conf/settings/MuscleParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.msa.Muscle</runnerClassName>\r
   4 \r
   5 <!--\r
   6     This is the only option possible so no point in having it  \r
   7     <options isRequired="false">\r
   8         <name>Group sequences</name>\r
   9         <description>Group sequences by similarity (this is the default) or preserve the input order</description>\r
  10         <optionNames>-group</optionNames>\r
  11         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  12         <defaultValue>-group</defaultValue>\r
  13     </options>\r
  14 -->\r
  15 \r
  16 <!-- optionNames>-stable</optionNames this is commented out as it contain bug see muscle web site-->\r
  17 \r
  18     <options isRequired="false">\r
  19         <name>Anchor optimisation</name>\r
  20         <description>\r
  21             Enable/disable anchor optimization in tree dependent refinement iterations\r
  22         </description>\r
  23         <optionNames>-anchors</optionNames>\r
  24         <optionNames>-noanchors</optionNames>\r
  25         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  26         <defaultValue>-anchors</defaultValue>\r
  27     </options>\r
  28 \r
  29 <!-- Programs failures often with this option \r
  30     <options isRequired="false">\r
  31         <name>Window refine</name>\r
  32         <description>Refine an alignment by dividing it into non-overlapping windows and re-aligning each window. Typically used for whole-genome nucleotide alignments</description>\r
  33         <optionNames>-refinew</optionNames>\r
  34         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  35         <defaultValue>-refinew</defaultValue>\r
  36     </options>\r
  37 -->\r
  38 \r
  39     <options isRequired="false">\r
  40         <name>Root alignment computation method</name>\r
  41         <description>\r
  42             Use Steven Brenner's method for computing the root alignment.\r
  43         </description>\r
  44         <optionNames>-brenner</optionNames>\r
  45         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  46     </options>\r
  47 \r
  48 <!-- This option make sense only in conjunction with -tree which we do not currently support\r
  49    <options isRequired="false">\r
  50         <name>Fast clustering of input sequences</name>\r
  51         <description>Perform fast clustering of input sequences.</description>\r
  52         <optionNames>-cluster</optionNames>\r
  53         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  54    </options>\r
  55 -->\r
  56 \r
  57     <options isRequired="false">\r
  58         <name>dimer</name>\r
  59         <description>\r
  60             Use dimer approximation for the SP score (faster, slightly less accurate)\r
  61         </description>\r
  62         <optionNames>-dimer</optionNames>\r
  63         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  64     </options>\r
  65 \r
  66     <options isRequired="false">\r
  67         <name>Diagonal</name>\r
  68         <description>\r
  69             Use diagonal optimizations. Faster, especially for closely related sequences, but may be less accurate.\r
  70         </description>\r
  71         <optionNames>-diags</optionNames>\r
  72         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  73     </options>\r
  74 \r
  75     <options isRequired="false">\r
  76         <name>Diagonal 1</name>\r
  77         <description>\r
  78             Use diagonal optimizations in first iteration (faster for similar sequences)\r
  79         </description>\r
  80         <optionNames>-diags1</optionNames>\r
  81         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  82     </options>\r
  83 \r
  84     <options isRequired="false">\r
  85         <name>Profile scoring method</name>\r
  86         <description>\r
  87             le - use log-expectation profile score VTML240 (default for amino acid sequences.)\r
  88             sp - use sum-of-pairs protein profile score (PAM200).\r
  89             sv - use sum-of-pairs profile score (VTML240)</description>\r
  90         <optionNames>-le</optionNames>\r
  91         <optionNames>-sp</optionNames>\r
  92         <optionNames>-sv</optionNames>\r
  93         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
  94         <defaultValue>-le</defaultValue>\r
  95     </options>\r
  96 \r
  97     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  98 \r
  99     <parameters isRequired="false">\r
 100         <name>Sequence type</name>\r
 101         <description>\r
 102             Sequence type - Amino acid/Nucleotide\r
 103         </description>\r
 104         <optionNames>-seqtype</optionNames>\r
 105         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 106         <defaultValue>auto</defaultValue>\r
 107         <possibleValues>auto</possibleValues>\r
 108         <possibleValues>protein</possibleValues>\r
 109         <possibleValues>dna</possibleValues>\r
 110         <possibleValues>rna</possibleValues>\r
 111     </parameters>\r
 112 \r
 113     <parameters isRequired="false">\r
 114         <name>Maxiters</name>\r
 115         <description>\r
 116             Maximum number of iterations (integer, default 16)\r
 117         </description>\r
 118         <optionNames>-maxiters</optionNames>\r
 119         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 120         <defaultValue>16</defaultValue>\r
 121         <validValue>\r
