src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

   1 package jalview.ws;\r
   2 \r
   3 import java.util.Enumeration;\r
   4 import java.util.Vector;\r
   5 \r
   6 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
   8 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  10 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;\r
  11 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  12 \r
  13 /**\r
  14  * This is the the concrete implementation of the sequence retrieval interface\r
  15  * and abstract class in jalview.ws.seqfetcher. This implements the run-time\r
  16  * discovery of sequence database clients, and provides a hardwired main for testing all registered handlers. \r
  17  * \r
  18  */\r
  19 public class SequenceFetcher extends ASequenceFetcher\r
  20 {\r
  21   /**\r
  22    * Thread safe construction of database proxies TODO: extend to a configurable\r
  23    * database plugin mechanism where classes are instantiated by reflection and\r
  24    * queried for their DbRefSource and version association.\r
  25    * \r
  26    */\r
  27   public SequenceFetcher()\r
  28   {\r
  29     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.EmblSource.class);\r
  30     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.EmblCdsSouce.class);\r
  31     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.Uniprot.class);\r
  32     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.UnprotName.class);\r
  33     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.Pdb.class);\r
  34     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.Pfam.class);\r
  35   };\r
  36 \r
  37   public static void main(String[] argv)\r
  38   {\r
  39     AlignmentI ds = null;\r
  40     Vector noProds = new Vector();\r
  41     if (argv != null && argv.length > 0)\r
  42     {\r
  43       System.out\r
  44               .println("Ignoring arguments. Future Usage = dbname:query1;query2;...");\r
  45     }\r
  46     ASequenceFetcher sfetcher = new SequenceFetcher();\r
  47     String[] dbSources = sfetcher.getSupportedDb();\r
  48     for (int dbsource=0; dbsource<dbSources.length;dbsource++)\r
  49     {\r
  50       String db = dbSources[dbsource];\r
  51       // skip me\r
  52       if (db.equals(DBRefSource.PDB))\r
  53         continue;\r
  54       DbSourceProxy sp = sfetcher.getSourceProxy(db);\r
  55       System.out\r
  56               .println("" + db + ": retrieving test:" + sp.getTestQuery());\r
  57       AlignmentI al = null;\r
  58       try\r
  59       {\r
  60         al = sp.getSequenceRecords(sp.getTestQuery());\r
  61         if (al != null && al.getHeight() > 0)\r
  62         {\r
  63           boolean dna = sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
  64                   DBRefSource.DNACODINGSEQDB)\r
  65                   || sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
  66                           DBRefSource.DNASEQDB)\r
  67                   || sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
  68                           DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
  69           // try and find products\r
  70           String types[] = jalview.analysis.CrossRef.findSequenceXrefTypes(\r
  71                   dna, al.getSequencesArray());\r
  72           if (types != null)\r
  73           {\r
  74             System.out.println("Xref Types for: " + (dna ? "dna" : "prot"));\r
  75             for (int t = 0; t < types.length; t++)\r
  76             {\r
  77               System.out.println("Type: " + types[t]);\r
  78               SequenceI[] prod = jalview.analysis.CrossRef\r
  79                       .findXrefSequences(al.getSequencesArray(), dna,\r
  80                               types[t]).getSequencesArray();\r
  81               System.out.println("Found "\r
  82                       + ((prod == null) ? "no" : "" + prod.length)\r
  83                       + " products");\r
  84               if (prod != null)\r
  85               {\r
  86                 for (int p = 0; p < prod.length; p++)\r
  87                 {\r
  88                   System.out.println("Prod " + p + ": "\r
  89                           + prod[p].getDisplayId(true));\r
  90                 }\r
  91               }\r
  92             }\r
  93           }\r
  94           else\r
  95           {\r
  96             noProds.addElement((dna ? new Object[]\r
  97             { al, al } : new Object[]\r
  98             { al }));\r
  99           }\r
 100 \r
 101         }\r
 102       } catch (Exception ex)\r
 103       {\r
 104         System.out.println("ERROR:Failed to retrieve test query.");\r
 105         ex.printStackTrace(System.out);\r
 106       }\r
 107       if (al == null)\r
 108       {\r
 109         System.out.println("ERROR:No alignment retrieved.");\r
 110         StringBuffer raw = sp.getRawRecords();\r
 111         if (raw != null)\r
 112           System.out.println(raw.toString());\r
 113         else\r
 114           System.out.println("ERROR:No Raw results.");\r
 115       }\r
 116       else\r
 117       {\r
 118         System.out.println("Retrieved " + al.getHeight() + " sequences.");\r
 119         for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)\r
 120         {\r
 121           SequenceI sq = al.getSequenceAt(s);\r
 122           while (sq.getDatasetSequence() != null)\r
 123           {\r
 124             sq = sq.getDatasetSequence();\r
 125 \r
 126           }\r
 127           if (ds == null)\r
 128           {\r
 129             ds = new Alignment(new SequenceI[]\r
 130             { sq });\r
 131 \r
 132           }\r
 133           else\r
 134           {\r
 135             ds.addSequence(sq);\r
 136           }\r
 137         }\r
 138       }\r
 139       System.out.flush();\r
 140       System.err.flush();\r
 141 \r
 142     }\r
 143     if (noProds.size() > 0)\r
 144     {\r
 145       Enumeration ts = noProds.elements();\r
 146       while (ts.hasMoreElements())\r
 147 \r
 148       {\r
 149         Object[] typeSq = (Object[]) ts.nextElement();\r
 150         boolean dna = (typeSq.length > 1);\r
 151         AlignmentI al = (AlignmentI) typeSq[0];\r
 152         System.out.println("Trying getProducts for "\r
 153                 + al.getSequenceAt(0).getDisplayId(true));\r
 154         System.out.println("Search DS Xref for: " + (dna ? "dna" : "prot"));\r
 155         // have a bash at finding the products amongst all the retrieved\r
 156         // sequences.\r
 157         SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();\r
 158         Alignment prodal = jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(\r
 159                 seqs, dna, null, ds);\r
 160         System.out.println("Found "\r
 161                 + ((prodal == null) ? "no" : "" + prodal.getHeight()) + " products");\r
 162         if (prodal != null)\r
 163         {\r
 164           SequenceI[] prod = prodal.getSequencesArray(); // note\r
 165           // should\r
 166           // test\r
 167           // rather\r
 168           // than\r
 169           // throw\r
 170           // away\r
 171           // codon\r
 172           // mapping\r
 173           // (if\r
 174           // present)\r
 175             for (int p = 0; p < prod.length; p++)\r
 176           {\r
 177             System.out.println("Prod " + p + ": "\r
 178                     + prod[p].getDisplayId(true));\r
 179           }\r
 180         }\r
 181       }\r
 182 \r
 183     }\r
 184   }\r
 185 }\r