conf/settings/ProbconsParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.msa.Probcons</runnerClassName>\r
   4 \r
   5     <!-- This is requires training -t, but training output probabil file instead of the alignment   \r
   6     <options>\r
   7         <name>Reestimate EP</name>\r
   8         <description>Reestimate emission probabilities.</description>\r
   9         <optionNames>-e</optionNames>\r
  10         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  11     </options>\r
  12     -->\r
  13 \r
  14     <options>\r
  15         <name>Output aligned</name>\r
  16         <description>\r
  17             Output sequences in alignment order rather than input order\r
  18         </description>\r
  19         <optionNames>-a</optionNames>\r
  20         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
  21     </options>\r
  22 \r
  23     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  24 \r
  25 <!-- unsupported in practice \r
  26         <parameters>\r
  27         <name>MATRIX</name>\r
  28         <description>Protein weight matrix. Specifies the emission probabilities that are to be used for scoring alignments.</description>\r
  29         <optionNames>-m</optionNames>\r
  30         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  31         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
  32                 <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
  33                 <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
  34                 <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
  35                 <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
  36                 <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
  37                 <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
  38                 <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
  39                 <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
  40                 <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
  41                 <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
  42                 <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
  43                 <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
  44                 <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
  45                 <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
  46                 <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
  47                 <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
  48                 <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
  49                 <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
  50                 <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
  51                 <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
  52                 <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
  53                 <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
  54                 <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
  55                 <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
  56                 <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
  57                 <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
  58                 <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
  59                 <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
  60                 <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
  61                 <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
  62                 <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
  63                 <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
  64                 <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
  65                 <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
  66                 <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
  67                 <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
  68                 <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
  69                 <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
  70                 <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
  71                 <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
  72                 <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
  73                 <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
  74                 <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
  75                 <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
  76                 <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
  77                 <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
  78                 <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
  79                 <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
  80                 <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
  81                 <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
  82                 <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
  83                 <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
  84                 <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
  85                 <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
  86                 <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
  87                 <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
  88                 <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
  89                 <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
  90                 <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
  91                 <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
  92                 <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
  93                 <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
  94                 <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
  95                 <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
  96                 <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
  97                 <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
  98                 <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
  99                 <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 100                 <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 101                 <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 102                 <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 103                 <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 104         </parameters>\r
 105 -->\r
 106 \r
 107     <parameters>\r
 108         <name>Rounds of pre-training before aligning the sequences</name>\r
 109         <description>\r
 110             This specifies the number of rounds of EM to be applied on the set of sequences being\r
 111             aligned. This option is used in case the default parameters are not appropriate for the\r
 112             particular sequences being aligned; in general, this option is not recommended as it may\r
 113             lead to unstable alignment parameters.\r
 114         </description>\r
 115         <optionNames>-pre</optionNames>\r
 116         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
 117         <defaultValue>0</defaultValue>\r
 118          <validValue>\r
 119                 <type>Integer</type>\r
 120             <min>0</min>\r
 121             <max>20</max>\r
 122         </validValue>\r
 123     </parameters>\r
 124     <parameters>\r
 125         <name>Passes of iterative refinement</name>\r
 126         <description>This specifies the number of iterations of iterative refinement to be performed. In each\r
 127 stage of iterative refinement, the set of sequences in the alignment is randomly\r
 128 partitioned into two groups. After projecting the alignments to these groups, the two\r
 129 groups are realigned, resulting in an alignment whose objective score is guaranteed to be\r
 130 at least that of the original alignment</description>\r
 131         <optionNames>-ir</optionNames>\r
 132         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
 133          <defaultValue>100</defaultValue>\r
 134          <validValue>\r
 135                 <type>Integer</type>\r
 136             <min>0</min>\r
 137             <max>1000</max>\r
 138         </validValue>\r
 139     </parameters>\r
 140     <parameters>\r
 141         <name>Passes of consistency transformation</name>\r
 142         <description>Each pass applies one round of the consistency transformation on the set of sequences.\r
 143         The consistency transformation is described in detail in the mentioned papers. In each\r
 144         round, the aligner computes the consistency transformation for each pair of sequences\r
 145         using all other sequences. The aligner then updates the posterior probability matrices of\r
 146         the pairwise alignments.</description>\r
 147         <optionNames>-c</optionNames>\r
 148         <furtherDetails>prog_docs/probcons.pdf</furtherDetails>\r
 149         <defaultValue>2</defaultValue>\r
 150          <validValue>\r
 151                 <type>Integer</type>\r
 152             <min>0</min>\r
 153             <max>5</max>\r
 154         </validValue>\r
 155     </parameters>\r
 156 </runnerConfig>\r