src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.commands.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.schemes.*;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33 import jalview.util.UrlLink;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  36
  37 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  38         ActionListener, ItemListener
  39 {
  40   Menu groupMenu = new Menu();
  41
  42   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  43
  44   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  45
  46   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  47
  48   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  49
  50   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  51
  52   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  53
  54   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  55
  56   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  57
  58   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  59
  60   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  61
  62   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  63
  64   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  65
  66   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  67
  68   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  69
  70   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  71
  72   final AlignmentPanel ap;
  73
  74   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  75
  76   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
  77
  78   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  79
  80   Menu colourMenu = new Menu();
  81
  82   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  83
  84   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  85
  86   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  87
  88   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  89
  90   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
  91
  92   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("label.jalview_copy"));
  93
  94   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("label.jalview_cut"));
  95
  96   MenuItem toUpper = new MenuItem(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
  97
  98   MenuItem toLower = new MenuItem(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
  99
 100   MenuItem toggleCase = new MenuItem(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 101
 102   Menu outputmenu = new Menu();
 103
 104   Menu seqMenu = new Menu();
 105
 106   MenuItem pdb = new MenuItem();
 107
 108   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 109
 110   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 111
 112   MenuItem sequenceName = new MenuItem(MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 113
 114   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 115
 116   MenuItem editSequence = new MenuItem(MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 117
 118   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 119
 120   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 121
 122   Sequence seq;
 123
 124   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 125
 126   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 127
 128   /**
 129    * index of sequence to be revealed
 130    */
 131   int revealSeq_index = -1;
 132
 133   Menu menu1 = new Menu();
 134
 135   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 136   {
 137     // /////////////////////////////////////////////////////////
 138     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 139     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 140     //
 141     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 142     // ////////////////////////////////////////////////////////
 143
 144     this.ap = apanel;
 145     this.seq = seq;
 146
 147     try
 148     {
 149       jbInit();
 150     } catch (Exception e)
 151     {
 152       e.printStackTrace();
 153     }
 154
 155     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 156     {
 157       MenuItem item = new MenuItem(
 158               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 159
 160       item.addActionListener(this);
 161       outputmenu.add(item);
 162     }
 163
 164     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 165
 166     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 167     {
 168       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.name_param", new String[]{sg.getName()}));
 169       showText.setState(sg.getDisplayText());
 170       showColourText.setState(sg.getColourText());
 171       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 172       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 173       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 174       {
 175         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 176         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 177       } else {
 178         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 179         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 180       }
 181
 182     }
 183     else
 184     {
 185       remove(hideSeqs);
 186       remove(groupMenu);
 187     }
 188
 189     if (links != null && links.size() > 0)
 190     {
 191       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 192       String link;
 193       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 194       {
 195         link = links.elementAt(i).toString();
 196         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 197         if (!urlLink.isValid())
 198         {
 199           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 200           continue;
 201         }
 202         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 203         // link.indexOf("|"));
 204         final String label = urlLink.getLabel();
 205         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 206         {
 207
 208           // collect matching db-refs
 209           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 210                   seq.getDBRef(), new String[]
 211                   { target });
 212           // collect id string too
 213           String id = seq.getName();
 214           String descr = seq.getDescription();
 215           if (descr != null && descr.length() < 1)
 216           {
 217             descr = null;
 218           }
 219           if (dbr != null)
 220           {
 221             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 222             {
 223               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 224               {
 225                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 226                 // string with this link
 227                 id = null;
 228               }
 229               // create Bare ID link for this RUL
 230               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 231                       true);
 232               if (urls != null)
 233               {
 234                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 235                 {
 236                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 237                 }
 238               }
 239             }
