conf/settings/ProbconsParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.msa.Probcons</runnerClassName>\r
   4 \r
   5     <!-- This is requires training -t, but training output probabil file instead of the alignment   \r
   6     <options>\r
   7         <name>Reestimate EP</name>\r
   8         <description>Reestimate emission probabilities.</description>\r
   9         <optionNames>-e</optionNames>\r
  10         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  11     </options>\r
  12     -->\r
  13 \r
  14     <options>\r
  15         <name>Output aligned</name>\r
  16         <description>\r
  17             Output sequences in alignment order rather than input order\r
  18         </description>\r
  19         <optionNames>-a</optionNames>\r
  20         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
  21     </options>\r
  22 \r
  23     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  24 \r
  25 <!-- unsupported in practice \r
  26         <parameters>\r
  27         <name>MATRIX</name>\r
  28         <description>Protein weight matrix. Specifies the emission probabilities that are to be used for scoring alignments.</description>\r
  29         <optionNames>-m</optionNames>\r
  30         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  31         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
  32                 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
  33                 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
  34                 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
  35                 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
  36                 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
  37                 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
  38                 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
  39                 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
  40                 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
  41                 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
  42                 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
  43                 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
  44                 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
  45                 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
  46                 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
  47                 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
  48                 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
  49                 <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
  50                 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
  51                 <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
  52                 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
  53                 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
  54                 <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
  55                 <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
  56                 <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
  57                 <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
  58                 <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
  59                 <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
  60                 <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
  61                 <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
  62                 <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
  63                 <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
  64                 <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
  65                 <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
  66                 <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
  67                 <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
  68                 <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
  69                 <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
  70                 <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
  71                 <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
  72                 <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
  73                 <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
  74                 <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
  75                 <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
  76                 <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
  77                 <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
  78                 <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
  79                 <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
  80                 <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
  81                 <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
  82                 <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
  83                 <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
  84                 <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
  85                 <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
  86                 <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
  87                 <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
  88                 <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
  89                 <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
  90                 <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
  91                 <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
  92                 <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
  93                 <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
  94                 <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
  95                 <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
  96                 <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
  97                 <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
  98                 <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
  99                 <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 100                 <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 101                 <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 102                 <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 103                 <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 104         </parameters>\r
 105 -->\r
 106 \r
 107     <parameters>\r
 108         <name>Rounds of pre-training before aligning the sequences</name>\r
 109         <description>\r
 110             This specifies the number of rounds of EM to be applied on the set of sequences being\r
 111             aligned. This option is used in case the default parameters are not appropriate for the\r
 112             particular sequences being aligned; in general, this option is not recommended as it may\r
 113             lead to unstable alignment parameters.\r
 114         </description>\r
 115         <optionNames>-pre</optionNames>\r
 116         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
 117         <defaultValue>0</defaultValue>\r
 118         <validValue>\r
 119             <type>Integer</type>\r
 120             <min>0</min>\r
 121             <max>20</max>\r
 122         </validValue>\r
 123     </parameters>\r
 124 \r
 125     <parameters>\r
 126         <name>Passes of iterative refinement</name>\r
 127         <description>\r
 128             This specifies the number of iterations of iterative refinement to be performed.\r
 129             In each stage of iterative refinement, the set of sequences in the alignment is \r
 130             randomly partitioned into two groups. After projecting the alignments to these \r
 131             groups, the two groups are realigned, resulting in an alignment whose objective \r
 132             score is guaranteed to be at least that of the original alignment\r
 133         </description>\r
 134         <optionNames>-ir</optionNames>\r
 135         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
 136         <defaultValue>100</defaultValue>\r
 137         <validValue>\r
 138             <type>Integer</type>\r
 139             <min>0</min>\r
 140             <max>1000</max>\r
 141         </validValue>\r
 142     </parameters>\r
 143 \r
 144     <parameters>\r
 145         <name>Passes of consistency transformation</name>\r
 146         <description>\r
 147             Each pass applies one round of the consistency transformation on the set of sequences.\r
 148             The consistency transformation is described in detail in the mentioned papers. In each\r
 149             round, the aligner computes the consistency transformation for each pair of sequences\r
 150             using all other sequences. The aligner then updates the posterior probability matrices of\r
 151             the pairwise alignments.\r
 152         </description>\r
 153         <optionNames>-c</optionNames>\r
 154         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
 155         <defaultValue>2</defaultValue>\r
 156         <validValue>\r
 157             <type>Integer</type>\r
 158             <min>0</min>\r
 159             <max>5</max>\r
 160         </validValue>\r
 161     </parameters>\r
 162 </runnerConfig>\r