src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.awt.FlowLayout;
  24 import java.awt.Frame;
  25 import java.awt.event.ActionEvent;
  26 import java.awt.event.ActionListener;
  27 import java.io.BufferedReader;
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.FileOutputStream;
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.io.OutputStreamWriter;
  32 import java.io.PrintWriter;
  33 import java.lang.reflect.Constructor;
  34 import java.net.URI;
  35 import java.net.URL;
  36 import java.net.URLDecoder;
  37 import java.security.AllPermission;
  38 import java.security.CodeSource;
  39 import java.security.PermissionCollection;
  40 import java.security.Permissions;
  41 import java.security.Policy;
  42 import java.util.*;
  43
  44 import javax.swing.*;
  45
  46 import jalview.gui.*;
  47 import jalview.util.Platform;
  48
  49 /**
  50  * Main class for Jalview Application <br>
  51  * <br>
  52  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  53  *
  54  * @author $author$
  55  * @version $Revision$
  56  */
  57 public class Jalview
  58 {
  59   static
  60   {
  61     // grab all the rights we can the JVM
  62     Policy.setPolicy(new Policy()
  63     {
  64       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  65       {
  66         Permissions perms = new Permissions();
  67         perms.add(new AllPermission());
  68         return (perms);
  69       }
  70
  71       public void refresh()
  72       {
  73       }
  74     });
  75   }
  76   /**
  77    * Put protein=true for get a protein example
  78    */
  79   private static boolean protein=false;
  80
  81
  82   /**
  83    * main class for Jalview application
  84    *
  85    * @param args
  86    *          open <em>filename</em>
  87    */
  88   public static void main(String[] args)
  89   {
  90     System.out.println("Java version: "
  91             + System.getProperty("java.version"));
  92     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  93             + System.getProperty("os.name") + " "
  94             + System.getProperty("os.version"));
  95     if (new Platform().isAMac())
  96     {
  97       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
  98               "Jalview");
  99       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
 100     }
 101
 102     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 103     boolean headless = false;
 104
 105     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 106     {
 107       System.out
 108               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 109                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 110                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 111                       + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 112                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 113                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 114                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 115                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 116                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 117                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 118                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 119                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 120                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 121                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 122                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 123                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 124                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 125                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 126                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 127                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 128                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 129                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 130                       // +
 131                       // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 132                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 133                       + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 134                       + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 135                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 136                       // +
 137                       // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 138                       // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 139                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 140                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 141       System.exit(0);
 142     }
 143     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui") || aparser.contains("headless"))
 144     {
 145       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 146       headless=true;
 147     }
 148     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 149     // anything else!
 150     String defs = aparser.getValue("setprop");
 151     while (defs != null)
 152     {
 153       int p = defs.indexOf('=');
 154       if (p == -1)
 155       {
 156         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 157       }
 158       else
 159       {
 160         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 161         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 162         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 163         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 164       }
 165       defs = aparser.getValue("setprop");
 166     }
 167     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 168             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 169     {
 170       headless = true;
 171     }
 172     System.setProperty("http.agent", "Jalview Desktop/"+Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 173     try
 174     {
 175       Cache.initLogger();
 176     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 177     {
 178       error.printStackTrace();
 179       System.out
 180               .println("\nEssential logging libraries not found."
 181                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 182       System.exit(0);
 183     }
 184
 185     Desktop desktop = null;
 186
 187     try
 188     {
 189       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 190     } catch (Exception ex)
 191     {
 192     }
 193
 194     if (!headless)
 195     {
 196       desktop = new Desktop();
 197       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 198       desktop.setVisible(true);
 199       desktop.startServiceDiscovery();
 200       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 201       {
 202         startUsageStats(desktop);
 203       }
 204       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 205       {
 206         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 207         if (url != null)
 208         {
 209           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 210           // questionnaire
 211           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 212           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 213         }
 214         else
 215         {
 216           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 217           {
 218             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 219             // questionnaire
 220             // String defurl =
 221             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 222             // //
 223             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 224             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 225                     + defurl);
 226             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 227
 228           }
 229         }
 230       }
 231       desktop.checkForNews();
 232     }
 233
 234     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 235     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 236     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 237     // features from
 238     // loading is done.
