src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import jalview.ext.ensembl.EnsemblGene;
  24 import jalview.ws.dbsources.EBIAlfaFold;
  25 import jalview.ws.dbsources.EmblCdsSource;
  26 import jalview.ws.dbsources.EmblSource;
  27 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
  28 import jalview.ws.dbsources.PfamFull;
  29 import jalview.ws.dbsources.PfamSeed;
  30 import jalview.ws.dbsources.RfamSeed;
  31 import jalview.ws.dbsources.TDBeacons;
  32 import jalview.ws.dbsources.Uniprot;
  33 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  34 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  35
  36 import java.util.ArrayList;
  37 import java.util.Collections;
  38 import java.util.List;
  39
  40 /**
  41  * This implements the run-time discovery of sequence database clients.
  42  *
  43  */
  44 public class SequenceFetcher extends ASequenceFetcher
  45 {
  46   /**
  47    * Thread safe construction of database proxies TODO: extend to a configurable
  48    * database plugin mechanism where classes are instantiated by reflection and
  49    * queried for their DbRefSource and version association.
  50    *
  51    */
  52   public SequenceFetcher()
  53   {
  54     addDBRefSourceImpl(EnsemblGene.class);
  55     // addDBRefSourceImpl(EnsemblGenomes.class);
  56     addDBRefSourceImpl(EmblSource.class);
  57     addDBRefSourceImpl(EmblCdsSource.class);
  58     addDBRefSourceImpl(Uniprot.class);
  59     // not a sequence source yet
  60     // addDBRefSourceImpl(TDBeacons.class);
  61     addDBRefSourceImpl(Pdb.class);
  62     addDBRefSourceImpl(PfamFull.class);
  63     addDBRefSourceImpl(PfamSeed.class);
  64     addDBRefSourceImpl(RfamSeed.class);
  65     // Technically not a database cross reference we fetch directly
  66     // Useful for AlphaFold debugging
  67     // addDBRefSourceImpl(EBIAlfaFold.class);
  68   }
  69
  70   /**
  71    * return an ordered list of database sources excluding alignment only
  72    * databases
  73    */
  74   public String[] getNonAlignmentSources()
  75   {
  76     String[] srcs = this.getSupportedDb();
  77     List<String> src = new ArrayList<>();
  78
  79     for (int i = 0; i < srcs.length; i++)
  80     {
  81       boolean accept = true;
  82       for (DbSourceProxy dbs : getSourceProxy(srcs[i]))
  83       {
  84         // Skip the alignment databases for the moment - they're not useful for
  85         // verifying a single sequence against its reference source
  86         if (dbs.isAlignmentSource())
  87         {
  88           accept = false;
  89           break;
  90         }
  91       }
  92       if (accept)
  93       {
  94         src.add(srcs[i]);
  95       }
  96     }
  97
  98     Collections.sort(src, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
  99     return src.toArray(new String[src.size()]);
 100   }
 101 }