runner/compbio/runner/_impl/Disembl.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  Jalview Web Services @version: 2.0     \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 package compbio.runner._impl;\r
  19 \r
  20 import java.util.Arrays;\r
  21 import java.util.List;\r
  22 \r
  23 import compbio.runner._SkeletalCommandBuilder;\r
  24 \r
  25 /*\r
  26  @see \r
  27  *  Standard DisEMBL \r
  28  *  DisEMBL.py smooth_frame peak_frame join_frame fold_coils fold_hotloops fold_rem465 sequence_file\r
  29  print 'A default run would be: ./DisEMBL.py 8 8 4 1.2 1.4 1.2 fasta_file > out'\r
  30 \r
  31  new DisEMBL is at /homes/pvtroshin/soft/DisEMBL-1.4raw\r
  32  This is not a standard DisEMBL! The script has been modified!\r
  33  DisEMBL.py smooth_frame peak_frame join_frame fold_coils fold_hotloops fold_rem465 [mode] < fasta_file > out\r
  34  print 'A default run would be: ./DisEMBL.py 8 8 4 1.2 1.4 1.2 < fasta_file'\r
  35  print 'Mode: "default"(nothing) or "scores" which will give scores per residue in TAB separated format' \r
  36  */\r
  37 public class Disembl extends _SkeletalCommandBuilder {\r
  38 \r
  39         private static final String command = "/homes/pvtroshin/soft/DisEMBL-1.4raw/DisEMBL.py";\r
  40         static final List<String> params = Arrays.asList(new String[] { "8", "8",\r
  41                         "4", "1.2", "1.4", "1.2", "scores" });\r
  42 \r
  43         private final String workDirectory;\r
  44 \r
  45         public Disembl(String workDirectory) {\r
  46                 this.workDirectory = workDirectory;\r
  47         }\r
  48 \r
  49         public static List<String> getTestArgs() {\r
  50                 return params;\r
  51         }\r
  52 \r
  53         public String getCommand(ExecProvider provider) {\r
  54                 return command;\r
  55         }\r
  56 \r
  57         public static String getTestCommand() {\r
  58                 return command;\r
  59         }\r
  60 \r
  61         public String getCommandName() {\r
  62                 return "DisEMBL";\r
  63         }\r
  64 \r
  65         @Override\r
  66         public List<String> getCreatedFiles() {\r
  67                 // TODO Auto-generated method stub\r
  68                 return null;\r
  69         }\r
  70 \r
  71         @Override\r
  72         public String getInput() {\r
  73                 // TODO Auto-generated method stub\r
  74                 return null;\r
  75         }\r
  76 \r
  77 }\r