src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  22
  23 import jalview.bin.Jalview;
  24 import jalview.ws.jws2.AAConClient;
  25 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  26 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  27
  28 import java.util.HashMap;
  29 import java.util.HashSet;
  30
  31 import compbio.data.msa.JABAService;
  32
  33 public class Jws2InstanceFactory
  34 {
  35
  36   private HashMap<String, AlignAnalysisUIText> aaConGUI;
  37
  38   private HashSet<String> ignoreGUI;
  39
  40   public static Jws2InstanceFactory getInstance()
  41   {
  42     Jalview j = Jalview.getInstance();
  43     return (j.jws2InstanceFactory == null
  44             ? j.jws2InstanceFactory = new Jws2InstanceFactory()
  45             : j.jws2InstanceFactory);
  46   }
  47
  48   private static String category_rewrite(String cat_name)
  49   {
  50     return (cat_name != null && cat_name.equals("Prediction"))
  51             ? "Secondary Structure Prediction"
  52             : cat_name;
  53   }
  54
  55   private void init()
  56   {
  57     if (aaConGUI == null)
  58     {
  59       aaConGUI = new HashMap<>();
  60       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
  61               AAConClient.getAlignAnalysisUITest());
  62       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.RNAalifoldWS.toString(),
  63               RNAalifoldClient.getAlignAnalysisUITest());
  64       // ignore list for JABAWS services not supported in jalview ...
  65       ignoreGUI = new HashSet<>();
  66     }
  67   }
  68
  69   /**
  70    * exclusion list to avoid creating GUI elements for services we don't fully
  71    * support
  72    *
  73    * @param serviceType
  74    * @return
  75    */
  76   public static boolean ignoreService(String serviceType)
  77   {
  78     getInstance().init();
  79     return (getInstance().ignoreGUI.contains(serviceType.toString()));
  80   }
  81
  82   /**
  83    * construct a service instance and configure it with any additional
  84    * properties needed so Jalview can access it correctly
  85    *
  86    * @param jwsservers
  87    * @param serviceType
  88    * @param name
  89    * @param description
  90    * @param service
  91    * @return
  92    */
  93   public static Jws2Instance newJws2Instance(String jwsservers,
  94           String serviceType, String name, String description,
  95           JABAService service)
  96   {
  97     getInstance().init();
  98     Jws2Instance svc = new Jws2Instance(jwsservers, serviceType,
  99             category_rewrite(name), description, service);
 100     svc.aaui = getInstance().aaConGUI.get(serviceType.toString());
 101     return svc;
 102   }
 103
 104 }