JAL-1517 fix copyright for 2.8.2

author Jim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>

Fri, 6 Jun 2014 08:52:38 +0000 (09:52 +0100)

committer Jim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>

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diff --git a/src/MCview/AppletPDBCanvas.java b/src/MCview/AppletPDBCanvas.java

index b470fd5..1cf1e83 100644 (file)
--- a/src/MCview/AppletPDBCanvas.java
+++ b/src/MCview/AppletPDBCanvas.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package MCview;
diff --git a/src/MCview/AppletPDBViewer.java b/src/MCview/AppletPDBViewer.java

index 2e7c77d..587326a 100644 (file)
--- a/src/MCview/AppletPDBViewer.java
+++ b/src/MCview/AppletPDBViewer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  package MCview;
diff --git a/src/MCview/Atom.java b/src/MCview/Atom.java

index 5f40238..9254fd8 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Atom.java
+++ b/src/MCview/Atom.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package MCview;
diff --git a/src/MCview/Bond.java b/src/MCview/Bond.java

index f4afbd4..f76cbc2 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Bond.java
+++ b/src/MCview/Bond.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package MCview;
diff --git a/src/MCview/MCMatrix.java b/src/MCview/MCMatrix.java

index e06fbf5..352e926 100755 (executable)
--- a/src/MCview/MCMatrix.java
+++ b/src/MCview/MCMatrix.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package MCview;
diff --git a/src/MCview/PDBCanvas.java b/src/MCview/PDBCanvas.java

index 0f494a0..dc0f718 100644 (file)
--- a/src/MCview/PDBCanvas.java
+++ b/src/MCview/PDBCanvas.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package MCview;
diff --git a/src/MCview/PDBChain.java b/src/MCview/PDBChain.java

index 4703a3c..c9301e8 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBChain.java
+++ b/src/MCview/PDBChain.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package MCview;
diff --git a/src/MCview/PDBViewer.java b/src/MCview/PDBViewer.java

index 5b30043..b802708 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBViewer.java
+++ b/src/MCview/PDBViewer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package MCview;
diff --git a/src/MCview/PDBfile.java b/src/MCview/PDBfile.java

index 9f65fef..4fc8814 100755 (executable)
--- a/src/MCview/PDBfile.java
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@@ -6,14 +6,16 @@
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  package MCview;
diff --git a/src/MCview/Residue.java b/src/MCview/Residue.java

index 3b8aa35..6789fe1 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Residue.java
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@@ -6,14 +6,16 @@
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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  package MCview;
diff --git a/src/MCview/Zsort.java b/src/MCview/Zsort.java

index 3a1377d..16731ef 100755 (executable)
--- a/src/MCview/Zsort.java
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@@ -6,14 +6,16 @@
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   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  package MCview;
diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistry.java b/src/ext/vamsas/IRegistry.java

index d90e1e5..51e3117 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistry.java
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@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistryService.java b/src/ext/vamsas/IRegistryService.java

index b391db5..6aae76a 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistryService.java
+++ b/src/ext/vamsas/IRegistryService.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java

index 55183d1..6bd3af0 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/IRegistryServiceLocator.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/Jpred.java b/src/ext/vamsas/Jpred.java

index 9e70809..a273332 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/Jpred.java
+++ b/src/ext/vamsas/Jpred.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/JpredService.java b/src/ext/vamsas/JpredService.java

index 1b8ed83..9f894a8 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/JpredService.java
+++ b/src/ext/vamsas/JpredService.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java

index abd894d..46566b9 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java

index 96d16d1..b84eef9 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWS.java b/src/ext/vamsas/MuscleWS.java

index 4593f69..2426ae2 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWS.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWS.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java b/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java

index c9c742f..3fa8103 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java

index 8069083..a9ca1ed 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWSServiceLocator.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java

index 3e09d7b..d5484af 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java

index a94361f..810ce40 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java

index 214a6a1..1e54f13 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java

index a043911..cfe943c 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java

index 6654900..d7b603b 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java

index a934deb..c507a94 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java

index f75af7e..b4b6c39 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java
+++ b/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package ext.vamsas;
diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java

index b0dc622..a0156c1 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java
+++ b/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package ext.vamsas;
diff --git a/src/jalview/analysis/AAFrequency.java b/src/jalview/analysis/AAFrequency.java

index 2c1a998..0f53882 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AAFrequency.java
+++ b/src/jalview/analysis/AAFrequency.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/AlignSeq.java b/src/jalview/analysis/AlignSeq.java

index 3eae385..b9119ed 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignSeq.java
+++ b/src/jalview/analysis/AlignSeq.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java b/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java

index 8aafcc2..a993e26 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
+++ b/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java b/src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java

index 85699a4..5659d19 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
+++ b/src/jalview/analysis/AlignmentUtils.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.analysis;
  
  import java.util.ArrayList;
diff --git a/src/jalview/analysis/Conservation.java b/src/jalview/analysis/Conservation.java

index e6f035f..4d64685 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/Conservation.java
+++ b/src/jalview/analysis/Conservation.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/CrossRef.java b/src/jalview/analysis/CrossRef.java

index bbf3f93..fa0fe2f 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/CrossRef.java
+++ b/src/jalview/analysis/CrossRef.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/Dna.java b/src/jalview/analysis/Dna.java

index 1ce22f2..16cae49 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Dna.java
+++ b/src/jalview/analysis/Dna.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/Finder.java b/src/jalview/analysis/Finder.java

index fcedbbb..96151d7 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Finder.java
+++ b/src/jalview/analysis/Finder.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/Grouping.java b/src/jalview/analysis/Grouping.java

index 82714ea..e4c9cea 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Grouping.java
+++ b/src/jalview/analysis/Grouping.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/NJTree.java b/src/jalview/analysis/NJTree.java

index 541c8cc..b956b7a 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/NJTree.java
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@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/PCA.java b/src/jalview/analysis/PCA.java

index 402e3a9..18ff381 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/PCA.java
+++ b/src/jalview/analysis/PCA.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java b/src/jalview/analysis/ParseProperties.java

index a4c1980..69c5c07 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java
+++ b/src/jalview/analysis/ParseProperties.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/Rna.java b/src/jalview/analysis/Rna.java

index ed2209a..da1cd11 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Rna.java
+++ b/src/jalview/analysis/Rna.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  /* Author: Lauren Michelle Lui 
diff --git a/src/jalview/analysis/SecStrConsensus.java b/src/jalview/analysis/SecStrConsensus.java

index 27c3f7e..9c3becd 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/SecStrConsensus.java
+++ b/src/jalview/analysis/SecStrConsensus.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.analysis;
  
  import java.util.ArrayList;
@@ -216,4 +236,4 @@ public class SecStrConsensus {
   
  
  
-}
\ No newline at end of file
+}
diff --git a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java

index f0427a8..5c6b99b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
+++ b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java

index 1285f6c..aec7faf 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
+++ b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java b/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java

index 4e487ff..cc0870a 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java
+++ b/src/jalview/analysis/StructureFrequency.java
@@ -6,17 +6,18 @@
   * 
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   */
-
  package jalview.analysis;
  
  import java.util.*;
diff --git a/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java b/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java

index 04c7518..56698c6 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java
+++ b/src/jalview/analysis/WUSSParseException.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/src/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.java b/src/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.java

index 2069b50..f107731 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.java
+++ b/src/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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+ */
  package jalview.analysis.scoremodels;
  
  import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
diff --git a/src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.java b/src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.java

index 78c5f17..70e886a 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.java
+++ b/src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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+ */
  package jalview.analysis.scoremodels;
  
  import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
@@ -58,4 +78,4 @@ public abstract class PairwiseSeqScoreModel implements ScoreModelI
    }
  
    abstract public int[][] getMatrix();
-}
\ No newline at end of file
+}
diff --git a/src/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.java b/src/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.java

index d8c6230..6e85b5e 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.java
+++ b/src/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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+ * 
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+ */
  package jalview.analysis.scoremodels;
  
  import jalview.analysis.AlignSeq;
diff --git a/src/jalview/api/AlignCalcManagerI.java b/src/jalview/api/AlignCalcManagerI.java

index fe83c55..199aa7d 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignCalcManagerI.java
+++ b/src/jalview/api/AlignCalcManagerI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.api;
diff --git a/src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java b/src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java

index a627cae..48fa750 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java
+++ b/src/jalview/api/AlignCalcWorkerI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.api;
diff --git a/src/jalview/api/AlignViewControllerGuiI.java b/src/jalview/api/AlignViewControllerGuiI.java

index 1d150af..32fcd3e 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignViewControllerGuiI.java
+++ b/src/jalview/api/AlignViewControllerGuiI.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.api;
  /**
   * Interface implemented by gui implementations managing a Jalview Alignment View
diff --git a/src/jalview/api/AlignViewControllerI.java b/src/jalview/api/AlignViewControllerI.java

index cac3776..be845bc 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignViewControllerI.java
+++ b/src/jalview/api/AlignViewControllerI.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
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+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.api;
  
  /**
diff --git a/src/jalview/api/AlignViewportI.java b/src/jalview/api/AlignViewportI.java

index 224ba0f..8b7a51e 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignViewportI.java
+++ b/src/jalview/api/AlignViewportI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.api;
diff --git a/src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java b/src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java

index 5494814..7ff3a6a 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java
+++ b/src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.api;
diff --git a/src/jalview/api/FeatureRenderer.java b/src/jalview/api/FeatureRenderer.java

index 0577eb5..679cded 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/api/FeatureRenderer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.api;
diff --git a/src/jalview/api/OOMHandlerI.java b/src/jalview/api/OOMHandlerI.java

index 81b8872..5c7200c 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/OOMHandlerI.java
+++ b/src/jalview/api/OOMHandlerI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.api;
diff --git a/src/jalview/api/RotatableCanvasI.java b/src/jalview/api/RotatableCanvasI.java

index 2fd468f..14b9cc9 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/RotatableCanvasI.java
+++ b/src/jalview/api/RotatableCanvasI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.api;
diff --git a/src/jalview/api/SequenceRenderer.java b/src/jalview/api/SequenceRenderer.java

index f888e7e..fbd5e4a 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/api/SequenceRenderer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.api;
diff --git a/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java b/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java

index 9f24ae9..5047699 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java
+++ b/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.api;
diff --git a/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java b/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java

index b186979..dc37933 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java
+++ b/src/jalview/api/StructureSelectionManagerProvider.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.api;
diff --git a/src/jalview/api/analysis/ScoreModelI.java b/src/jalview/api/analysis/ScoreModelI.java

index 0d56033..ad28faf 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/analysis/ScoreModelI.java
+++ b/src/jalview/api/analysis/ScoreModelI.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.api.analysis;
  
  import jalview.datamodel.AlignmentView;
diff --git a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

index bf17fb0..2c4eccb 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
+++ b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

index 16602c8..a8bd6fd 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.appletgui;
@@ -53,7 +55,7 @@ import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;
-import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;\r
+import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;
  import jalview.schemes.ResidueProperties;
  import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
@@ -1046,10 +1048,10 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
      {
        changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());
      }
-    else if (source == RNAInteractionColour)\r
-    {\r
-      changeColour(new RNAInteractionColourScheme());\r
-    }\r
+    else if (source == RNAInteractionColour)
+    {
+      changeColour(new RNAInteractionColourScheme());
+    }
      else if (source == RNAHelixColour)
      {
        new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);
@@ -2815,8 +2817,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
  
    MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();
  
-  MenuItem RNAInteractionColour = new MenuItem();\r
-\r
+  MenuItem RNAInteractionColour = new MenuItem();
+
    MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();
  
    MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
@@ -3024,8 +3026,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
      buriedColour.addActionListener(this);
      purinePyrimidineColour.setLabel(MessageManager.getString("label.purine_pyrimidine"));
      purinePyrimidineColour.addActionListener(this);
-    RNAInteractionColour.setLabel(MessageManager.getString("label.rna_interaction"));\r
-    RNAInteractionColour.addActionListener(this);\r
+    RNAInteractionColour.setLabel(MessageManager.getString("label.rna_interaction"));
+    RNAInteractionColour.addActionListener(this);
      RNAHelixColour.setLabel(MessageManager.getString("action.by_rna_helixes"));
      RNAHelixColour.addActionListener(this);
      userDefinedColour.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
@@ -3252,7 +3254,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
      colourMenu.add(buriedColour);
      colourMenu.add(nucleotideColour);
      colourMenu.add(purinePyrimidineColour);
-    //    colourMenu.add(RNAInteractionColour);\r
+    //    colourMenu.add(RNAInteractionColour);
      colourMenu.add(tcoffeeColour);
      colourMenu.add(userDefinedColour);
      colourMenu.addSeparator();
diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java

index 3afa1f5..7400122 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

index 98f44c6..fd03e30 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

index 3e7a3fd..aa3c821 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

index 2786a08..a884c05 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

index 4a5fc8b..7ae6b90 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java b/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

index 44ab47b..480cfd1 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java b/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

index a41c96e..650693d 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

index b358273..f183d10 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java b/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java

index 61e87b2..4f1ce84 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
+++ b/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java b/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java

index ade4a7d..6c0d3a9 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java
+++ b/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java b/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

index 03fde95..6389250 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java
+++ b/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java b/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

index 7c9caa1..edeb74d 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java b/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java

index 1da360c..aef8e31 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java b/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

index 378289a..90d4908 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/Finder.java b/src/jalview/appletgui/Finder.java

index 8fe4d5d..c442225 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/Finder.java
+++ b/src/jalview/appletgui/Finder.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java b/src/jalview/appletgui/FontChooser.java

index 1153bc4..4e27db6 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FontChooser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java b/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

index 4c4c2f7..25aa315 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java b/src/jalview/appletgui/IdPanel.java

index 9bf0128..7981634 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/IdPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java b/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java

index f12b737..87a2a0e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java
+++ b/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/JVDialog.java b/src/jalview/appletgui/JVDialog.java

index 4e002e8..4125f1b 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/JVDialog.java
+++ b/src/jalview/appletgui/JVDialog.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java b/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

index 3da5a41..2c2c41a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java b/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java

index f3523cb..3df12be 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java b/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java

index 2213629..3613247 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

index b190bba..d3f7a93 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

index a889b89..d688261 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java

index 0aed4f3..1089540 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java b/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

index 2c70e82..d37b494 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java b/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

index 903c694..33caf53 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

index 71e9f4e..4550622 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

index 0ba8864..697c0d1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java b/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

index 31027fa..1af2c5d 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/Tooltip.java b/src/jalview/appletgui/Tooltip.java

index 10cb6b8..a5f50d9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/Tooltip.java
+++ b/src/jalview/appletgui/Tooltip.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java b/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java

index a50abfa..745520b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/TreePanel.java b/src/jalview/appletgui/TreePanel.java

index 4ce6820..f50c1e8 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/TreePanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/TreePanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

index dc82546..a59a772 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.appletgui;
diff --git a/src/jalview/bin/Cache.java b/src/jalview/bin/Cache.java

index d791cb6..fff9daf 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Cache.java
+++ b/src/jalview/bin/Cache.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.bin;
diff --git a/src/jalview/bin/Jalview.java b/src/jalview/bin/Jalview.java

index ef16e55..b0e9333 100755 (executable)
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  package jalview.bin;
diff --git a/src/jalview/bin/JalviewLite.java b/src/jalview/bin/JalviewLite.java

index c9d08d4..16f95cd 100644 (file)
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@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.bin;
diff --git a/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java b/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java

index b3c7fb3..65ec11a 100644 (file)
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  package jalview.bin;
diff --git a/src/jalview/binding/Alignment.java b/src/jalview/binding/Alignment.java

index db2a59e..354419c 100644 (file)
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@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.binding;
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index 7e157b4..d1f28c0 100644 (file)
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  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/AnnotationElement.java b/src/jalview/binding/AnnotationElement.java

index a62e033..b63f750 100644 (file)
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@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/Colour.java b/src/jalview/binding/Colour.java

index e7e24d1..09e13ae 100644 (file)
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@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/Feature.java b/src/jalview/binding/Feature.java

index 051e347..7ee1fb1 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Feature.java
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@@ -6,14 +6,16 @@
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/FeatureSettings.java b/src/jalview/binding/FeatureSettings.java

index 36c7144..0564134 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/binding/FeatureSettings.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/Features.java b/src/jalview/binding/Features.java

index bedcd67..3c12a62 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Features.java
+++ b/src/jalview/binding/Features.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/JGroup.java b/src/jalview/binding/JGroup.java

index 2ce86d4..4a853ef 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JGroup.java
+++ b/src/jalview/binding/JGroup.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/JSeq.java b/src/jalview/binding/JSeq.java

index b0dda89..7b76f8a 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JSeq.java
+++ b/src/jalview/binding/JSeq.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/JalviewModel.java b/src/jalview/binding/JalviewModel.java

index 53aa9f7..e5def42 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModel.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewModel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java

index 19de744..d30ec14 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java b/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java

index fa8930c..7473bc7 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/Pdbentry.java b/src/jalview/binding/Pdbentry.java

index 2bfa217..2ee5c96 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Pdbentry.java
+++ b/src/jalview/binding/Pdbentry.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/PdbentryItem.java b/src/jalview/binding/PdbentryItem.java

index 40dfd1e..abd3fab 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/PdbentryItem.java
+++ b/src/jalview/binding/PdbentryItem.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/Pdbids.java b/src/jalview/binding/Pdbids.java

index 493ac17..50605f7 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Pdbids.java
+++ b/src/jalview/binding/Pdbids.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/Property.java b/src/jalview/binding/Property.java

index e0b4b42..dada983 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Property.java
+++ b/src/jalview/binding/Property.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/Sequence.java b/src/jalview/binding/Sequence.java

index 6451349..46f5a98 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Sequence.java
+++ b/src/jalview/binding/Sequence.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/SequenceSet.java b/src/jalview/binding/SequenceSet.java

index 6d9f491..85b4889 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/binding/SequenceSet.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/SequenceType.java b/src/jalview/binding/SequenceType.java

index 434f4a4..2525782 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/SequenceType.java
+++ b/src/jalview/binding/SequenceType.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/Setting.java b/src/jalview/binding/Setting.java

index 6077f07..16f2ee4 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Setting.java
+++ b/src/jalview/binding/Setting.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/Tree.java b/src/jalview/binding/Tree.java

index 5b5d8bf..ef55876 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Tree.java
+++ b/src/jalview/binding/Tree.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java

index 1fba138..0b55c63 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/UserColours.java b/src/jalview/binding/UserColours.java

index eee55a8..7581cae 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/UserColours.java
+++ b/src/jalview/binding/UserColours.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/VAMSAS.java b/src/jalview/binding/VAMSAS.java

index 9df4f87..0d1f789 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/VAMSAS.java
+++ b/src/jalview/binding/VAMSAS.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/VamsasModel.java b/src/jalview/binding/VamsasModel.java

index d8f9d64..43a8134 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/VamsasModel.java
+++ b/src/jalview/binding/VamsasModel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/binding/Viewport.java b/src/jalview/binding/Viewport.java

index ab4d1e4..e30a7ec 100644 (file)
--- a/src/jalview/binding/Viewport.java
+++ b/src/jalview/binding/Viewport.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.binding;
diff --git a/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java b/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

index 8d60e6d..47b4d9d 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.commands;
diff --git a/src/jalview/commands/CommandI.java b/src/jalview/commands/CommandI.java

index b3353d1..8359390 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/CommandI.java
+++ b/src/jalview/commands/CommandI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   */
  package jalview.commands;
diff --git a/src/jalview/commands/EditCommand.java b/src/jalview/commands/EditCommand.java

index c18b98c..83ba536 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/EditCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/EditCommand.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   */
  package jalview.commands;
diff --git a/src/jalview/commands/OrderCommand.java b/src/jalview/commands/OrderCommand.java

index fbfb9ed..b610a54 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/OrderCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/OrderCommand.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.commands;
diff --git a/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java b/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

index d9785c4..6172ce8 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.commands;
diff --git a/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java b/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

index b78409e..2e8d744 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.commands;
diff --git a/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java b/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

index 3dbc0e7..1ad3d9e 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.commands;
diff --git a/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java b/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

index cb60f4e..a757d1a 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.commands;
diff --git a/src/jalview/controller/AlignViewController.java b/src/jalview/controller/AlignViewController.java

index 329267e..74161c8 100644 (file)
--- a/src/jalview/controller/AlignViewController.java
+++ b/src/jalview/controller/AlignViewController.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.controller;
  
  import java.awt.Color;
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java b/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java

index 313c9bb..4bff3a7 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/Alignment.java b/src/jalview/datamodel/Alignment.java

index 7f035b4..62de7e8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Alignment.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Alignment.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java

index 0fcf43d..4c6e2a5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java

index 68903bb..a30e678 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java

index 3be762c..c0f9ab4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java

index 0f72569..b61420c 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java b/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java

index cdd8843..abe9332 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AnnotatedCollectionI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/Annotation.java b/src/jalview/datamodel/Annotation.java

index b5b3813..e3588b0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Annotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Annotation.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java b/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java

index fc5caed..18707ef 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java
+++ b/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java b/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

index 10013cf..4bf81ea 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarArray.java b/src/jalview/datamodel/CigarArray.java

index db5a520..529891f 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarArray.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarArray.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarBase.java b/src/jalview/datamodel/CigarBase.java

index 3702492..69826b6 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarBase.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarBase.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java b/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java

index 21c4412..96f3f6f 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java b/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java

index 06533d1..c961f33 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java b/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

index 0655660..35d467a 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java
+++ b/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java b/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

index 8ba2888..4d4bb05 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java b/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java

index 2fd5b9e..1af18b6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java
+++ b/src/jalview/datamodel/DBRefSource.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java b/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

index e5ad74a..5c43bc4 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java
+++ b/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/GraphLine.java b/src/jalview/datamodel/GraphLine.java

index 6b3195e..375fbea 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/GraphLine.java
+++ b/src/jalview/datamodel/GraphLine.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java b/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java

index e652182..aefb5cc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java
+++ b/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/Mapping.java b/src/jalview/datamodel/Mapping.java

index 8966327..cb87719 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/Mapping.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Mapping.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java b/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java

index 9e61faf..6ca1736 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java b/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java

index fdd5920..ee2b549 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/Provenance.java b/src/jalview/datamodel/Provenance.java

index 179fe41..a585baf 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Provenance.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Provenance.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java b/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java

index b0f49da..64e01f6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/SearchResults.java b/src/jalview/datamodel/SearchResults.java

index dcb1306..8434e81 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SearchResults.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SearchResults.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.java b/src/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.java

index 5c3eae9..8c249cc 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.datamodel;
  
  import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
diff --git a/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java b/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java

index 5f69334..ffe152b 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/Sequence.java b/src/jalview/datamodel/Sequence.java

index 24c409a..534b6fd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Sequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Sequence.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java b/src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java

index 61f3bb0..84f5c5d 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceCollectionI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java b/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

index ee21574..9e1399a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java b/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

index 3b9e26a..f3cf291 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   *  
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java

index dc52a1c..7722f44 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java

index f72382d..2f9563b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   *  
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java b/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java

index 6958784..5d18727 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java b/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java

index 38818a4..8fb42f6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java b/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java

index 316fdd1..94c7f05 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java

index c4dcb93..95eae5c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java b/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java

index 4566da7..12f26e1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   */
  package jalview.datamodel;
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java

index 9718397..01de0ba 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.datamodel.xdb.embl;
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

index bd46b95..3c88083 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.datamodel.xdb.embl;
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java

index ed458b9..30acc36 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.datamodel.xdb.embl;
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java

index 1b83245..975471a 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.datamodel.xdb.embl;
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java

index f89aa2e..41abda1 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel.xdb.embl;
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java

index ef09c1b..7df0698 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel.xdb.embl;
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java

index f724192..ec3d050 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel.xdb.embl;
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java

index efc84f4..69cb77a 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel.xdb.embl;
diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java

index 4f06eae..948fb31 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.datamodel.xdb.embl;
diff --git a/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java b/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java

index 7224737..1a8fa2d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
+++ b/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package jalview.ext.jmol;
diff --git a/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java b/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java

index 21fbb98..5c31a3a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java
+++ b/src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ext.jmol;
diff --git a/src/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmol.java b/src/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmol.java

index 5702558..4691ff6 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmol.java
+++ b/src/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmol.java
@@ -1,19 +1,22 @@
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  package jalview.ext.jmol;
  
diff --git a/src/jalview/ext/paradise/Annotate3D.java b/src/jalview/ext/paradise/Annotate3D.java

index 64d39d0..b588161 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/paradise/Annotate3D.java
+++ b/src/jalview/ext/paradise/Annotate3D.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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  package jalview.ext.paradise;
  
  import jalview.ws.HttpClientUtils;
diff --git a/src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java b/src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java

index 50c9c97..fa2f44b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java
+++ b/src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.ext.varna;
diff --git a/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java b/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java

index bd5c547..4b5b15b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java
+++ b/src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ext.varna;
diff --git a/src/jalview/gui/AlignFrame.java b/src/jalview/gui/AlignFrame.java

index 664f92d..92316b3 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignFrame.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.gui;
@@ -993,7 +995,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
  
      chooser.setFileView(new JalviewFileView());
      chooser.setDialogTitle("Save Alignment to file");
-    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));\r
+    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
  
      int value = chooser.showSaveDialog(this);
  
@@ -1162,7 +1164,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
                viewport.getAlignment(), omitHidden,
                viewport.getColumnSelection()));
        Desktop.addInternalFrame(cap,
-              MessageManager.formatMessage("label.alignment_output_command", new String[]{e.getActionCommand()}), 600, 500);\r
+              MessageManager.formatMessage("label.alignment_output_command", new String[]{e.getActionCommand()}), 600, 500);
      } catch (OutOfMemoryError oom)
      {
        new OOMWarning("Outputting alignment as " + e.getActionCommand(), oom);
@@ -1258,8 +1260,8 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
      JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
              jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
      chooser.setFileView(new JalviewFileView());
-    chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.load_jalview_annotations"));\r
-    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("label.load_jalview_annotations"));\r
+    chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.load_jalview_annotations"));
+    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("label.load_jalview_annotations"));
  
      int value = chooser.showOpenDialog(null);
  