 240           }
 241           if (id != null)
 242           {
 243             // create Bare ID link for this RUL
 244             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 245             if (urls != null)
 246             {
 247               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 248               {
 249                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 250               }
 251             }
 252             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 253           }
 254           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 255           // URL links
 256           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 257           {
 258             // create link for this URL from description only if regex matches
 259             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 260             if (urls != null)
 261             {
 262               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 263               {
 264                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 265               }
 266             }
 267           }
 268         }
 269         else
 270         {
 271           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 272         }
 273         /*
 274          * final String url;
 275          *
 276          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 277          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 278          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 279          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 280          *
 281          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 282          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 283          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 284          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 285          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 286          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 287          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 288          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 289          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 290          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 291          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 292          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 293          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 294          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 295          */
 296       }
 297       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 298       {
 299         if (seq != null)
 300         {
 301           seqMenu.add(linkMenu);
 302         }
 303         else
 304         {
 305           add(linkMenu);
 306         }
 307       }
 308     }
 309     // TODO: add group link menu entry here
 310     if (seq != null)
 311     {
 312       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 313       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.represent_group_with", new String[]{seq.getName()}));
 314     }
 315     else
 316     {
 317       remove(seqMenu);
 318     }
 319
 320     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 321     {
 322       remove(revealAll);
 323       remove(revealSeq);
 324     }
 325     else
 326     {
 327       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 328
 329       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 330               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 331       {
 332         revealSeq_index = index;
 333       }
 334       else
 335       {
 336         remove(revealSeq);
 337       }
 338     }
 339   }
 340
 341   /**
 342    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 343    *
 344    * @param linkMenu
 345    * @param target
 346    *          - menu label string
 347    * @param url
 348    *          - url to open
 349    */
 350   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 351           final String url)
 352   {
 353     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 354   }
 355
 356   /**
 357    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 358    *
 359    * @param linkMenu
 360    * @param target
 361    *          - URL target window
 362    * @param label
 363    *          - menu label string
 364    * @param url
 365    *          - url to open
 366    */
 367   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 368           final String label, final String url)
 369   {
 370     MenuItem item = new MenuItem(label);
 371     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 372     {
 373       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 374       {
 375         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 376       }
 377     });
 378     linkMenu.add(item);
 379   }
 380
 381   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 382   {
 383     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 384     {
 385       abovePIDColour_itemStateChanged();
 386     }
 387     else if (evt.getSource() == showColourText)
 388     {
 389       showColourText_itemStateChanged();
 390     }
 391     else if (evt.getSource() == showText)
 392     {
 393       showText_itemStateChanged();
 394     }
 395     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 396     {
 397       showBoxes_itemStateChanged();
 398     }
 399     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 400     {
 401       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 402     }
 403   }
 404
 405   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 406   {
 407     Object source = evt.getSource();
 408     if (source == clustalColour)
 409     {
 410       clustalColour_actionPerformed();
 411     }
 412     else if (source == zappoColour)
 413     {
 414       zappoColour_actionPerformed();
 415     }
 416     else if (source == taylorColour)
 417     {
 418       taylorColour_actionPerformed();
 419     }
 420     else if (source == hydrophobicityColour)
 421     {
 422       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 423     }
 424     else if (source == helixColour)
 425     {
 426       helixColour_actionPerformed();
 427     }
 428     else if (source == strandColour)
 429     {
 430       strandColour_actionPerformed();
 431     }
 432     else if (source == turnColour)
 433     {
 434       turnColour_actionPerformed();
 435     }
 436     else if (source == buriedColour)
 437     {
 438       buriedColour_actionPerformed();
 439     }
 440     else if (source == nucleotideMenuItem)
 441     {
 442       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 443     }
 444
 445     else if (source == userDefinedColour)
 446     {
 447       userDefinedColour_actionPerformed();
 448     }
 449     else if (source == PIDColour)
 450     {
 451       PIDColour_actionPerformed();
 452     }
 453     else if (source == BLOSUM62Colour)
 454     {
 455       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 456     }
 457     else if (source == noColourmenuItem)
 458     {
 459       noColourmenuItem_actionPerformed();
 460     }
 461     else if (source == conservationMenuItem)
 462     {
