runner/compbio/runner/disorder/GlobPlot.java

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  12  * license notice.\r
  13  */\r
  14 \r
  15 package compbio.runner.disorder;\r
  16 \r
  17 import java.io.File;\r
  18 import java.io.FileInputStream;\r
  19 import java.io.FileNotFoundException;\r
  20 import java.io.IOException;\r
  21 import java.io.InputStream;\r
  22 \r
  23 import org.apache.log4j.Logger;\r
  24 \r
  25 import compbio.data.sequence.ScoreManager;\r
  26 import compbio.data.sequence.SequenceUtil;\r
  27 import compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException;\r
  28 import compbio.engine.client.PipedExecutable;\r
  29 import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
  30 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  31 import compbio.runner.Util;\r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * ./GlobPipe.py SmoothFrame DOMjoinFrame DOMpeakFrame DISjoinFrame DISpeakFrame\r
  35  * \r
  36  * FASTAfile' Optimised for ELM: ./GlobPlot.py 10 8 75 8 8 sequence_file'\r
  37  * Webserver settings: ./GlobPlot.py 10 15 74 4 5 sequence_file'\r
  38  * \r
  39  * Hard-coded values are 10 15 74 4 5.\r
  40  * \r
  41  * Changing these values are not recommended by developers, apart from smoothing\r
  42  * window. However, the binary, GlobPlot depends on - Tisean which is not happy\r
  43  * with arbitrary changes to these values, so changing them can lead to\r
  44  * problems. May be we can offer preset?\r
  45  * \r
  46  * This is not a standard GlobPlot! The script has been modified!\r
  47  * \r
  48  */\r
  49 public class GlobPlot extends SkeletalExecutable<GlobPlot> implements PipedExecutable<GlobPlot> {\r
  50 \r
  51         private static Logger log = Logger.getLogger(GlobPlot.class);\r
  52 \r
  53         /* The parameter list there must not contain same values! */\r
  54         public GlobPlot() {\r
  55                 // remove default input to prevent it to appear in the parameters list\r
  56                 // that could happen if the parameters are set first\r
  57                 // super.setInput("");\r
  58         }\r
  59 \r
  60         @Override\r
  61         @SuppressWarnings("unchecked")\r
  62         public ScoreManager getResults(String workDirectory)\r
  63                         throws ResultNotAvailableException {\r
  64 \r
  65                 InputStream inStream = null;\r
  66                 ScoreManager results = null;\r
  67                 // How about getting ranges?\r
  68                 try {\r
  69                         inStream = new FileInputStream(new File(workDirectory, getOutput()));\r
  70                         results = ScoreManager.newInstance(SequenceUtil\r
  71                                         .readGlobPlot(inStream));\r
  72                         inStream.close();\r
  73                 } catch (FileNotFoundException e) {\r
  74                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  75                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  76                 } catch (IOException e) {\r
  77                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  78                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  79                 } catch (UnknownFileFormatException e) {\r
  80                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  81                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  82                 } catch (NullPointerException e) {\r
  83                         log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  84                         throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  85                 }\r
  86 \r
  87                 return results;\r
  88         }\r
  89 \r
  90         @Override\r
  91         public GlobPlot setInput(String inFile) {\r
  92                 super.setInput(inFile);\r
  93                 cbuilder.setLast(inFile);\r
  94                 return this;\r
  95         }\r
  96 \r
  97         @SuppressWarnings("unchecked")\r
  98         @Override\r
  99         public Class<GlobPlot> getType() {\r
 100                 return (Class<GlobPlot>) this.getClass();\r
 101         }\r
 102 \r
 103 }\r