src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class Viewport.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _conservationSelected.\r
  31      */\r
  32     private boolean _conservationSelected;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_conservationSelected;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _pidSelected.\r
  41      */\r
  42     private boolean _pidSelected;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_pidSelected;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _bgColour.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _bgColour;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _consThreshold.\r
  56      */\r
  57     private int _consThreshold;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  61      */\r
  62     private boolean _has_consThreshold;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * Field _pidThreshold.\r
  66      */\r
  67     private int _pidThreshold;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  71      */\r
  72     private boolean _has_pidThreshold;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Field _title.\r
  76      */\r
  77     private java.lang.String _title;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _showFullId.\r
  81      */\r
  82     private boolean _showFullId;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  86      */\r
  87     private boolean _has_showFullId;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * Field _rightAlignIds.\r
  91      */\r
  92     private boolean _rightAlignIds;\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
  96      */\r
  97     private boolean _has_rightAlignIds;\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * Field _showText.\r
 101      */\r
 102     private boolean _showText;\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * keeps track of state for field: _showText\r
 106      */\r
 107     private boolean _has_showText;\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Field _showColourText.\r
 111      */\r
 112     private boolean _showColourText;\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 116      */\r
 117     private boolean _has_showColourText;\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * Field _showUnconserved.\r
 121      */\r
 122     private boolean _showUnconserved = false;\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
 126      */\r
 127     private boolean _has_showUnconserved;\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * Field _showBoxes.\r
 131      */\r
 132     private boolean _showBoxes;\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 136      */\r
 137     private boolean _has_showBoxes;\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * Field _wrapAlignment.\r
 141      */\r
 142     private boolean _wrapAlignment;\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 146      */\r
 147     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Field _renderGaps.\r
 151      */\r
 152     private boolean _renderGaps;\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 156      */\r
 157     private boolean _has_renderGaps;\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * Field _showSequenceFeatures.\r
 161      */\r
 162     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 166      */\r
 167     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 168 \r
 169     /**\r
 170      * Field _showNPfeatureTooltip.\r
 171      */\r
 172     private boolean _showNPfeatureTooltip;\r
 173 \r
 174     /**\r
 175      * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip\r
 176      */\r
 177     private boolean _has_showNPfeatureTooltip;\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * Field _showDbRefTooltip.\r
 181      */\r
 182     private boolean _showDbRefTooltip;\r
 183 \r
 184     /**\r
 185      * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip\r
 186      */\r
 187     private boolean _has_showDbRefTooltip;\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * Field _followHighlight.\r
 191      */\r
 192     private boolean _followHighlight = true;\r
 193 \r
 194     /**\r
 195      * keeps track of state for field: _followHighlight\r
 196      */\r
 197     private boolean _has_followHighlight;\r
 198 \r
 199     /**\r
 200      * Field _followSelection.\r
 201      */\r
 202     private boolean _followSelection = true;\r
 203 \r
 204     /**\r
 205      * keeps track of state for field: _followSelection\r
 206      */\r
 207     private boolean _has_followSelection;\r
 208 \r
 209     /**\r
 210      * Field _showAnnotation.\r
 211      */\r
 212     private boolean _showAnnotation;\r
 213 \r
 214     /**\r
 215      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 216      */\r
 217     private boolean _has_showAnnotation;\r
 218 \r
 219     /**\r
 220      * Field _centreColumnLabels.\r
 221      */\r
 222     private boolean _centreColumnLabels = false;\r
 223 \r
 224     /**\r
 225      * keeps track of state for field: _centreColumnLabels\r
 226      */\r
 227     private boolean _has_centreColumnLabels;\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * Field _showGroupConservation.\r
 231      */\r
 232     private boolean _showGroupConservation = false;\r
 233 \r
 234     /**\r
 235      * keeps track of state for field: _showGroupConservation\r
 236      */\r
 237     private boolean _has_showGroupConservation;\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * Field _showGroupConsensus.\r
 241      */\r
 242     private boolean _showGroupConsensus = false;\r
 243 \r
 244     /**\r
 245      * keeps track of state for field: _showGroupConsensus\r
 246      */\r
 247     private boolean _has_showGroupConsensus;\r
 248 \r
 249     /**\r
 250      * Field _showConsensusHistogram.\r
 251      */\r
 252     private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
 253 \r
 254     /**\r
 255      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
 256      */\r
 257     private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
 258 \r
 259     /**\r
 260      * Field _showSequenceLogo.\r
 261      */\r
 262     private boolean _showSequenceLogo = false;\r
 263 \r
 264     /**\r
 265      * keeps track of state for field: _showSequenceLogo\r
 266      */\r
 267     private boolean _has_showSequenceLogo;\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
 271      */\r
 272     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
 276      */\r
 277     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
 278 \r
 279     /**\r
 280      * Field _xpos.\r
 281      */\r
 282     private int _xpos;\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * keeps track of state for field: _xpos\r
 286      */\r
 287     private boolean _has_xpos;\r
 288 \r
 289     /**\r
 290      * Field _ypos.\r
 291      */\r
 292     private int _ypos;\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * keeps track of state for field: _ypos\r
 296      */\r
 297     private boolean _has_ypos;\r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * Field _width.\r
 301      */\r
 302     private int _width;\r
 303 \r
 304     /**\r
 305      * keeps track of state for field: _width\r
 306      */\r
 307     private boolean _has_width;\r
 308 \r
 309     /**\r
 310      * Field _height.\r
 311      */\r
 312     private int _height;\r
 313 \r
 314     /**\r
 315      * keeps track of state for field: _height\r
 316      */\r
 317     private boolean _has_height;\r
 318 \r
 319     /**\r
 320      * Field _startRes.\r
 321      */\r
 322     private int _startRes;\r
 323 \r
 324     /**\r
 325      * keeps track of state for field: _startRes\r
 326      */\r
 327     private boolean _has_startRes;\r
 328 \r
 329     /**\r
 330      * Field _startSeq.\r
 331      */\r
 332     private int _startSeq;\r
 333 \r
 334     /**\r
 335      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 336      */\r
 337     private boolean _has_startSeq;\r
 338 \r
 339     /**\r
 340      * Field _fontName.\r
 341      */\r
 342     private java.lang.String _fontName;\r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * Field _fontSize.\r
 346      */\r
 347     private int _fontSize;\r
 348 \r
 349     /**\r
 350      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 351      */\r
 352     private boolean _has_fontSize;\r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * Field _fontStyle.\r
 356      */\r
 357     private int _fontStyle;\r
 358 \r
 359     /**\r
 360      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 361      */\r
 362     private boolean _has_fontStyle;\r
 363 \r
 364     /**\r
 365      * Field _viewName.\r
 366      */\r
 367     private java.lang.String _viewName;\r
 368 \r
 369     /**\r
 370      * Field _sequenceSetId.\r
 371      */\r
