src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

   1 package jalview.ws;\r
   2 \r
   3 import java.util.Enumeration;\r
   4 import java.util.Hashtable;\r
   5 import java.util.Vector;\r
   6 \r
   7 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
   9 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  11 \r
  12 /**\r
  13  * prototype of abstract sequence retrieval interface\r
  14  * \r
  15  */\r
  16 public class SequenceFetcher extends ASequenceFetcher\r
  17 {\r
  18   /**\r
  19    * Thread safe construction of database proxies TODO: extend to a configurable\r
  20    * database plugin mechanism where classes are instantiated by reflection and\r
  21    * queried for their DbRefSource and version association.\r
  22    * \r
  23    */\r
  24   public SequenceFetcher()\r
  25   {\r
  26     FETCHABLEDBS = new Hashtable();\r
  27     FETCHABLEDBS.put(DBRefSource.EMBL,\r
  28             new jalview.ws.dbsources.EmblSource());\r
  29     FETCHABLEDBS.put(DBRefSource.EMBLCDS,\r
  30             new jalview.ws.dbsources.EmblCdsSouce());\r
  31     FETCHABLEDBS.put(DBRefSource.UNIPROT,\r
  32             new jalview.ws.dbsources.Uniprot());\r
  33     FETCHABLEDBS.put(DBRefSource.UP_NAME,\r
  34             new jalview.ws.dbsources.Uniprot());\r
  35     FETCHABLEDBS.put(DBRefSource.PDB, new jalview.ws.dbsources.Pdb());\r
  36     FETCHABLEDBS.put(DBRefSource.PFAM, new jalview.ws.dbsources.Pfam());\r
  37   };\r
  38 \r
  39   public static void main(String[] argv)\r
  40   {\r
  41     AlignmentI ds = null;\r
  42     Vector noProds = new Vector();\r
  43     if (argv != null && argv.length > 0)\r
  44     {\r
  45       System.out\r
  46               .println("Ignoring arguments. Future Usage = dbname:query1;query2;...");\r
  47     }\r
  48     SequenceFetcher sfetcher = new SequenceFetcher();\r
  49     Enumeration e = sfetcher.FETCHABLEDBS.keys();\r
  50     while (e.hasMoreElements())\r
  51     {\r
  52       String db = (String) e.nextElement();\r
  53       // skip me\r
  54       if (db.equals(DBRefSource.PDB))\r
  55         continue;\r
  56       DbSourceProxy sp = sfetcher.getSourceProxy(db);\r
  57       System.out\r
  58               .println("" + db + ": retrieving test:" + sp.getTestQuery());\r
  59       AlignmentI al = null;\r
  60       try\r
  61       {\r
  62         al = sp.getSequenceRecords(sp.getTestQuery());\r
  63         if (al != null && al.getHeight() > 0)\r
  64         {\r
  65           boolean dna = sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
  66                   DBRefSource.DNACODINGSEQDB)\r
  67                   || sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
  68                           DBRefSource.DNASEQDB)\r
  69                   || sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
  70                           DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
  71           // try and find products\r
  72           String types[] = jalview.analysis.CrossRef.findSequenceXrefTypes(\r
  73                   dna, al.getSequencesArray());\r
  74           if (types != null)\r
  75           {\r
  76             System.out.println("Xref Types for: "+(dna ? "dna" : "prot"));\r
  77             for (int t = 0; t < types.length; t++)\r
  78             {\r
  79               System.out.println("Type: " + types[t]);\r
  80               SequenceI[] prod = jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(al\r
  81                       .getSequencesArray(), dna, types[t]).getSequencesArray();\r
  82               System.out.println("Found "\r
  83                       + ((prod == null) ? "no" : "" + prod.length)\r
  84                       + " products");\r
  85               if (prod!=null)\r
  86               {\r
  87                 for (int p=0; p<prod.length; p++)\r
  88                 {\r
  89                   System.out.println("Prod "+p+": "+prod[p].getDisplayId(true));\r
  90                 }\r
  91               }\r
  92             }\r
  93           } else {\r
  94             noProds.addElement((dna ? new Object[] { al, al } : new Object[] { al }) ); \r
  95           }\r
  96 \r
  97         }\r
  98       } catch (Exception ex)\r
  99       {\r
 100         System.out.println("ERROR:Failed to retrieve test query.");\r
 101         ex.printStackTrace(System.out);\r
 102       }\r
 103       if (al == null)\r
 104       {\r
 105         System.out.println("ERROR:No alignment retrieved.");\r
 106         StringBuffer raw = sp.getRawRecords();\r
 107         if (raw != null)\r
 108           System.out.println(raw.toString());\r
 109         else\r
 110           System.out.println("ERROR:No Raw results.");\r
 111       }\r
 112       else\r
 113       {\r
 114         System.out.println("Retrieved " + al.getHeight() + " sequences.");\r
 115         for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)\r
 116         {\r
 117           SequenceI sq = al.getSequenceAt(s);\r
 118           while (sq.getDatasetSequence() != null)\r
 119           {\r
 120             sq = sq.getDatasetSequence();\r
 121 \r
 122           }\r
 123           if (ds == null)\r
 124           {\r
 125             ds = new Alignment(new SequenceI[]\r
 126             { sq });\r
 127 \r
 128           }\r
 129           else\r
 130           {\r
 131             ds.addSequence(sq);\r
 132           }\r
 133         }\r
 134       }\r
 135       System.out.flush();\r
 136       System.err.flush();\r
 137 \r
 138     }\r
 139     if (noProds.size()>0)\r
 140     {\r
 141       Enumeration ts = noProds.elements();\r
 142       while (ts.hasMoreElements())\r
 143         \r
 144       {\r
 145         Object[] typeSq = (Object[]) ts.nextElement();\r
 146         boolean dna = (typeSq.length>1);\r
 147         AlignmentI al = (AlignmentI) typeSq[0];\r
 148         System.out.println("Trying getProducts for "+al.getSequenceAt(0).getDisplayId(true));\r
 149         System.out.println("Search DS Xref for: "+(dna ? "dna" : "prot"));\r
 150         // have a bash at finding the products amongst all the retrieved sequences.\r
 151         SequenceI[] prod = jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(al\r
 152               .getSequencesArray(), dna, null, ds).getSequencesArray(); // note should test rather than throw away codon mapping (if present)\r
 153         System.out.println("Found "\r
 154                 + ((prod == null) ? "no" : "" + prod.length)\r
 155                 + " products");\r
 156         if (prod!=null)\r
 157         {\r
 158           for (int p=0; p<prod.length; p++)\r
 159           {\r
 160             System.out.println("Prod "+p+": "+prod[p].getDisplayId(true));\r
 161           }\r
 162         }\r
 163       }\r
 164 \r
 165     }\r
 166   }\r
 167 }\r