@@ -3018,7 +3020,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
      JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
      frame.getContentPane().add(new JScrollPane(editPane));
  
-    Desktop.instance.addInternalFrame(frame, MessageManager.formatMessage("label.alignment_properties", new String[]{getTitle()}), 500, 400);\r
+    Desktop.instance.addInternalFrame(frame, MessageManager.formatMessage("label.alignment_properties", new String[]{getTitle()}), 500, 400);
    }
  
    /**
@@ -3038,7 +3040,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
      JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
      OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);
      frame.setContentPane(overview);
-    Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.formatMessage("label.overview_params", new String[]{this.getTitle()}),\r
+    Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.formatMessage("label.overview_params", new String[]{this.getTitle()}),
              frame.getWidth(), frame.getHeight());
      frame.pack();
      frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
@@ -3421,7 +3423,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
    @Override
    public void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)
    {
-    if (e.getActionCommand().equals(MessageManager.getString("action.user_defined")))\r
+    if (e.getActionCommand().equals(MessageManager.getString("action.user_defined")))
      {
        new UserDefinedColours(alignPanel, null);
      }
@@ -3630,7 +3632,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
      {
        JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
        frame.setContentPane(new PairwiseAlignPanel(viewport));
-      Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("action.pairwise_alignment"), 600, 500);\r
+      Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("action.pairwise_alignment"), 600, 500);
      }
    }
  
@@ -4113,8 +4115,8 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
      JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
              jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
      chooser.setFileView(new JalviewFileView());
-    chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.select_newick_like_tree_file"));\r
-    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("label.load_tree_file"));\r
+    chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.select_newick_like_tree_file"));
+    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("label.load_tree_file"));
  
      int value = chooser.showOpenDialog(null);
  
@@ -4637,7 +4639,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
      else
      {
        AlignFrame af = new AlignFrame(al, DEFAULT_WIDTH, DEFAULT_HEIGHT);
-      Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage("label.translation_of_params", new String[]{this.getTitle()}),\r
+      Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage("label.translation_of_params", new String[]{this.getTitle()}),
                DEFAULT_WIDTH, DEFAULT_HEIGHT);
      }
    }
@@ -4680,7 +4682,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
      else
      {
        AlignFrame af = new AlignFrame(al, DEFAULT_WIDTH, DEFAULT_HEIGHT);
-      Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage("label.translation_of_params", new String[]{this.getTitle()}),\r
+      Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage("label.translation_of_params", new String[]{this.getTitle()}),
                DEFAULT_WIDTH, DEFAULT_HEIGHT);
      }
    }
@@ -5193,8 +5195,8 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
      // TODO We probably want to store a sequence database checklist in
      // preferences and have checkboxes.. rather than individual sources selected
      // here
-    final JMenu rfetch = new JMenu(MessageManager.getString("action.fetch_db_references"));\r
-    rfetch.setToolTipText(MessageManager.getString("label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences"));\r
+    final JMenu rfetch = new JMenu(MessageManager.getString("action.fetch_db_references"));
+    rfetch.setToolTipText(MessageManager.getString("label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences"));
      webService.add(rfetch);
  
      final JCheckBoxMenuItem trimrs = new JCheckBoxMenuItem(MessageManager.getString("option.trim_retrieved_seqs"));
@@ -5208,8 +5210,8 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
      };
      });
      rfetch.add(trimrs);
-    JMenuItem fetchr = new JMenuItem(MessageManager.getString("label.standard_databases"));\r
-    fetchr.setToolTipText(MessageManager.getString("label.fetch_embl_uniprot"));\r
+    JMenuItem fetchr = new JMenuItem(MessageManager.getString("label.standard_databases"));
+    fetchr.setToolTipText(MessageManager.getString("label.fetch_embl_uniprot"));
      fetchr.addActionListener(new ActionListener()
      {
  
@@ -5313,7 +5315,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
                          .toArray(new DbSourceProxy[0]);
                  // fetch all entry
                  DbSourceProxy src = otherdb.get(0);
-                fetchr = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage("label.fetch_all_param", new String[]{src.getDbSource()}));\r
+                fetchr = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage("label.fetch_all_param", new String[]{src.getDbSource()}));
                  fetchr.addActionListener(new ActionListener()
                  {
                    @Override
diff --git a/src/jalview/gui/AlignViewport.java b/src/jalview/gui/AlignViewport.java

index f232e92..e999f80 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignViewport.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

index c83e1d4..6ae19a5 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

index 9afe54f..32ecc52 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

index ced0fef..1e87a93 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

index 0378753..a5b0716 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

index b18501e..c8aa505 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/AppJmol.java b/src/jalview/gui/AppJmol.java

index 1af0cb3..eab3580 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppJmol.java
+++ b/src/jalview/gui/AppJmol.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
@@ -200,7 +202,7 @@ public class AppJmol extends GStructureViewer implements Runnable,
                public void itemStateChanged(ItemEvent e)
                {
                  alignStructs.setEnabled(_alignwith.size() > 0);
-                alignStructs.setToolTipText(MessageManager.formatMessage("label.align_structures_using_linked_alignment_views", new String[] {new Integer(_alignwith.size()).toString()}));\r
+                alignStructs.setToolTipText(MessageManager.formatMessage("label.align_structures_using_linked_alignment_views", new String[] {new Integer(_alignwith.size()).toString()}));
                }
              });
      handler.itemStateChanged(null);
@@ -617,7 +619,7 @@ public class AppJmol extends GStructureViewer implements Runnable,
      {
        return;
      }
-    JMenuItem menuItem = new JMenuItem(MessageManager.getString("label.all"));\r
+    JMenuItem menuItem = new JMenuItem(MessageManager.getString("label.all"));
      menuItem.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent evt)
@@ -871,7 +873,7 @@ public class AppJmol extends GStructureViewer implements Runnable,
  
      chooser.setFileView(new JalviewFileView());
      chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
-    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));\r
+    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
  
      int value = chooser.showSaveDialog(this);
  
@@ -919,7 +921,7 @@ public class AppJmol extends GStructureViewer implements Runnable,
        cap.dispose();
        return;
      }
-    jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"),\r
+    jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"),
              550, 600);
    }
  
diff --git a/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java b/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

index af40504..7fa300e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java
+++ b/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/AppVarna.java b/src/jalview/gui/AppVarna.java

index 21f809f..d9795f0 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppVarna.java
+++ b/src/jalview/gui/AppVarna.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java b/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

index ce0f3df..574a2da 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java
+++ b/src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java b/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

index 0c215c7..939f572 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java
+++ b/src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/BlogReader.java b/src/jalview/gui/BlogReader.java

index 3fd9569..759b600 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/BlogReader.java
+++ b/src/jalview/gui/BlogReader.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/Console.java b/src/jalview/gui/Console.java

index b3070e0..5f06bad 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Console.java
+++ b/src/jalview/gui/Console.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java b/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java

index 1326e41..961ea33 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java
+++ b/src/jalview/gui/CutAndPasteHtmlTransfer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

index 5465d33..77d8fc7 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

index 24e2a1f..329990e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
+++ b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/Desktop.java b/src/jalview/gui/Desktop.java

index 51b6ed4..9f028ab 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Desktop.java
+++ b/src/jalview/gui/Desktop.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/EPSOptions.java b/src/jalview/gui/EPSOptions.java

index 7d6dcef..691b3d0 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/EPSOptions.java
+++ b/src/jalview/gui/EPSOptions.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java b/src/jalview/gui/EditNameDialog.java

index 0111563..8db5bb2 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java b/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java

index 8d9df0e..1030431 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

index 28ecc86..b6a26b0 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java b/src/jalview/gui/FeatureSettings.java

index daae5a5..3f1cc0d 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/Finder.java b/src/jalview/gui/Finder.java

index 727e103..9c31e11 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Finder.java
+++ b/src/jalview/gui/Finder.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/FontChooser.java b/src/jalview/gui/FontChooser.java

index 61a3ada..a4ddfde 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/FontChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/FontChooser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java b/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java

index 83e266f..33f7cb1 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java
+++ b/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java b/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java

index 252a562..297dc48 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java
+++ b/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/IdCanvas.java b/src/jalview/gui/IdCanvas.java

index 0b17733..91b23e4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/IdCanvas.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/IdPanel.java b/src/jalview/gui/IdPanel.java

index 766d583..ee779f7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/IdPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java b/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java

index 0aa302c..0c53c58 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java
+++ b/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java b/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java

index 7343eab..30fbe13 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java
+++ b/src/jalview/gui/JDatabaseTree.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML.java

index 7a71d79..f9e782f 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java
+++ b/src/jalview/gui/Jalview2XML.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java

index d4c8e3b..7980be1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
+++ b/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/JalviewAppender.java b/src/jalview/gui/JalviewAppender.java

index 51c76c0..481fd34 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewAppender.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewAppender.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java b/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java

index 1cd0abf..f764277 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/JalviewDialog.java b/src/jalview/gui/JalviewDialog.java

index 7340a86..1aee71e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewDialog.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java b/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java

index 9bf29cd..c420dc0 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
+++ b/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/MenuChooser.java b/src/jalview/gui/MenuChooser.java

index 2ea7bca..d09c5a5 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/MenuChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/MenuChooser.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import java.awt.BorderLayout;
diff --git a/src/jalview/gui/OOMWarning.java b/src/jalview/gui/OOMWarning.java

index 2beae9c..8a61757 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OOMWarning.java
+++ b/src/jalview/gui/OOMWarning.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java b/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java

index d072378..06a11d4 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java
+++ b/src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java b/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java

index 87e17eb..ad50b5a 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java
+++ b/src/jalview/gui/OptsParametersContainerI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java

index 440804b..e8555f7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/PCAPanel.java b/src/jalview/gui/PCAPanel.java

index 254f5fa..213b748 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PCAPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java

index 3a07e65..a723662 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
+++ b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

index f237e72..e2c7269 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/PopupMenu.java b/src/jalview/gui/PopupMenu.java

index 6974d96..038477f 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PopupMenu.java
+++ b/src/jalview/gui/PopupMenu.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
@@ -32,7 +34,7 @@ import jalview.io.*;
  import jalview.schemes.*;
  import jalview.util.GroupUrlLink;
  import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
-import jalview.util.MessageManager;\r
+import jalview.util.MessageManager;
  import jalview.util.UrlLink;
  
  /**
@@ -286,7 +288,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
              final String rnastruc = aa[i].getRNAStruc();
              final String structureLine = aa[i].label;
              menuItem = new JMenuItem();
-            menuItem.setText(MessageManager.formatMessage("label.2d_rna_structure_line", new String[]{structureLine}));\r
+            menuItem.setText(MessageManager.formatMessage("label.2d_rna_structure_line", new String[]{structureLine}));
              menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
              
              {
@@ -324,7 +326,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
  
                // TODO: make rnastrucF a bit more nice
                menuItem = new JMenuItem();
-              menuItem.setText(MessageManager.formatMessage("label.2d_rna_sequence_name", new String[]{seq.getName()}));\r
+              menuItem.setText(MessageManager.formatMessage("label.2d_rna_sequence_name", new String[]{seq.getName()}));
                menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
                {
                  public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -343,7 +345,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
  
        }
  
-      menuItem = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));\r
+      menuItem = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
        menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
        {
          public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -356,7 +358,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
        if (ap.av.getSelectionGroup() != null
                && ap.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
        {
-        menuItem = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage("label.represent_group_with", new String[]{seq.getName()}));\r
+        menuItem = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage("label.represent_group_with", new String[]{seq.getName()}));
          menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
          {
            public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -374,7 +376,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
                  - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
          {
-          menuItem = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));\r
+          menuItem = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
            menuItem.addActionListener(new ActionListener()
            {
              public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -394,7 +396,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
      if (ap.av.hasHiddenRows())
      {
        {
-        menuItem = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));\r
+        menuItem = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
          menuItem.addActionListener(new ActionListener()
          {
            public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -417,8 +419,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
  
      if (sg != null && sg.getSize() > 0)
      {      
-      groupName.setText(MessageManager.formatMessage("label.name_param", new String[]{sg.getName()}));\r
-      groupName.setText(MessageManager.getString("label.edit_name_and_description_current_group"));\r
+      groupName.setText(MessageManager.formatMessage("label.name_param", new String[]{sg.getName()}));
+      groupName.setText(MessageManager.getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
  
        if (sg.cs instanceof ZappoColourScheme)
        {
@@ -520,13 +522,13 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          final JMenuItem gpdbview,rpdbview;
          if (pdbe.size() == 1)
          {
-          structureMenu.add(gpdbview = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage("label.view_structure_for", new String[]{sqass.getDisplayId(false)})));\r
+          structureMenu.add(gpdbview = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage("label.view_structure_for", new String[]{sqass.getDisplayId(false)})));
          }
          else
          {
-          structureMenu.add(gpdbview = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage("label.view_all_structures", new String[]{new Integer(pdbe.size()).toString()})));          \r
+          structureMenu.add(gpdbview = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage("label.view_all_structures", new String[]{new Integer(pdbe.size()).toString()})));          
          }
-        gpdbview.setToolTipText(MessageManager.getString("label.open_new_jmol_view_with_all_structures_associated_current_selection_superimpose_using_alignment"));\r
+        gpdbview.setToolTipText(MessageManager.getString("label.open_new_jmol_view_with_all_structures_associated_current_selection_superimpose_using_alignment"));
          gpdbview.addActionListener(new ActionListener()
          {
  