 122             <type>Integer</type>\r
 123             <min>1</min>\r
 124             <max>100</max>\r
 125         </validValue>\r
 126     </parameters>\r
 127 \r
 128 <!-- disable as refinew is disabled \r
 129     <parameters isRequired="false">\r
 130         <name>Maxiters</name>\r
 131         <description>Length of window for Window Refine (-refinew)</description>\r
 132         <optionNames>-refinewindow</optionNames>\r
 133         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 134         <defaultValue>200</defaultValue>\r
 135         <validValue>\r
 136             <type>Integer</type>\r
 137             <min>1</min>\r
 138             <max>1000</max>\r
 139         </validValue>\r
 140     </parameters>\r
 141 -->\r
 142 \r
 143     <parameters isRequired="false">\r
 144         <name>Diagonal break</name>\r
 145         <description>\r
 146             Maximum distance between two diagonals that allows them to merge into one diagonal\r
 147         </description>\r
 148         <optionNames>-diagbreak</optionNames>\r
 149         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 150         <defaultValue>1</defaultValue>\r
 151         <validValue>\r
 152             <type>Integer</type>\r
 153             <min>1</min>\r
 154             <max>100</max>\r
 155         </validValue>\r
 156     </parameters>\r
 157 \r
 158     <parameters isRequired="false">\r
 159         <name>Diagonal length</name>\r
 160         <description>Minimum length of diagonal</description>\r
 161         <optionNames>-diaglength</optionNames>\r
 162         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 163         <defaultValue>24</defaultValue>\r
 164         <validValue>\r
 165             <type>Integer</type>\r
 166             <min>2</min>\r
 167             <max>100</max>\r
 168         </validValue>\r
 169     </parameters>\r
 170 \r
 171     <parameters isRequired="false">\r
 172         <name>Diagonal margin</name>\r
 173         <description>\r
 174             Discard this many positions at ends of diagonal\r
 175         </description>\r
 176         <optionNames>-diagmargin</optionNames>\r
 177         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 178         <defaultValue>5</defaultValue>\r
 179         <validValue>\r
 180             <type>Integer</type>\r
 181             <min>1</min>\r
 182             <max>100</max>\r
 183         </validValue>\r
 184     </parameters>\r
 185 \r
 186     <parameters isRequired="false">\r
 187         <name>Anchor spacing</name>\r
 188         <description>\r
 189             Minimum spacing between anchor columns\r
 190         </description>\r
 191         <optionNames>-anchorspacing</optionNames>\r
 192         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 193         <defaultValue>32</defaultValue>\r
 194         <validValue>\r
 195             <type>Integer</type>\r
 196             <min>2</min>\r
 197             <max>1000</max>\r
 198         </validValue>\r
 199     </parameters>\r
 200 \r
 201     <parameters isRequired="false">\r
 202         <name>Matrix</name>\r
 203         <description>\r
 204             Substitution Matrix to use\r
 205         </description>\r
 206         <optionNames>-matrix</optionNames>\r
 207         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 208         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
 209         <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
 210         <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
 211         <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
 212         <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
 213         <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
 214         <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
 215         <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
 216         <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
 217         <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
 218         <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
 219         <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
 220         <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
 221         <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
 222         <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
 223         <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
 224         <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
 225         <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
 226         <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
 227         <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
 228         <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
 229         <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
 230         <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
 231         <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
 232         <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
 233         <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
 234         <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
 235         <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
 236         <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
 237         <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
 238         <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
 239         <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
