runner/compbio/runner/disorder/GlobPlot.java

   1 /*\r
   2  * Copyright (c) 2011 Peter Troshin JAva Bioinformatics Analysis Web Services\r
   3  * (JABAWS) @version: 2.0 This library is free software; you can redistribute it\r
   4  * and/or modify it under the terms of the Apache License version 2 as published\r
   5  * by the Apache Software Foundation This library is distributed in the hope\r
   6  * that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied\r
   7  * warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the\r
   8  * Apache License for more details. A copy of the license is in\r
   9  * apache_license.txt. It is also available here:\r
  10  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt Any republication or\r
  11  * derived work distributed in source code form must include this copyright and\r
  12  * license notice.\r
  13  */\r
  14 \r
  15 package compbio.runner.disorder;\r
  16 \r
  17 import java.io.File;\r
  18 import java.io.FileInputStream;\r
  19 import java.io.FileNotFoundException;\r
  20 import java.io.IOException;\r
  21 import java.io.InputStream;\r
  22 \r
  23 import org.apache.log4j.Logger;\r
  24 \r
  25 import compbio.data.sequence.ScoreManager;\r
  26 import compbio.data.sequence.SequenceUtil;\r
  27 import compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException;\r
  28 import compbio.engine.client.PipedExecutable;\r
  29 import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
  30 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  31 import compbio.runner.Util;\r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * ./GlobPipe.py SmoothFrame DOMjoinFrame DOMpeakFrame DISjoinFrame DISpeakFrame\r
  35  * \r
  36  * FASTAfile' Optimised for ELM: ./GlobPlot.py 10 8 75 8 8 sequence_file'\r
  37  * Webserver settings: ./GlobPlot.py 10 15 74 4 5 sequence_file'\r
  38  * \r
  39  * Hard-coded values are 10 15 74 4 5.\r
  40  * \r
  41  * Changing these values are not recommended by developers, apart from smoothing\r
  42  * window. However, the binary, GlobPlot depends on - Tisean which is not happy\r
  43  * with arbitrary changes to these values, so changing them can lead to\r
  44  * problems. May be we can offer preset?\r
  45  * \r
  46  * This is not a standard GlobPlot! The script has been modified!\r
  47  * \r
  48  */\r
  49 public class GlobPlot extends SkeletalExecutable<GlobPlot>\r
  50                 implements\r
  51                         PipedExecutable<GlobPlot> {\r
  52 \r
  53         private static Logger log = Logger.getLogger(GlobPlot.class);\r
  54 \r
  55         public static final String KEY_VALUE_SEPARATOR = Util.SPACE;\r
  56 \r
  57         /* The parameter list there must not contain same values! */\r
  58         public GlobPlot() {\r
  59                 // remove default input to prevent it to appear in the parameters list\r
  60                 // that could happen if the parameters are set first\r
  61                 // super.setInput("");\r
  62         }\r
  63 \r
  64         @Override\r
  65         @SuppressWarnings("unchecked")\r
  66         public ScoreManager getResults(String workDirectory)\r
  67                         throws ResultNotAvailableException {\r
  68 \r
  69                 InputStream inStream = null;\r
  70                 ScoreManager results = null;\r
  71                 // How about getting ranges?\r
  72                 try {\r
  73                         inStream = new FileInputStream(new File(workDirectory, getOutput()));\r
  74                         results = ScoreManager.newInstance(SequenceUtil\r
  75                                         .readGlobPlot(inStream));\r
  76                         inStream.close();\r
  77                 } catch (FileNotFoundException e) {\r
  78                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  79                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  80                 } catch (IOException e) {\r
  81                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  82                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  83                 } catch (UnknownFileFormatException e) {\r
  84                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  85                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  86                 } catch (NullPointerException e) {\r
  87                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  88                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  89                 }\r
  90 \r
  91                 return results;\r
  92         }\r
  93 \r
  94         @Override\r
  95         public GlobPlot setInput(String inFile) {\r
  96                 super.setInput(inFile);\r
  97                 cbuilder.setLast(inFile);\r
  98                 return this;\r
  99         }\r
 100 \r
 101         @SuppressWarnings("unchecked")\r
 102         @Override\r
 103         public Class<GlobPlot> getType() {\r
 104                 return (Class<GlobPlot>) this.getClass();\r
 105         }\r
 106 \r
 107 }\r