conf/settings/TcoffeePresets.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <presets>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.tcoffee.Tcoffee</runnerClassName>\r
   4     <preset>\r
   5         <name>Quick align. Very fast approximate (Speed-oriented)</name>\r
   6         <description>quickaln: Very fast, sequence type - all, accuracy - medium low</description>\r
   7         <optlist>\r
   8             <option>-mode quickaln</option>\r
   9         </optlist>\r
  10     </preset>\r
  11     <!-- does not work\r
  12     <preset>\r
  13         <name>Dali (Speed-oriented)</name>\r
  14         <description>dali: a mode used to combine dali pairwise alignments</description>\r
  15         <optlist>\r
  16             <option>-mode dali</option>\r
  17         </optlist>\r
  18     </preset>\r
  19     -->\r
  20     <!-- This requires Blast to operate, however i do not know how to plug it to t-coffee. \r
  21     The build in one does not work.  \r
  22     <preset>\r
  23         <name>3dcoffee (Accuracy-oriented)</name>\r
  24         <description>3dcoffee: runs t_coffee with the 3dcoffee    parameterization</description>\r
  25         <optlist>\r
  26             <option>-mode 3dcoffee</option>\r
  27         </optlist>\r
  28     </preset>\r
  29     <preset>\r
  30         <name>Accurate (Accuracy-oriented)</name>\r
  31         <description>accurate: slow, sequence type - protein, accuracy - high</description>\r
  32         <optlist>\r
  33             <option>-mode accurate</option>\r
  34         </optlist>\r
  35     </preset>\r
  36     could not find templates(?)\r
  37     <preset>\r
  38         <name>Rcoffee for RNA only (accuracy-oriented)</name>\r
  39         <description> rcoffee: slow, sequence type - RNA, accuracy - high</description>\r
  40         <optlist>\r
  41             <option>-mode rcoffee</option>\r
  42         </optlist>\r
  43     </preset>\r
  44      -->\r
  45      <!-- This needs blast\r
  46     <preset>\r
  47         <name>Expresso (accuracy-oriented)</name>\r
  48         <description> expresso: slow, sequence type - all, accuracy - high</description>\r
  49         <optlist>\r
  50             <option>-mode expresso</option>\r
  51         </optlist>\r
  52     </preset>\r
  53      -->\r
  54 </presets>\r