 372     private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 373 \r
 374     /**\r
 375      * Field _gatheredViews.\r
 376      */\r
 377     private boolean _gatheredViews;\r
 378 \r
 379     /**\r
 380      * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 381      */\r
 382     private boolean _has_gatheredViews;\r
 383 \r
 384     /**\r
 385      * Field _textCol1.\r
 386      */\r
 387     private int _textCol1;\r
 388 \r
 389     /**\r
 390      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 391      */\r
 392     private boolean _has_textCol1;\r
 393 \r
 394     /**\r
 395      * Field _textCol2.\r
 396      */\r
 397     private int _textCol2;\r
 398 \r
 399     /**\r
 400      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 401      */\r
 402     private boolean _has_textCol2;\r
 403 \r
 404     /**\r
 405      * Field _textColThreshold.\r
 406      */\r
 407     private int _textColThreshold;\r
 408 \r
 409     /**\r
 410      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 411      */\r
 412     private boolean _has_textColThreshold;\r
 413 \r
 414     /**\r
 415      * unique id used by jalview to synchronize between stored and\r
 416      * instantiated views\r
 417      *  \r
 418      */\r
 419     private java.lang.String _id;\r
 420 \r
 421     /**\r
 422      * Field _annotationColours.\r
 423      */\r
 424     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 425 \r
 426     /**\r
 427      * Field _hiddenColumnsList.\r
 428      */\r
 429     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 430 \r
 431 \r
 432       //----------------/\r
 433      //- Constructors -/\r
 434     //----------------/\r
 435 \r
 436     public Viewport() {\r
 437         super();\r
 438         this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();\r
 439     }\r
 440 \r
 441 \r
 442       //-----------/\r
 443      //- Methods -/\r
 444     //-----------/\r
 445 \r
 446     /**\r
 447      * \r
 448      * \r
 449      * @param vHiddenColumns\r
 450      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 451      * given is outside the bounds of the collection\r
 452      */\r
 453     public void addHiddenColumns(\r
 454             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 455     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 456         this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 457     }\r
 458 \r
 459     /**\r
 460      * \r
 461      * \r
 462      * @param index\r
 463      * @param vHiddenColumns\r
 464      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 465      * given is outside the bounds of the collection\r
 466      */\r
 467     public void addHiddenColumns(\r
 468             final int index,\r
 469             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 470     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 471         this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
 472     }\r
 473 \r
 474     /**\r
 475      */\r
 476     public void deleteCentreColumnLabels(\r
 477     ) {\r
 478         this._has_centreColumnLabels= false;\r
 479     }\r
 480 \r
 481     /**\r
 482      */\r
 483     public void deleteConsThreshold(\r
 484     ) {\r
 485         this._has_consThreshold= false;\r
 486     }\r
 487 \r
 488     /**\r
 489      */\r
 490     public void deleteConservationSelected(\r
 491     ) {\r
 492         this._has_conservationSelected= false;\r
 493     }\r
 494 \r
 495     /**\r
 496      */\r
 497     public void deleteFollowHighlight(\r
 498     ) {\r
 499         this._has_followHighlight= false;\r
 500     }\r
 501 \r
 502     /**\r
 503      */\r
 504     public void deleteFollowSelection(\r
 505     ) {\r
 506         this._has_followSelection= false;\r
 507     }\r
 508 \r
 509     /**\r
 510      */\r
 511     public void deleteFontSize(\r
 512     ) {\r
 513         this._has_fontSize= false;\r
 514     }\r
 515 \r
 516     /**\r
 517      */\r
 518     public void deleteFontStyle(\r
 519     ) {\r
 520         this._has_fontStyle= false;\r
 521     }\r
 522 \r
 523     /**\r
 524      */\r
 525     public void deleteGatheredViews(\r
 526     ) {\r
 527         this._has_gatheredViews= false;\r
 528     }\r
 529 \r
 530     /**\r
 531      */\r
 532     public void deleteHeight(\r
 533     ) {\r
 534         this._has_height= false;\r
 535     }\r
 536 \r
 537     /**\r
 538      */\r
 539     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(\r
 540     ) {\r
 541         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;\r
 542     }\r
 543 \r
 544     /**\r
 545      */\r
 546     public void deletePidSelected(\r
 547     ) {\r
 548         this._has_pidSelected= false;\r
 549     }\r
 550 \r
 551     /**\r
 552      */\r
 553     public void deletePidThreshold(\r
 554     ) {\r
 555         this._has_pidThreshold= false;\r
 556     }\r
 557 \r
 558     /**\r
 559      */\r
 560     public void deleteRenderGaps(\r
 561     ) {\r
 562         this._has_renderGaps= false;\r
 563     }\r
 564 \r
 565     /**\r
 566      */\r
 567     public void deleteRightAlignIds(\r
 568     ) {\r
 569         this._has_rightAlignIds= false;\r
 570     }\r
 571 \r
 572     /**\r
 573      */\r
 574     public void deleteShowAnnotation(\r
 575     ) {\r
 576         this._has_showAnnotation= false;\r
 577     }\r
 578 \r
 579     /**\r
 580      */\r
 581     public void deleteShowBoxes(\r
 582     ) {\r
 583         this._has_showBoxes= false;\r
 584     }\r
 585 \r
 586     /**\r
 587      */\r
 588     public void deleteShowColourText(\r
 589     ) {\r
 590         this._has_showColourText= false;\r
 591     }\r
 592 \r
 593     /**\r
 594      */\r
 595     public void deleteShowConsensusHistogram(\r
 596     ) {\r
 597         this._has_showConsensusHistogram= false;\r
 598     }\r
 599 \r
 600     /**\r
 601      */\r
 602     public void deleteShowDbRefTooltip(\r
 603     ) {\r
 604         this._has_showDbRefTooltip= false;\r
 605     }\r
 606 \r
 607     /**\r
 608      */\r
 609     public void deleteShowFullId(\r
 610     ) {\r
 611         this._has_showFullId= false;\r
 612     }\r
 613 \r
 614     /**\r
 615      */\r
 616     public void deleteShowGroupConsensus(\r
 617     ) {\r
 618         this._has_showGroupConsensus= false;\r
 619     }\r
 620 \r
 621     /**\r
 622      */\r
 623     public void deleteShowGroupConservation(\r
 624     ) {\r
 625         this._has_showGroupConservation= false;\r
 626     }\r
 627 \r
 628     /**\r
 629      */\r
 630     public void deleteShowNPfeatureTooltip(\r
 631     ) {\r
 632         this._has_showNPfeatureTooltip= false;\r
 633     }\r
 634 \r
 635     /**\r
 636      */\r
 637     public void deleteShowSequenceFeatures(\r
 638     ) {\r
 639         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 640     }\r
 641 \r
 642     /**\r
 643      */\r
 644     public void deleteShowSequenceLogo(\r
 645     ) {\r
 646         this._has_showSequenceLogo= false;\r
 647     }\r
 648 \r
 649     /**\r
 650      */\r
 651     public void deleteShowText(\r
 652     ) {\r
 653         this._has_showText= false;\r
 654     }\r
 655 \r
 656     /**\r
 657      */\r
 658     public void deleteShowUnconserved(\r
 659     ) {\r
 660         this._has_showUnconserved= false;\r
 661     }\r
 662 \r
 663     /**\r
 664      */\r
 665     public void deleteStartRes(\r
 666     ) {\r
 667         this._has_startRes= false;\r
 668     }\r
 669 \r
 670     /**\r
 671      */\r
 672     public void deleteStartSeq(\r
 673     ) {\r
 674         this._has_startSeq= false;\r
 675     }\r
 676 \r
 677     /**\r
 678      */\r
 679     public void deleteTextCol1(\r
 680     ) {\r
 681         this._has_textCol1= false;\r
 682     }\r
 683 \r
 684     /**\r
 685      */\r
 686     public void deleteTextCol2(\r
 687     ) {\r
 688         this._has_textCol2= false;\r
 689     }\r
 690 \r
 691     /**\r
 692      */\r
 693     public void deleteTextColThreshold(\r
 694     ) {\r
 695         this._has_textColThreshold= false;\r
 696     }\r
 697 \r
 698     /**\r
 699      */\r
 700     public void deleteWidth(\r
 701     ) {\r
 702         this._has_width= false;\r
 703     }\r
 704 \r
 705     /**\r
 706      */\r
 707     public void deleteWrapAlignment(\r
 708     ) {\r
 709         this._has_wrapAlignment= false;\r
 710     }\r
 711 \r
 712     /**\r
 713      */\r
 714     public void deleteXpos(\r
 715     ) {\r
 716         this._has_xpos= false;\r
 717     }\r
 718 \r
 719     /**\r
 720      */\r
 721     public void deleteYpos(\r
 722     ) {\r
 723         this._has_ypos= false;\r
 724     }\r
 725 \r
 726     /**\r
 727      * Method enumerateHiddenColumns.\r
 728      * \r
 729      * @return an Enumeration over all\r
 730      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
 731      */\r
 732     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(\r