 239     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 240     // completed one way or another
 241     // extract groovy argument and execute if necessary
 242     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 243     file = aparser.getValue("open", true);
 244
 245     if (file == null && desktop == null)
 246     {
 247       System.out.println("No files to open!");
 248       System.exit(1);
 249     }
 250     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 251             .getValue("vsess");
 252     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 253     {
 254       if (desktop == null || headless)
 255       {
 256         System.out
 257                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 258         System.exit(1);
 259       }
 260       // if we have a file, start a new session and import it.
 261       boolean inSession = false;
 262       if (vamsasImport != null)
 263       {
 264         try
 265         {
 266           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter
 267                   .checkProtocol(vamsasImport);
 268           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 269           {
 270             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 271           }
 272           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 273           {
 274             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 275           }
 276
 277         } catch (Exception e)
 278         {
 279           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 280                   + " as a vamsas document.");
 281           e.printStackTrace();
 282         }
 283         if (!inSession)
 284         {
 285           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 286                   + " as a vamsas document.");
 287         }
 288         else
 289         {
 290           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 291                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 292         }
 293       }
 294       if (vamsasSession != null)
 295       {
 296         if (vamsasImport != null)
 297         {
 298           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 299           // remnants into the new session later on.
 300           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 301         }
 302         // now join the new session
 303         try
 304         {
 305           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 306           {
 307             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 308                     + vamsasSession);
 309           }
 310           else
 311           {
 312             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 313                     + vamsasSession);
 314           }
 315         } catch (Exception e)
 316         {
 317           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 318                   + vamsasSession);
 319           e.printStackTrace();
 320         }
 321         if (vamsasImport != null)
 322         {
 323           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 324           // session at the user's leisure.
 325           Cache.log
 326                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 327           // enable
 328           // this
 329           // when
 330           // debugged
 331           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 332         }
 333       }
 334     }
 335     long progress = -1;
 336     // Finally, deal with the remaining input data.
 337     if (file != null)
 338     {
 339       if (!headless)
 340       {
 341         desktop.setProgressBar("Processing commandline arguments...",
 342                 progress = System.currentTimeMillis());
 343       }
 344       System.out.println("Opening file: " + file);
 345
 346       if (!file.startsWith("http://"))
 347       {
 348         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 349         {
 350           System.out.println("Can't find " + file);
 351           if (headless)
 352           {
 353             System.exit(1);
 354           }
 355         }
 356       }
 357
 358       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 359
 360       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 361
 362       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 363               format);
 364       if (af == null)
 365       {
 366         System.out.println("error");
 367       }
 368       else
 369       {
 370
 371         data = aparser.getValue("colour", true);
 372         if (data != null)
 373         {
 374           data.replaceAll("%20", " ");
 375
 376           jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 377                   .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 378
 379           if (cs == null)
 380           {
 381             jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 382                     "white");
 383             ucs.parseAppletParameter(data);
 384             cs = ucs;
 385           }
 386
 387           System.out.println("colour is " + data);
 388           af.changeColour(cs);
 389         }
 390
 391         // Must maintain ability to use the groups flag
 392         data = aparser.getValue("groups", true);
 393         if (data != null)
 394         {
 395           af.parseFeaturesFile(data,
 396                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 397           System.out.println("Added " + data);
 398         }
 399         data = aparser.getValue("features", true);
 400         if (data != null)
 401         {
 402           af.parseFeaturesFile(data,
 403                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 404           System.out.println("Added " + data);
 405         }
 406
 407         data = aparser.getValue("annotations", true);
 408         if (data != null)
 409         {
 410           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 411           System.out.println("Added " + data);
 412         }
 413         // set or clear the sortbytree flag.
 414         if (aparser.contains("sortbytree"))
 415         {
 416           af.getViewport().setSortByTree(true);
 417         }
 418         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 419         {
 420           af.getViewport().setSortByTree(false);
 421         }
 422         data = aparser.getValue("tree", true);
 423         if (data != null)
 424         {
 425           jalview.io.NewickFile fin = null;
 426           try
 427           {
 428             fin = new jalview.io.NewickFile(data,
 429                     jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 430             if (fin != null)
 431             {
 432               af.getViewport().setCurrentTree(
 433                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 434               System.out.println("Added tree " + data);
 435             }
 436           } catch (IOException ex)
 437           {
 438             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 439             ex.printStackTrace(System.err);
 440           }
 441         }
 442         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 443         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 444         // sequence)
 445
 446         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 447         if (af != null && getFeatures != null)
 448         {
 449           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 450           if (ff != null)
 451             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 452             {
 453               // wait around until fetching is finished.
