conf/settings/MuscleParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3  <runnerClassName>compbio.runner.muscle.Muscle</runnerClassName>\r
   4     <!--\r
   5     This is the only option possible so no point in having it  \r
   6     <options isRequired="false">\r
   7         <name>Group sequences</name>\r
   8         <description>Group sequences by similarity (this is the default) or preserve the input order</description>\r
   9         <optionNames>-group</optionNames>\r
  10         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  11         <defaultValue>-group</defaultValue>\r
  12     </options>\r
  13      -->\r
  14     <!-- optionNames>-stable</optionNames  this is commented out as it contain bug see muscle web site-->\r
  15     <options isRequired="false">\r
  16         <name>Anchor optimisation</name>\r
  17         <description>Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations</description>\r
  18         <optionNames>-anchors</optionNames>\r
  19         <optionNames>-noanchors</optionNames>\r
  20         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  21         <defaultValue>-anchors</defaultValue>\r
  22     </options>\r
  23     <!-- Programs failures often with this option \r
  24     <options isRequired="false">\r
  25         <name>Window refine</name>\r
  26         <description>Refine an alignment by dividing it into non-overlapping windows and re-aligning each window. Typically used for whole-genome nucleotide alignments</description>\r
  27         <optionNames>-refinew</optionNames>\r
  28         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  29         <defaultValue>-refinew</defaultValue>\r
  30     </options>\r
  31      -->\r
  32     <options isRequired="false">\r
  33         <name>Root alignment computation method</name>\r
  34         <description>Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.</description>\r
  35         <optionNames>-brenner</optionNames>\r
  36         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  37     </options>\r
  38        <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support\r
  39    <options isRequired="false">\r
  40         <name>Fast clustering of input sequences</name>\r
  41         <description>Perform fast clustering of input sequences.</description>\r
  42         <optionNames>-cluster</optionNames>\r
  43         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  44    </options>\r
  45    -->\r
  46    <options isRequired="false">\r
  47         <name>dimer</name>\r
  48         <description>Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)</description>\r
  49         <optionNames>-dimer</optionNames>\r
  50         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  51    </options>\r
  52     <options isRequired="false">\r
  53         <name>Diagonal</name>\r
  54         <description>Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.</description>\r
  55         <optionNames>-diags</optionNames>\r
  56         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  57     </options>\r
  58     <options isRequired="false">\r
  59         <name>Diagonal 1</name>\r
  60         <description>Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)</description>\r
  61         <optionNames>-diags1</optionNames>\r
  62         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  63     </options>\r
  64    <options isRequired="false">\r
  65         <name>Profile scoring method</name>\r
  66         <description>le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)\r
  67                                  sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).\r
  68                                  sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>\r
  69         <optionNames>-le</optionNames>\r
  70         <optionNames>-sp</optionNames>\r
  71         <optionNames>-sv</optionNames>\r
  72         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  73                 <defaultValue>-le</defaultValue>\r
  74     </options>\r
  75     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  76         <parameters isRequired="false">\r
  77         <name>Sequence type</name>\r
  78         <description>Sequence type - Amino acid/Nucleotide </description>\r
  79         <optionNames>-seqtype</optionNames>\r
  80         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  81         <defaultValue>auto</defaultValue>\r
  82         <possibleValues>auto</possibleValues>\r
  83         <possibleValues>protein</possibleValues>\r
  84         <possibleValues>dna</possibleValues>\r
  85         <possibleValues>rna</possibleValues>\r
  86     </parameters>\r
  87         <parameters isRequired="false">\r
  88         <name>Maxiters</name>\r
  89         <description>Maximum number of iterations (integer, default 16)</description>\r
  90         <optionNames>-maxiters</optionNames>\r
  91         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  92         <defaultValue>16</defaultValue>\r
  93         <validValue>\r
  94                 <type>Integer</type>\r
  95             <min>1</min>\r
  96             <max>100</max>\r
  97         </validValue>\r
  98     </parameters>\r
  99     <!-- disable as refinew is disabled \r
 100     <parameters isRequired="false">\r
 101         <name>Maxiters</name>\r
 102         <description>Length of window for Window Refine (-refinew)</description>\r
 103         <optionNames>-refinewindow</optionNames>\r
 104         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 105         <defaultValue>200</defaultValue>\r
 106         <validValue>\r
 107                 <type>Integer</type>\r
 108             <min>1</min>\r
 109             <max>1000</max>\r
 110         </validValue>\r
 111     </parameters>\r
 112      -->\r
 113     <parameters isRequired="false">\r
 114         <name>Diagonal break</name>\r
 115         <description>Maximum distance between two diagonals that allows them to merge into one diagonal</description>\r
 116         <optionNames>-diagbreak</optionNames>\r
 117         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 118         <defaultValue>1</defaultValue>\r
 119         <validValue>\r
 120                 <type>Integer</type>\r
 121             <min>1</min>\r
 122             <max>100</max>\r
 123         </validValue>\r
 124     </parameters>\r
 125     <parameters isRequired="false">\r
 126         <name>Diagonal length</name>\r
 127         <description>Minimum length of diagonal</description>\r
 128         <optionNames>-diaglength</optionNames>\r
 129         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 130         <defaultValue>24</defaultValue>\r
 131         <validValue>\r
 132                 <type>Integer</type>\r
 133             <min>2</min>\r
 134             <max>100</max>\r
 135         </validValue>\r
 136     </parameters>\r
 137     <parameters isRequired="false">\r
 138         <name>Diagonal margin</name>\r
 139         <description>Discard this many positions at ends of diagonal</description>\r
 140         <optionNames>-diagmargin</optionNames>\r
