datamodel/compbio/data/sequence/Alignment.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0\r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.data.sequence;\r
  20 \r
  21 import java.util.List;\r
  22 \r
  23 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;\r
  24 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;\r
  25 \r
  26 import compbio.util.annotation.Immutable;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Multiple sequence alignment.\r
  30  * \r
  31  * Does not give any guarantees on the content of individual FastaSequece\r
  32  * records. It does not guarantee neither the uniqueness of the names of\r
  33  * sequences nor it guarantees the uniqueness of the sequences.\r
  34  * \r
  35  * @see FastaSequence\r
  36  * @see AlignmentMetadata\r
  37  * \r
  38  * @author pvtroshin\r
  39  * \r
  40  * @version 1.0 September 2009\r
  41  * \r
  42  */\r
  43 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)\r
  44 @Immutable\r
  45 public class Alignment {\r
  46 \r
  47         private AlignmentMetadata metadata;\r
  48         private List<FastaSequence> sequences;\r
  49 \r
  50         protected Alignment() {\r
  51                 // This has to has a default constructor for JaxB\r
  52         }\r
  53 \r
  54         /**\r
  55          * @param sequences\r
  56          * @param program\r
  57          * @param gapchar\r
  58          */\r
  59         public Alignment(List<FastaSequence> sequences, Program program,\r
  60                         char gapchar) {\r
  61                 this.sequences = sequences;\r
  62                 this.metadata = new AlignmentMetadata(Program.CLUSTAL, gapchar);\r
  63         }\r
  64 \r
  65         /**\r
  66          * \r
  67          * @param sequences\r
  68          * @param metadata\r
  69          */\r
  70         public Alignment(List<FastaSequence> sequences, AlignmentMetadata metadata) {\r
  71                 this.sequences = sequences;\r
  72                 this.metadata = metadata;\r
  73         }\r
  74 \r
  75         /**\r
  76          * \r
  77          * @return list of FastaSequence records\r
  78          */\r
  79         public List<FastaSequence> getSequences() {\r
  80                 return sequences;\r
  81         }\r
  82 \r
  83         /**\r
  84          * \r
  85          * @return a number of sequence in the alignment\r
  86          */\r
  87         public int getSize() {\r
  88                 return this.sequences.size();\r
  89         }\r
  90 \r
  91         /**\r
  92          * \r
  93          * @return AlignmentMetadata object\r
  94          */\r
  95         public AlignmentMetadata getMetadata() {\r
  96                 return metadata;\r
  97         }\r
  98 \r
  99         @Override\r
 100         public String toString() {\r
 101                 String sseq = "";\r
 102                 for (FastaSequence fs : getSequences()) {\r
 103                         sseq += fs.toString() + "\n";\r
 104                 }\r
 105                 return sseq;\r
 106         }\r
 107 \r
 108         @Override\r
 109         public int hashCode() {\r
 110                 final int prime = 31;\r
 111                 int result = 1;\r
 112                 result = prime * result\r
 113                                 + ((metadata == null) ? 0 : metadata.hashCode());\r
 114                 result = prime * result\r
 115                                 + ((sequences == null) ? 0 : sequences.hashCode());\r
 116                 return result;\r
 117         }\r
 118 \r
 119         /**\r
 120          * Please note that this implementation does not take the order of sequences\r
 121          * into account!\r
 122          */\r
 123         @Override\r
 124         public boolean equals(Object obj) {\r
 125                 if (obj == null) {\r
 126                         return false;\r
 127                 }\r
 128                 if (!(obj instanceof Alignment)) {\r
 129                         return false;\r
 130                 }\r
 131                 Alignment al = (Alignment) obj;\r
 132                 if (this.getSize() != al.getSize()) {\r
 133                         return false;\r
 134                 }\r
 135                 if (!this.getMetadata().equals(al.getMetadata())) {\r
 136                         return false;\r
 137                 }\r
 138                 int outerCounter = 0;\r
 139                 int matchCounter = 0;\r
 140                 for (FastaSequence fs : getSequences()) {\r
 141                         outerCounter++;\r
 142                         for (FastaSequence fs1 : al.getSequences()) {\r
 143                                 if (fs.equals(fs1)) {\r
 144                                         matchCounter++;\r
 145                                         continue;\r
 146                                 }\r
 147                         }\r
 148                         // Match for at lease one element was not found!\r
 149                         if (outerCounter != matchCounter) {\r
 150                                 return false;\r
 151                         }\r
 152                 }\r
 153 \r
 154                 return true;\r
 155         }\r
 156 \r
 157 }\r