conf/settings/MafftParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes" ?>\r
   2 <runnerConfig >\r
   3  <runnerClassName>compbio.runner.mafft.Mafft</runnerClassName>\r
   4 \r
   5 <!-- ##################################################################################################### -->\r
   6 <!-- Mafft options -->\r
   7     <options isRequired="false">\r
   8         <name>Shared 6mers distance calculation</name>\r
   9         <description>Distance is calculated based on the number of shared 6mers. Default: on</description>\r
  10         <optionNames>--6merpair</optionNames>\r
  11         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
  12         <defaultValue>--6merpair</defaultValue>\r
  13     </options>\r
  14 \r
  15     <options isRequired="true">\r
  16         <name>Output sequences order</name>\r
  17         <description>\r
  18           --inputorder - Output order: same as input. \r
  19           --reorder - Output order: aligned. Default: same as input\r
  20         </description>\r
  21         <optionNames>--inputorder</optionNames>\r
  22         <optionNames>--reorder</optionNames>\r
  23         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
  24         <defaultValue>--inputorder</defaultValue>\r
  25 \r
  26     </options>\r
  27         <options isRequired="false">\r
  28         <name>Sequence type</name>\r
  29         <description>\r
  30           --nuc - Assume the sequences are nucleotide.\r
  31           --amino - Assume the sequences are amino acid.\r
  32         </description>\r
  33         <optionNames>--amino</optionNames>\r
  34         <optionNames>--nuc</optionNames>\r
  35         <optionNames>--auto</optionNames>\r
  36         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
  37         <defaultValue>--auto</defaultValue>\r
  38     </options>\r
  39 \r
  40     <options isRequired="false">\r
  41         <name>Pairwise alignment computation method</name>\r
  42         <description>\r
  43         --globalpair\r
  44           All pairwise alignments are computed with the Needleman-Wunsch algorithm. \r
  45           More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of globally alignable sequences. \r
  46           Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (G-INS-i). \r
  47           Default: off (6mer distance is used)\r
  48         --genafpair \r
  49           All pairwise alignments are computed with a local algorithm with the generalized affine gap cost (Altschul 1998). \r
  50           More accurate but slower than --6merpair. Suitable when large internal gaps are expected. \r
  51           Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (E-INS-i). \r
  52           Default: off (6mer distance is used)\r
  53         --fastapair\r
  54           All pairwise alignments are computed with FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA is required. Default: off (6mer distance is used)\r
  55         --localpair\r
  56           All pairwise alignments are computed with the Smith-Waterman algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of locally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (L-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
  57         </description>\r
  58         <optionNames>--fastapair</optionNames>\r
  59         <optionNames>--genafpair</optionNames>\r
  60         <optionNames>--localpair</optionNames>\r
  61         <optionNames>--globalpair</optionNames>\r
  62         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
  63         <defaultValue>--localpair</defaultValue>\r
  64     </options>\r
  65 \r
  66     <options isRequired="false">\r
  67         <name>FFT approximation</name>\r
  68         <description>Use / Do not use FFT approximation in group-to-group alignment. Default: off</description>\r
  69         <optionNames>--nofft</optionNames>\r
  70         <optionNames>--fft</optionNames>\r
  71         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
  72         <defaultValue>--nofft</defaultValue>\r
  73     </options>\r
  74 \r
  75     <options isRequired="false">\r
  76         <name>No score</name>\r
  77         <description>Alignment score is not checked in the iterative refinement stage. Default: off (score is checked)</description>\r
  78         <optionNames>--noscore</optionNames>\r
  79         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
  80     </options>\r
  81 \r
  82     <options isRequired="false">\r
  83         <name>Part tree</name>\r
  84         <description>\r
  85         --parttree\r
  86           Use a fast tree-building method (PartTree, Katoh and Toh 2007) with the 6mer distance. \r
  87         --dpparttree\r
  88           the PartTree algorithm is used with distances based on DP. Slightly more accurate and slower than --parttree. \r
  89         --fastaparttree\r
  90           The PartTree algorithm is used with distances based on FASTA. Slightly more accurate and slower than --parttree. \r
  91           All methods recommended for a large number (> ~10,000) of sequences are input.\r
  92         </description> \r
  93         <optionNames>--dpparttree</optionNames>\r
  94         <optionNames>--parttree</optionNames>\r
  95         <optionNames>--fastaparttree</optionNames>\r
  96         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
  97         <defaultValue>--fastaparttree</defaultValue>\r
  98     </options>\r
  99 \r
 100 <!-- ##################################################################################################### -->\r
 101 <!-- Mafft parameters -->\r
 102     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
 103 \r
 104     <parameters isRequired="false">\r
 105         <name>Max iteration number</name>\r
 106         <description>number cycles of iterative refinement are performed. Default: 0</description>\r
 107         <optionNames>--maxiterate</optionNames>\r
 108         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
 109         <defaultValue>0</defaultValue>\r
 110         <validValue>\r
 111             <type>Integer</type>\r
 112             <min>0</min>\r
 113             <max>1000</max>\r
 114         </validValue>\r
 115     </parameters>\r
 116 \r
 117     <parameters isRequired="false">\r
 118         <name>Partsize</name>\r
 119         <description>The number of partitions in the PartTree algorithm. Default: 50</description>\r
 120         <optionNames>--partsize</optionNames>\r
 121         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
 122         <defaultValue>50</defaultValue>\r
 123         <validValue>\r
 124             <type>Integer</type>\r
 125             <min>1</min>\r
 126         </validValue>\r
 127      </parameters>\r
 128 \r
 129      <parameters isRequired="false">\r
 130         <name>Group size</name>\r
 131         <description>\r
 132             Do not make alignment larger than number sequences.\r
 133             Valid only with the --*parttree options. Default: the number of input sequences\r
 134         </description>\r
 135         <optionNames>--groupsize</optionNames>\r
 136         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
 137         <defaultValue>20</defaultValue>\r
 138         <validValue>\r
 139             <type>Integer</type>\r
 140             <min>0</min>\r
 141         </validValue>\r
 142     </parameters>\r
 143 \r
 144     <parameters isRequired="false">\r
