engine/compbio/engine/cluster/drmaa/AsyncClusterRunner.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
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   4  * \r
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  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.engine.cluster.drmaa;\r
  20 \r
  21 import org.apache.log4j.Logger;\r
  22 import org.ggf.drmaa.DrmaaException;\r
  23 \r
  24 import compbio.engine.AsyncExecutor;\r
  25 import compbio.engine.Cleaner;\r
  26 import compbio.engine.Configurator;\r
  27 import compbio.engine.client.ConfiguredExecutable;\r
  28 import compbio.engine.client.EngineUtil;\r
  29 import compbio.metadata.JobSubmissionException;\r
  30 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * Single cluster job runner class\r
  34  * \r
  35  * @author pvtroshin\r
  36  * @version 1.0 August 2009\r
  37  * \r
  38  *          TODO after call to submitJob() no setters really work as the job\r
  39  *          template gets deleted, this needs to be taken into account in this\r
  40  *          class design!\r
  41  */\r
  42 public class AsyncClusterRunner implements AsyncExecutor {\r
  43 \r
  44         private static Logger log = Logger.getLogger(AsyncClusterRunner.class);\r
  45 \r
  46         @Override\r
  47         public String submitJob(ConfiguredExecutable<?> executable) throws JobSubmissionException {\r
  48                 ClusterRunner jr = new ClusterRunner(executable);\r
  49                 jr.submitJob();\r
  50                 // ignore cluster job id as it could be retrieved from fs\r
  51                 return executable.getTaskId();\r
  52         }\r
  53 \r
  54         @Override\r
  55         public boolean cancelJob(String jobId) {\r
  56                 ClusterSession clustSession = ClusterSession.getInstance();\r
  57                 return compbio.engine.cluster.drmaa.ClusterEngineUtil.cancelJob(jobId, clustSession);\r
  58         }\r
  59 \r
  60         /*\r
  61          * This will never return clust.engine.JobStatus.CANCELLED as for sun grid\r
  62          * engine cancelled job is the same as failed. Cancelled jobs needs to be\r
  63          * tracked manually!\r
  64          */\r
  65         @Override\r
  66         public compbio.metadata.JobStatus getJobStatus(String jobId) {\r
  67                 return ClusterRunner.getJobStatus(jobId);\r
  68         }\r
  69 \r
  70         @Override\r
  71         public boolean cleanup(String jobId) {\r
  72                 String workDir = Configurator.getWorkDirectory(jobId);\r
  73                 return Cleaner.deleteAllFiles(workDir);\r
  74         }\r
  75 \r
  76         @Override\r
  77         public ConfiguredExecutable<?> getResults(String jobId) throws ResultNotAvailableException {\r
  78                 assert EngineUtil.isValidJobId(jobId);\r
  79                 ClusterSession csession = ClusterSession.getInstance();\r
  80                 ConfiguredExecutable<?> exec;\r
  81                 try {\r
  82                         exec = csession.getResults(jobId);\r
  83                 } catch (DrmaaException e) {\r
  84                         log.error(e.getLocalizedMessage(), e.getCause());\r
  85                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  86                 }\r
  87                 return exec;\r
  88         }\r
  89 \r
  90         @Override\r
  91         public String getWorkDirectory(String jobId) {\r
  92                 return Configurator.getWorkDirectory(jobId);\r
  93         }\r
  94 \r
  95 } // class end\r