@@ -562,11 +564,11 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
      {
        createGroupMenuItem.setVisible(true);
        unGroupMenuItem.setVisible(false);
-      jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));\r
+      jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
      } else {
        createGroupMenuItem.setVisible(false);
        unGroupMenuItem.setVisible(true);
-      jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));\r
+      jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
      }
  
      if (seq == null)
@@ -578,7 +580,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
      if (links != null && links.size() > 0)
      {
  
-      JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));\r
+      JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
        Vector linkset = new Vector();
        for (int i = 0; i < links.size(); i++)
        {
@@ -705,10 +707,10 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
      // menu appears asap
      // sequence only URLs
      // ID/regex match URLs
-    groupLinksMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.group_link"));\r
+    groupLinksMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.group_link"));
      JMenu[] linkMenus = new JMenu[]
-    { null, new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")), new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),\r
-        new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) }; // three types of url that might be\r
+    { null, new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")), new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
+        new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) }; // three types of url that might be
                                            // created.
      SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
      String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
@@ -831,7 +833,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
      }
      if (addMenu)
      {
-      groupLinksMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.group_link"));\r
+      groupLinksMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.group_link"));
        for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
        {
          if (linkMenus[m] != null
@@ -857,7 +859,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
    private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, final String url)
    {
      JMenuItem item = new JMenuItem(label);
-    item.setToolTipText(MessageManager.formatMessage("label.open_url_param", new String[]{url}));\r
+    item.setToolTipText(MessageManager.formatMessage("label.open_url_param", new String[]{url}));
      item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -892,8 +894,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
            final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
    {
      JMenuItem item = new JMenuItem(label);
-    item.setToolTipText(MessageManager.formatMessage("label.open_url_seqs_param", new Object[]{urlgenerator.getUrl_prefix(),urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub)}));\r
-    // TODO: put in info about what is being sent.\r
+    item.setToolTipText(MessageManager.formatMessage("label.open_url_seqs_param", new Object[]{urlgenerator.getUrl_prefix(),urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub)}));
+    // TODO: put in info about what is being sent.
      item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -926,9 +928,9 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
     */
    private void jbInit() throws Exception
    {
-    groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.group"));\r
-    groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));\r
-    groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));\r
+    groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.group"));
+    groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
+    groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
      groupName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -936,8 +938,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          groupName_actionPerformed();
        }
      });
-    sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));\r
-    sequenceName.setText(MessageManager.getString("label.edit_name_description"));\r
+    sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
+    sequenceName.setText(MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
      sequenceName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -945,7 +947,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          sequenceName_actionPerformed();
        }
      });
-    sequenceDetails.setText(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");\r
+    sequenceDetails.setText(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
      sequenceDetails.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -953,7 +955,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          sequenceDetails_actionPerformed();
        }
      });
-    sequenceSelDetails.setText(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");\r
+    sequenceSelDetails.setText(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
      sequenceSelDetails
              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
              {
@@ -963,7 +965,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
                }
              });
      PIDColour.setFocusPainted(false);
-    unGroupMenuItem.setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));\r
+    unGroupMenuItem.setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
      unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -971,7 +973,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          unGroupMenuItem_actionPerformed();
        }
      });
-    createGroupMenuItem.setText(MessageManager.getString("action.create_group"));\r
+    createGroupMenuItem.setText(MessageManager.getString("action.create_group"));
      createGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -980,7 +982,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
        }
      });
  
-    outline.setText(MessageManager.getString("action.border_colour"));\r
+    outline.setText(MessageManager.getString("action.border_colour"));
      outline.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -988,7 +990,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          outline_actionPerformed();
        }
      });
-    nucleotideMenuItem.setText(MessageManager.getString("label.nucleotide"));\r
+    nucleotideMenuItem.setText(MessageManager.getString("label.nucleotide"));
      nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -996,8 +998,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          nucleotideMenuItem_actionPerformed();
        }
      });
-    colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));\r
-    showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));\r
+    colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
+    showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
      showBoxes.setState(true);
      showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
      {
@@ -1006,7 +1008,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          showBoxes_actionPerformed();
        }
      });
-    showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));\r
+    showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
      showText.setState(true);
      showText.addActionListener(new ActionListener()
      {
@@ -1015,7 +1017,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          showText_actionPerformed();
        }
      });
-    showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));\r
+    showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
      showColourText.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1023,7 +1025,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          showColourText_actionPerformed();
        }
      });
-    displayNonconserved.setText(MessageManager.getString("label.show_non_conversed"));\r
+    displayNonconserved.setText(MessageManager.getString("label.show_non_conversed"));
      displayNonconserved.setState(true);
      displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
      {
@@ -1032,8 +1034,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          showNonconserved_actionPerformed();
        }
      });
-    editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));\r
-    cut.setText(MessageManager.getString("action.cut"));\r
+    editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
+    cut.setText(MessageManager.getString("action.cut"));
      cut.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1041,7 +1043,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          cut_actionPerformed();
        }
      });
-    upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));\r
+    upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
      upperCase.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1049,7 +1051,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          changeCase(e);
        }
      });
-    copy.setText(MessageManager.getString("action.copy"));\r
+    copy.setText(MessageManager.getString("action.copy"));
      copy.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1057,7 +1059,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          copy_actionPerformed();
        }
      });
-    lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));\r
+    lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
      lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1065,7 +1067,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          changeCase(e);
        }
      });
-    toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));\r
+    toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
      toggle.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1073,8 +1075,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          changeCase(e);
        }
      });
-    pdbMenu.setText(MessageManager.getString("label.associate_structure_with_sequence"));\r
-    pdbFromFile.setText(MessageManager.getString("label.from_file"));\r
+    pdbMenu.setText(MessageManager.getString("label.associate_structure_with_sequence"));
+    pdbFromFile.setText(MessageManager.getString("label.from_file"));
      pdbFromFile.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1108,7 +1110,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
  //             }
  //      }   
  //    });
-    enterPDB.setText(MessageManager.getString("label.enter_pdb_id"));\r
+    enterPDB.setText(MessageManager.getString("label.enter_pdb_id"));
      enterPDB.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1116,7 +1118,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          enterPDB_actionPerformed();
        }
      });
-    discoverPDB.setText(MessageManager.getString("label.discover_pdb_ids"));\r
+    discoverPDB.setText(MessageManager.getString("label.discover_pdb_ids"));
      discoverPDB.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1124,8 +1126,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          discoverPDB_actionPerformed();
        }
      });
-    outputMenu.setText(MessageManager.getString("label.out_to_textbox") + "...");\r
-    sequenceFeature.setText(MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));\r
+    outputMenu.setText(MessageManager.getString("label.out_to_textbox") + "...");
+    sequenceFeature.setText(MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
      sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1133,7 +1135,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          sequenceFeature_actionPerformed();
        }
      });
-    textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));\r
+    textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
      textColour.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1141,11 +1143,11 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          textColour_actionPerformed();
        }
      });
-    jMenu1.setText(MessageManager.getString("label.group"));\r
-    structureMenu.setText(MessageManager.getString("label.structure"));\r
-    viewStructureMenu.setText(MessageManager.getString("label.view_structure"));\r
+    jMenu1.setText(MessageManager.getString("label.group"));
+    structureMenu.setText(MessageManager.getString("label.structure"));
+    viewStructureMenu.setText(MessageManager.getString("label.view_structure"));
      // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
-    editSequence.setText(MessageManager.getString("label.edit_sequence") + "...");\r
+    editSequence.setText(MessageManager.getString("label.edit_sequence") + "...");
      editSequence.addActionListener(new ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
@@ -1238,7 +1240,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
      structureMenu.add(pdbMenu);
      structureMenu.add(viewStructureMenu);
      // structureMenu.add(colStructureMenu);
-    noColourmenuItem.setText(MessageManager.getString("label.none"));\r
+    noColourmenuItem.setText(MessageManager.getString("label.none"));
      noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1247,7 +1249,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
        }
      });
  
-    clustalColour.setText(MessageManager.getString("label.clustalx_colours"));\r
+    clustalColour.setText(MessageManager.getString("label.clustalx_colours"));
      clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1255,7 +1257,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          clustalColour_actionPerformed();
        }
      });
-    zappoColour.setText(MessageManager.getString("label.zappo"));\r
+    zappoColour.setText(MessageManager.getString("label.zappo"));
      zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1263,7 +1265,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          zappoColour_actionPerformed();
        }
      });
-    taylorColour.setText(MessageManager.getString("label.taylor"));\r
+    taylorColour.setText(MessageManager.getString("label.taylor"));
      taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1271,7 +1273,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          taylorColour_actionPerformed();
        }
      });
-    hydrophobicityColour.setText(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));\r
+    hydrophobicityColour.setText(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
      hydrophobicityColour
              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
              {
@@ -1280,7 +1282,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
                  hydrophobicityColour_actionPerformed();
                }
              });
-    helixColour.setText(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));\r
+    helixColour.setText(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
      helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1288,7 +1290,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          helixColour_actionPerformed();
        }
      });
-    strandColour.setText(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));\r
+    strandColour.setText(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
      strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1296,7 +1298,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          strandColour_actionPerformed();
        }
      });
-    turnColour.setText(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));\r
+    turnColour.setText(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
      turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1304,7 +1306,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          turnColour_actionPerformed();
        }
      });
-    buriedColour.setText(MessageManager.getString("label.buried_index"));\r
+    buriedColour.setText(MessageManager.getString("label.buried_index"));
      buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1312,7 +1314,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          buriedColour_actionPerformed();
        }
      });
-    abovePIDColour.setText(MessageManager.getString("label.above_identity_percentage"));\r
+    abovePIDColour.setText(MessageManager.getString("label.above_identity_percentage"));
      abovePIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1320,7 +1322,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          abovePIDColour_actionPerformed();
        }
      });
-    userDefinedColour.setText(MessageManager.getString("action.user_defined"));\r
+    userDefinedColour.setText(MessageManager.getString("action.user_defined"));
      userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1328,7 +1330,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          userDefinedColour_actionPerformed(e);
        }
      });
-    PIDColour.setText(MessageManager.getString("label.percentage_identity"));\r
+    PIDColour.setText(MessageManager.getString("label.percentage_identity"));
      PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1336,7 +1338,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          PIDColour_actionPerformed();
        }
      });
-    BLOSUM62Colour.setText(MessageManager.getString("label.blosum62"));\r
+    BLOSUM62Colour.setText(MessageManager.getString("label.blosum62"));
      BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
      {
        public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1344,7 +1346,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
          BLOSUM62Colour_actionPerformed();
        }
      });
-    purinePyrimidineColour.setText(MessageManager.getString("label.purine_pyrimidine"));\r
+    purinePyrimidineColour.setText(MessageManager.getString("label.purine_pyrimidine"));
      purinePyrimidineColour
              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
              {
@@ -1361,7 +1363,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
       * covariationColour_actionPerformed(); } });
       */
  
-    conservationMenuItem.setText(MessageManager.getString("label.conservation"));\r
+    conservationMenuItem.setText(MessageManager.getString("label.conservation"));
      conservationMenuItem
              .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
              {
@@ -1389,7 +1391,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
      StringBuffer contents = new StringBuffer();
      for (SequenceI seq : sequences)
      {
-      contents.append("<p><h2>" + MessageManager.formatMessage("label.create_sequence_details_report_annotation_for", new String[]{seq.getDisplayId(true)})\r
+      contents.append("<p><h2>" + MessageManager.formatMessage("label.create_sequence_details_report_annotation_for", new String[]{seq.getDisplayId(true)})
                + "</h2></p><p>");
        new SequenceAnnotationReport(null)
                .createSequenceAnnotationReport(
@@ -1404,8 +1406,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
      }
      cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
  
-    Desktop.instance.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage("label.sequece_details_for", (sequences.length == 1 ? new String[]{sequences[0].getDisplayId(true)}: new String[]{MessageManager.getString("label.selection")}))\r
-               ,500, 400);\r
+    Desktop.instance.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage("label.sequece_details_for", (sequences.length == 1 ? new String[]{sequences[0].getDisplayId(true)}: new String[]{MessageManager.getString("label.selection")}))
+               ,500, 400);
  
    }
  
@@ -1592,7 +1594,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
    {
      SequenceGroup sg = getGroup();
  
-    if (e.getSource().equals(userDefinedColour))\r
+    if (e.getSource().equals(userDefinedColour))
      {
        new UserDefinedColours(ap, sg);
      }
@@ -1721,8 +1723,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
  