 733     ) {\r
 734         return this._hiddenColumnsList.elements();\r
 735     }\r
 736 \r
 737     /**\r
 738      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 739      * \r
 740      * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
 741      */\r
 742     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(\r
 743     ) {\r
 744         return this._annotationColours;\r
 745     }\r
 746 \r
 747     /**\r
 748      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 749      * \r
 750      * @return the value of field 'BgColour'.\r
 751      */\r
 752     public java.lang.String getBgColour(\r
 753     ) {\r
 754         return this._bgColour;\r
 755     }\r
 756 \r
 757     /**\r
 758      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
 759      * \r
 760      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
 761      */\r
 762     public boolean getCentreColumnLabels(\r
 763     ) {\r
 764         return this._centreColumnLabels;\r
 765     }\r
 766 \r
 767     /**\r
 768      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 769      * \r
 770      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 771      */\r
 772     public int getConsThreshold(\r
 773     ) {\r
 774         return this._consThreshold;\r
 775     }\r
 776 \r
 777     /**\r
 778      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 779      * \r
 780      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
 781      */\r
 782     public boolean getConservationSelected(\r
 783     ) {\r
 784         return this._conservationSelected;\r
 785     }\r
 786 \r
 787     /**\r
 788      * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
 789      * \r
 790      * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
 791      */\r
 792     public boolean getFollowHighlight(\r
 793     ) {\r
 794         return this._followHighlight;\r
 795     }\r
 796 \r
 797     /**\r
 798      * Returns the value of field 'followSelection'.\r
 799      * \r
 800      * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
 801      */\r
 802     public boolean getFollowSelection(\r
 803     ) {\r
 804         return this._followSelection;\r
 805     }\r
 806 \r
 807     /**\r
 808      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 809      * \r
 810      * @return the value of field 'FontName'.\r
 811      */\r
 812     public java.lang.String getFontName(\r
 813     ) {\r
 814         return this._fontName;\r
 815     }\r
 816 \r
 817     /**\r
 818      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 819      * \r
 820      * @return the value of field 'FontSize'.\r
 821      */\r
 822     public int getFontSize(\r
 823     ) {\r
 824         return this._fontSize;\r
 825     }\r
 826 \r
 827     /**\r
 828      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 829      * \r
 830      * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 831      */\r
 832     public int getFontStyle(\r
 833     ) {\r
 834         return this._fontStyle;\r
 835     }\r
 836 \r
 837     /**\r
 838      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 839      * \r
 840      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
 841      */\r
 842     public boolean getGatheredViews(\r
 843     ) {\r
 844         return this._gatheredViews;\r
 845     }\r
 846 \r
 847     /**\r
 848      * Returns the value of field 'height'.\r
 849      * \r
 850      * @return the value of field 'Height'.\r
 851      */\r
 852     public int getHeight(\r
 853     ) {\r
 854         return this._height;\r
 855     }\r
 856 \r
 857     /**\r
 858      * Method getHiddenColumns.\r
 859      * \r
 860      * @param index\r
 861      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 862      * given is outside the bounds of the collection\r
 863      * @return the value of the\r
 864      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given\r
 865      * index\r
 866      */\r
 867     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
 868             final int index)\r
 869     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 870         // check bounds for index\r
 871         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
 872             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
 873         }\r
 874         \r
 875         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);\r
 876     }\r
 877 \r
 878     /**\r
 879      * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the\r
 880      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
 881      * collection contents are changing in another thread, we pass\r
 882      * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
 883      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
 884      * exactly the correct length.\r
 885      * \r
 886      * @return this collection as an Array\r
 887      */\r
 888     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(\r
 889     ) {\r
 890         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
 891         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);\r
 892     }\r
 893 \r
 894     /**\r
 895      * Method getHiddenColumnsCount.\r
 896      * \r
 897      * @return the size of this collection\r
 898      */\r
 899     public int getHiddenColumnsCount(\r
 900     ) {\r
 901         return this._hiddenColumnsList.size();\r
 902     }\r
 903 \r
 904     /**\r
 905      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 906      * following description: unique id used by jalview to\r
 907      * synchronize between stored and instantiated views\r
 908      *  \r
 909      * \r
 910      * @return the value of field 'Id'.\r
 911      */\r
 912     public java.lang.String getId(\r
 913     ) {\r
 914         return this._id;\r
 915     }\r
 916 \r
 917     /**\r
 918      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 919      * \r
 920      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
 921      */\r
 922     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(\r
 923     ) {\r
 924         return this._ignoreGapsinConsensus;\r
 925     }\r
 926 \r
 927     /**\r
 928      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 929      * \r
 930      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
 931      */\r
 932     public boolean getPidSelected(\r
 933     ) {\r
 934         return this._pidSelected;\r
 935     }\r
 936 \r
 937     /**\r
 938      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 939      * \r
 940      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 941      */\r
 942     public int getPidThreshold(\r
 943     ) {\r
 944         return this._pidThreshold;\r
 945     }\r
 946 \r
 947     /**\r
 948      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 949      * \r
 950      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
 951      */\r
 952     public boolean getRenderGaps(\r
 953     ) {\r
 954         return this._renderGaps;\r
 955     }\r
 956 \r
 957     /**\r
 958      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 959      * \r
 960      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
 961      */\r
 962     public boolean getRightAlignIds(\r
 963     ) {\r
 964         return this._rightAlignIds;\r
 965     }\r
 966 \r
 967     /**\r
 968      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 969      * \r
 970      * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
 971      */\r
 972     public java.lang.String getSequenceSetId(\r
 973     ) {\r
 974         return this._sequenceSetId;\r
 975     }\r
 976 \r
 977     /**\r
 978      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 979      * \r
 980      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
 981      */\r
 982     public boolean getShowAnnotation(\r
 983     ) {\r
 984         return this._showAnnotation;\r
 985     }\r
 986 \r
 987     /**\r
 988      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 989      * \r
 990      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
 991      */\r
 992     public boolean getShowBoxes(\r
 993     ) {\r
 994         return this._showBoxes;\r
 995     }\r
 996 \r
 997     /**\r
 998      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 999      * \r
1000      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1001      */\r
1002     public boolean getShowColourText(\r
1003     ) {\r
1004         return this._showColourText;\r
1005     }\r
1006 \r
1007     /**\r
1008      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
1009      * \r
1010      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
1011      */\r
1012     public boolean getShowConsensusHistogram(\r
1013     ) {\r
1014         return this._showConsensusHistogram;\r
1015     }\r
1016 \r
1017     /**\r
