conf/settings/MusclePresets.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <presets>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.msa.Muscle</runnerClassName>\r
   4 \r
   5     <preset>\r
   6         <name>Protein alignment(Fastest speed)</name>\r
   7         <description>\r
   8             Fastest possible speed for protein sequences. Gives acceptable quality \r
   9             alignments for closely related sequences\r
  10         </description>\r
  11         <optlist>\r
  12             <option>-maxiters 1</option>\r
  13             <option>-diags</option>\r
  14             <option>-sv</option>\r
  15             <option>-distance1 kbit20_3</option>\r
  16         </optlist>\r
  17     </preset>\r
  18 \r
  19     <preset>\r
  20         <name>Nucleotide alignment(Fastest speed)</name>\r
  21         <description>\r
  22         Fastest possible speed for nucleotide sequences. Gives acceptable quality \r
  23         alignments for closely related sequences\r
  24         </description>\r
  25         <optlist>\r
  26             <option>-maxiters 1</option>\r
  27             <option>-diags</option>\r
  28         </optlist>\r
  29     </preset>\r
  30 \r
  31     <preset>\r
  32         <name>Large alignments (balanced)</name>\r
  33         <description>\r
  34         A large number of sequences (a few thousand), or very long sequences, then the default \r
  35         settings of may be too slow for practical use. A good compromise between speed and \r
  36         accuracy is to run just the first two iterations of the algorithm.\r
  37         </description>\r
  38         <optlist>\r
  39             <option>-maxiters 2</option>\r
  40         </optlist>\r
  41     </preset>\r
  42 </presets>\r