conf/settings/JpredParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.predictors.Jpred</runnerClassName>\r
   4 \r
   5     <options>\r
   6         <name>Prediction without PSI-BLAST hits</name>\r
   7         <description>\r
   8             Toggle allowing Jpred to make predictions even when there are no\r
   9             PSI-BLAST hits.\r
  10         </description>\r
  11         <optionNames>-pred-nohits</optionNames>\r
  12         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  13     </options>\r
  14 \r
  15     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  16 \r
  17     <parameters isRequired="false">\r
  18         <name>UNIREF database</name>\r
  19         <description>\r
  20             Path to UNIREF database for PSI-BLAST querying\r
  21         </description>\r
  22         <optionNames>-dbpath</optionNames>\r
  23         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  24         <defaultValue>.</defaultValue>\r
  25      </parameters>\r
  26 \r
  27     <parameters isRequired="true">\r
  28         <name>UNIREF database name</name>\r
  29         <description>\r
  30             Number of (combined guide tree/HMM) iterations\r
  31         </description>\r
  32         <optionNames>-dbname</optionNames>\r
  33         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  34         <defaultValue>ported_db</defaultValue>\r
  35         <possibleValues>uniref90</possibleValues>\r
  36         <possibleValues>ported_db</possibleValues>\r
  37         <possibleValues>cluster</possibleValues>\r
  38 <!--\r
  39 experimental development databases:\r
  40         <possibleValues>training</possibleValues>\r
  41         <possibleValues>swall</possibleValues>\r
  42         <possibleValues>uniprot</possibleValues>\r
  43         <possibleValues>uniref50</possibleValues>\r
  44 -->\r
  45     </parameters>\r
  46 \r
  47      <parameters isRequired="false">\r
  48         <name>Number of CPUs</name>\r
  49         <description>\r
  50             Number of CPU used by jpred.pl. Maximum value is 8\r
  51         </description>\r
  52         <optionNames>-ncpu</optionNames>\r
  53         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  54         <defaultValue>1</defaultValue>\r
  55         <validValue>\r
  56             <type>Integer</type>\r
  57             <min>1</min>\r
  58             <max>8</max>\r
  59         </validValue>\r
  60     </parameters>\r
  61 \r
  62     <parameters isRequired="false">\r
  63         <name>PSI-BLAST output file</name>\r
  64         <description>\r
  65             Path to a PSI-BLAST output file\r
  66         </description>\r
  67         <optionNames>-psi</optionNames>\r
  68         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  69         <defaultValue></defaultValue>\r
  70     </parameters>\r
  71 </runnerConfig>\r