conf/settings/ClustalParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.msa.ClustalW</runnerClassName>\r
   4 \r
   5     <options>\r
   6         <name>NOPGAP</name>\r
   7         <description>Residue-specific gaps off</description>\r
   8         <optionNames>-NOPGAP</optionNames>\r
   9         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  10     </options>\r
  11 \r
  12     <options>\r
  13         <name>No transition weighting</name>\r
  14         <description>Disable sequence weighting</description>\r
  15         <optionNames>-NOWEIGHTS</optionNames>\r
  16         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  17     </options>\r
  18 \r
  19     <options>\r
  20         <name>NOHGAP</name>\r
  21         <description>Hydrophilic gaps off</description>\r
  22         <optionNames>-NOHGAP</optionNames>\r
  23         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  24     </options>\r
  25 \r
  26     <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
  27 \r
  28     <parameters>\r
  29         <name>Transition weighting</name>\r
  30         <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
  31         <optionNames>-TRANSWEIGHT</optionNames>\r
  32         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  33         <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
  34         <validValue>\r
  35             <type>Float</type>\r
  36             <min>0</min>\r
  37             <max>10</max>\r
  38         </validValue>\r
  39     </parameters>\r
  40 \r
  41     <parameters>\r
  42         <name>Type</name>\r
  43         <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
  44         <optionNames>-TYPE</optionNames>\r
  45         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  46         <defaultValue>PROTEIN</defaultValue>\r
  47         <possibleValues>PROTEIN</possibleValues>\r
  48         <possibleValues>DNA</possibleValues>\r
  49     </parameters>\r
  50 \r
  51     <parameters>\r
  52         <name>OUTORDER</name>\r
  53         <description>As per INPUT or ALIGNED</description>\r
  54         <optionNames>-OUTORDER</optionNames>\r
  55         <defaultValue>INPUT</defaultValue>\r
  56         <possibleValues>INPUT</possibleValues>\r
  57         <possibleValues>ALIGNED</possibleValues>\r
  58     </parameters>\r
  59 \r
  60     <parameters>\r
  61         <name>MATRIX</name>\r
  62         <description>Protein weight matrix</description>\r
  63         <optionNames>-MATRIX</optionNames>\r
  64         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  65         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
  66         <!-- Clustal build in matrices\r
  67         <possibleValues>BLOSUM</possibleValues>\r
  68         <possibleValues>PAM</possibleValues>\r
  69         <possibleValues>ID</possibleValues>\r
  70         <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
  71          -->\r
  72         <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
  73         <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
  74         <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
  75         <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
  76         <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
  77         <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
  78         <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
  79         <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
  80         <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
  81         <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
  82         <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
  83         <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
  84         <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
  85         <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
  86         <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
  87         <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
  88         <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
  89         <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
  90         <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
  91         <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
  92         <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
  93         <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
  94         <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
  95         <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
  96         <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
  97         <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
  98         <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
  99         <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
 100         <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
 101         <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
 102         <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
 103         <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
 104         <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
 105         <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
 106         <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
 107         <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
 108         <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
 109         <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
 110         <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
 111         <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
 112         <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
 113         <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
 114         <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
 115         <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
 116         <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
 117         <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
 118         <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
 119         <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
 120         <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
 121         <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
 122         <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
 123         <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
 124         <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
 125         <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
 126         <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
 127         <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
 128         <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
 129         <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
 130         <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
 131         <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
 132         <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
 133         <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
 134         <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
 135         <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
 136         <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
 137         <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
 138         <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
 139         <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 140         <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 141         <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 142         <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 143         <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 144     </parameters>\r
 145 \r
 146     <parameters>\r
 147         <name>GAPOPEN</name>\r
 148         <description>Gap opening penalty</description>\r
 149         <optionNames>-GAPOPEN</optionNames>\r
 150         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 151         <defaultValue>10</defaultValue>\r
 152         <validValue>\r
 153             <type>Float</type>\r
 154             <min>0</min>\r
 155             <max>1000</max>\r
 156         </validValue>\r
 157     </parameters>\r
 158 \r
 159     <parameters>\r
 160         <name>-GAPEXT</name>\r
 161         <description>Gap extension penalty</description>\r
 162         <optionNames>-GAPEXT</optionNames>\r
 163         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 164         <defaultValue>0.1</defaultValue>\r
 165         <validValue>\r
 166             <type>Float</type>\r
 167             <min>0</min>\r
 168             <max>10</max>\r
 169         </validValue>\r
 170     </parameters>\r
 171 \r
 172     <parameters>\r
 173         <name>ENDGAPS</name>\r
 174         <description>End gap separation pen</description>\r
 175         <optionNames>-ENDGAPS</optionNames>\r
 176         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 177         <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
 178         <validValue>\r
 179             <type>Float</type>\r
 180             <min>0</min>\r
 181             <max>10</max>\r
 182         </validValue>\r
 183     </parameters>\r
 184 \r
 185     <parameters>\r
 186         <name>GAPDIST</name>\r
 187         <description>Gap separation pen. range</description>\r
 188         <optionNames>-GAPDIST</optionNames>\r
 189         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 190         <defaultValue>1</defaultValue>\r
 191         <validValue>\r
 192             <type>Integer</type>\r
 193             <min>0</min>\r
 194             <max>50</max>\r
 195         </validValue>\r
 196     </parameters>\r
 197 </runnerConfig>\r