docker/Executable.properties

   1 ###########################################################################################
   2 #                                                                                         #
   3 #            THIS IS JABAWS EXECUTABLE CONFIGURATION FILE                                 #
   4 #                                                                                         #
   5 ###########################################################################################
   6
   7 ### Properties supported by executables.
   8 ### <execname> is one of the available applications:
   9 ### [clustalw, mafft, muscle, propcons, tcoffee, iupred, jronn, globplot, disembl, aacon, jpred]
  10
  11 ### Path to the native executable on Windows must be either absolute,
  12 ### or relative to JABAWS web application
  13 # local.<execname>.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe
  14
  15 ### Path to the native executable not on Windows (e.g. Linux, Mac)
  16 ### must be either absolute, or relative to JABAWS web application
  17 # local.<execname>.bin = binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  18
  19 ### Path to the native executable on the Cluster (must be accessible from all
  20 ### Cluster nodes which will run JABAWS jobs). The path must be absolute.
  21 # cluster.<execname>.bin = /home/jabaws/binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  22
  23 ### At least one of the path to the native executable should be defined.
  24
  25 ### If an application supports presets, the preset file can have either
  26 ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file.
  27 ### The file is optional.
  28 # <execname>.presets.file = conf/settings/ClustalPresets.xml
  29
  30 ### If an application supports parameters, the parameter file can have either
  31 ### absolute or relative to the JABAWS web application path to the file.
  32 ### The file is optional.
  33 # <execname>.parameters.file = conf/settings/ClustalParameters.xml
  34
  35 ## Application limits, absolute or relative to
  36 ## the JABAWS web application path to the file. Optional.
  37 ## Use this if you want to limit the size of the job to be accepted by a
  38 ## Webservice. The limits files we use in Dundee are provided with JABAWS.
  39 # <execname>.limits.file=conf/settings/ClustalLimits.xml
  40
  41 ## Flags passed to the Cluster batch manager for the application. Optional.
  42 ## This example sets a maximum execution time to 24 hours and maximum amount of
  43 ## memory per task to 6Gb for SGE and OGE Cluster batch managers.
  44 ## Please note that all the examples of this parameter below are correct for
  45 ## Sun Grid Engine or Open Grid Engine (untested) only! If you use a different
  46 ## batch manager you would need to specify different flags.
  47 # <execname>.cluster.settings = -l h_cpu=24:00:00 -l h_vmem=6000M -l ram=6000M
  48
  49 ## Environmental variables required by native executables. Optional.
  50 ## Format: VARIABLE_NAME1#VARIABLE_VALUE1;VARIABLE_NAME2#VARIABLE_VALUE2;
  51 # <execname>.bin.env = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;
  52
  53 ## Parameter supported by the executable Jar files, such as jronn and aacon,
  54 ## point to the location of the jar file. Also, local.<execname>.bin,
  55 ## local.<execname>.bin.windows properties are optional for these, if not
  56 ## provided they will be replaced to the java executable path from JAVA_HOME
  57 ## environmental variable.
  58 #<execname>.jar.file = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar
  59
  60 ###########################################################################################
  61 #                             CLUSTAL W CONFIGURATION                                     #
  62 ###########################################################################################
  63 local.clustalw.bin.windows = binaries/windows/clustalw2.exe
  64 local.clustalw.bin         = binaries/src/clustalw/src/clustalw2
  65 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
  66 clustalw.-matrix.path      = binaries/matrices
  67 clustalw.presets.file      = conf/settings/ClustalPresets.xml
  68 clustalw.parameters.file   = conf/settings/ClustalParameters.xml
  69 clustalw.limits.file       = conf/settings/ClustalLimits.xml
  70
  71
  72 ###########################################################################################
  73 #                                  CLUSTAL OMEGA CONFIGURATION                            #
  74 ###########################################################################################
  75 local.clustalo.bin.windows = binaries/windows/clustalo/clustalo.exe
  76 local.clustalo.bin         = binaries/src/clustalo/src/clustalo
  77 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
  78 #clustalo.presets.file      = conf/settings/ClustaloPresets.xml
  79 clustalo.parameters.file   = conf/settings/ClustaloParameters.xml
  80 clustalo.limits.file       = conf/settings/ClustaloLimits.xml
  81
  82
  83 ###########################################################################################
  84 #                                  MUSCLE CONFIGURATION                                   #
  85 ###########################################################################################
  86 local.muscle.bin.windows = binaries/windows/muscle.exe
  87 local.muscle.bin         = binaries/src/muscle/muscle
  88 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
  89 muscle.-matrix.path      = binaries/matrices
  90 muscle.presets.file      = conf/settings/MusclePresets.xml
  91 muscle.parameters.file   = conf/settings/MuscleParameters.xml
  92 muscle.limits.file       = conf/settings/MuscleLimits.xml
  93
  94
  95 ###########################################################################################
  96 #                                  MAFFT CONFIGURATION                                    #
  97 ###########################################################################################
  98 local.mafft.bin         = binaries/src/mafft/scripts/mafft
  99 # These paths will be converted to absolute if relative.