      SequenceGroup sg = getGroup();
      EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
-            sg.getDescription(), "       " + MessageManager.getString("label.group_name") + " ",\r
-            MessageManager.getString("label.group_description") + " ", MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),\r
+            sg.getDescription(), "       " + MessageManager.getString("label.group_name") + " ",
+            MessageManager.getString("label.group_description") + " ", MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
              ap.alignFrame);
  
      if (!dialog.accept)
@@ -1761,8 +1763,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
    void sequenceName_actionPerformed()
    {
      EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
-            sequence.getDescription(), "       " + MessageManager.getString("label.sequence_name") + " ",\r
-            MessageManager.getString("label.sequence_description") + " ", MessageManager.getString("label.edit_sequence_name_description"),\r
+            sequence.getDescription(), "       " + MessageManager.getString("label.sequence_name") + " ",
+            MessageManager.getString("label.sequence_description") + " ", MessageManager.getString("label.edit_sequence_name_description"),
              ap.alignFrame);
  
      if (!dialog.accept)
@@ -1775,8 +1777,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
        if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
        {
          JOptionPane.showMessageDialog(ap,
-                MessageManager.getString("label.spaces_converted_to_backslashes"),\r
-                MessageManager.getString("label.no_spaces_allowed_sequence_name"),\r
+                MessageManager.getString("label.spaces_converted_to_backslashes"),
+                MessageManager.getString("label.no_spaces_allowed_sequence_name"),
                  JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
        }
  
@@ -1819,7 +1821,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
    protected void outline_actionPerformed()
    {
      SequenceGroup sg = getGroup();
-    Color col = JColorChooser.showDialog(this, MessageManager.getString("label.select_outline_colour"),\r
+    Color col = JColorChooser.showDialog(this, MessageManager.getString("label.select_outline_colour"),
              Color.BLUE);
  
      if (col != null)
@@ -1876,8 +1878,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
        JOptionPane
                .showInternalMessageDialog(
                        Desktop.desktop,
-                      MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),\r
-                      MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
+                      MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
+                      MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  
        ex.printStackTrace();
      }
@@ -1943,17 +1945,17 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
  
        if (source == toggle)
        {
-        description = MessageManager.getString("label.toggle_case");\r
+        description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
          caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
        }
        else if (source == upperCase)
        {
-        description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");\r
+        description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
          caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
        }
        else
        {
-        description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");\r
+        description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
          caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
        }
  
@@ -1974,7 +1976,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
      CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
      cap.setForInput(null);
      Desktop.addInternalFrame(cap,
-            MessageManager.formatMessage("label.alignment_output_command", new String[]{e.getActionCommand()}), 600, 500);\r
+            MessageManager.formatMessage("label.alignment_output_command", new String[]{e.getActionCommand()}), 600, 500);
  
      String[] omitHidden = null;
  
@@ -2005,8 +2007,8 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
      jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
              jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
      chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
-    chooser.setDialogTitle(MessageManager.formatMessage("label.select_pdb_file_for", new String[]{sequence.getDisplayId(false)}));\r
-    chooser.setToolTipText(MessageManager.formatMessage("label.load_pdb_file_associate_with_sequence", new String[]{new Integer(sequence.getDisplayId(false)).toString()}));\r
+    chooser.setDialogTitle(MessageManager.formatMessage("label.select_pdb_file_for", new String[]{sequence.getDisplayId(false)}));
+    chooser.setToolTipText(MessageManager.formatMessage("label.load_pdb_file_associate_with_sequence", new String[]{new Integer(sequence.getDisplayId(false)).toString()}));
  
      int value = chooser.showOpenDialog(null);
  
@@ -2034,7 +2036,7 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
    public void enterPDB_actionPerformed()
    {
      String id = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
-            MessageManager.getString("label.enter_pdb_id"), MessageManager.getString("label.enter_pdb_id"), JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
+            MessageManager.getString("label.enter_pdb_id"), MessageManager.getString("label.enter_pdb_id"), JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
  
      if (id != null && id.length() > 0)
      {
@@ -2140,12 +2142,12 @@ public class PopupMenu extends JPopupMenu
  
        EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
                sequence.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
-                      sg.getEndRes() + 1), null, MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null,\r
-                      MessageManager.getString("label.edit_sequence"), ap.alignFrame);\r
+                      sg.getEndRes() + 1), null, MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null,
+                      MessageManager.getString("label.edit_sequence"), ap.alignFrame);
  
        if (dialog.accept)
        {
-        EditCommand editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("label.edit_sequences"),\r
+        EditCommand editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
                  EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
                          ap.av.getGapCharacter()),
                  sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
diff --git a/src/jalview/gui/Preferences.java b/src/jalview/gui/Preferences.java

index 3a0489a..6ebdc07 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Preferences.java
+++ b/src/jalview/gui/Preferences.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java b/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java

index 89d80e5..937d741 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
+++ b/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

index 8ba1feb..5e7f2a1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
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diff --git a/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java b/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java

index 8359f0a..508c55c 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/RestInputParamEditDialog.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java b/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java

index 6f099e3..de71f6c 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java
+++ b/src/jalview/gui/RestServiceEditorPane.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java

index 263f0dc..b8de5fb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/ScalePanel.java b/src/jalview/gui/ScalePanel.java

index e7151dd..9daa67e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/ScalePanel.java
+++ b/src/jalview/gui/ScalePanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/ScriptWindow.java b/src/jalview/gui/ScriptWindow.java

index faf1567..d935eb7 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ScriptWindow.java
+++ b/src/jalview/gui/ScriptWindow.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java

index 690c048..d5b81f1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/SeqPanel.java b/src/jalview/gui/SeqPanel.java

index f371879..03821d7 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

index a1a83ee..90e7b44 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

index 691aa7e..bcbebbd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/SliderPanel.java b/src/jalview/gui/SliderPanel.java

index 424aabe..1bac450 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SliderPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SliderPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/SplashScreen.java b/src/jalview/gui/SplashScreen.java

index 653b1fd..c4bdc03 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SplashScreen.java
+++ b/src/jalview/gui/SplashScreen.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java

index a694fa2..dc705b2 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java

index 81abf03..37bb6e9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/TreePanel.java b/src/jalview/gui/TreePanel.java

index d50a11b..5ce8e36 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreePanel.java
+++ b/src/jalview/gui/TreePanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

index df95a49..eb9e9c3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
@@ -144,7 +146,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
      colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
      frame = new JInternalFrame();
      frame.setContentPane(this);
-    Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("label.user_defined_colours"), 720, 370, true);\r
+    Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("label.user_defined_colours"), 720, 370, true);
  
      if (seqGroup != null)
      {
@@ -504,8 +506,8 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
              { "jc" }, new String[]
              { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
      chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
-    chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.load_colour_scheme"));\r
-    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));\r
+    chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.load_colour_scheme"));
+    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
  
      int value = chooser.showOpenDialog(this);
  
@@ -738,7 +740,7 @@ public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  
      chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
      chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
-    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));\r
+    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
  
      int value = chooser.showSaveDialog(this);
  
diff --git a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java b/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java

index 8c8c283..62852bf 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java
+++ b/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java

index 5e078fd..b789040 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
+++ b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java b/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java

index 7cada03..e9cdcef 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java
+++ b/src/jalview/gui/ViewSelectionMenu.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java

index ca6650b..985c624 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
+++ b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/WsJobParameters.java b/src/jalview/gui/WsJobParameters.java

index 30e4fbe..40bb5be 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsJobParameters.java
+++ b/src/jalview/gui/WsJobParameters.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java b/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java

index 6d1dcb5..dec4745 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java
+++ b/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/gui/WsPreferences.java b/src/jalview/gui/WsPreferences.java

index d4663a2..6e3da27 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsPreferences.java
+++ b/src/jalview/gui/WsPreferences.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.gui;
diff --git a/src/jalview/io/AMSAFile.java b/src/jalview/io/AMSAFile.java

index c39675b..b51daa5 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/AMSAFile.java
+++ b/src/jalview/io/AMSAFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/AlignFile.java b/src/jalview/io/AlignFile.java

index 0b9a537..bb90d2d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AlignFile.java
+++ b/src/jalview/io/AlignFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/AlignmentProperties.java b/src/jalview/io/AlignmentProperties.java

index 4b428cd..9f33fb4 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/AlignmentProperties.java
+++ b/src/jalview/io/AlignmentProperties.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/AnnotationFile.java b/src/jalview/io/AnnotationFile.java

index 82307a9..668aa3c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AnnotationFile.java
+++ b/src/jalview/io/AnnotationFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java b/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

index 417daba..b22b8d3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
+++ b/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/BLCFile.java b/src/jalview/io/BLCFile.java

index 4a07ac4..66f9d8e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/BLCFile.java
+++ b/src/jalview/io/BLCFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/ClansFile.java b/src/jalview/io/ClansFile.java

index a06234e..7c8fb9b 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/ClansFile.java
+++ b/src/jalview/io/ClansFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/ClustalFile.java b/src/jalview/io/ClustalFile.java

index 08d9992..34f25dd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ClustalFile.java
+++ b/src/jalview/io/ClustalFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/DBRefFile.java b/src/jalview/io/DBRefFile.java

index fd81300..39c3143 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/DBRefFile.java
+++ b/src/jalview/io/DBRefFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/FastaFile.java b/src/jalview/io/FastaFile.java

index 2db0ded..9aff348 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FastaFile.java
+++ b/src/jalview/io/FastaFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/FeaturesFile.java b/src/jalview/io/FeaturesFile.java

index 5ecf674..87b829f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FeaturesFile.java
+++ b/src/jalview/io/FeaturesFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/FileLoader.java b/src/jalview/io/FileLoader.java

index 1659e2c..0673522 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileLoader.java
+++ b/src/jalview/io/FileLoader.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/FileParse.java b/src/jalview/io/FileParse.java

index 47583f0..ed9fb7e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileParse.java
+++ b/src/jalview/io/FileParse.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/FormatAdapter.java b/src/jalview/io/FormatAdapter.java

index 3d33fae..13dbb95 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FormatAdapter.java
+++ b/src/jalview/io/FormatAdapter.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/HTMLOutput.java b/src/jalview/io/HTMLOutput.java

index 28141e8..ac7f5b3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/HTMLOutput.java
+++ b/src/jalview/io/HTMLOutput.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/IdentifyFile.java b/src/jalview/io/IdentifyFile.java

index f80b3ca..2629896 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/IdentifyFile.java
+++ b/src/jalview/io/IdentifyFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/InputStreamParser.java b/src/jalview/io/InputStreamParser.java

index 19cbad9..e2d39f2 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/InputStreamParser.java
+++ b/src/jalview/io/InputStreamParser.java
@@ -1,19 +1,22 @@
  /*
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- * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
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   */
  package jalview.io;
  
diff --git a/src/jalview/io/JPredFile.java b/src/jalview/io/JPredFile.java

index 0a1c408..c2bbe9e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JPredFile.java
+++ b/src/jalview/io/JPredFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  /**
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java b/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java

index 34c1fdd..90e3229 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  //////////////////////////////////////////////////////////////////
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java b/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java

index 9bfc25a..2a8f078 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileView.java b/src/jalview/io/JalviewFileView.java

index 6609f38..6df223a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileView.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileView.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java b/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

index f6bf105..dabd8ca 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
+++ b/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/MSFfile.java b/src/jalview/io/MSFfile.java

index 64e098d..05765e3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/MSFfile.java
+++ b/src/jalview/io/MSFfile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/MatrixFile.java b/src/jalview/io/MatrixFile.java

index af74360..09077d2 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/MatrixFile.java
+++ b/src/jalview/io/MatrixFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/ModellerDescription.java b/src/jalview/io/ModellerDescription.java

index 60433a8..b0371f9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ModellerDescription.java
+++ b/src/jalview/io/ModellerDescription.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/NewickFile.java b/src/jalview/io/NewickFile.java

index 15e901a..b4f3a33 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/NewickFile.java
+++ b/src/jalview/io/NewickFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  // NewickFile.java
diff --git a/src/jalview/io/PIRFile.java b/src/jalview/io/PIRFile.java

index 30d1dfb..28f553a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PIRFile.java
+++ b/src/jalview/io/PIRFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/PfamFile.java b/src/jalview/io/PfamFile.java

index 5758ea2..a7faacb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PfamFile.java
+++ b/src/jalview/io/PfamFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io;
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index efe80e5..6294312 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PileUpfile.java
+++ b/src/jalview/io/PileUpfile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/RnamlFile.java b/src/jalview/io/RnamlFile.java

index 7b89909..2b9a7b0 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/RnamlFile.java
+++ b/src/jalview/io/RnamlFile.java
@@ -1,19 +1,22 @@
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  package jalview.io;
  
diff --git a/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java b/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java

index 9c42c9e..6fba9c6 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
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@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java b/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java

index 502eced..d0bf651 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
+++ b/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/StockholmFile.java b/src/jalview/io/StockholmFile.java

index accd100..24bb521 100644 (file)
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@@ -6,14 +6,16 @@
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  /*
diff --git a/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java b/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java

