src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.*;
  24 import java.util.*;
  25
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.util.*;
  29
  30 public class PfamFile extends AlignFile
  31 {
  32
  33   public PfamFile()
  34   {
  35   }
  36
  37   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException
  38   {
  39     super(inFile, type);
  40   }
  41
  42   public PfamFile(FileParse source) throws IOException
  43   {
  44     super(source);
  45   }
  46
  47   public void initData()
  48   {
  49     super.initData();
  50   }
  51
  52   public void parse() throws IOException
  53   {
  54     int i = 0;
  55     String line;
  56
  57     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  58     Vector headers = new Vector();
  59
  60     while ((line = nextLine()) != null)
  61     {
  62       if (line.indexOf(" ") != 0)
  63       {
  64         if (line.indexOf("#") != 0)
  65         {
  66           // TODO: verify pfam format requires spaces and not tab characters -
  67           // if not upgrade to use stevesoft regex and look for whitespace.
  68           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  69           String id = "";
  70
  71           if (str.hasMoreTokens())
  72           {
  73             id = str.nextToken();
  74
  75             StringBuffer tempseq;
  76
  77             if (seqhash.containsKey(id))
  78             {
  79               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  80             }
  81             else
  82             {
  83               tempseq = new StringBuffer();
  84               seqhash.put(id, tempseq);
  85             }
  86
  87             if (!(headers.contains(id)))
  88             {
  89               headers.addElement(id);
  90             }
  91             if (str.hasMoreTokens())
  92             {
  93               tempseq.append(str.nextToken());
  94             }
  95           }
  96         }
  97       }
  98     }
  99
 100     this.noSeqs = headers.size();
 101
 102     if (noSeqs < 1)
 103     {
 104       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");
 105     }
 106
 107     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 108     {
 109       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 110       {
 111         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 112                 .length())
 113         {
 114           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();
 115         }
 116
 117         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 118         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())
 119                 .toString());
 120         seqs.addElement(newSeq);
 121       }
 122       else
 123       {
 124         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 125                 + headers.elementAt(i));
 126       }
 127     }
 128   }
 129
 130   public String print(SequenceI[] s)
 131   {
 132     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 133
 134     int max = 0;
 135     int maxid = 0;
 136
 137     int i = 0;
 138
 139     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 140     {
 141       String tmp = printId(s[i]);
 142
 143       if (s[i].getSequence().length > max)
 144       {
 145         max = s[i].getSequence().length;
 146       }
 147
 148       if (tmp.length() > maxid)
 149       {
 150         maxid = tmp.length();
 151       }
 152
 153       i++;
 154     }
 155
 156     if (maxid < 15)
 157     {
 158       maxid = 15;
 159     }
 160
 161     int j = 0;
 162
 163     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 164     {
 165       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 166
 167       out.append(s[j].getSequenceAsString());
 168       out.append(newline);
 169       j++;
 170     }
 171
 172     out.append(newline);
 173
 174     return out.toString();
 175   }
 176
 177   public String print()
 178   {
 179     return print(getSeqsAsArray());
 180   }
 181 }