 100 mafft.bin.env           = MAFFT_BINARIES#binaries/src/mafft/binaries;FASTA_4_MAFFT#binaries/src/fasta34/fasta34;
 101 ### This parameters specifies the directory where the matrices files are stored
 102 mafft.--aamatrix.path   = binaries/matrices
 103 mafft.presets.file      = conf/settings/MafftPresets.xml
 104 mafft.parameters.file   = conf/settings/MafftParameters.xml
 105 mafft.limits.file       = conf/settings/MafftLimits.xml
 106
 107
 108
 109 ###########################################################################################
 110 #                                  TCOFFEE CONFIGURATION                                  #
 111 ###########################################################################################
 112 local.tcoffee.bin         = binaries/src/tcoffee/t_coffee_source/t_coffee.sh
 113 # This variable is required by tcoffee
 114 tcoffee.bin.env           = HOME_4_TCOFFEE#jobsout;
 115 tcoffee.presets.file      = conf/settings/TcoffeePresets.xml
 116 tcoffee.parameters.file   = conf/settings/TcoffeeParameters.xml
 117 tcoffee.limits.file       = conf/settings/TcoffeeLimits.xml
 118
 119
 120 ###########################################################################################
 121 #                                  PROBCONS CONFIGURATION                                 #
 122 ###########################################################################################
 123 local.probcons.bin         = binaries/src/probcons/probcons
 124 probcons.parameters.file   = conf/settings/ProbconsParameters.xml
 125 probcons.limits.file       = conf/settings/ProbconsLimits.xml
 126
 127
 128 ###########################################################################################
 129 #                                  JRONN CONFIGURATION                                    #
 130 ###########################################################################################
 131 ### If no local path is specified, Java is loaded from JAVA_HOME variable for local execution
 132 ### However, cluster.jronn.bin MUST be specified for running Jronn on the Cluster.
 133 #local.jronn.bin.windows  = D:\\Java\\jdk1.6.0_24\\bin\\java.exe
 134 local.jronn.bin          = /usr/bin/java
 135 jronn.jar.file           = binaries/windows/bj3.0.4p-jronn.jar
 136 jronn.limits.file        = conf/settings/JronnLimits.xml
 137
 138
 139 ###########################################################################################
 140 #                                  DISEMBL CONFIGURATION                                  #
 141 ###########################################################################################
 142 local.disembl.bin        = binaries/src/disembl/DisEMBL.py
 143 disembl.limits.file      = conf/settings/DisemblLimits.xml
 144
 145
 146 ###########################################################################################
 147 #                                  GLOBPLOT CONFIGURATION                                 #
 148 ###########################################################################################
 149 local.globplot.bin        = binaries/src/globplot/GlobPlot.py
 150 globplot.bin.env          = PYTHONPATH#/usr/local/tomcat/webapps/jabaws/binaries/src/globplot/biopython-1.50
 151 globplot.limits.file      = conf/settings/GlobPlotLimits.xml
 152
 153
 154 ###########################################################################################
 155 #                                 IUPRED CONFIGURATION                                    #
 156 ###########################################################################################
 157 #local.iupred.bin.windows = binaries/windows/iupred/iupred.exe
 158 local.iupred.bin         = binaries/src/iupred/iupred
 159 ### This must point to the directory where iupred binary is, with other files it
 160 ### depends on. This path will be converted to absolute if relative at runtime.
 161 iupred.bin.env           = IUPred_PATH#binaries/src/iupred
 162 iupred.parameters.file   = conf/settings/IUPredParameters.xml
 163 iupred.limits.file       = conf/settings/IUPredLimits.xml
 164
 165
 166 ###########################################################################################
 167 #                                  AACON CONFIGURATION                                    #
 168 ###########################################################################################
 169 ### This is just a path to the standard java executable
 170 local.aacon.bin          = /usr/bin/java
 171 ### Path to the AACon library
 172 aacon.jar.file           = binaries/windows/compbio-conservation-1.1.jar
 173 aacon.parameters.file    = conf/settings/AAConParameters.xml
 174 aacon.presets.file       = conf/settings/AAConPresets.xml
 175 aacon.limits.file        = conf/settings/AAConLimits.xml
 176
 177
 178 ###########################################################################################
 179 #                               RNAALIFOLD CONFIGURATION                                  #
 180 ###########################################################################################
 181 local.rnaalifold.bin.windows = binaries/windows/ViennaRNA/RNAalifold.exe
 182 local.rnaalifold.bin         = binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAalifold
 183 rnaalifold.parameters.file   = conf/settings/RNAalifoldParameters.xml
 184 rnaalifold.limits.file       = conf/settings/RNAalifoldLimits.xml
 185
 186 ###########################################################################################
 187 #                                 MSAProbs CONFIGURATION                                  #
 188 ###########################################################################################
 189 local.msaprobs.bin         = binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/msaprobs
 190 msaprobs.parameters.file   = conf/settings/MSAprobsParameters.xml
 191 msaprobs.limits.file       = conf/settings/MSAprobsLimits.xml
 192
 193 ###########################################################################################
 194 #                                  GLprobs CONFIGURATION                                  #
 195 ###########################################################################################
 196 local.glprobs.bin         = binaries/src/GLProbs-1.0/glprobs
 197 glprobs.parameters.file   = conf/settings/GLprobsParameters.xml
 198 glprobs.limits.file       = conf/settings/GLprobsLimits.xml