1018      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
1019      * \r
1020      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
1021      */\r
1022     public boolean getShowDbRefTooltip(\r
1023     ) {\r
1024         return this._showDbRefTooltip;\r
1025     }\r
1026 \r
1027     /**\r
1028      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1029      * \r
1030      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1031      */\r
1032     public boolean getShowFullId(\r
1033     ) {\r
1034         return this._showFullId;\r
1035     }\r
1036 \r
1037     /**\r
1038      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
1039      * \r
1040      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
1041      */\r
1042     public boolean getShowGroupConsensus(\r
1043     ) {\r
1044         return this._showGroupConsensus;\r
1045     }\r
1046 \r
1047     /**\r
1048      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
1049      * \r
1050      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
1051      */\r
1052     public boolean getShowGroupConservation(\r
1053     ) {\r
1054         return this._showGroupConservation;\r
1055     }\r
1056 \r
1057     /**\r
1058      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
1059      * \r
1060      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
1061      */\r
1062     public boolean getShowNPfeatureTooltip(\r
1063     ) {\r
1064         return this._showNPfeatureTooltip;\r
1065     }\r
1066 \r
1067     /**\r
1068      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1069      * \r
1070      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1071      */\r
1072     public boolean getShowSequenceFeatures(\r
1073     ) {\r
1074         return this._showSequenceFeatures;\r
1075     }\r
1076 \r
1077     /**\r
1078      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
1079      * \r
1080      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
1081      */\r
1082     public boolean getShowSequenceLogo(\r
1083     ) {\r
1084         return this._showSequenceLogo;\r
1085     }\r
1086 \r
1087     /**\r
1088      * Returns the value of field 'showText'.\r
1089      * \r
1090      * @return the value of field 'ShowText'.\r
1091      */\r
1092     public boolean getShowText(\r
1093     ) {\r
1094         return this._showText;\r
1095     }\r
1096 \r
1097     /**\r
1098      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
1099      * \r
1100      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
1101      */\r
1102     public boolean getShowUnconserved(\r
1103     ) {\r
1104         return this._showUnconserved;\r
1105     }\r
1106 \r
1107     /**\r
1108      * Returns the value of field 'startRes'.\r
1109      * \r
1110      * @return the value of field 'StartRes'.\r
1111      */\r
1112     public int getStartRes(\r
1113     ) {\r
1114         return this._startRes;\r
1115     }\r
1116 \r
1117     /**\r
1118      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
1119      * \r
1120      * @return the value of field 'StartSeq'.\r
1121      */\r
1122     public int getStartSeq(\r
1123     ) {\r
1124         return this._startSeq;\r
1125     }\r
1126 \r
1127     /**\r
1128      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
1129      * \r
1130      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
1131      */\r
1132     public int getTextCol1(\r
1133     ) {\r
1134         return this._textCol1;\r
1135     }\r
1136 \r
1137     /**\r
1138      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
1139      * \r
1140      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
1141      */\r
1142     public int getTextCol2(\r
1143     ) {\r
1144         return this._textCol2;\r
1145     }\r
1146 \r
1147     /**\r
1148      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
1149      * \r
1150      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
1151      */\r
1152     public int getTextColThreshold(\r
1153     ) {\r
1154         return this._textColThreshold;\r
1155     }\r
1156 \r
1157     /**\r
1158      * Returns the value of field 'title'.\r
1159      * \r
1160      * @return the value of field 'Title'.\r
1161      */\r
1162     public java.lang.String getTitle(\r
1163     ) {\r
1164         return this._title;\r
1165     }\r
1166 \r
1167     /**\r
1168      * Returns the value of field 'viewName'.\r
1169      * \r
1170      * @return the value of field 'ViewName'.\r
1171      */\r
1172     public java.lang.String getViewName(\r
1173     ) {\r
1174         return this._viewName;\r
1175     }\r
1176 \r
1177     /**\r
1178      * Returns the value of field 'width'.\r
1179      * \r
1180      * @return the value of field 'Width'.\r
1181      */\r
1182     public int getWidth(\r
1183     ) {\r
1184         return this._width;\r
1185     }\r
1186 \r
1187     /**\r
1188      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1189      * \r
1190      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1191      */\r
1192     public boolean getWrapAlignment(\r
1193     ) {\r
1194         return this._wrapAlignment;\r
1195     }\r
1196 \r
1197     /**\r
1198      * Returns the value of field 'xpos'.\r
1199      * \r
1200      * @return the value of field 'Xpos'.\r
1201      */\r
1202     public int getXpos(\r
1203     ) {\r
1204         return this._xpos;\r
1205     }\r
1206 \r
1207     /**\r
1208      * Returns the value of field 'ypos'.\r
1209      * \r
1210      * @return the value of field 'Ypos'.\r
1211      */\r
1212     public int getYpos(\r
1213     ) {\r
1214         return this._ypos;\r
1215     }\r
1216 \r
1217     /**\r
1218      * Method hasCentreColumnLabels.\r
1219      * \r
1220      * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde\r
1221      */\r
1222     public boolean hasCentreColumnLabels(\r
1223     ) {\r
1224         return this._has_centreColumnLabels;\r
1225     }\r
1226 \r
1227     /**\r
1228      * Method hasConsThreshold.\r
1229      * \r
1230      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
1231      */\r
1232     public boolean hasConsThreshold(\r
1233     ) {\r
1234         return this._has_consThreshold;\r
1235     }\r
1236 \r
1237     /**\r
1238      * Method hasConservationSelected.\r
1239      * \r
1240      * @return true if at least one ConservationSelected has been\r
1241      * added\r
1242      */\r
1243     public boolean hasConservationSelected(\r
1244     ) {\r
1245         return this._has_conservationSelected;\r
1246     }\r
1247 \r
1248     /**\r
1249      * Method hasFollowHighlight.\r
1250      * \r
1251      * @return true if at least one FollowHighlight has been added\r
1252      */\r
1253     public boolean hasFollowHighlight(\r
1254     ) {\r
1255         return this._has_followHighlight;\r
1256     }\r
1257 \r
1258     /**\r
1259      * Method hasFollowSelection.\r
1260      * \r
1261      * @return true if at least one FollowSelection has been added\r
1262      */\r
1263     public boolean hasFollowSelection(\r
1264     ) {\r
1265         return this._has_followSelection;\r
1266     }\r
1267 \r
1268     /**\r
1269      * Method hasFontSize.\r
1270      * \r
1271      * @return true if at least one FontSize has been added\r
1272      */\r
1273     public boolean hasFontSize(\r
1274     ) {\r
1275         return this._has_fontSize;\r
1276     }\r
1277 \r
1278     /**\r
1279      * Method hasFontStyle.\r
1280      * \r
1281      * @return true if at least one FontStyle has been added\r
1282      */\r
1283     public boolean hasFontStyle(\r
1284     ) {\r
1285         return this._has_fontStyle;\r
1286     }\r
1287 \r
1288     /**\r
1289      * Method hasGatheredViews.\r
1290      * \r
1291      * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
1292      */\r
1293     public boolean hasGatheredViews(\r
1294     ) {\r
1295         return this._has_gatheredViews;\r
1296     }\r
1297 \r
1298     /**\r
1299      * Method hasHeight.\r
1300      * \r
1301      * @return true if at least one Height has been added\r
1302      */\r
1303     public boolean hasHeight(\r
1304     ) {\r
1305         return this._has_height;\r
1306     }\r
1307 \r
1308     /**\r
1309      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
1310      * \r
1311      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been\r
1312      * added\r
1313      */\r
1314     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(\r
1315     ) {\r
1316         return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
1317     }\r
1318 \r
1319     /**\r
1320      * Method hasPidSelected.\r
1321      * \r
1322      * @return true if at least one PidSelected has been added\r
1323      */\r
1324     public boolean hasPidSelected(\r
1325     ) {\r
1326         return this._has_pidSelected;\r
1327     }\r
1328 \r
1329     /**\r
1330      * Method hasPidThreshold.\r
1331      * \r