 463       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 464     }
 465     else if (source == unGroupMenuItem)
 466     {
 467       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 468     }
 469
 470     else if (source == createGroupMenuItem)
 471     {
 472       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 473     }
 474
 475     else if (source == sequenceName)
 476     {
 477       editName();
 478     }
 479     else if (source == sequenceDetails)
 480     {
 481       showSequenceDetails();
 482     }
 483     else if (source == selSeqDetails)
 484     {
 485       showSequenceSelectionDetails();
 486     }
 487     else if (source == pdb)
 488     {
 489       addPDB();
 490     }
 491     else if (source == hideSeqs)
 492     {
 493       hideSequences(false);
 494     }
 495     else if (source == repGroup)
 496     {
 497       hideSequences(true);
 498     }
 499     else if (source == revealSeq)
 500     {
 501       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 502     }
 503     else if (source == revealAll)
 504     {
 505       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 506     }
 507
 508     else if (source == editGroupName)
 509     {
 510       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 511               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 512               "Group Description", ap.alignFrame,
 513               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 514
 515       if (dialog.accept)
 516       {
 517         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 518         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 519       }
 520
 521     }
 522     else if (source == copy)
 523     {
 524       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 525     }
 526     else if (source == cut)
 527     {
 528       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 529     }
 530     else if (source == editSequence)
 531     {
 532       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 533
 534       if (sg != null)
 535       {
 536         if (seq == null)
 537           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 538
 539         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 540                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 541                 "Edit Sequence ", null,
 542
 543                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 544
 545         if (dialog.accept)
 546         {
 547           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 548                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 549                           ap.av.getGapCharacter()),
 550                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 551                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 552                   ap.av.getAlignment());
 553
 554           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 555
 556           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 557                   .getSequences());
 558         }
 559       }
 560     }
 561     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 562     {
 563       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 564       Vector regions = new Vector();
 565       if (sg != null)
 566       {
 567         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 568                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 569
 570         String description;
 571         int caseChange;
 572
 573         if (source == toggleCase)
 574         {
 575           description = "Toggle Case";
 576           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 577         }
 578         else if (source == toUpper)
 579         {
 580           description = "To Upper Case";
 581           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 582         }
 583         else
 584         {
 585           description = "To Lower Case";
 586           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 587         }
 588
 589         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 590                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 591                 startEnd, caseChange);
 592
 593         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 594
 595         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 596                 .getSequences());
 597
 598       }
 599     }
 600     else if (source == sequenceFeature)
 601     {
 602       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 603       if (sg == null)
 604       {
 605         return;
 606       }
 607
 608       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 609       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 610       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 611
 612       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 613       {
 614         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 615         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 616         if (start <= end)
 617         {
 618           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 619           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 620                   end, "Jalview");
 621           rsize++;
 622         }
 623       }
 624       rseqs = new SequenceI[rsize];
 625       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 626       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 627       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 628       features = tfeatures;
 629       seqs = rseqs;
 630
 631       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 632               features, true, ap))
 633       {
 634         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 635         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 636         ap.highlightSearchResults(null);
 637       }
 638     }
 639     else
 640     {
 641       outputText(evt);
 642     }
 643
 644   }
 645
 646   void outputText(ActionEvent e)
 647   {
 648     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 649
 650     Frame frame = new Frame();
 651     frame.add(cap);
 652     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 653                 MessageManager.formatMessage("label.selection_output_command", new String[]{e.getActionCommand()}),600, 500);
 654     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 655     // now returns a full copy of sequence data
 656     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 657
 658     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 659             e.getActionCommand(),
 660             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 661             ap.av.showJVSuffix));
 662
 663   }
 664
 665   protected void showSequenceSelectionDetails()
 666   {
 667     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 668   }
 669
 670   protected void showSequenceDetails()
 671   {
 672     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 673     { seq });
 674   }
 675
 676   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 677   {
 678
 679     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 680
 681     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 682     for (SequenceI seq : sequences)