index d500b80..7e5f0c3 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
+++ b/src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java

index e682419..6472dd3 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
+++ b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java b/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

index a8672f0..584e21c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
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  package jalview.io;
diff --git a/src/jalview/io/packed/DataProvider.java b/src/jalview/io/packed/DataProvider.java

index 6a459be..95b434f 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/DataProvider.java
+++ b/src/jalview/io/packed/DataProvider.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  package jalview.io.packed;
diff --git a/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java b/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java

index 60149cf..69cefce 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java
+++ b/src/jalview/io/packed/JalviewDataset.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io.packed;
diff --git a/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java b/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java

index 623af73..df1acf1 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java
+++ b/src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io.packed;
diff --git a/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java b/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java

index d2dcd2c..1a1a24f 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java
+++ b/src/jalview/io/packed/SimpleDataProvider.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io.packed;
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java b/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java

index e0c7adf..6b449ee 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.io.vamsas;
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java

index 1aba737..74c5bd1 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package jalview.io.vamsas;
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java

index f9f056d..732af96 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io.vamsas;
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java

index c40ee8f..66560b1 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io.vamsas;
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java b/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java

index 9a063ec..030793d 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io.vamsas;
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java b/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java

index 1fc2de3..a2b5ff4 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io.vamsas;
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java b/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java

index 6ca2857..4eef152 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io.vamsas;
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java b/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java

index d8c2a95..3878a0a 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io.vamsas;
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java

index 02ce434..dbfaf37 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.io.vamsas;
diff --git a/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java b/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java

index 4a41509..788b28f 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java
+++ b/src/jalview/javascript/JSFunctionExec.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.javascript;
diff --git a/src/jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.java b/src/jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.java

index 5c4cb30..e200280 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.java
+++ b/src/jalview/javascript/JalviewLiteJsApi.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.javascript;
diff --git a/src/jalview/javascript/JsCallBack.java b/src/jalview/javascript/JsCallBack.java

index 2892bda..dfc9bfe 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JsCallBack.java
+++ b/src/jalview/javascript/JsCallBack.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.javascript;
diff --git a/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java b/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java

index 81164e9..d9e1b98 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java
+++ b/src/jalview/javascript/JsSelectionSender.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   *  
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.javascript;
diff --git a/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java b/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java

index 5319c65..19f7b11 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java
+++ b/src/jalview/javascript/MouseOverListener.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   *  
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.javascript;
diff --git a/src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java b/src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java

index a819ac4..465a672 100644 (file)
--- a/src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java
+++ b/src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.javascript;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

index 5f30b57..16e78f5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java b/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java

index a57beff..370d016 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java

index 2daa22e..3977d2f 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteHtmlTransfer.java
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  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java

index 76ff041..0a48d7e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java b/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java

index bddad08..6ba2c4f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java b/src/jalview/jbgui/GDesktop.java

index 51b4013..a7f3e95 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GDesktop.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GFinder.java b/src/jalview/jbgui/GFinder.java

index 8a9fb12..7705259 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GFinder.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GFinder.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java b/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java

index 47d7182..70ff918 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java

index 1e87a36..e2ad178 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java

index c2deb1b..c50f677 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java

index 3083d6e..d11d046 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java b/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java

index 25f34ff..c55ae45 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GRestInputParamEditDialog.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java b/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java

index b4c3065..651e961 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GRestServiceEditorPane.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java b/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java

index 7ca8ca5..90fd530 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GRnaStructureViewer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java

index 733b591..85088ce 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java

index 7e8e4fc..db86294 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java

index 44e71db..270acbe 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java b/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java

index d4f2254..ae6f784 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java b/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java

index d949760..f445d36 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java b/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java

index f774afe..ba6d99e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java b/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java

index 5ade737..31d4a0a 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   *  
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.jbgui;
diff --git a/src/jalview/math/Matrix.java b/src/jalview/math/Matrix.java

index ebfb688..7c31f73 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/Matrix.java
+++ b/src/jalview/math/Matrix.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.math;
diff --git a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java b/src/jalview/math/RotatableMatrix.java

index 57e237b..179c790 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java
+++ b/src/jalview/math/RotatableMatrix.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.math;
diff --git a/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java b/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

index 1c125a6..c0ddf71 100644 (file)
--- a/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
+++ b/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.renderer;
diff --git a/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java b/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java

index 6f42d0f..0439227 100644 (file)
--- a/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java
+++ b/src/jalview/renderer/AwtRenderPanelI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.renderer;
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java

index de2d90e..a28c76a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
@@ -6,24 +6,18 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- ******************************************************************************/
-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java

index 351b7c1..ea0d410 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
@@ -6,24 +6,18 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- ******************************************************************************/
-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java

index 16de020..a0e1ea1 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
@@ -6,24 +6,18 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- ******************************************************************************/
-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java

index b9b13cb..f5cd880 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java

index 93bc954..6167df8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColourScheme.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java

index ea63930..586c695 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java

index 7ec0068..5d85349 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java b/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java

index 21d516a..079e83f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/CalcIdParam.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java

index 8b792d9..a0d242b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java b/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java

index c5a94e5..4443606 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java

index c88a59b..3bc1a9e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
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- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java

index 826b002..8c40929 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java

index 44e8453..e482625 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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- * Schema.
- * $Id$
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  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java

index a3f39b5..713acae 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
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- * This class was automatically generated with 
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java b/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java

index 7023695..68ce92c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
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- * This class was automatically generated with 
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

index 3de1985..b909250 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java
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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

index 01df69a..52aed9a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java
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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java

index 51b9048..b4c35c1 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java
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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java

index e5942c5..b40ab80 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java
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@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java

index 80e3bf0..49f428a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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+/*
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java

index 09e963a..d9986c7 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java

index 10b1565..a66d8d4 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
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-/*******************************************************************************
+/*
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java

index 24694f3..a43e797 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java

index 3fb98be..255fc3e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java

index a5043b6..ee7ae0f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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- * This class was automatically generated with 
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java

index 4c2cc9b..24b6b11 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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-/*
- * This class was automatically generated with 
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java

index 287c3a9..8644745 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
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- * This class was automatically generated with 
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java b/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java

index 8511b4e..20bbac8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  /**
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java

index cffcfa1..b491cf0 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java

index 79b32fd..4dcbfc5 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java

index 66967fb..4ada896 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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-/*
- * This class was automatically generated with 
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java

index a65618b..fe146fa 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java

index dea404a..4924a5c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java

index df59662..209c03a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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@@ -6,24 +6,18 @@
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   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java

index 5d9e7a8..d20ec15 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
@@ -6,24 +6,18 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- ******************************************************************************/
-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java b/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java

index f22fad9..92fb2f7 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java

index 3475619..f5dab4d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java

index 7b9091f..175c852 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java

index d145368..55c0024 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java

index 253b696..76f0ad9 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java

index 76bf166..2a7d463 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java

index 287ee77..f0228a0 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java
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- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

index 77de1ea..03bd2a9 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java b/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java

index ff8d694..0cf7c49 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java

index 478d41c..6601bfa 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java

index ecc51bc..79c9abe 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
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   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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- * This class was automatically generated with 
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java

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+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColourSchemeDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java

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- * Schema.
- * $Id$
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  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java

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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java

index 4c1434f..c87e9de 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/CalcIdParamDescriptor.java
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java

index f01acac..4f384b1 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
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-/*
- * This class was automatically generated with 
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java

index ea33df9..7399831 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java

index 9ed71b6..ebad366 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java

index 9479e8f..9ff05db 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java
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@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java

index 2e7e089..316777b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java

index d22883a..bad65ce 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java

index 31ded68..916a92c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

index c958b7e..aa7cbe9 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

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-/*******************************************************************************
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java

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- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
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  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

index 5a635fd..ff95611 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java

index 5a62258..d28378a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java

index 913f5f4..1efb210 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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index a38290d..27ee1c7 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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- * Schema.
- * $Id$
   */
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  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java

index d8e59f7..0c14ecf 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
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@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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index 718864f..60c5b1f 100644 (file)
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@@ -1,4 +1,4 @@
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   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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- * Schema.
- * $Id$
   */
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  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java

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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java

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- * Schema.
- * $Id$
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-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java

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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java

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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java

index 91b1190..c7dc025 100644 (file)
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java

index 48017b0..2a5817b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
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@@ -1,4 +1,4 @@
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java

index bd34ed6..bee6cb2 100644 (file)
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- * This class was automatically generated with 
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- * Schema.
- * $Id$
   */
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  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java

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@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
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  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java

index 7bb2d8c..dcdc8e4 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java
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@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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@@ -6,24 +6,18 @@
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java

index ac94bb9..8b2aa09 100644 (file)
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java

index e84d2a0..ea40444 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java

index 02a3684..80629f8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
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- * This class was automatically generated with 
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java

index 4fee9d0..87c6196 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java

index dc0158c..69b4841 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java

index f3cf66c..474daad 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java

index d72b379..e190888 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

index 54c34a9..4cc6bfc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java

index 94b5388..00139d4 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
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   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java

index 4920b5a..3e3ee2d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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-/*
- * This class was automatically generated with 
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java

index 27fdd96..e57d45b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java
@@ -1,4 +1,4 @@
-/*******************************************************************************
+/*
   * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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- * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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- * Schema.
- * $Id$
   */
-
  package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  
  //---------------------------------/
diff --git a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java

index c6daa66..e6128c9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
+++ b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java b/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

index fb6a392..d914168 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java b/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java

index 247ecf8..e9220b2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java

index e726cb9..8bb1acd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

index 7adc54c..c1550cc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

index e680e04..385e080 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/Consensus.java b/src/jalview/schemes/Consensus.java

index c8c99bf..1016ccb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Consensus.java
+++ b/src/jalview/schemes/Consensus.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java b/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java

index 223b249..e0521f4 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/FollowerColourScheme.java b/src/jalview/schemes/FollowerColourScheme.java

index 32e9316..da51e03 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/FollowerColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/FollowerColourScheme.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ *  
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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+ */
  package jalview.schemes;
  
  import jalview.analysis.Conservation;
diff --git a/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java b/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java

index 2069dce..e8bf483 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java
+++ b/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java

index 655c488..466ff0b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java

index 2cc0b91..50e297a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

index 5844aa2..f32e291 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

index 65a2375..bccf964 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java b/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java

index df5e171..6bc28ac 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/PurinePyrimidineColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java

index 4cfa45b..46fa626 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java
+++ b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColour.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java

index 1596f46..a7bdd8e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java
+++ b/src/jalview/schemes/RNAHelicesColourChooser.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java b/src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java

index 42f4feb..2738f22 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/RNAInteractionColourScheme.java
@@ -1,19 +1,22 @@
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   package jalview.schemes;
  
diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

index 6058e56..e6b942b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

index 301a410..1780a4a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

index 505af0b..2a377a2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java b/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java

index 1abcfbe..a0e632f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java
+++ b/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java b/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java

index 631ca29..e7f8ae8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java

index 1fb4cbb..7caa735 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/TCoffeeColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java

index 0a912d2..59d696d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java
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@@ -6,14 +6,16 @@
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java

index 004d037..ce676b4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java

index d73bed2..89ed91b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java

index f3c1d5d..f4aef2a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java b/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java

index 7b871be..ebebc6a 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java
+++ b/src/jalview/structure/AlignmentViewPanelListener.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/structure/SecondaryStructureListener.java b/src/jalview/structure/SecondaryStructureListener.java

index 7716039..2402f87 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SecondaryStructureListener.java
+++ b/src/jalview/structure/SecondaryStructureListener.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/structure/SelectionListener.java b/src/jalview/structure/SelectionListener.java

index 7092e74..ec7aed1 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SelectionListener.java
+++ b/src/jalview/structure/SelectionListener.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/structure/SelectionSource.java b/src/jalview/structure/SelectionSource.java

index 6a316c1..0c54ebf 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SelectionSource.java
+++ b/src/jalview/structure/SelectionSource.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/structure/SequenceListener.java b/src/jalview/structure/SequenceListener.java

index 6bdefe0..83a9fd0 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SequenceListener.java
+++ b/src/jalview/structure/SequenceListener.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/structure/StructureListener.java b/src/jalview/structure/StructureListener.java

index 1307346..8ac002b 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureListener.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureListener.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/structure/StructureMapping.java b/src/jalview/structure/StructureMapping.java

index a8efcda..d2dcb34 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureMapping.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureMapping.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java b/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java

index 01d83c3..0901680 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureMappingcommandSet.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java b/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java

index c69b3ad..c6f8f17 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
+++ b/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/structure/VamsasListener.java b/src/jalview/structure/VamsasListener.java

index 2549b17..26ebdc1 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/VamsasListener.java
+++ b/src/jalview/structure/VamsasListener.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/structure/VamsasSource.java b/src/jalview/structure/VamsasSource.java

index 6e7d1a7..3c8ec56 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/VamsasSource.java
+++ b/src/jalview/structure/VamsasSource.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.structure;
diff --git a/src/jalview/util/AWTConsole.java b/src/jalview/util/AWTConsole.java