1332      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
1333      */\r
1334     public boolean hasPidThreshold(\r
1335     ) {\r
1336         return this._has_pidThreshold;\r
1337     }\r
1338 \r
1339     /**\r
1340      * Method hasRenderGaps.\r
1341      * \r
1342      * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
1343      */\r
1344     public boolean hasRenderGaps(\r
1345     ) {\r
1346         return this._has_renderGaps;\r
1347     }\r
1348 \r
1349     /**\r
1350      * Method hasRightAlignIds.\r
1351      * \r
1352      * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
1353      */\r
1354     public boolean hasRightAlignIds(\r
1355     ) {\r
1356         return this._has_rightAlignIds;\r
1357     }\r
1358 \r
1359     /**\r
1360      * Method hasShowAnnotation.\r
1361      * \r
1362      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
1363      */\r
1364     public boolean hasShowAnnotation(\r
1365     ) {\r
1366         return this._has_showAnnotation;\r
1367     }\r
1368 \r
1369     /**\r
1370      * Method hasShowBoxes.\r
1371      * \r
1372      * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
1373      */\r
1374     public boolean hasShowBoxes(\r
1375     ) {\r
1376         return this._has_showBoxes;\r
1377     }\r
1378 \r
1379     /**\r
1380      * Method hasShowColourText.\r
1381      * \r
1382      * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
1383      */\r
1384     public boolean hasShowColourText(\r
1385     ) {\r
1386         return this._has_showColourText;\r
1387     }\r
1388 \r
1389     /**\r
1390      * Method hasShowConsensusHistogram.\r
1391      * \r
1392      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been\r
1393      * added\r
1394      */\r
1395     public boolean hasShowConsensusHistogram(\r
1396     ) {\r
1397         return this._has_showConsensusHistogram;\r
1398     }\r
1399 \r
1400     /**\r
1401      * Method hasShowDbRefTooltip.\r
1402      * \r
1403      * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added\r
1404      */\r
1405     public boolean hasShowDbRefTooltip(\r
1406     ) {\r
1407         return this._has_showDbRefTooltip;\r
1408     }\r
1409 \r
1410     /**\r
1411      * Method hasShowFullId.\r
1412      * \r
1413      * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
1414      */\r
1415     public boolean hasShowFullId(\r
1416     ) {\r
1417         return this._has_showFullId;\r
1418     }\r
1419 \r
1420     /**\r
1421      * Method hasShowGroupConsensus.\r
1422      * \r
1423      * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde\r
1424      */\r
1425     public boolean hasShowGroupConsensus(\r
1426     ) {\r
1427         return this._has_showGroupConsensus;\r
1428     }\r
1429 \r
1430     /**\r
1431      * Method hasShowGroupConservation.\r
1432      * \r
1433      * @return true if at least one ShowGroupConservation has been\r
1434      * added\r
1435      */\r
1436     public boolean hasShowGroupConservation(\r
1437     ) {\r
1438         return this._has_showGroupConservation;\r
1439     }\r
1440 \r
1441     /**\r
1442      * Method hasShowNPfeatureTooltip.\r
1443      * \r
1444      * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been\r
1445      * added\r
1446      */\r
1447     public boolean hasShowNPfeatureTooltip(\r
1448     ) {\r
1449         return this._has_showNPfeatureTooltip;\r
1450     }\r
1451 \r
1452     /**\r
1453      * Method hasShowSequenceFeatures.\r
1454      * \r
1455      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been\r
1456      * added\r
1457      */\r
1458     public boolean hasShowSequenceFeatures(\r
1459     ) {\r
1460         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1461     }\r
1462 \r
1463     /**\r
1464      * Method hasShowSequenceLogo.\r
1465      * \r
1466      * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added\r
1467      */\r
1468     public boolean hasShowSequenceLogo(\r
1469     ) {\r
1470         return this._has_showSequenceLogo;\r
1471     }\r
1472 \r
1473     /**\r
1474      * Method hasShowText.\r
1475      * \r
1476      * @return true if at least one ShowText has been added\r
1477      */\r
1478     public boolean hasShowText(\r
1479     ) {\r
1480         return this._has_showText;\r
1481     }\r
1482 \r
1483     /**\r
1484      * Method hasShowUnconserved.\r
1485      * \r
1486      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
1487      */\r
1488     public boolean hasShowUnconserved(\r
1489     ) {\r
1490         return this._has_showUnconserved;\r
1491     }\r
1492 \r
1493     /**\r
1494      * Method hasStartRes.\r
1495      * \r
1496      * @return true if at least one StartRes has been added\r
1497      */\r
1498     public boolean hasStartRes(\r
1499     ) {\r
1500         return this._has_startRes;\r
1501     }\r
1502 \r
1503     /**\r
1504      * Method hasStartSeq.\r
1505      * \r
1506      * @return true if at least one StartSeq has been added\r
1507      */\r
1508     public boolean hasStartSeq(\r
1509     ) {\r
1510         return this._has_startSeq;\r
1511     }\r
1512 \r
1513     /**\r
1514      * Method hasTextCol1.\r
1515      * \r
1516      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
1517      */\r
1518     public boolean hasTextCol1(\r
1519     ) {\r
1520         return this._has_textCol1;\r
1521     }\r
1522 \r
1523     /**\r
1524      * Method hasTextCol2.\r
1525      * \r
1526      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
1527      */\r
1528     public boolean hasTextCol2(\r
1529     ) {\r
1530         return this._has_textCol2;\r
1531     }\r
1532 \r
1533     /**\r
1534      * Method hasTextColThreshold.\r
1535      * \r
1536      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
1537      */\r
1538     public boolean hasTextColThreshold(\r
1539     ) {\r
1540         return this._has_textColThreshold;\r
1541     }\r
1542 \r
1543     /**\r
1544      * Method hasWidth.\r
1545      * \r
1546      * @return true if at least one Width has been added\r
1547      */\r
1548     public boolean hasWidth(\r
1549     ) {\r
1550         return this._has_width;\r
1551     }\r
1552 \r
1553     /**\r
1554      * Method hasWrapAlignment.\r
1555      * \r
1556      * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
1557      */\r
1558     public boolean hasWrapAlignment(\r
1559     ) {\r
1560         return this._has_wrapAlignment;\r
1561     }\r
1562 \r
1563     /**\r
1564      * Method hasXpos.\r
1565      * \r
1566      * @return true if at least one Xpos has been added\r
1567      */\r
1568     public boolean hasXpos(\r
1569     ) {\r
1570         return this._has_xpos;\r
1571     }\r
1572 \r
1573     /**\r
1574      * Method hasYpos.\r
1575      * \r
1576      * @return true if at least one Ypos has been added\r
1577      */\r
1578     public boolean hasYpos(\r
1579     ) {\r
1580         return this._has_ypos;\r
1581     }\r
1582 \r
1583     /**\r
1584      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
1585      * \r
1586      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
1587      */\r
1588     public boolean isCentreColumnLabels(\r
1589     ) {\r
1590         return this._centreColumnLabels;\r
1591     }\r
1592 \r
1593     /**\r
1594      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
1595      * \r
1596      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
1597      */\r
1598     public boolean isConservationSelected(\r
1599     ) {\r
1600         return this._conservationSelected;\r
1601     }\r
1602 \r
1603     /**\r
1604      * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
1605      * \r
1606      * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
1607      */\r
1608     public boolean isFollowHighlight(\r
1609     ) {\r
1610         return this._followHighlight;\r
1611     }\r
1612 \r
1613     /**\r
1614      * Returns the value of field 'followSelection'.\r
1615      * \r
1616      * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
1617      */\r
1618     public boolean isFollowSelection(\r
1619     ) {\r
1620         return this._followSelection;\r
1621     }\r
1622 \r
1623     /**\r
1624      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
1625      * \r
1626      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
1627      */\r
1628     public boolean isGatheredViews(\r
1629     ) {\r
1630         return this._gatheredViews;\r
1631     }\r
1632 \r
1633     /**\r
1634      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
1635      * \r
1636      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
1637      */\r
1638     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(\r
1639     ) {\r
1640         return this._ignoreGapsinConsensus;\r
1641     }\r
1642 \r
1643     /**\r
1644      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
1645      * \r