 141         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 142         <defaultValue>5</defaultValue>\r
 143         <validValue>\r
 144                 <type>Integer</type>\r
 145             <min>1</min>\r
 146             <max>100</max>\r
 147         </validValue>\r
 148     </parameters>\r
 149     <parameters isRequired="false">\r
 150         <name>Anchor spacing</name>\r
 151         <description>Minimum spacing between anchor columns</description>\r
 152         <optionNames>-anchorspacing</optionNames>\r
 153         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 154         <defaultValue>32</defaultValue>\r
 155         <validValue>\r
 156                 <type>Integer</type>\r
 157             <min>2</min>\r
 158             <max>1000</max>\r
 159         </validValue>\r
 160     </parameters>\r
 161         <parameters isRequired="false">\r
 162         <name>Matrix</name>\r
 163         <description>Substitution Matrix to use</description>\r
 164         <optionNames>-matrix</optionNames>\r
 165         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 166         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
 167                 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
 168                 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
 169                 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
 170                 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
 171                 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
 172                 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
 173                 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
 174                 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
 175                 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
 176                 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
 177                 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
 178                 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
 179                 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
 180                 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
 181                 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
 182                 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
 183                 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
 184                 <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
 185                 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
 186                 <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
 187                 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
 188                 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
 189                 <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
 190                 <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
 191                 <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
 192                 <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
 193                 <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
 194                 <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
 195                 <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
 196                 <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
 197                 <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
 198                 <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
 199                 <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
 200                 <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
 201                 <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
 202                 <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
 203                 <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
 204                 <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
 205                 <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
 206                 <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
 207                 <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
 208                 <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
 209                 <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
 210                 <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
 211                 <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
 212                 <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
 213                 <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
 214                 <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
 215                 <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
 216                 <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
 217                 <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
 218                 <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
 219                 <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
 220                 <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
 221                 <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
 222                 <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
 223                 <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
 224                 <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
 225                 <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
 226                 <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
 227                 <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
 228                 <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
 229                 <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
 230                 <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
 231                 <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
 232                 <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
 233                 <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
 234                 <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 235                 <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 236                 <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 237                 <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 238                 <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 239     </parameters>\r
 240     <parameters>\r
 241         <name>Gap open penalty</name>\r
 242         <description>Gap opening penalty.  Must be negative</description>\r
 243         <optionNames>-gapopen</optionNames>\r
 244         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 245         <defaultValue>-12.0</defaultValue>\r
 246         <validValue>\r
 247                 <type>Float</type>\r
 248             <min>-100</min>\r
 249             <max>0</max>\r
 250         </validValue>\r
 251     </parameters>\r