 683     {
 684       contents.append(MessageManager.formatMessage("label.annotation_for_displayid",new String[]{seq.getDisplayId(true)}));
 685       new SequenceAnnotationReport(null)
 686               .createSequenceAnnotationReport(
 687                       contents,
 688                       seq,
 689                       true,
 690                       true,
 691                       false,
 692                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 693                               : null);
 694       contents.append("</p>");
 695     }
 696     Frame frame = new Frame();
 697     frame.add(cap);
 698     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 699             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 700                     : "Selection"), 600, 500);
 701     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content", new String[]{contents.toString()}));
 702   }
 703
 704   void editName()
 705   {
 706     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 707             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 708             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 709             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 710
 711     if (dialog.accept)
 712     {
 713       seq.setName(dialog.getName());
 714       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 715       ap.paintAlignment(false);
 716     }
 717   }
 718
 719   void addPDB()
 720   {
 721     if (seq.getPDBId() != null)
 722     {
 723       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 724
 725       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 726         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 727         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 728       else
 729         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 730         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 731
 732     }
 733     else
 734     {
 735       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 736       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 737       cap.setPDBImport(seq);
 738       Frame frame = new Frame();
 739       frame.add(cap);
 740       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 741               MessageManager.formatMessage("label.paste_pdb_file_for_sequence",  new String[]{seq.getName()}), 400, 300);
 742     }
 743   }
 744
 745   private void jbInit() throws Exception
 746   {
 747     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 748     sequenceFeature.addActionListener(this);
 749
 750     editGroupName.addActionListener(this);
 751     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.remove_group"));
 752     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 753
 754     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("action.create_group"));
 755     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 756
 757     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.nucleotide"));
 758     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 759     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 760     abovePIDColour.addItemListener(this);
 761     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 762     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 763     showBoxes.setState(true);
 764     showBoxes.addItemListener(this);
 765     sequenceName.addActionListener(this);
 766     sequenceDetails.addActionListener(this);
 767     selSeqDetails.addActionListener(this);
 768     displayNonconserved.setLabel(MessageManager.getString("label.show_non_conversed"));
 769     displayNonconserved.setState(false);
 770     displayNonconserved.addItemListener(this);
 771     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 772     showText.addItemListener(this);
 773     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 774     showColourText.addItemListener(this);
 775     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 776     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 777     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 778     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 779     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage("label.represent_group_with", new String[]{""}));
 780     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 781     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 782     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group")+":");
 783     add(groupMenu);
 784     this.add(seqMenu);
 785     this.add(hideSeqs);
 786     this.add(revealSeq);
 787     this.add(revealAll);
 788     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 789     groupMenu.add(editMenu);
 790     groupMenu.add(outputmenu);
 791     groupMenu.add(sequenceFeature);
 792     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 793     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 794     groupMenu.add(menu1);
 795
 796     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 797     colourMenu.add(clustalColour);
 798     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 799     colourMenu.add(PIDColour);
 800     colourMenu.add(zappoColour);
 801     colourMenu.add(taylorColour);
 802     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 803     colourMenu.add(helixColour);
 804     colourMenu.add(strandColour);
 805     colourMenu.add(turnColour);
 806     colourMenu.add(buriedColour);
 807     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 808     colourMenu.add(userDefinedColour);
 809     colourMenu.addSeparator();
 810     colourMenu.add(abovePIDColour);
 811     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 812
 813     noColourmenuItem.setLabel("None");
 814     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 815
 816     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 817     clustalColour.addActionListener(this);
 818     zappoColour.setLabel("Zappo");
 819     zappoColour.addActionListener(this);
 820     taylorColour.setLabel("Taylor");
 821     taylorColour.addActionListener(this);
 822     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 823     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 824     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 825     helixColour.addActionListener(this);
 826     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 827     strandColour.addActionListener(this);
 828     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 829     turnColour.addActionListener(this);
 830     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 831     buriedColour.addActionListener(this);
 832     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 833
 834     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 835     userDefinedColour.addActionListener(this);
 836     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 837     PIDColour.addActionListener(this);
 838     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 839     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 840     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 841
 842     editMenu.add(copy);
 843     copy.addActionListener(this);
 844     editMenu.add(cut);
 845     cut.addActionListener(this);
 846