1646      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
1647      */\r
1648     public boolean isPidSelected(\r
1649     ) {\r
1650         return this._pidSelected;\r
1651     }\r
1652 \r
1653     /**\r
1654      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
1655      * \r
1656      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
1657      */\r
1658     public boolean isRenderGaps(\r
1659     ) {\r
1660         return this._renderGaps;\r
1661     }\r
1662 \r
1663     /**\r
1664      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
1665      * \r
1666      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
1667      */\r
1668     public boolean isRightAlignIds(\r
1669     ) {\r
1670         return this._rightAlignIds;\r
1671     }\r
1672 \r
1673     /**\r
1674      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
1675      * \r
1676      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
1677      */\r
1678     public boolean isShowAnnotation(\r
1679     ) {\r
1680         return this._showAnnotation;\r
1681     }\r
1682 \r
1683     /**\r
1684      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1685      * \r
1686      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1687      */\r
1688     public boolean isShowBoxes(\r
1689     ) {\r
1690         return this._showBoxes;\r
1691     }\r
1692 \r
1693     /**\r
1694      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1695      * \r
1696      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1697      */\r
1698     public boolean isShowColourText(\r
1699     ) {\r
1700         return this._showColourText;\r
1701     }\r
1702 \r
1703     /**\r
1704      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
1705      * \r
1706      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
1707      */\r
1708     public boolean isShowConsensusHistogram(\r
1709     ) {\r
1710         return this._showConsensusHistogram;\r
1711     }\r
1712 \r
1713     /**\r
1714      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
1715      * \r
1716      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
1717      */\r
1718     public boolean isShowDbRefTooltip(\r
1719     ) {\r
1720         return this._showDbRefTooltip;\r
1721     }\r
1722 \r
1723     /**\r
1724      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1725      * \r
1726      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1727      */\r
1728     public boolean isShowFullId(\r
1729     ) {\r
1730         return this._showFullId;\r
1731     }\r
1732 \r
1733     /**\r
1734      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
1735      * \r
1736      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
1737      */\r
1738     public boolean isShowGroupConsensus(\r
1739     ) {\r
1740         return this._showGroupConsensus;\r
1741     }\r
1742 \r
1743     /**\r
1744      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
1745      * \r
1746      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
1747      */\r
1748     public boolean isShowGroupConservation(\r
1749     ) {\r
1750         return this._showGroupConservation;\r
1751     }\r
1752 \r
1753     /**\r
1754      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
1755      * \r
1756      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
1757      */\r
1758     public boolean isShowNPfeatureTooltip(\r
1759     ) {\r
1760         return this._showNPfeatureTooltip;\r
1761     }\r
1762 \r
1763     /**\r
1764      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1765      * \r
1766      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1767      */\r
1768     public boolean isShowSequenceFeatures(\r
1769     ) {\r
1770         return this._showSequenceFeatures;\r
1771     }\r
1772 \r
1773     /**\r
1774      * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.\r
1775      * \r
1776      * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.\r
1777      */\r
1778     public boolean isShowSequenceLogo(\r
1779     ) {\r
1780         return this._showSequenceLogo;\r
1781     }\r
1782 \r
1783     /**\r
1784      * Returns the value of field 'showText'.\r
1785      * \r
1786      * @return the value of field 'ShowText'.\r
1787      */\r
1788     public boolean isShowText(\r
1789     ) {\r
1790         return this._showText;\r
1791     }\r
1792 \r
1793     /**\r
1794      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
1795      * \r
1796      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
1797      */\r
1798     public boolean isShowUnconserved(\r
1799     ) {\r
1800         return this._showUnconserved;\r
1801     }\r
1802 \r
1803     /**\r
1804      * Method isValid.\r
1805      * \r
1806      * @return true if this object is valid according to the schema\r
1807      */\r
1808     public boolean isValid(\r
1809     ) {\r
1810         try {\r
1811             validate();\r
1812         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1813             return false;\r
1814         }\r
1815         return true;\r
1816     }\r
1817 \r
1818     /**\r
1819      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1820      * \r
1821      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1822      */\r
1823     public boolean isWrapAlignment(\r
1824     ) {\r
1825         return this._wrapAlignment;\r
1826     }\r
1827 \r
1828     /**\r
1829      * \r
1830      * \r
1831      * @param out\r
1832      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1833      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1834      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1835      * object is an invalid instance according to the schema\r
1836      */\r
1837     public void marshal(\r
1838             final java.io.Writer out)\r
1839     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1840         Marshaller.marshal(this, out);\r
1841     }\r
1842 \r
1843     /**\r
1844      * \r
1845      * \r
1846      * @param handler\r
1847      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
1848      * marshaling\r
1849      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1850      * object is an invalid instance according to the schema\r
1851      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1852      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1853      */\r
1854     public void marshal(\r
1855             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1856     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1857         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1858     }\r
1859 \r
1860     /**\r
1861      */\r
1862     public void removeAllHiddenColumns(\r
1863     ) {\r
1864         this._hiddenColumnsList.clear();\r
1865     }\r
1866 \r
1867     /**\r
1868      * Method removeHiddenColumns.\r
1869      * \r
1870      * @param vHiddenColumns\r
1871      * @return true if the object was removed from the collection.\r
1872      */\r
1873     public boolean removeHiddenColumns(\r
1874             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {\r
1875         boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
1876         return removed;\r
1877     }\r
1878 \r
1879     /**\r
1880      * Method removeHiddenColumnsAt.\r
1881      * \r
1882      * @param index\r
1883      * @return the element removed from the collection\r
1884      */\r
1885     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
1886             final int index) {\r
1887         java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
1888         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1889     }\r
1890 \r
1891     /**\r
1892      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1893      * \r
1894      * @param annotationColours the value of field\r
1895      * 'annotationColours'.\r
1896      */\r
1897     public void setAnnotationColours(\r
1898             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {\r
1899         this._annotationColours = annotationColours;\r
1900     }\r
1901 \r
1902     /**\r
1903      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1904      * \r
1905      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1906      */\r
1907     public void setBgColour(\r
1908             final java.lang.String bgColour) {\r
1909         this._bgColour = bgColour;\r
1910     }\r
1911 \r
1912     /**\r
1913      * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.\r
1914      * \r
1915      * @param centreColumnLabels the value of field\r
1916      * 'centreColumnLabels'.\r
1917      */\r
1918     public void setCentreColumnLabels(\r
1919             final boolean centreColumnLabels) {\r
1920         this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;\r
1921         this._has_centreColumnLabels = true;\r
1922     }\r
1923 \r
1924     /**\r
1925      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1926      * \r
