runner/compbio/pipeline/_jpred/Hit.java

   1 /**\r
   2  * \r
   3  */\r
   4 package compbio.pipeline._jpred;\r
   5 \r
   6 import java.util.Comparator;\r
   7 \r
   8 public class Hit {\r
   9     String name;\r
  10     String number;\r
  11     String accession;\r
  12     String seq;\r
  13     String evalue;\r
  14 \r
  15     @Override\r
  16     public String toString() {\r
  17         return "accession=" + accession + ", name=" + name + ", num=" + number\r
  18                 + ", evalue=" + evalue + "\n"; // + ", seq=" + seq +\r
  19     }\r
  20 \r
  21     @Override\r
  22     public int hashCode() {\r
  23         final int prime = 31;\r
  24         int result = 1;\r
  25         result = prime * result + ((name == null) ? 0 : name.hashCode());\r
  26         return result;\r
  27     }\r
  28 \r
  29     @Override\r
  30     public boolean equals(Object obj) {\r
  31         if (this == obj)\r
  32             return true;\r
  33         if (obj == null)\r
  34             return false;\r
  35         if (getClass() != obj.getClass())\r
  36             return false;\r
  37         Hit other = (Hit) obj;\r
  38         if (name == null) {\r
  39             if (other.name != null)\r
  40                 return false;\r
  41         } else if (!name.equals(other.name))\r
  42             return false;\r
  43         return true;\r
  44     }\r
  45 \r
  46     public static final class NumberComporator implements Comparator<Hit> {\r
  47         @Override\r
  48         public int compare(Hit o1, Hit o2) {\r
  49             return Integer.valueOf(o1.number).compareTo(\r
  50                     Integer.valueOf(o2.number));\r
  51         }\r
  52     }\r
  53 \r
  54     public static final class EvalueComporator implements Comparator<Hit> {\r
  55         @Override\r
  56         public int compare(Hit o1, Hit o2) {\r
  57             return Double.valueOf(o1.evalue).compareTo(\r
  58                     Double.valueOf(o2.evalue));\r
  59         }\r
  60     }\r
  61 }