src/jalview/io/gff/SequenceOntologyFactory.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.gff;
  22
  23 import jalview.bin.Jalview;
  24
  25 /**
  26  * A factory class that returns a model of the Sequence Ontology. By default a
  27  * hard-coded subset is used (for the applet, or testing), or setInstance() can
  28  * be used to set full Ontology data.
  29  *
  30  * @author gmcarstairs
  31  *
  32  */
  33 public class SequenceOntologyFactory
  34 {
  35   // private static SequenceOntologyI instance; // moved to Jalview.instance for
  36   // JavaScript
  37
  38   public static synchronized SequenceOntologyI getInstance()
  39   {
  40     Jalview j = Jalview.getInstance();
  41     if (j.sequenceOntology == null)
  42     {
  43       j.sequenceOntology = new SequenceOntologyLite();
  44     }
  45     return j.sequenceOntology;
  46   }
  47
  48   public static void setInstance(SequenceOntologyI so)
  49   {
  50     Jalview.getInstance().sequenceOntology = so;
  51   }
  52 }