 240         <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
 241         <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
 242         <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
 243         <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
 244         <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
 245         <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
 246         <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
 247         <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
 248         <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
 249         <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
 250         <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
 251         <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
 252         <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
 253         <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
 254         <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
 255         <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
 256         <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
 257         <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
 258         <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
 259         <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
 260         <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
 261         <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
 262         <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
 263         <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
 264         <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
 265         <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
 266         <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
 267         <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
 268         <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
 269         <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
 270         <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
 271         <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
 272         <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
 273         <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
 274         <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
 275         <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
 276         <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 277         <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 278         <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 279         <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 280         <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 281     </parameters>\r
 282 \r
 283     <parameters>\r
 284         <name>Gap open penalty</name>\r
 285         <description>\r
 286             Gap opening penalty. Must be negative\r
 287         </description>\r
 288         <optionNames>-gapopen</optionNames>\r
 289         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 290         <defaultValue>-12.0</defaultValue>\r
 291         <validValue>\r
 292             <type>Float</type>\r
 293             <min>-100</min>\r
 294             <max>0</max>\r
 295         </validValue>\r
 296     </parameters>\r
 297 \r
 298     <parameters>\r
 299         <name>Gap extension penalty</name>\r
 300         <description>\r
 301             Gap extension penalty.  Must be negative\r
 302         </description>\r
 303         <optionNames>-gapextend</optionNames>\r
 304         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 305         <defaultValue>-1.0</defaultValue>\r
 306         <validValue>\r
 307             <type>Float</type>\r
 308             <min>-100</min>\r
 309             <max>0</max>\r
 310         </validValue>\r
 311     </parameters>\r
 312 \r
 313     <parameters>\r
 314         <name>Center</name>\r
 315         <description>\r
 316             Center parameter. Should be negative.\r
 317         </description>\r
 318         <optionNames>-center</optionNames>\r
 319         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 320         <defaultValue>0.0</defaultValue>\r
 321         <validValue>\r
 322             <type>Float</type>\r
 323             <min>-100</min>\r
 324             <max>0</max>\r
 325         </validValue>\r
 326     </parameters>\r
 327 \r
 328     <parameters>\r
 329         <name>Hydro</name>\r
 330         <description>\r
 331             Window size for determining whether a region is hydrophobic.\r
 332         </description>\r
 333         <optionNames>-hydro</optionNames>\r
 334         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 335         <defaultValue>5</defaultValue>\r
 336         <validValue>\r
 337             <type>Integer</type>\r
 338             <min>0</min>\r
 339             <max>100</max>\r
 340         </validValue>\r
 341     </parameters>\r
 342 \r
 343     <parameters>\r
 344         <name>Hydrofactor</name>\r
 345         <description>\r
 346             Multiplier for gap open/close penalties in hydrophobic regions.\r
 347         </description>\r
 348         <optionNames>-hydrofactor</optionNames>\r
 349         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 350         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 351         <validValue>\r
 352             <type>Float</type>\r
