src/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.Comparison;
  28
  29 public class SWScoreModel implements ScoreModelI
  30 {
  31
  32   @Override
  33   public float[][] findDistances(AlignmentView seqData)
  34   {
  35     SequenceI[] sequenceString = seqData
  36             .getVisibleAlignment(Comparison.GapChars.charAt(0)).getSequencesArray();
  37     int noseqs = sequenceString.length;
  38     float[][] distance = new float[noseqs][noseqs];
  39
  40      float max = -1;
  41
  42       for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++) { for (int j = i; j < noseqs; j++)
  43       { AlignSeq as = new AlignSeq(sequenceString[i], sequenceString[j], seqData.isNa() ? "dna" : "pep");
  44       as.calcScoreMatrix(); as.traceAlignment(); as.printAlignment(System.out);
  45       distance[i][j] = (float) as.maxscore;
  46
  47       if (max < distance[i][j]) { max = distance[i][j]; } } }
  48
  49       for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++) { for (int j = i; j < noseqs; j++)
  50       { distance[i][j] = max - distance[i][j]; distance[j][i] = distance[i][j];
  51       } }
  52
  53     return distance;
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public String getName()
  58   {
  59     return "Smith Waterman Score";
  60   }
  61   @Override
  62   public boolean isDNA()
  63   {
  64     return true;
  65   }
  66   @Override
  67   public boolean isProtein()
  68   {
  69     return true;
  70   }
  71   public String toString() {
  72     return "Score between two sequences aligned with Smith Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix";
  73   }
  74 }