 145         <name>Guide tree rebuild</name>\r
 146         <description>\r
 147           Guide tree is built number times in the progressive stage. Valid with 6mer distance. Default: 2\r
 148         </description>\r
 149         <optionNames>--retree</optionNames>\r
 150         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
 151         <defaultValue>2</defaultValue>\r
 152         <validValue>\r
 153             <type>Integer</type>\r
 154             <min>1</min>\r
 155             <max>100</max>\r
 156         </validValue>\r
 157     </parameters>\r
 158 \r
 159     <parameters isRequired="false">\r
 160         <name>Gap opening penalty</name>\r
 161         <description>\r
 162           Gap opening penalty at group-to-group alignment. Default: 1.53\r
 163         </description>\r
 164         <optionNames>--op</optionNames>\r
 165         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
 166         <defaultValue>1.53</defaultValue>\r
 167         <validValue>\r
 168             <type>Float</type>\r
 169             <min>0</min>\r
 170         </validValue>\r
 171     </parameters>\r
 172 \r
 173     <parameters isRequired="false">\r
 174         <name>Group-to-group gap extension penalty</name>\r
 175         <description>Offset value, which works like gap extension penalty, for group-to-group alignment. Deafult: 0.123</description>\r
 176         <optionNames>--ep</optionNames>\r
 177         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
 178         <defaultValue>0.123</defaultValue>\r
 179         <validValue>\r
 180             <type>Float</type>\r
 181             <min>0</min>\r
 182         </validValue>\r
 183     </parameters>\r
 184 \r
 185     <parameters isRequired="false">\r
 186         <name>Gap opening penalty at local pairwise alignment</name>\r
 187         <description>\r
 188           Gap opening penalty at local pairwise alignment. Valid when the --localpair or --genafpair option is selected. Default: -2.00\r
 189         </description>\r
 190         <optionNames>--lop</optionNames>\r
 191         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
 192         <defaultValue>-2.00</defaultValue>\r
 193         <validValue>\r
 194             <type>Float</type>\r
 195             <max>0</max>\r
 196         </validValue>\r
 197     </parameters>\r
 198 \r
 199     <parameters isRequired="false">\r
 200         <name>Matrix</name>\r
 201         <description>Substitution Matrix to use</description>\r
 202         <optionNames>--aamatrix</optionNames>\r
 203         <furtherDetails>prog_docs/mafft.html</furtherDetails>\r
 204         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
 205         <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
 206         <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
 207         <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
 208         <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
 209         <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
 210         <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
 211         <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
 212         <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
 213         <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
 214         <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
 215         <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
 216         <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
 217         <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
 218         <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
 219         <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
 220         <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
 221         <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
 222         <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
 223         <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
 224         <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
 225         <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
 226         <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
 227         <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
 228         <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
 229         <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
 230         <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
 231         <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
 232         <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
 233         <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
 234         <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
 235         <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
 236         <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
 237         <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
 238         <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
 239         <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
 240         <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
 241         <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
 242         <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
 243         <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
 244         <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
 245         <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
 246         <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
 247         <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
 248         <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
 249         <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
 250         <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
 251         <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
 252         <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
 253         <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
 254         <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
 255         <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
 256         <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
 257         <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
 258         <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
 259         <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
 260         <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
 261         <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
 262         <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
 263         <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
 264         <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
 265         <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
 266         <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
 267         <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
 268         <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
 269         <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
 270         <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 271         <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 272         <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 273         <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 274         <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 275     </parameters>\r
 276 </runnerConfig>\r