index 6b0ee62..9aaa307 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/AWTConsole.java
+++ b/src/jalview/util/AWTConsole.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/BrowserLauncher.java b/src/jalview/util/BrowserLauncher.java

index 2e4a262..a0f9523 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/BrowserLauncher.java
+++ b/src/jalview/util/BrowserLauncher.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/ColorUtils.java b/src/jalview/util/ColorUtils.java

index 7e3a88f..f108da1 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/ColorUtils.java
+++ b/src/jalview/util/ColorUtils.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  /**
diff --git a/src/jalview/util/Comparison.java b/src/jalview/util/Comparison.java

index 08d2c88..8931b23 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/Comparison.java
+++ b/src/jalview/util/Comparison.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/DBRefUtils.java b/src/jalview/util/DBRefUtils.java

index 98a6b70..a757d79 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/DBRefUtils.java
+++ b/src/jalview/util/DBRefUtils.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/Format.java b/src/jalview/util/Format.java

index 5eedc44..a7b311b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/Format.java
+++ b/src/jalview/util/Format.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  /**
diff --git a/src/jalview/util/GroupUrlLink.java b/src/jalview/util/GroupUrlLink.java

index 1654aef..ea3f69f 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/GroupUrlLink.java
+++ b/src/jalview/util/GroupUrlLink.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/ImageMaker.java b/src/jalview/util/ImageMaker.java

index 750d6b3..c93f8e8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/ImageMaker.java
+++ b/src/jalview/util/ImageMaker.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/MapList.java b/src/jalview/util/MapList.java

index b6e7bcc..eb414b9 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/MapList.java
+++ b/src/jalview/util/MapList.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/MessageManager.java b/src/jalview/util/MessageManager.java

index 0ba7566..8adac34 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/MessageManager.java
+++ b/src/jalview/util/MessageManager.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.util;
  
  import java.text.MessageFormat;
diff --git a/src/jalview/util/ParseHtmlBodyAndLinks.java b/src/jalview/util/ParseHtmlBodyAndLinks.java

index e8996d5..2330cca 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/ParseHtmlBodyAndLinks.java
+++ b/src/jalview/util/ParseHtmlBodyAndLinks.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/Platform.java b/src/jalview/util/Platform.java

index b424142..21decf3 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/Platform.java
+++ b/src/jalview/util/Platform.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/QuickSort.java b/src/jalview/util/QuickSort.java

index ef88ffb..e3bb514 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/QuickSort.java
+++ b/src/jalview/util/QuickSort.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/ShiftList.java b/src/jalview/util/ShiftList.java

index 9cbad3a..2b3a8a4 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/ShiftList.java
+++ b/src/jalview/util/ShiftList.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/TableSorter.java b/src/jalview/util/TableSorter.java

index 06e994c..496ce5a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/TableSorter.java
+++ b/src/jalview/util/TableSorter.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/UrlLink.java b/src/jalview/util/UrlLink.java

index 5e08b0e..c716110 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/UrlLink.java
+++ b/src/jalview/util/UrlLink.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java b/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java

index 2c18175..86bf0eb 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java
+++ b/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.util;
diff --git a/src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java b/src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

index bb5cc7a..617800b 100644 (file)
--- a/src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java
+++ b/src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.viewmodel;
diff --git a/src/jalview/viewmodel/PCAModel.java b/src/jalview/viewmodel/PCAModel.java

index cb6deed..a501793 100644 (file)
--- a/src/jalview/viewmodel/PCAModel.java
+++ b/src/jalview/viewmodel/PCAModel.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.viewmodel;
diff --git a/src/jalview/workers/AlignCalcManager.java b/src/jalview/workers/AlignCalcManager.java

index 9d2c661..24de71e 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/AlignCalcManager.java
+++ b/src/jalview/workers/AlignCalcManager.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.workers;
diff --git a/src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java b/src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java

index 9fbd500..a54fb83 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java
+++ b/src/jalview/workers/AlignCalcWorker.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.workers;
diff --git a/src/jalview/workers/ConsensusThread.java b/src/jalview/workers/ConsensusThread.java

index 86cebc4..04f7440 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/ConsensusThread.java
+++ b/src/jalview/workers/ConsensusThread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.workers;
diff --git a/src/jalview/workers/ConservationThread.java b/src/jalview/workers/ConservationThread.java

index c440c0f..7ed50d8 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/ConservationThread.java
+++ b/src/jalview/workers/ConservationThread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   */
  package jalview.workers;
diff --git a/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java b/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java

index 3d0526a..1122663 100644 (file)
--- a/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java
+++ b/src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.workers;
diff --git a/src/jalview/ws/AWSThread.java b/src/jalview/ws/AWSThread.java

index 0167690..7ab1781 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/AWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/AWSThread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.ws;
diff --git a/src/jalview/ws/AWsJob.java b/src/jalview/ws/AWsJob.java

index 7e8c7b9..7362f22 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/AWsJob.java
+++ b/src/jalview/ws/AWsJob.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.ws;
diff --git a/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java b/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java

index f46779b..e8494e4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws;
diff --git a/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java b/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java

index c4c8d6b..ff715ba 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   */
  package jalview.ws;
diff --git a/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java b/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java

index 625c45a..8180bc8 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java
+++ b/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws;
diff --git a/src/jalview/ws/HttpClientUtils.java b/src/jalview/ws/HttpClientUtils.java

index 740b669..93566f8 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/HttpClientUtils.java
+++ b/src/jalview/ws/HttpClientUtils.java
@@ -1,19 +1,22 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
- * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws;
  
diff --git a/src/jalview/ws/JobStateSummary.java b/src/jalview/ws/JobStateSummary.java

index b41519e..34d99b6 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/JobStateSummary.java
+++ b/src/jalview/ws/JobStateSummary.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws;
diff --git a/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java b/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

index 2488f91..ad7b578 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/SequenceFetcher.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws;
diff --git a/src/jalview/ws/WSClient.java b/src/jalview/ws/WSClient.java

index e0f1b42..34b3eb9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/WSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/WSClient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws;
diff --git a/src/jalview/ws/WSClientI.java b/src/jalview/ws/WSClientI.java

index 9aaf829..051d306 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/WSClientI.java
+++ b/src/jalview/ws/WSClientI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package jalview.ws;
diff --git a/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java b/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java

index 9b75fae..49bc1e0 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java
+++ b/src/jalview/ws/WSMenuEntryProviderI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java b/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

index b704596..1672381 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

index dc08f6c..a4423b3 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

index 84726f9..e5f0c62 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.ws.dbsources;
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index b78b904..ee8eb79 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/EmblXmlSource.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

index 07c7252..07677d8 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java b/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java

index b28ce8a..b252900 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java b/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java

index 0643267..746ae04 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java b/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

index a0526e2..4b13110 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java b/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

index a07101a..bc12360 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Rfam.java b/src/jalview/ws/dbsources/Rfam.java

index 20986e4..3a115f1 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Rfam.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Rfam.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java b/src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java

index 9477963..483114c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java b/src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java

index 91a8540..1896eb4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java b/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java

index df8f1aa..359f2b1 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   */
  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java b/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java

index c900866..2f65b12 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/UnprotName.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java b/src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java

index dd2d155..d76bbb5 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.dbsources;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java

index 79e333e..622bf06 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/api/DasSourceRegistryI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.dbsources.das.api;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/jalviewSourceI.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/api/jalviewSourceI.java

index 009d64c..4160199 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/api/jalviewSourceI.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/api/jalviewSourceI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.dbsources.das.api;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java

index 1732734..c3916e7 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSequenceSource.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.dbsources.das.datamodel;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java

index 98140d7..08e14e8 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/DasSourceRegistry.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.dbsources.das.datamodel;
diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java

index 0733452..bb3d4c2 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java
+++ b/src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.dbsources.das.datamodel;
diff --git a/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java b/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java

index e441243..e363750 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java
+++ b/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.ebi;
diff --git a/src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java b/src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java

index b63dca7..4b53cf6 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java
+++ b/src/jalview/ws/io/mime/HttpContentHandler.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.io.mime;
diff --git a/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java b/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java

index f807e54..3675a7f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java
+++ b/src/jalview/ws/io/mime/JalviewMimeContentHandler.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.io.mime;
diff --git a/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java b/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java

index 8a17015..40248cf 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java
+++ b/src/jalview/ws/io/mime/MimeTypes.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.io.mime;
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java b/src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java

index e90b2d2..d0712da 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java
@@ -1,19 +1,22 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
- * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws1;
  
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java b/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java

index cdd9247..3229cdc 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws1;
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java b/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java

index e1a9e94..e96ae34 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/JPredClient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.jws1;
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java b/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java

index 4fcba31..6531bbf 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/JPredThread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws1;
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java b/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java

index 83c345e..161a022 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/JWS1Thread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws1;
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java

index 91374f1..7285639 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws1;
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java

index 3807a26..2d111ca 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/MsaWSThread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws1;
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java

index ed4f968..c2e23db 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSClient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws1;
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java

index fce61ce..b9d38fe 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws1;
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java b/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java

index 51c06a8..4d1af4c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws1;
diff --git a/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java b/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java

index a9b5b9e..d687368 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java
+++ b/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws1;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java b/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

index a5cfe4a..ce9e334 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
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  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java b/src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java

index 79df6fb..c5fbf49 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/AADisorderClient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java b/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java

index 1482a9e..16f943c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java b/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java

index 683c58c..aeb2626 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java b/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java

index 225360e..f454bb2 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java b/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java

index b4aef91..7d7f4f0 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   */
  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java b/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java

index f3b8de5..e6c783f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  /**
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java b/src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java

index 4fc6bc9..3b3579d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabawsCalcWorker.java b/src/jalview/ws/jws2/JabawsCalcWorker.java

index f585732..add8bd5 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabawsCalcWorker.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabawsCalcWorker.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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+ */
  package jalview.ws.jws2;
  
  import java.util.ArrayList;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java

index a5c1b5d..09ec5c5 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java

index a597fd7..f14e3c4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java

index 19a134c..8f9d3f0 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java

index 8f33ec6..1a62f2d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java b/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java

index 80aa6c7..e2bfbbd 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/RNAalifoldClient.java b/src/jalview/ws/jws2/RNAalifoldClient.java

index c7d8efd..126266b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/RNAalifoldClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/RNAalifoldClient.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.ws.jws2;
  
  import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java b/src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java

index 4daf9f1..cbf7c29 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/SequenceAnnotationWSClient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   *  
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

index 5f611b0..28a6955 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws2.dm;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java

index df43df8..55b2797 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws2.dm;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java

index f5c66e1..dac8648 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws2.dm;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java

index 5ee4877..f57abde 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws2.dm;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

index 251a97a..7a67f6e 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.ws.jws2.dm;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java b/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java

index 502f0f0..46362fc 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2Instance.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.jws2.jabaws2;
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java b/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java

index 5907713..3ae0bc5 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
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+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  
  import java.util.HashMap;
diff --git a/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java b/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java

index 4bed1fa..b2a247f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.ws.params;
diff --git a/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java b/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java

index af08e74..fe7c4a0 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java
+++ b/src/jalview/ws/params/AutoCalcSetting.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   */
  package jalview.ws.params;
diff --git a/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java b/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java

index 04e0c10..f2adbd2 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java
+++ b/src/jalview/ws/params/InvalidArgumentException.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.ws.params;
diff --git a/src/jalview/ws/params/OptionI.java b/src/jalview/ws/params/OptionI.java

index a7c9a65..17e2f01 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/OptionI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/OptionI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.params;
diff --git a/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java b/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java

index 0c37f45..0d653af 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.params;
diff --git a/src/jalview/ws/params/ParamManager.java b/src/jalview/ws/params/ParamManager.java

index e040eaa..9c6829f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParamManager.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParamManager.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.params;
diff --git a/src/jalview/ws/params/ParameterI.java b/src/jalview/ws/params/ParameterI.java

index 47f37c4..0dd3b0c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParameterI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParameterI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.params;
diff --git a/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java b/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java

index bc88464..eaba0a4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.params;
diff --git a/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java b/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java

index 370deef..2dc2c71 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.params;
diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java b/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java

index 64d65ac..d0ae16a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/BooleanOption.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.params.simple;
diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java b/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java

index 885aafc..7a13b41 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/IntegerParameter.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.params.simple;
diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/Option.java b/src/jalview/ws/params/simple/Option.java

index 73d6c44..5378dbd 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/Option.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/Option.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.params.simple;
diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java b/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java

index d62e84a..7bd64be 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/Parameter.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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   */
  package jalview.ws.params.simple;
diff --git a/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java b/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java

index 9d10671..399441f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java
+++ b/src/jalview/ws/params/simple/StringChoiceParameter.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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  package jalview.ws.params.simple;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java b/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java

index a9bd26e..da583fd 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/AlignmentProcessor.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  package jalview.ws.rest;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java b/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java

index 7a3a04e..c8e6ad4 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/HttpResultSet.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.rest;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/InputType.java b/src/jalview/ws/rest/InputType.java

index c2af48c..c3faf9d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/InputType.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/InputType.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.rest;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java b/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java

index 1072e6f..69fe7f2 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/NoValidInputDataException.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package jalview.ws.rest;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestClient.java b/src/jalview/ws/rest/RestClient.java

index 195081b..21b9e53 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestClient.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestClient.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.rest;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestJob.java b/src/jalview/ws/rest/RestJob.java

index 02259ca..770824a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestJob.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestJob.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.rest;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java b/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java

index 35dd13b..b529045 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestJobThread.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.rest;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java b/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java

index a1d8dae..6f304a9 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/RestServiceDescription.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.rest;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java b/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java

index c2afc14..e6905ee 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.rest.params;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java b/src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java

index 862023e..0268c35 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/AnnotationFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.rest.params;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java b/src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java

index 28b1de0..37a223c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/JobConstant.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.rest.params;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java b/src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java

index 2c4b71a..1f568d6 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.ws.rest.params;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java b/src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java

index d820925..cee0ce2 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/SeqIdVector.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.rest.params;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java b/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java

index 7bc794b..ff33bb5 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/SeqVector.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.ws.rest.params;
diff --git a/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java b/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java

index 20f929a..7462cac 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java
+++ b/src/jalview/ws/rest/params/Tree.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package jalview.ws.rest.params;
diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java

index f4f734c..cf98538 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.ws.seqfetcher;
diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java

index da2addc..8542fdc 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.seqfetcher;
diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java

index be8424c..120f1b2 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.seqfetcher;
diff --git a/src/jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.java b/src/jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.java

index 0d018a3..d937f15 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.java
+++ b/src/jalview/ws/uimodel/AlignAnalysisUIText.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
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+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.ws.uimodel;
  
  import java.util.HashMap;
@@ -112,4 +132,4 @@ public class AlignAnalysisUIText
      AAeditSettingsTooltip = aAeditSettingsTooltip;
    }
  