 454               try
 455               {
 456                 Thread.sleep(100);
 457               } catch (Exception e)
 458               {
 459
 460               }
 461             }
 462           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 463         }
 464         if (groovyscript != null)
 465         {
 466           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 467           // and before any images or figures are generated.
 468           if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 469           {
 470             System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 471             executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 472             { desktop, af });
 473           }
 474           else
 475           {
 476             System.err
 477                     .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 478                             + groovyscript);
 479           }
 480           groovyscript = null;
 481         }
 482         String imageName = "unnamed.png";
 483         while (aparser.getSize() > 1)
 484         {
 485           format = aparser.nextValue();
 486           file = aparser.nextValue();
 487
 488           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 489           {
 490             af.createPNG(new java.io.File(file));
 491             imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 492             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 493             continue;
 494           }
 495           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 496           {
 497             af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 498             System.out.println("Creating image map: " + file);
 499             continue;
 500           }
 501           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 502           {
 503             System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 504             af.createEPS(new java.io.File(file));
 505             continue;
 506           }
 507
 508           if (af.saveAlignment(file, format))
 509           {
 510             System.out.println("Written alignment in " + format
 511                     + " format to " + file);
 512           }
 513           else
 514           {
 515             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 516                     + format + " format!!");
 517           }
 518
 519         }
 520
 521         while (aparser.getSize() > 0)
 522         {
 523           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 524         }
 525       }
 526     }
 527     AlignFrame startUpAlframe = null;
 528     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 529     // And the user
 530     // ////////////////////
 531
 532
 533
 534
 535
 536
 537
 538     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 539             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true) && protein == true)
 540     {
 541       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 542               "STARTUP_FILE",
 543               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 544                       "http://www.jalview.org")
 545                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 546       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 547       {
 548         // hardwire upgrade of the startup file
 549         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 550         // and remove the stale setting
 551         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 552       }
 553
 554       protocol = "File";
 555
 556       if (file.indexOf("http:") > -1)
 557       {
 558         protocol = "URL";
 559       }
 560
 561       if (file.endsWith(".jar"))
 562       {
 563         format = "Jalview";
 564       }
 565       else
 566       {
 567         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 568       }
 569
 570       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 571               format);
 572       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 573       // extract groovy arguments before anything else.
 574     }
 575     // If the user has specified features to be retrieved,
 576     // or a groovy script to be executed, do them if they
 577     // haven't been done already
 578     // fetch features for the default alignment
 579     if (getFeatures != null)
 580     {
 581       if (startUpAlframe != null)
 582       {
 583         startFeatureFetching(getFeatures);
 584       }
 585     }
 586     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 587     if (groovyscript != null)
 588     {
 589       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 590       {
 591         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 592         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 593         { desktop, startUpAlframe });
 594       }
 595       else
 596       {
 597         System.err
 598                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 599                         + groovyscript);
 600       }
 601     }
 602     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 603     if (desktop != null)
 604     {
 605       if (progress != -1)
 606       {
 607         desktop.setProgressBar(null, progress);
 608       }
 609       desktop.setInBatchMode(false);
 610     }
 611   }
 612
 613
 614   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 615   {
 616     /**
 617      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 618      */
 619     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 620             desktop.desktop,
 621             "USAGESTATS",
 622             "Jalview Usage Statistics",
 623             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 624                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 625                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 626             new Runnable()
 627             {
 628               public void run()
 629               {
 630                 Cache.log
 631                         .info("Initialising googletracker for usage stats.");
 632                 Cache.initGoogleTracker();
 633                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 634               }
 635             }, new Runnable()
 636             {
 637               public void run()
 638               {
 639                 Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 640               }
 641             }, null, true);
 642     desktop.addDialogThread(prompter);
 643   }
 644
 645   /**
 646    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 647    *
 648    * @param groovyscript
 649    *          the script to execute
 650    * @param jalviewContext
 651    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 652    *          'Jalview' object.