1927      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1928      */\r
1929     public void setConsThreshold(\r
1930             final int consThreshold) {\r
1931         this._consThreshold = consThreshold;\r
1932         this._has_consThreshold = true;\r
1933     }\r
1934 \r
1935     /**\r
1936      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1937      * \r
1938      * @param conservationSelected the value of field\r
1939      * 'conservationSelected'.\r
1940      */\r
1941     public void setConservationSelected(\r
1942             final boolean conservationSelected) {\r
1943         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1944         this._has_conservationSelected = true;\r
1945     }\r
1946 \r
1947     /**\r
1948      * Sets the value of field 'followHighlight'.\r
1949      * \r
1950      * @param followHighlight the value of field 'followHighlight'.\r
1951      */\r
1952     public void setFollowHighlight(\r
1953             final boolean followHighlight) {\r
1954         this._followHighlight = followHighlight;\r
1955         this._has_followHighlight = true;\r
1956     }\r
1957 \r
1958     /**\r
1959      * Sets the value of field 'followSelection'.\r
1960      * \r
1961      * @param followSelection the value of field 'followSelection'.\r
1962      */\r
1963     public void setFollowSelection(\r
1964             final boolean followSelection) {\r
1965         this._followSelection = followSelection;\r
1966         this._has_followSelection = true;\r
1967     }\r
1968 \r
1969     /**\r
1970      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1971      * \r
1972      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1973      */\r
1974     public void setFontName(\r
1975             final java.lang.String fontName) {\r
1976         this._fontName = fontName;\r
1977     }\r
1978 \r
1979     /**\r
1980      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1981      * \r
1982      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1983      */\r
1984     public void setFontSize(\r
1985             final int fontSize) {\r
1986         this._fontSize = fontSize;\r
1987         this._has_fontSize = true;\r
1988     }\r
1989 \r
1990     /**\r
1991      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1992      * \r
1993      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1994      */\r
1995     public void setFontStyle(\r
1996             final int fontStyle) {\r
1997         this._fontStyle = fontStyle;\r
1998         this._has_fontStyle = true;\r
1999     }\r
2000 \r
2001     /**\r
2002      * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
2003      * \r
2004      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
2005      */\r
2006     public void setGatheredViews(\r
2007             final boolean gatheredViews) {\r
2008         this._gatheredViews = gatheredViews;\r
2009         this._has_gatheredViews = true;\r
2010     }\r
2011 \r
2012     /**\r
2013      * Sets the value of field 'height'.\r
2014      * \r
2015      * @param height the value of field 'height'.\r
2016      */\r
2017     public void setHeight(\r
2018             final int height) {\r
2019         this._height = height;\r
2020         this._has_height = true;\r
2021     }\r
2022 \r
2023     /**\r
2024      * \r
2025      * \r
2026      * @param index\r
2027      * @param vHiddenColumns\r
2028      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
2029      * given is outside the bounds of the collection\r
2030      */\r
2031     public void setHiddenColumns(\r
2032             final int index,\r
2033             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
2034     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
2035         // check bounds for index\r
2036         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
2037             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
2038         }\r
2039         \r
2040         this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
2041     }\r
2042 \r
2043     /**\r
2044      * \r
2045      * \r
2046      * @param vHiddenColumnsArray\r
2047      */\r
2048     public void setHiddenColumns(\r
2049             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {\r
2050         //-- copy array\r
2051         _hiddenColumnsList.clear();\r
2052         \r
2053         for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {\r
2054                 this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
2055         }\r
2056     }\r
2057 \r
2058     /**\r
2059      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
2060      * following description: unique id used by jalview to\r
2061      * synchronize between stored and instantiated views\r
2062      *  \r
2063      * \r
2064      * @param id the value of field 'id'.\r
2065      */\r
2066     public void setId(\r
2067             final java.lang.String id) {\r
2068         this._id = id;\r
2069     }\r
2070 \r
2071     /**\r
2072      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
2073      * \r
2074      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field\r
2075      * 'ignoreGapsinConsensus'.\r
2076      */\r
2077     public void setIgnoreGapsinConsensus(\r
2078             final boolean ignoreGapsinConsensus) {\r
2079         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
2080         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
2081     }\r
2082 \r
2083     /**\r
2084      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
2085      * \r
2086      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
2087      */\r
2088     public void setPidSelected(\r
2089             final boolean pidSelected) {\r
2090         this._pidSelected = pidSelected;\r
2091         this._has_pidSelected = true;\r
2092     }\r
2093 \r
2094     /**\r
2095      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
2096      * \r
2097      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
2098      */\r
2099     public void setPidThreshold(\r
2100             final int pidThreshold) {\r
2101         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
2102         this._has_pidThreshold = true;\r
2103     }\r
2104 \r
2105     /**\r
2106      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
2107      * \r
2108      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
2109      */\r
2110     public void setRenderGaps(\r
2111             final boolean renderGaps) {\r
2112         this._renderGaps = renderGaps;\r
2113         this._has_renderGaps = true;\r
2114     }\r
2115 \r
2116     /**\r
2117      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
2118      * \r
2119      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
2120      */\r
2121     public void setRightAlignIds(\r
2122             final boolean rightAlignIds) {\r
2123         this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
2124         this._has_rightAlignIds = true;\r
2125     }\r
2126 \r
2127     /**\r
2128      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
2129      * \r
2130      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
2131      */\r
2132     public void setSequenceSetId(\r
2133             final java.lang.String sequenceSetId) {\r
2134         this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
2135     }\r
2136 \r
2137     /**\r
2138      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
2139      * \r
2140      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
2141      */\r
2142     public void setShowAnnotation(\r
2143             final boolean showAnnotation) {\r
2144         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
2145         this._has_showAnnotation = true;\r
2146     }\r
2147 \r
2148     /**\r
2149      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
2150      * \r
2151      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
2152      */\r
2153     public void setShowBoxes(\r
2154             final boolean showBoxes) {\r
2155         this._showBoxes = showBoxes;\r
2156         this._has_showBoxes = true;\r
2157     }\r
2158 \r
2159     /**\r
2160      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
2161      * \r
2162      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
2163      */\r
2164     public void setShowColourText(\r
2165             final boolean showColourText) {\r
2166         this._showColourText = showColourText;\r
2167         this._has_showColourText = true;\r
2168     }\r
2169 \r
2170     /**\r
2171      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
2172      * \r
2173      * @param showConsensusHistogram the value of field\r
2174      * 'showConsensusHistogram'.\r
2175      */\r
2176     public void setShowConsensusHistogram(\r
2177             final boolean showConsensusHistogram) {\r
