conf/settings/AAConParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3         <runnerClassName>compbio.runner.conservation.AACon</runnerClassName>\r
   4         <options>\r
   5                 <name>Normalize</name>\r
   6                 <description>Normalize the results.  \r
   7                 Normalized results have values between 0 and 1. Please note however, that \r
   8          some results cannot be normalized. In such a case, the system returns not \r
   9          normalized value. The following formula is used for normalization \r
  10                                 n = (d - dmin)/(dmax - dmin)\r
  11                 Negative results first converted to positive by adding a greatest absolute \r
  12                 result value.</description>\r
  13                 <optionNames>-n</optionNames>\r
  14                 <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  15         </options>\r
  16         <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
  17         <parameters>\r
  18                 <name>Calculation method</name>\r
  19                 <description>The method of the calculation to use</description>\r
  20                 <optionNames>-m</optionNames>\r
  21                 <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  22                 <defaultValue>SHENKIN</defaultValue>\r
  23         <possibleValues>KABAT</possibleValues>\r
  24         <possibleValues>JORES</possibleValues>\r
  25                 <possibleValues>SCHNEIDER</possibleValues>\r
  26                 <possibleValues>SHENKIN</possibleValues>\r
  27                 <possibleValues>GERSTEIN</possibleValues>\r
  28                 <possibleValues>TAYLOR_GAPS</possibleValues>\r
  29                 <possibleValues>TAYLOR_NO_GAPS</possibleValues> \r
  30         <possibleValues>ZVELIBIL</possibleValues>\r
  31         <possibleValues>KARLIN</possibleValues>\r
  32                 <possibleValues>ARMON</possibleValues>\r
  33                 <possibleValues>THOMPSON</possibleValues>\r
  34                 <possibleValues>NOT_LANCET</possibleValues>\r
  35                 <possibleValues>MIRNY</possibleValues>\r
  36                 <possibleValues>WILLIAMSON</possibleValues> \r
  37         <possibleValues>LANDGRAF</possibleValues>\r
  38         <possibleValues>SANDER</possibleValues>\r
  39         <possibleValues>VALDAR</possibleValues>\r
  40         <possibleValues>SMERFS</possibleValues>\r
  41         </parameters>\r
  42         <parameters>\r
  43                 <name>SMERFS Window Width</name>\r
  44                 <description>The width of the window for SMERFS. Optional, defaults to 7</description>\r
  45                 <optionNames>-smerfsWW</optionNames>\r
  46                 <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  47                 <defaultValue>7</defaultValue>\r
  48                 <validValue>\r
  49                 <type>Integer</type>\r
  50             <min>3</min>\r
  51             <max>100</max>\r
  52         </validValue>\r
  53         </parameters>\r
  54         <parameters>\r
  55                 <name>SMERFS Column Scoring Method</name>\r
  56                 <description>SMERFS Column Score algorithm defines the window scores to \r
  57                         columns allocation, two methods are possible:\r
  58                 MID_SCORE - gives the window score to the middle column\r
  59                 MAX_SCORE - gives the column the highest score of all the windows it \r
  60                 belongs to. Optional defaults to MID_SCORE. </description>\r
  61                 <optionNames>-smerfsCS</optionNames>\r
  62                 <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  63                 <defaultValue>MID_SCORE</defaultValue>\r
  64                 <possibleValues>MAX_SCORE</possibleValues>\r
  65         <possibleValues>MID_SCORE</possibleValues>\r
  66         </parameters>\r
  67         <parameters>\r
  68                 <name>SMERFS Gap Threshhold</name>\r
  69                 <description>a gap percentage cutoff - a float greater than 0 and smaller or equal 1. Optional defaults to 0.1</description>\r
  70                 <optionNames>-smerfsGT</optionNames>\r
  71                 <furtherDetails>prog_docs/aacon.txt</furtherDetails>\r
  72                 <defaultValue>0.1</defaultValue>\r
  73                 <validValue>\r
  74                 <type>Float</type>\r
  75             <min>0.001</min>\r
  76             <max>1</max>\r
  77         </validValue>\r
  78         </parameters>\r
  79 </runnerConfig>\r