 653    */
 654   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 655           Object[] jalviewContext)
 656   {
 657     if (jalviewContext == null)
 658     {
 659       System.err
 660               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 661     }
 662     /**
 663      * for scripts contained in files
 664      */
 665     File tfile = null;
 666     /**
 667      * script's URI
 668      */
 669     URL sfile = null;
 670     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 671     {
 672       // read from stdin into a tempfile and execute it
 673       try
 674       {
 675         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 676         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 677                 new FileOutputStream(tfile)));
 678         BufferedReader br = new BufferedReader(
 679                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 680         String line = null;
 681         while ((line = br.readLine()) != null)
 682         {
 683           outfile.write(line + "\n");
 684         }
 685         br.close();
 686         outfile.flush();
 687         outfile.close();
 688
 689       } catch (Exception ex)
 690       {
 691         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 692                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 693                         .toString()));
 694         ex.printStackTrace();
 695         return;
 696       }
 697       try
 698       {
 699         sfile = tfile.toURI().toURL();
 700       } catch (Exception x)
 701       {
 702         System.err
 703                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 704                         + tfile.toURI());
 705         x.printStackTrace();
 706         return;
 707       }
 708     }
 709     else
 710     {
 711       try
 712       {
 713         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 714       } catch (Exception x)
 715       {
 716         tfile = new File(groovyscript);
 717         if (!tfile.exists())
 718         {
 719           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 720           return;
 721         }
 722         if (!tfile.canRead())
 723         {
 724           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 725           return;
 726         }
 727         if (tfile.length() < 1)
 728         {
 729           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 730           return;
 731         }
 732         try
 733         {
 734           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 735         } catch (Exception ex)
 736         {
 737           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 738                   + tfile.getAbsoluteFile());
 739           return;
 740         }
 741       }
 742     }
 743     boolean success = false;
 744     try
 745     {
 746       /*
 747        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 748        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 749        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 750        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 751        *
 752        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 753        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 754        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 755        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 756        */
 757       Class[] bspec;
 758       Object[] binding;
 759       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 760               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 761       String cnames[] = new String[]
 762       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 763       bspec = new Class[blen * 2];
 764       binding = new Object[blen * 2];
 765       blen = 0;
 766       ClassLoader cl = null;
 767       Map vbinding = new Hashtable();
 768       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 769       {
 770         if (jalviewContext[jc] != null)
 771         {
 772           if (cl == null)
 773           {
 774             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 775           }
 776           bspec[blen * 2] = String.class;
 777           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 778           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 779           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 780           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 781           blen++;
 782         }
 783       }
 784       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 785       Constructor gbcons;
 786       Object gbinding;
 787       try
 788       {
 789         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 790         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 791       } catch (NoSuchMethodException x)
 792       {
 793         // old style binding config - using series of string/object values to
 794         // setVariable.
 795         gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 796         gbinding = gbcons.newInstance(null);
 797         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 798                 "setVariable", bspec);
 799         setvar.invoke(gbinding, binding);
 800       }
 801       ;
 802       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 803       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 804       { URL[].class }); // String[].class });
 805       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 806       { new URL[]
 807       { sfile } }); // .toString() } });
 808       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 809       { String.class, gbindingc });
 810       run.invoke(gse, new Object[]
 811       { sfile.toString(), gbinding });
 812       success = true;
 813     } catch (Exception e)
 814     {
 815       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 816               + " as a groovy script.");
 817       e.printStackTrace(System.err);
 818
 819     }
 820     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 821     {
 822       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 823       // executed
 824       tfile.delete();
 825     }
 826   }
 827
 828   /**
 829    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 830    *
 831    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 832    */
 833   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 834   {
 835     Vector source = null;
 836     String data;
 837     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 838     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 839     {
 840       String nickname = null;
 841       String url = null;
 842       boolean seq = false, feat = true;
 843       int pos = data.indexOf('=');
 844       // determine capabilities
 845       if (pos > 0)
 846       {
 847         nickname = data.substring(0, pos);
 848       }
 849       url = data.substring(pos + 1);
 850       if (url != null
 851               && (url.startsWith("http:") || url
 852                       .startsWith("sequence:http:")))
 853       {
 854         if (nickname == null)
 855         {
 856           nickname = url;
 857         }
 858         if (locsources == null)
 859         {
 860           locsources = "";
 861         }
 862         else
 863         {
 864           locsources += "\t";
 865         }
 866         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 867         System.err
 868                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 869                         + nickname + "|" + url);
 870         if (source == null)
 871         {
 872           source = new Vector();
 873         }
 874         source.addElement(nickname);
 875       }
 876     } // loop until no more server entries are found.
