runner/compbio/runner/disorder/Disembl.java

   1 /*\r
   2  * Copyright (c) 2011 Peter Troshin JAva Bioinformatics Analysis Web Services\r
   3  * (JABAWS) @version: 2.0 This library is free software; you can redistribute it\r
   4  * and/or modify it under the terms of the Apache License version 2 as published\r
   5  * by the Apache Software Foundation This library is distributed in the hope\r
   6  * that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied\r
   7  * warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the\r
   8  * Apache License for more details. A copy of the license is in\r
   9  * apache_license.txt. It is also available here:\r
  10  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt Any republication or\r
  11  * derived work distributed in source code form must include this copyright and\r
  12  * license notice.\r
  13  */\r
  14 \r
  15 package compbio.runner.disorder;\r
  16 \r
  17 import java.io.File;\r
  18 import java.io.FileInputStream;\r
  19 import java.io.FileNotFoundException;\r
  20 import java.io.IOException;\r
  21 import java.io.InputStream;\r
  22 \r
  23 import org.apache.log4j.Logger;\r
  24 \r
  25 import compbio.data.sequence.ScoreManager;\r
  26 import compbio.data.sequence.SequenceUtil;\r
  27 import compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException;\r
  28 import compbio.engine.client.Executable;\r
  29 import compbio.engine.client.PipedExecutable;\r
  30 import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
  31 import compbio.metadata.Limit;\r
  32 import compbio.metadata.LimitsManager;\r
  33 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  34 import compbio.runner.Util;\r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DisEMBL.py smooth_frame peak_frame join_frame fold_coils fold_hotloops\r
  38  * fold_rem465 sequence_file print\r
  39  * \r
  40  * 'A default run would be: ./DisEMBL.py 8 8 4 1.2 1.4 1.2 fasta_file > out'\r
  41  * \r
  42  * This version of DisEMBL is 1.4 (latest available for download in Feb 2011)\r
  43  * capable of outputting raw values\r
  44  * \r
  45  * The values of the parameters are hard coded in DisEMBL.py script.\r
  46  * smooth_frame=8 peak_frame=8 join_frame=4 fold_coils=1.2 fold_hotloops=1.4\r
  47  * fold_rem465=1.2\r
  48  * \r
  49  * Changing these values are not recommended by developers, apart from smoothing\r
  50  * window. However, 5 orders of magnitude changes in this parameter does not\r
  51  * change the output so allowing this change also seems pointless. Finally, the\r
  52  * binary, DisEMBL depends on - Tisean is not happy with arbitruary changes to\r
  53  * these values, so changing them can lead to problems.\r
  54  * \r
  55  * \r
  56  * This is not a standard DisEMBL! The script has been modified!\r
  57  * \r
  58  */\r
  59 public class Disembl extends SkeletalExecutable<Disembl>\r
  60                 implements\r
  61                         PipedExecutable<Disembl> {\r
  62 \r
  63         private static Logger log = Logger.getLogger(Disembl.class);\r
  64 \r
  65         // Cache for Limits information\r
  66         private static LimitsManager<Disembl> limits;\r
  67 \r
  68         public static final String KEY_VALUE_SEPARATOR = Util.SPACE;\r
  69 \r
  70         /**\r
  71          * For the region to be considered disordered the values must exceed these\r
  72          */\r
  73         public final double COILS_EXPECTATION_THRESHOLD = 0.43;\r
  74         public final double REM_EXPECTATION_THRESHOLD = 0.5;\r
  75         public final double LOOPS_EXPECTATION_THRESHOLD = 0.086;\r
  76 \r
  77         /* The parameter list there must not contain same values! */\r
  78         public Disembl() {\r
  79                 // remove default input to prevent it to appear in the parameters list\r
  80                 // that could happen if the parameters are set first\r
  81                 // super.setInput("");\r
  82         }\r
  83 \r
  84         @SuppressWarnings("unchecked")\r
  85         @Override\r
  86         public ScoreManager getResults(String workDirectory)\r
  87                         throws ResultNotAvailableException {\r
  88 \r
  89                 InputStream inStream = null;\r
  90                 ScoreManager results = null;\r
  91 \r
  92                 try {\r
  93                         inStream = new FileInputStream(new File(workDirectory, getOutput()));\r
  94                         results = ScoreManager.newInstance(SequenceUtil\r
  95                                         .readDisembl(inStream));\r
  96                         inStream.close();\r
  97                 } catch (FileNotFoundException e) {\r
  98                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  99                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
 100                 } catch (IOException e) {\r
 101                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
 102                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
 103                 } catch (UnknownFileFormatException e) {\r
 104                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
 105                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
 106                 } catch (NullPointerException e) {\r
 107                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
 108                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
 109                 }\r
 110                 log.trace("DRESULTS: " + results);\r
 111                 return results;\r
 112         }\r
 113         @Override\r
 114         public Disembl setInput(String inFile) {\r
 115                 super.setInput(inFile);\r
 116                 cbuilder.setLast(inFile);\r
 117                 return this;\r
 118         }\r
 119 \r
 120         @Override\r
 121         public Limit<Disembl> getLimit(String presetName) {\r
 122                 if (limits == null) {\r
 123                         limits = getLimits();\r
 124                 }\r
 125 \r
 126                 Limit<Disembl> limit = null;\r
 127                 if (limits != null) {\r
 128                         // this returns default limit if preset is undefined!\r
 129                         limit = limits.getLimitByName(presetName);\r
 130                 }\r
 131                 // If limit is not defined for a particular preset, then return default\r
 132                 // limit\r
 133                 if (limit == null) {\r
 134                         log.debug("Limit for the preset " + presetName\r
 135                                         + " is not found. Using default");\r
 136                         limit = limits.getDefaultLimit();\r
 137                 }\r
 138                 return limit;\r
 139         }\r
 140 \r
 141         @Override\r
 142         public LimitsManager<Disembl> getLimits() {\r
 143                 // synchronise on static field\r
 144                 synchronized (log) {\r
 145                         if (limits == null) {\r
 146                                 limits = Util.getLimits(this.getClass());\r
 147                         }\r
 148                 }\r
 149                 return limits;\r
 150         }\r
 151 \r
 152         @Override\r
 153         public Class<? extends Executable<?>> getType() {\r
 154                 return this.getClass();\r
 155         }\r
 156 \r
 157 }\r