runner/compbio/runner/disorder/Disembl.java

   1 /*\r
   2  * Copyright (c) 2009 Peter Troshin JAva Bioinformatics Analysis Web Services\r
   3  * (JABAWS) @version: 1.0 This library is free software; you can redistribute it\r
   4  * and/or modify it under the terms of the Apache License version 2 as published\r
   5  * by the Apache Software Foundation This library is distributed in the hope\r
   6  * that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied\r
   7  * warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the\r
   8  * Apache License for more details. A copy of the license is in\r
   9  * apache_license.txt. It is also available here:\r
  10  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt Any republication or\r
  11  * derived work distributed in source code form must include this copyright and\r
  12  * license notice.\r
  13  */\r
  14 \r
  15 package compbio.runner.disorder;\r
  16 \r
  17 import java.io.FileNotFoundException;\r
  18 import java.io.IOException;\r
  19 import java.util.Arrays;\r
  20 \r
  21 import org.apache.log4j.Logger;\r
  22 \r
  23 import compbio.data.sequence.Alignment;\r
  24 import compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException;\r
  25 import compbio.engine.client.Executable;\r
  26 import compbio.engine.client.PipedExecutable;\r
  27 import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
  28 import compbio.metadata.Limit;\r
  29 import compbio.metadata.LimitsManager;\r
  30 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  31 import compbio.runner.Util;\r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * @see DisEMBL\r
  35  * \r
  36  *      DisEMBL.py smooth_frame peak_frame join_frame fold_coils fold_hotloops\r
  37  *      fold_rem465 sequence_file print 'A default run would be: ./DisEMBL.py 8\r
  38  *      8 4 1.2 1.4 1.2 fasta_file > out' new DisEMBL is at\r
  39  *      /homes/pvtroshin/soft/DisEMBL-1.4raw\r
  40  * \r
  41  *      This is not a standard DisEMBL! The script has been modified! DisEMBL.py\r
  42  *      smooth_frame peak_frame join_frame fold_coils fold_hotloops fold_rem465\r
  43  *      [mode] < fasta_file > out print\r
  44  * \r
  45  *      'A default run would be: ./DisEMBL.py 8 8 4 1.2 1.4 1.2 < fasta_file'\r
  46  *      print 'Mode: "default"(nothing) or "scores" which will give scores per\r
  47  *      residue in TAB separated format'\r
  48  */\r
  49 public class Disembl extends SkeletalExecutable<Disembl> implements\r
  50                 PipedExecutable<Disembl> {\r
  51 \r
  52         private static Logger log = Logger.getLogger(Disembl.class);\r
  53 \r
  54         // Cache for Limits information\r
  55         private static LimitsManager<Disembl> limits;\r
  56 \r
  57         public static final String KEY_VALUE_SEPARATOR = Util.SPACE;\r
  58 \r
  59         public Disembl() {\r
  60                 // remove default input to prevent it to appear in the parameters list\r
  61                 // that could happen if the parameters are set first\r
  62                 // super.setInput("");\r
  63                 addParameters(Arrays.asList("8", "8", "4", "1.2", "1.4", "1.2",\r
  64                                 "scores"));\r
  65         }\r
  66 \r
  67         @SuppressWarnings("unchecked")\r
  68         public Alignment getResults(String workDirectory)\r
  69                         throws ResultNotAvailableException {\r
  70                 try {\r
  71                         return Util.readClustalFile(workDirectory, getOutput());\r
  72                 } catch (FileNotFoundException e) {\r
  73                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  74                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  75                 } catch (IOException e) {\r
  76                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  77                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  78                 } catch (UnknownFileFormatException e) {\r
  79                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  80                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  81                 } catch (NullPointerException e) {\r
  82                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  83                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  84                 }\r
  85         }\r
  86 \r
  87         @Override\r
  88         public Disembl setInput(String inFile) {\r
  89                 super.setInput(inFile);\r
  90                 cbuilder.setLast(inFile);\r
  91                 return this;\r
  92         }\r
  93 \r
  94         @Override\r
  95         public Limit<Disembl> getLimit(String presetName) {\r
  96                 if (limits == null) {\r
  97                         limits = getLimits();\r
  98                 }\r
  99 \r
 100                 Limit<Disembl> limit = null;\r
 101                 if (limits != null) {\r
 102                         // this returns default limit if preset is undefined!\r
 103                         limit = limits.getLimitByName(presetName);\r
 104                 }\r
 105                 // If limit is not defined for a particular preset, then return default\r
 106                 // limit\r
 107                 if (limit == null) {\r
 108                         log.debug("Limit for the preset " + presetName\r
 109                                         + " is not found. Using default");\r
 110                         limit = limits.getDefaultLimit();\r
 111                 }\r
 112                 return limit;\r
 113         }\r
 114 \r
 115         @Override\r
 116         public LimitsManager<Disembl> getLimits() {\r
 117                 // synchronise on static field\r
 118                 synchronized (log) {\r
 119                         if (limits == null) {\r
 120                                 limits = Util.getLimits(this.getClass());\r
 121                         }\r
 122                 }\r
 123                 return limits;\r
 124         }\r
 125 \r
 126         @Override\r
 127         public Class<? extends Executable<?>> getType() {\r
 128                 return this.getClass();\r
 129         }\r
 130 \r
 131 }\r