 252     <parameters>\r
 253         <name>Gap extension penalty</name>\r
 254         <description>Gap extension penalty.  Must be negative</description>\r
 255         <optionNames>-gapextend</optionNames>\r
 256         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 257         <defaultValue>-1.0</defaultValue>\r
 258         <validValue>\r
 259                 <type>Float</type>\r
 260             <min>-100</min>\r
 261             <max>0</max>\r
 262         </validValue>\r
 263     </parameters>\r
 264     <parameters>\r
 265         <name>Center</name>\r
 266         <description>Center parameter. Should be negative.</description>\r
 267         <optionNames>-center</optionNames>\r
 268         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 269         <defaultValue>0.0</defaultValue>\r
 270         <validValue>\r
 271                 <type>Float</type>\r
 272             <min>-100</min>\r
 273             <max>0</max>\r
 274         </validValue>\r
 275     </parameters>\r
 276     <parameters>\r
 277         <name>Hydro</name>\r
 278         <description>Window size for determining whether a region is hydrophobic.</description>\r
 279         <optionNames>-hydro</optionNames>\r
 280         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 281         <defaultValue>5</defaultValue>\r
 282         <validValue>\r
 283                 <type>Integer</type>\r
 284             <min>0</min>\r
 285             <max>100</max>\r
 286         </validValue>\r
 287     </parameters>\r
 288     <parameters>\r
 289         <name>Hydrofactor</name>\r
 290         <description>Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.</description>\r
 291         <optionNames>-hydrofactor</optionNames>\r
 292         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 293         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 294         <validValue>\r
 295                 <type>Float</type>\r
 296             <min>0</min>\r
 297             <max>10</max>\r
 298         </validValue>\r
 299     </parameters>\r
 300      <parameters>\r
 301         <name>Minimum anchor score</name>\r
 302         <description>Minimum score a column must have to be an anchor (default depends on the profile scoring function!)</description>\r
 303         <optionNames>-minbestcolscore</optionNames>\r
 304         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 305         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 306         <validValue>\r
 307                 <type>Float</type>\r
 308             <min>0</min>\r
 309             <max>10</max>\r
 310         </validValue>\r
 311     </parameters>\r
 312     <parameters>\r
 313         <name>Minimum smoothed anchor score</name>\r
 314         <description>Minimum smoothed score a column must have to be an anchor (default depends on the profile scoring function!)</description>\r
 315         <optionNames>-minsmoothscore</optionNames>\r
 316         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 317         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 318         <validValue>\r
 319                 <type>Float</type>\r
 320             <min>0</min>\r
 321             <max>10</max>\r
 322         </validValue>\r
 323     </parameters>\r
 324         <parameters isRequired="false">\r
 325         <name>cluster1</name>\r
 326         <description>Clustering method to use on the iteration 1</description>\r
 327         <optionNames>-cluster1</optionNames>\r
 328         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 329         <defaultValue>upgma</defaultValue>\r
 330         <possibleValues>upgma</possibleValues>\r
 331     </parameters>\r
 332         <parameters isRequired="false">\r
 333         <name>cluster2</name>\r
 334         <description>Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations</description>\r
 335         <optionNames>-cluster2</optionNames>\r
 336         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 337         <defaultValue>upgmb</defaultValue>\r
 338         <possibleValues>upgmb</possibleValues>\r
 339         <possibleValues>neighborjoining</possibleValues>\r
 340     </parameters>\r
 341     <parameters isRequired="false">\r
 342         <name>Sequence weighting scheme 1</name>\r
 343         <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2 \r
 344                 none=all sequences have equal weight.\r
 345                 henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
 346                 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
 347                 clustalw=CLUSTALW method.\r
 348                 threeway=Gotoh three-way method</description>\r
 349         <optionNames>-weight1</optionNames>\r
 350         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 351         <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
 352         <possibleValues>none</possibleValues>\r
 353         <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
 354         <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
 355         <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
 356         <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
 357         <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
 358     </parameters>\r
 359     <parameters isRequired="false">\r
 360         <name>Sequence weighting scheme 2</name>\r
 361         <description>Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent \r
 362         iterations for tree-dependent refinement.\r
 363                 none=all sequences have equal weight.\r
 364                 henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
 365                 henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
 366                 clustalw=CLUSTALW method.\r
 367                 threeway=Gotoh three-way method</description>\r
 368         <optionNames>-weight2</optionNames>\r
 369         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 370         <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
 371         <possibleValues>none</possibleValues>\r
 372         <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
 373         <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
 374         <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
 375         <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
 376         <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
 377     </parameters>\r
 378         <parameters isRequired="false">\r
 379         <name>Distance1</name>\r
 380         <description>Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)</description>\r
 381         <optionNames>-distance1</optionNames>\r
 382         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 383         <defaultValue>kmer6_6</defaultValue>\r
 384         <possibleValues>kmer6_6</possibleValues>\r
 385         <possibleValues>kmer20_3</possibleValues>\r
 386         <possibleValues>kbit20_3</possibleValues>\r
 387         <possibleValues>kmer20_4</possibleValues>\r
 388         <possibleValues>kmer4_6</possibleValues>\r
 389     </parameters>\r
 390 </runnerConfig>\r