 847     editMenu.add(editSequence);
 848     editSequence.addActionListener(this);
 849
 850     editMenu.add(toUpper);
 851     toUpper.addActionListener(this);
 852     editMenu.add(toLower);
 853     toLower.addActionListener(this);
 854     editMenu.add(toggleCase);
 855     seqMenu.add(sequenceName);
 856     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 857
 858     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 859     {
 860       seqMenu.add(pdb);
 861     }
 862     seqMenu.add(repGroup);
 863     menu1.add(editGroupName);
 864     menu1.add(colourMenu);
 865     menu1.add(showBoxes);
 866     menu1.add(showText);
 867     menu1.add(showColourText);
 868     menu1.add(displayNonconserved);
 869     toggleCase.addActionListener(this);
 870     pdb.addActionListener(this);
 871     hideSeqs.addActionListener(this);
 872     repGroup.addActionListener(this);
 873     revealAll.addActionListener(this);
 874     revealSeq.addActionListener(this);
 875   }
 876
 877   void refresh()
 878   {
 879     ap.paintAlignment(true);
 880   }
 881
 882   protected void clustalColour_actionPerformed()
 883   {
 884     SequenceGroup sg = getGroup();
 885     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 886     refresh();
 887   }
 888
 889   protected void zappoColour_actionPerformed()
 890   {
 891     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 892     refresh();
 893   }
 894
 895   protected void taylorColour_actionPerformed()
 896   {
 897     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 898     refresh();
 899   }
 900
 901   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 902   {
 903     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 904     refresh();
 905   }
 906
 907   protected void helixColour_actionPerformed()
 908   {
 909     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 910     refresh();
 911   }
 912
 913   protected void strandColour_actionPerformed()
 914   {
 915     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 916     refresh();
 917   }
 918
 919   protected void turnColour_actionPerformed()
 920   {
 921     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 922     refresh();
 923   }
 924
 925   protected void buriedColour_actionPerformed()
 926   {
 927     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 928     refresh();
 929   }
 930
 931   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 932   {
 933     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 934     refresh();
 935   }
 936
 937   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 938   {
 939     SequenceGroup sg = getGroup();
 940     if (sg.cs == null)
 941     {
 942       return;
 943     }
 944
 945     if (abovePIDColour.getState())
 946     {
 947       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 948               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 949       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 950               .getName());
 951
 952       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 953
 954       SliderPanel.showPIDSlider();
 955
 956     }
 957     else
 958     // remove PIDColouring
 959     {
 960       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 961     }
 962
 963     refresh();
 964
 965   }
 966
 967   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 968   {
 969     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 970   }
 971
 972   protected void PIDColour_actionPerformed()
 973   {
 974     SequenceGroup sg = getGroup();
 975     sg.cs = new PIDColourScheme();
 976     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 977             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 978     refresh();
 979   }
 980
 981   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 982   {
 983     SequenceGroup sg = getGroup();
 984
 985     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 986
 987     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 988             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 989
 990     refresh();
 991   }
 992
 993   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 994   {
 995     getGroup().cs = null;
 996     refresh();
 997   }
 998
 999   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1000   {
1001     SequenceGroup sg = getGroup();
1002     if (sg.cs == null)
1003     {
1004       return;
1005     }
1006
1007     if (conservationMenuItem.getState())
1008     {
1009
1010       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1011               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1012                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1013                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1014       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1015       SliderPanel.showConservationSlider();
1016     }
1017     else
1018     // remove ConservationColouring
1019     {
1020       sg.cs.setConservation(null);
1021     }
1022
1023     refresh();
1024   }
1025
1026   SequenceGroup getGroup()
1027   {
1028     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1029
1030     // this method won't add a new group if it already exists
1031     if (sg != null)
1032     {
1033       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1034     }
1035
1036     return sg;
1037   }
1038
1039   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1040   {
1041     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1042     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1043     ap.av.setSelectionGroup(null);
1044     ap.paintAlignment(true);
1045   }
1046
1047   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1048   {
1049     getGroup(); // implicitly create group
1050     refresh();
1051   }
1052
1053   public void showColourText_itemStateChanged()
1054   {
1055     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1056     refresh();
1057   }
1058
1059   public void showText_itemStateChanged()
1060   {
1061     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1062     refresh();
1063   }
1064
1065   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1066   {
1067     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1068     refresh();
1069   }
1070
1071   public void showBoxes_itemStateChanged()
1072   {
1073     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1074     refresh();
1075   }
1076
1077   void hideSequences(boolean representGroup)
1078   {
1079     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1080     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1081     {
1082       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1083       { seq });
1084       return;
1085     }
1086
1087     ap.av.setSelectionGroup(null);
1088
1089     if (representGroup)
1090     {
1091       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1092
1093       return;
1094     }
1095
1096     int gsize = sg.getSize();
1097     SequenceI[] hseqs;
1098
1099     hseqs = new SequenceI[gsize];
1100
1101     int index = 0;
1102     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1103     {
1104       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1105     }
1106
1107     ap.av.hideSequence(hseqs);
1108     ap.av.sendSelection();
1109   }
1110
1111 }