conf/settings/TcoffeePresets.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <presets>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.msa.Tcoffee</runnerClassName>\r
   4 \r
   5     <preset>\r
   6         <name>Quick align. Very fast approximate (Speed-oriented)</name>\r
   7         <description>quickaln: Very fast, sequence type - all, accuracy - medium low</description>\r
   8         <optlist>\r
   9             <option>-mode quickaln</option>\r
  10         </optlist>\r
  11     </preset>\r
  12 \r
  13     <!-- does not work\r
  14     <preset>\r
  15         <name>Dali (Speed-oriented)</name>\r
  16         <description>dali: a mode used to combine dali pairwise alignments</description>\r
  17         <optlist>\r
  18             <option>-mode dali</option>\r
  19         </optlist>\r
  20     </preset>\r
  21     -->\r
  22 \r
  23     <!-- This requires Blast to operate, however i do not know how to plug it to t-coffee. \r
  24     The build in one does not work.  \r
  25     <preset>\r
  26         <name>3dcoffee (Accuracy-oriented)</name>\r
  27         <description>3dcoffee: runs t_coffee with the 3dcoffee    parameterization</description>\r
  28         <optlist>\r
  29             <option>-mode 3dcoffee</option>\r
  30         </optlist>\r
  31     </preset>\r
  32 \r
  33     <preset>\r
  34         <name>Accurate (Accuracy-oriented)</name>\r
  35         <description>accurate: slow, sequence type - protein, accuracy - high</description>\r
  36         <optlist>\r
  37             <option>-mode accurate</option>\r
  38         </optlist>\r
  39     </preset>\r
  40 \r
  41     could not find templates(?)\r
  42     <preset>\r
  43         <name>Rcoffee for RNA only (accuracy-oriented)</name>\r
  44         <description> rcoffee: slow, sequence type - RNA, accuracy - high</description>\r
  45         <optlist>\r
  46             <option>-mode rcoffee</option>\r
  47         </optlist>\r
  48     </preset>\r
  49      -->\r
  50 \r
  51     <!-- This needs blast\r
  52     <preset>\r
  53         <name>Expresso (accuracy-oriented)</name>\r
  54         <description> expresso: slow, sequence type - all, accuracy - high</description>\r
  55         <optlist>\r
  56             <option>-mode expresso</option>\r
  57         </optlist>\r
  58     </preset>\r
  59      -->\r
  60 \r
  61 </presets>\r