conf/settings/ClustaloParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.msa.ClustalO</runnerClassName>\r
   4 \r
   5     <options>\r
   6         <name>Dealign</name>\r
   7         <description>Dealign input sequences</description>\r
   8         <optionNames>--dealign</optionNames>\r
   9         <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
  10     </options>\r
  11 \r
  12     <options>\r
  13         <name>Full distance matrix</name>\r
  14         <description>Use full distance matrix for guide-tree calculation (slow; mBed is default)</description>\r
  15         <optionNames>--full</optionNames>\r
  16         <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
  17     </options>\r
  18 \r
  19     <options>\r
  20         <name>Full distance matrix for each iteration</name>\r
  21         <description>Use full distance matrix for guide-tree calculation during iteration (mBed is default)</description>\r
  22         <optionNames>--full-iter</optionNames>\r
  23         <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
  24     </options>\r
  25 \r
  26     <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
  27 \r
  28     <parameters>\r
  29         <name>Max Guide tree iterations</name>\r
  30         <description>Maximum number of HMM iterations</description>\r
  31         <optionNames>--max-hmm-iterations</optionNames>\r
  32         <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
  33         <defaultValue>1</defaultValue>\r
  34         <validValue>\r
  35             <type>Integer</type>\r
  36             <min>1</min>\r
  37             <max>100</max>\r
  38         </validValue>\r
  39     </parameters>\r
  40 \r
  41     <parameters>\r
  42         <name>Number of iterations (combined)</name>\r
  43         <description>Number of (combined guide tree/HMM) iterations</description>\r
  44         <optionNames>--iter</optionNames>\r
  45         <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
  46         <defaultValue>1</defaultValue>\r
  47         <validValue>\r
  48             <type>Integer</type>\r
  49             <min>1</min>\r
  50             <max>100</max>\r
  51         </validValue>\r
  52     </parameters>\r
  53 \r
  54     <parameters>\r
  55         <name>Max Guide tree iterations</name>\r
  56         <description>Maximum guide tree iterations</description>\r
  57         <optionNames>--max-guidetree-iterations</optionNames>\r
  58         <furtherDetails>prog_docs/clustalo.txt</furtherDetails>\r
  59         <defaultValue>1</defaultValue>\r
  60         <validValue>\r
  61             <type>Integer</type>\r
  62             <min>1</min>\r
  63             <max>100</max>\r
  64         </validValue>\r
  65     </parameters>\r
  66 </runnerConfig>\r