 877     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 878     {
 879       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 880               + locsources);
 881       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 882     }
 883     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 884     {
 885       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 886       if (source == null)
 887       {
 888         source = new Vector();
 889       }
 890       source.addElement(data);
 891     }
 892     return source;
 893   }
 894
 895   /**
 896    * start a feature fetcher for every alignment frame
 897    *
 898    * @param dasSources
 899    */
 900   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 901   {
 902     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 903     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 904     if (afs == null || afs.length == 0)
 905     {
 906       return null;
 907     }
 908     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 909     {
 910       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 911     }
 912     return ff;
 913   }
 914 }
 915
 916 /**
 917  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 918  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 919  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 920  * prefixing it).
 921  *
 922  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 923  *
 924  */
 925
 926 class rnabuttonlistener  implements ActionListener{
 927           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 928                   System.out.println("Good idea ! ");
 929
 930           }
 931 }
 932
 933 class pbuttonlistener  implements ActionListener{
 934           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 935
 936
 937           }
 938 }
 939
 940 class ArgsParser
 941 {
 942   Vector vargs = null;
 943
 944   public ArgsParser(String[] args)
 945   {
 946     vargs = new Vector();
 947     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 948     {
 949       String arg = args[i].trim();
 950       if (arg.charAt(0) == '-')
 951       {
 952         arg = arg.substring(1);
 953       }
 954       vargs.addElement(arg);
 955     }
 956   }
 957
 958   /**
 959    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 960    *
 961    * @param arg
 962    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 963    */
 964   public String getValue(String arg)
 965   {
 966     return getValue(arg, false);
 967   }
 968
 969   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
 970   {
 971     int index = vargs.indexOf(arg);
 972     String dc = null, ret = null;
 973     if (index != -1)
 974     {
 975       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 976       vargs.removeElementAt(index);
 977       vargs.removeElementAt(index);
 978       if (utf8decode && ret != null)
 979       {
 980         try
 981         {
 982           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
 983           ret = dc;
 984         } catch (Exception e)
 985         {
 986           // TODO: log failure to decode
 987         }
 988       }
 989     }
 990     return ret;
 991   }
 992
 993   /**
 994    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 995    *
 996    * @param arg
 997    * @return true if arg was present in argslist.
 998    */
 999   public boolean contains(String arg)
1000   {
1001     if (vargs.contains(arg))
1002     {
1003       vargs.removeElement(arg);
1004       return true;
1005     }
1006     else
1007     {
1008       return false;
1009     }
1010   }
1011
1012   public String nextValue()
1013   {
1014     return vargs.remove(0).toString();
1015   }
1016
1017   public int getSize()
1018   {
1019     return vargs.size();
1020   }
1021
1022 }
1023
1024 /**
1025  * keep track of feature fetching tasks.
1026  *
1027  * @author JimP
1028  *
1029  */
1030 class FeatureFetcher
1031 {
1032   /*
1033    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1034    * processing events.
1035    */
1036
1037   private int queued = 0;
1038
1039   private int running = 0;
1040
1041   public FeatureFetcher()
1042   {
1043
1044   }
1045
1046   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1047   {
1048     final long id = System.currentTimeMillis();
1049     queued++;
1050     final FeatureFetcher us = this;
1051     new Thread(new Runnable()
1052     {
1053
1054       public void run()
1055       {
1056         synchronized (us)
1057         {
1058           queued--;
1059           running++;
1060         }
1061
1062         af.setProgressBar("DAS features being retrieved...", id);
1063         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1064         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1065         af.setProgressBar(null, id);
1066         synchronized (us)
1067         {
1068           running--;
1069         }
1070       }
1071     }).start();
1072   }
1073
1074   public synchronized boolean allFinished()
1075   {
1076     return queued == 0 && running == 0;
1077   }
1078
1079
1080
1081 };