 353             <min>0</min>\r
 354             <max>10</max>\r
 355         </validValue>\r
 356     </parameters>\r
 357      <parameters>\r
 358         <name>Minimum anchor score</name>\r
 359         <description>\r
 360             Minimum score a column must have to be an anchor\r
 361             (default depends on the profile scoring function!)\r
 362         </description>\r
 363         <optionNames>-minbestcolscore</optionNames>\r
 364         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 365         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 366         <validValue>\r
 367             <type>Float</type>\r
 368             <min>0</min>\r
 369             <max>10</max>\r
 370         </validValue>\r
 371     </parameters>\r
 372 \r
 373     <parameters>\r
 374         <name>Minimum smoothed anchor score</name>\r
 375         <description>\r
 376             Minimum smoothed score a column must have to be an anchor\r
 377             (default depends on the profile scoring function!)\r
 378         </description>\r
 379         <optionNames>-minsmoothscore</optionNames>\r
 380         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 381         <defaultValue>1.2</defaultValue>\r
 382         <validValue>\r
 383             <type>Float</type>\r
 384             <min>0</min>\r
 385             <max>10</max>\r
 386         </validValue>\r
 387     </parameters>\r
 388 \r
 389     <parameters isRequired="false">\r
 390         <name>cluster1</name>\r
 391         <description>\r
 392             Clustering method to use on the iteration 1\r
 393         </description>\r
 394         <optionNames>-cluster1</optionNames>\r
 395         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 396         <defaultValue>upgma</defaultValue>\r
 397         <possibleValues>upgma</possibleValues>\r
 398     </parameters>\r
 399 \r
 400     <parameters isRequired="false">\r
 401         <name>cluster2</name>\r
 402         <description>\r
 403             Clustering method to use on the iteration 2 and all subsequent itarations\r
 404         </description>\r
 405         <optionNames>-cluster2</optionNames>\r
 406         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 407         <defaultValue>upgmb</defaultValue>\r
 408         <possibleValues>upgmb</possibleValues>\r
 409         <possibleValues>neighborjoining</possibleValues>\r
 410     </parameters>\r
 411 \r
 412     <parameters isRequired="false">\r
 413         <name>Sequence weighting scheme 1</name>\r
 414         <description>\r
 415             Sequence weighting scheme to use on the iteration 1 and 2 \r
 416             none=all sequences have equal weight.\r
 417             henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
 418             henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
 419             clustalw=CLUSTALW method. threeway=Gotoh three-way method\r
 420         </description>\r
 421         <optionNames>-weight1</optionNames>\r
 422         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 423         <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
 424         <possibleValues>none</possibleValues>\r
 425         <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
 426         <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
 427         <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
 428         <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
 429         <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
 430     </parameters>\r
 431 \r
 432     <parameters isRequired="false">\r
 433         <name>Sequence weighting scheme 2</name>\r
 434         <description>\r
 435             Sequence weighting scheme to use on the iteration 3 and all subsequent \r
 436             iterations for tree-dependent refinement. \r
 437             none=all sequences have equal weight.\r
 438             henikoff=Henikoff &amp; Henikoff weighting scheme.\r
 439             henikoffpb=Modified Henikoff scheme as used in PSI-BLAST.\r
 440             clustalw=CLUSTALW method.\r
 441             threeway=Gotoh three-way method\r
 442         </description>\r
 443         <optionNames>-weight2</optionNames>\r
 444         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 445         <defaultValue>clustalw</defaultValue>\r
 446         <possibleValues>none</possibleValues>\r
 447         <possibleValues>henikoff</possibleValues>\r
 448         <possibleValues>henikoffpb</possibleValues>\r
 449         <possibleValues>gsc</possibleValues>\r
 450         <possibleValues>clustalw</possibleValues>\r
 451         <possibleValues>threeway</possibleValues>\r
 452     </parameters>\r
 453 \r
 454     <parameters isRequired="false">\r
 455         <name>Distance1</name>\r
 456         <description>\r
 457             Distance measure for iteration 1. Defaults Kmer6_6 (for amino ) or Kmer4_6 (for nucleo)\r
 458         </description>\r
 459         <optionNames>-distance1</optionNames>\r
 460         <furtherDetails>prog_docs/muscle.html</furtherDetails>\r
 461         <defaultValue>kmer6_6</defaultValue>\r
 462         <possibleValues>kmer6_6</possibleValues>\r
 463         <possibleValues>kmer20_3</possibleValues>\r
 464         <possibleValues>kbit20_3</possibleValues>\r
 465         <possibleValues>kmer20_4</possibleValues>\r
 466         <possibleValues>kmer4_6</possibleValues>\r
 467     </parameters>\r
 468 </runnerConfig>\r