-}
\ No newline at end of file
+}
diff --git a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsDocument.java b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsDocument.java

index 0674d05..f343d5e 100755 (executable)
--- a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsDocument.java
+++ b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsDocument.java
@@ -1,19 +1,23 @@
  /*
- Copyright Paul James Mutton, 2001-2004, http://www.jibble.org/
-
- This file is part of EpsGraphics2D.
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- This software is dual-licensed, allowing you to choose between the GNU
- General Public License (GPL) and the www.jibble.org Commercial License.
- Since the GPL may be too restrictive for use in a proprietary application,
- a commercial license is also provided. Full license information can be
- found at http://www.jibble.org/licenses/
-
- $Author$
- $Id$
-
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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+ * 
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
-
  package org.jibble.epsgraphics;
  
  import java.io.*;
diff --git a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsException.java b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsException.java

index c860500..68147da 100755 (executable)
--- a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsException.java
+++ b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsException.java
@@ -1,19 +1,23 @@
  /*
- Copyright Paul James Mutton, 2001-2004, http://www.jibble.org/
-
- This file is part of EpsGraphics2D.
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- This software is dual-licensed, allowing you to choose between the GNU
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- Since the GPL may be too restrictive for use in a proprietary application,
- a commercial license is also provided. Full license information can be
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- $Author$
- $Id$
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
-
  package org.jibble.epsgraphics;
  
  public class EpsException extends RuntimeException
@@ -24,4 +28,4 @@ public class EpsException extends RuntimeException
      super(message);
    }
  
-}
\ No newline at end of file
+}
diff --git a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsGraphics2D.java b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsGraphics2D.java

index 63b10d9..c82d4fc 100755 (executable)
--- a/src/org/jibble/epsgraphics/EpsGraphics2D.java
+++ b/src/org/jibble/epsgraphics/EpsGraphics2D.java
@@ -1,19 +1,23 @@
  /*
- Copyright Paul James Mutton, 2001-2004, http://www.jibble.org/
-
- This file is part of EpsGraphics2D.
-
- This software is dual-licensed, allowing you to choose between the GNU
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- a commercial license is also provided. Full license information can be
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- $Author$
- $Id$
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
-
  package org.jibble.epsgraphics;
  
  import java.io.*;
@@ -1441,4 +1445,4 @@ public class EpsGraphics2D extends java.awt.Graphics2D
  
    private static FontRenderContext _fontRenderContext = new FontRenderContext(
            null, false, true);
-}
\ No newline at end of file
+}
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java

index 826e6c1..b181d55 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package uk.ac.ebi.picr.model;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java

index 0028110..f119d96 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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  package uk.ac.ebi.picr.model;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java

index d16ac1d..6dd4a03 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package uk.ac.ebi.picr.model;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java

index 86bf4fa..a45d8ce 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package uk.ac.ebi.picr.model;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/Data.java b/src/uk/ac/ebi/www/Data.java

index ff955f0..77e7438 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/Data.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/Data.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java b/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java

index ece8614..c95ba3c 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package uk.ac.ebi.www;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java

index 7ffd8e6..3a3b57e 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package uk.ac.ebi.www;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java

index 63cc556..9bd24ef 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package uk.ac.ebi.www;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java

index 07bd1be..1ca8782 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package uk.ac.ebi.www;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java

index d8f7954..3b03d51 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package uk.ac.ebi.www;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java

index 22d0ef7..fe4e4c5 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package uk.ac.ebi.www;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java

index 6dd80c4..25d1fdd 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   */
  package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java

index 45fad1a..09cbf21 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java

index 88d4e36..03c3ea3 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package uk.ac.ebi.www.picr.AccessionMappingService;
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java

index 147c345..573b9de 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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diff --git a/src/vamsas/IMsaWS.java b/src/vamsas/IMsaWS.java

index c15172b..5012168 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/IMsaWS.java
+++ b/src/vamsas/IMsaWS.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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  package vamsas;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

index 97611d5..ad004b0 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java

index 96dcc15..a53d579 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java

index 9704d3b..e0d7021 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java

index 01ea968..db902c7 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java

index af68411..99cab57 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
@@ -6,33 +6,17 @@
   * 
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
- * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
- *
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
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- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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- * GNU General Public License for more details.
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   * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package vamsas.objects.simple;
  
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java

index 462aefa..b607bfb 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
@@ -6,34 +6,19 @@
   * 
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   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
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-/*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
- * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
- *
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
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- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
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- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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- * GNU General Public License for more details.
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   * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
+
  package vamsas.objects.simple;
  
  public class MsaResult_Helper
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java

index 139c18f..03cb186 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
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- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java

index 70cca01..547eb3d 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Object.java b/src/vamsas/objects/simple/Object.java

index 8ddf3f3..c66e7d3 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java

index 9b2199e..6c84b04 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Result.java b/src/vamsas/objects/simple/Result.java

index 0695155..7c09741 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java

index 453fc39..a9a0a37 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java

index d75d0e1..9ec9294 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java

index ddc9097..7980d9d 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java

index 3b23aba..6e878a3 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java

index ee5e0bc..a4ae4b8 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java

index 515b8ed..52770ad 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java

index 733e9d3..d72419f 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java

index 2ea3d3b..6f6b042 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java

index 6e82314..116ae42 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java

index df0a231..ba514f5 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java

index aedc3e1..363189a 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package vamsas.objects.simple;
diff --git a/test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java b/test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java

index 2104d4a..18b4252 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java
+++ b/test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
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+ */
  package jalview.analysis;
  
  import static org.junit.Assert.assertTrue;
diff --git a/test/jalview/analysis/DnaTranslation.java b/test/jalview/analysis/DnaTranslation.java

index 74ec461..7047bbe 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/DnaTranslation.java
+++ b/test/jalview/analysis/DnaTranslation.java
@@ -6,14 +6,16 @@
   * 
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   */
  package jalview.analysis;
diff --git a/test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java b/test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java

index 59740df..31d4658 100644 (file)
--- a/test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java
+++ b/test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java
@@ -1,19 +1,22 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
- * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   */
  package jalview.analysis;
  
diff --git a/test/jalview/bin/CommandLineOperations.java b/test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

index a1c41c7..40263c3 100644 (file)
--- a/test/jalview/bin/CommandLineOperations.java
+++ b/test/jalview/bin/CommandLineOperations.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
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  package jalview.bin;
diff --git a/test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java b/test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java

index 39b679a..2410e4f 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java
+++ b/test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java
@@ -1,5 +1,22 @@
-/**
+/*
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  package jalview.ext.jmol;
  
diff --git a/test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java b/test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java

index 896b60c..dca7bf8 100644 (file)
--- a/test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java
+++ b/test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
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  package jalview.ext.paradise;
  
  import static org.junit.Assert.assertTrue;
diff --git a/test/jalview/gui/JAL1353bugdemo.java b/test/jalview/gui/JAL1353bugdemo.java

index 486c098..425a373 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/JAL1353bugdemo.java
+++ b/test/jalview/gui/JAL1353bugdemo.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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  package jalview.gui;
  
  import static org.junit.Assert.*;
diff --git a/test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java b/test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java

index 7d6a15f..64ca141 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java
+++ b/test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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   */
  package jalview.io;
diff --git a/test/jalview/io/FileIOTester.java b/test/jalview/io/FileIOTester.java

index 5d10c35..2d572fe 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/FileIOTester.java
+++ b/test/jalview/io/FileIOTester.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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   */
  package jalview.io;
diff --git a/test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java b/test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

index fbfff74..dc19234 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java
+++ b/test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  package jalview.io;
  
  import static org.junit.Assert.*;
diff --git a/test/jalview/io/NewickFileTests.java b/test/jalview/io/NewickFileTests.java

index 561ab26..42b5641 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/NewickFileTests.java
+++ b/test/jalview/io/NewickFileTests.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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   */
  package jalview.io;
diff --git a/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java b/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java

index 282914b..a392109 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java
+++ b/test/jalview/io/RNAMLfileTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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  package jalview.io;
  
  import static org.junit.Assert.*;
diff --git a/test/jalview/io/StockholmFileTest.java b/test/jalview/io/StockholmFileTest.java

index fa4c25b..f7d6448 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/StockholmFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/StockholmFileTest.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
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   */
  package jalview.io;
diff --git a/test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java b/test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java

index f5bfe12..0277884 100644 (file)
--- a/test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java
+++ b/test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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   * This file is part of Jalview.
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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   *  
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.io;
diff --git a/test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java b/test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

index 490b04d..664d2d2 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java
+++ b/test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java b/test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java

index 2830918..d058c24 100644 (file)
--- a/test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java
+++ b/test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
   * 
   * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
   *  
   * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.schemes;
diff --git a/test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java b/test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

index 35de214..fc23faa 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java
+++ b/test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java
@@ -1,3 +1,23 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ */
  package jalview.ws;
  
  import static org.junit.Assert.*;
diff --git a/test/jalview/ws/gui/Jws2ParamView.java b/test/jalview/ws/gui/Jws2ParamView.java

index 2427960..2883585 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/gui/Jws2ParamView.java
+++ b/test/jalview/ws/gui/Jws2ParamView.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  package jalview.ws.gui;
diff --git a/test/jalview/ws/jabaws/DisorderAnnotExportImport.java b/test/jalview/ws/jabaws/DisorderAnnotExportImport.java

index bd743e0..58aa019 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/jabaws/DisorderAnnotExportImport.java
+++ b/test/jalview/ws/jabaws/DisorderAnnotExportImport.java
@@ -1,19 +1,21 @@
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  package jalview.ws.jabaws;
diff --git a/test/jalview/ws/jabaws/JalviewJabawsTestUtils.java b/test/jalview/ws/jabaws/JalviewJabawsTestUtils.java

index c0b9a23..892f7fb 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/jabaws/JalviewJabawsTestUtils.java
+++ b/test/jalview/ws/jabaws/JalviewJabawsTestUtils.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
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  package jalview.ws.jabaws;
diff --git a/test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java b/test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java

index 2753e64..519a946 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java
+++ b/test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java
@@ -1,3 +1,23 @@
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  package jalview.ws.jabaws;
  
  import static org.junit.Assert.*;
diff --git a/test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java b/test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java

index 4c9e3de..f3b3491 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java
+++ b/test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
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   */
  package jalview.ws.rest;
diff --git a/test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java b/test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

index a269ecc..9e5639d 100644 (file)
--- a/test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java
+++ b/test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java
@@ -1,19 +1,21 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
   */
  package jalview.ws.seqfetcher;
diff --git a/utils/getJavaVersion.java b/utils/getJavaVersion.java

index c751a9a..de27673 100644 (file)
--- a/utils/getJavaVersion.java
+++ b/utils/getJavaVersion.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
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   * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
   * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  import java.io.*;
diff --git a/utils/help2Website.java b/utils/help2Website.java

index fceb05d..ef174c4 100755 (executable)
--- a/utils/help2Website.java
+++ b/utils/help2Website.java
@@ -6,14 +6,16 @@
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  import java.io.*;
author	Jim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
	Fri, 6 Jun 2014 08:52:38 +0000 (09:52 +0100)
committer	Jim Procter <jprocter@dundee.ac.uk>
	Fri, 6 Jun 2014 08:52:38 +0000 (09:52 +0100)