Integer</type>\r
 155             <min>3</min>\r
 156             <max>100</max>\r
 157         </validValue>\r
 158     </parameters>\r
 159 \r
 160     <parameters>\r
 161         <name>SMERFS Column Scoring Method</name>\r
 162         <description>\r
 163             SMERFS Column Score algorithm defines the window scores to columns allocation, \r
 164             two methods are possible: MID_SCORE - gives the window score to the middle column\r
 165             MAX_SCORE - gives the column the highest score of all the windows it belongs to. \r
 166             Optional defaults to MID_SCORE.\r
 167         </description>\r
 168         <optionNames>-smerfsCS</optionNames>\r
 169         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
 170         <defaultValue>MID_SCORE</defaultValue>\r
 171         <possibleValues>MAX_SCORE</possibleValues>\r
 172         <possibleValues>MID_SCORE</possibleValues>\r
 173     </parameters>\r
 174 \r
 175     <parameters>\r
 176         <name>SMERFS Gap Threshhold</name>\r
 177         <description>\r
 178             a gap percentage cutoff - a float greater than 0 and smaller or equal 1.\r
 179             Optional defaults to 0.1\r
 180         </description>\r
 181         <optionNames>-smerfsGT</optionNames>\r
 182         <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
 183         <defaultValue>0.1</defaultValue>\r
 184         <validValue>\r
 185             <type>Float</type>\r
 186             <min>0.001</min>\r
 187             <max>1</max>\r
 188         </validValue>\r
 189     </parameters>\r
 190 \r
 191 </runnerConfig>\r