conf/settings/JpredParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.predictors.Jpred</runnerClassName>\r
   4 \r
   5     <options>\r
   6         <name>Prediction without PSI-BLAST hits</name>\r
   7         <description>\r
   8             Toggle allowing Jpred to make predictions even when there are no\r
   9             PSI-BLAST hits.\r
  10         </description>\r
  11         <optionNames>-pred-nohits</optionNames>\r
  12         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  13     </options>\r
  14 \r
  15     <options>\r
  16         <name>JABAWS configuration</name>\r
  17         <description>\r
  18             Configure Jpred to worik within JABAWS\r
  19         </description>\r
  20         <optionNames>-jabaws</optionNames>\r
  21         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  22     </options>\r
  23 \r
  24     <options>\r
  25         <name>Single sequence prediction</name>\r
  26         <description>\r
  27             Configure Jpred to worik within JABAWS\r
  28         </description>\r
  29         <optionNames>-seq</optionNames>\r
  30         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  31     </options>\r
  32 \r
  33     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  34 \r
  35     <parameters isRequired="false">\r
  36         <name>UNIREF database</name>\r
  37         <description>\r
  38             Path to UNIREF database for PSI-BLAST querying\r
  39         </description>\r
  40         <optionNames>-dbpath</optionNames>\r
  41         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  42         <defaultValue>.</defaultValue>\r
  43      </parameters>\r
  44 \r
  45     <parameters isRequired="true">\r
  46         <name>UNIREF database name</name>\r
  47         <description>\r
  48             Number of (combined guide tree/HMM) iterations\r
  49         </description>\r
  50         <optionNames>-dbname</optionNames>\r
  51         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  52         <defaultValue>ported_db</defaultValue>\r
  53         <possibleValues>uniref90</possibleValues>\r
  54         <possibleValues>ported_db</possibleValues>\r
  55         <possibleValues>cluster</possibleValues>\r
  56 <!--\r
  57 experimental development databases:\r
  58         <possibleValues>training</possibleValues>\r
  59         <possibleValues>swall</possibleValues>\r
  60         <possibleValues>uniprot</possibleValues>\r
  61         <possibleValues>uniref50</possibleValues>\r
  62 -->\r
  63     </parameters>\r
  64 \r
  65      <parameters isRequired="false">\r
  66         <name>Number of CPUs</name>\r
  67         <description>\r
  68             Number of CPU used by jpred.pl. Maximum value is 8\r
  69         </description>\r
  70         <optionNames>-ncpu</optionNames>\r
  71         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  72         <defaultValue>1</defaultValue>\r
  73         <validValue>\r
  74             <type>Integer</type>\r
  75             <min>1</min>\r
  76             <max>8</max>\r
  77         </validValue>\r
  78     </parameters>\r
  79 \r
  80     <parameters isRequired="false">\r
  81         <name>PSI-BLAST output file</name>\r
  82         <description>\r
  83             Path to a PSI-BLAST output file\r
  84         </description>\r
  85         <optionNames>-psi</optionNames>\r
  86         <furtherDetails>prog_docs/jpred.txt</furtherDetails>\r
  87         <defaultValue></defaultValue>\r
  88     </parameters>\r
  89 </runnerConfig>\r