2178         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
2179         this._has_showConsensusHistogram = true;\r
2180     }\r
2181 \r
2182     /**\r
2183      * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
2184      * \r
2185      * @param showDbRefTooltip the value of field 'showDbRefTooltip'\r
2186      */\r
2187     public void setShowDbRefTooltip(\r
2188             final boolean showDbRefTooltip) {\r
2189         this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;\r
2190         this._has_showDbRefTooltip = true;\r
2191     }\r
2192 \r
2193     /**\r
2194      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
2195      * \r
2196      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
2197      */\r
2198     public void setShowFullId(\r
2199             final boolean showFullId) {\r
2200         this._showFullId = showFullId;\r
2201         this._has_showFullId = true;\r
2202     }\r
2203 \r
2204     /**\r
2205      * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.\r
2206      * \r
2207      * @param showGroupConsensus the value of field\r
2208      * 'showGroupConsensus'.\r
2209      */\r
2210     public void setShowGroupConsensus(\r
2211             final boolean showGroupConsensus) {\r
2212         this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;\r
2213         this._has_showGroupConsensus = true;\r
2214     }\r
2215 \r
2216     /**\r
2217      * Sets the value of field 'showGroupConservation'.\r
2218      * \r
2219      * @param showGroupConservation the value of field\r
2220      * 'showGroupConservation'.\r
2221      */\r
2222     public void setShowGroupConservation(\r
2223             final boolean showGroupConservation) {\r
2224         this._showGroupConservation = showGroupConservation;\r
2225         this._has_showGroupConservation = true;\r
2226     }\r
2227 \r
2228     /**\r
2229      * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
2230      * \r
2231      * @param showNPfeatureTooltip the value of field\r
2232      * 'showNPfeatureTooltip'.\r
2233      */\r
2234     public void setShowNPfeatureTooltip(\r
2235             final boolean showNPfeatureTooltip) {\r
2236         this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;\r
2237         this._has_showNPfeatureTooltip = true;\r
2238     }\r
2239 \r
2240     /**\r
2241      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
2242      * \r
2243      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
2244      * 'showSequenceFeatures'.\r
2245      */\r
2246     public void setShowSequenceFeatures(\r
2247             final boolean showSequenceFeatures) {\r
2248         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
2249         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
2250     }\r
2251 \r
2252     /**\r
2253      * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.\r
2254      * \r
2255      * @param showSequenceLogo the value of field 'showSequenceLogo'\r
2256      */\r
2257     public void setShowSequenceLogo(\r
2258             final boolean showSequenceLogo) {\r
2259         this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
2260         this._has_showSequenceLogo = true;\r
2261     }\r
2262 \r
2263     /**\r
2264      * Sets the value of field 'showText'.\r
2265      * \r
2266      * @param showText the value of field 'showText'.\r
2267      */\r
2268     public void setShowText(\r
2269             final boolean showText) {\r
2270         this._showText = showText;\r
2271         this._has_showText = true;\r
2272     }\r
2273 \r
2274     /**\r
2275      * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
2276      * \r
2277      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
2278      */\r
2279     public void setShowUnconserved(\r
2280             final boolean showUnconserved) {\r
2281         this._showUnconserved = showUnconserved;\r
2282         this._has_showUnconserved = true;\r
2283     }\r
2284 \r
2285     /**\r
2286      * Sets the value of field 'startRes'.\r
2287      * \r
2288      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
2289      */\r
2290     public void setStartRes(\r
2291             final int startRes) {\r
2292         this._startRes = startRes;\r
2293         this._has_startRes = true;\r
2294     }\r
2295 \r
2296     /**\r
2297      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
2298      * \r
2299      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
2300      */\r
2301     public void setStartSeq(\r
2302             final int startSeq) {\r
2303         this._startSeq = startSeq;\r
2304         this._has_startSeq = true;\r
2305     }\r
2306 \r
2307     /**\r
2308      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
2309      * \r
2310      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
2311      */\r
2312     public void setTextCol1(\r
2313             final int textCol1) {\r
2314         this._textCol1 = textCol1;\r
2315         this._has_textCol1 = true;\r
2316     }\r
2317 \r
2318     /**\r
2319      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
2320      * \r
2321      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
2322      */\r
2323     public void setTextCol2(\r
2324             final int textCol2) {\r
2325         this._textCol2 = textCol2;\r
2326         this._has_textCol2 = true;\r
2327     }\r
2328 \r
2329     /**\r
2330      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
2331      * \r
2332      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
2333      */\r
2334     public void setTextColThreshold(\r
2335             final int textColThreshold) {\r
2336         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
2337         this._has_textColThreshold = true;\r
2338     }\r
2339 \r
2340     /**\r
2341      * Sets the value of field 'title'.\r
2342      * \r
2343      * @param title the value of field 'title'.\r
2344      */\r
2345     public void setTitle(\r
2346             final java.lang.String title) {\r
2347         this._title = title;\r
2348     }\r
2349 \r
2350     /**\r
2351      * Sets the value of field 'viewName'.\r
2352      * \r
2353      * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
2354      */\r
2355     public void setViewName(\r
2356             final java.lang.String viewName) {\r
2357         this._viewName = viewName;\r
2358     }\r
2359 \r
2360     /**\r
2361      * Sets the value of field 'width'.\r
2362      * \r
2363      * @param width the value of field 'width'.\r
2364      */\r
2365     public void setWidth(\r
2366             final int width) {\r
2367         this._width = width;\r
2368         this._has_width = true;\r
2369     }\r
2370 \r
2371     /**\r
2372      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
2373      * \r
2374      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
2375      */\r
2376     public void setWrapAlignment(\r
2377             final boolean wrapAlignment) {\r
2378         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
2379         this._has_wrapAlignment = true;\r
2380     }\r
2381 \r
2382     /**\r
2383      * Sets the value of field 'xpos'.\r
2384      * \r
2385      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
2386      */\r
2387     public void setXpos(\r
2388             final int xpos) {\r
2389         this._xpos = xpos;\r
2390         this._has_xpos = true;\r
2391     }\r
2392 \r
2393     /**\r
2394      * Sets the value of field 'ypos'.\r
2395      * \r
2396      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
2397      */\r
2398     public void setYpos(\r
2399             final int ypos) {\r
2400         this._ypos = ypos;\r
2401         this._has_ypos = true;\r
2402     }\r
2403 \r
2404     /**\r
2405      * Method unmarshal.\r
2406      * \r
2407      * @param reader\r
2408      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
2409      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
2410      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
2411      * object is an invalid instance according to the schema\r
2412      * @return the unmarshaled\r
2413      * jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
2414      */\r
2415     public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
2416             final java.io.Reader reader)\r
2417     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
2418         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
2419     }\r
2420 \r
2421     /**\r
2422      * \r
2423      * \r
2424      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
2425      * object is an invalid instance according to the schema\r
2426      */\r
2427     public void validate(\r
2428     )\r
2429     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
2430         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
2431         validator.validate(this);\r
2432     }\r
2433 \r
2434 }\r