test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.io.BufferedReader;
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.io.InputStreamReader;
  29
  30 import org.junit.AfterClass;
  31 import org.junit.BeforeClass;
  32 import org.junit.Test;
  33
  34 public class CommandLineOperations
  35 {
  36
  37   @BeforeClass
  38   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  39   {
  40   }
  41
  42   @AfterClass
  43   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  44   {
  45   }
  46 /***
  47  * from http://stackoverflow.com/questions/808276/how-to-add-a-timeout-value-when-using-javas-runtime-exec
  48  * @author jimp
  49  *
  50  */
  51 private static class Worker extends Thread {
  52   private final Process process;
  53   private Integer exit;
  54   private Worker(Process process) {
  55     this.process = process;
  56   }
  57   public void run() {
  58     try {
  59       exit = process.waitFor();
  60     } catch (InterruptedException ignore) {
  61       return;
  62     }
  63   }
  64 }
  65 private Worker jalviewDesktopRunner(boolean withAwt, String cmd, int timeout) throws InterruptedException, IOException
  66   {
  67     String _cmd = "java "+(withAwt ? "-Djava.awt.headless=true":"")+" -Djava.ext.dirs=./lib -classpath ./classes jalview.bin.Jalview ";
  68     System.out.println("###############Jalview CMD: " + _cmd+cmd);
  69     Process ls2_proc = Runtime.getRuntime().exec(_cmd+cmd);
  70     BufferedReader outputReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
  71             ls2_proc.getInputStream()));
  72
  73     BufferedReader errorReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
  74             ls2_proc.getErrorStream()));
  75     Worker worker = new Worker(ls2_proc);
  76     worker.start();
  77     worker.join(timeout);
  78     System.out.println("Output:  ");
  79     String ln = null;
  80     while ((ln = outputReader.readLine()) != null)
  81     {
  82       System.out.println(ln);
  83     }
  84
  85     System.out.println("Error:  ");
  86     while ((ln = errorReader.readLine()) != null)
  87     {
  88       System.out.println(ln);
  89     }
  90     return worker;
  91   }
  92   @Test
  93   public void testHeadlessModeEPS() throws Exception
  94   {
  95     String[] headlessArgs=new String[] { "nodisplay","headless","nogui"};
  96     for (String _harg:headlessArgs)
  97     {
  98       boolean _switch=false,withAwt=false;
  99       do {
 100         if (_switch)
 101         {
 102           withAwt=true;
 103         }
 104         _switch=true;
 105     String jalview_input = "examples/uniref50.fa";
 106     String jalview_output = "test_uniref50_out.eps";
 107     String cmd = ""+_harg+" -open "+ jalview_input + " -eps " + jalview_output;
 108     String harg = _harg+(withAwt ? "-Djava.awt.headless=true":" NO AWT.HEADLESS");
 109     System.out.println("Testing with Headless argument: '"+harg+"'\n");
 110     Worker worker = jalviewDesktopRunner(withAwt, cmd, 9000);
 111     assertTrue("Didn't create an output EPS file.["+harg+"]", new File("test_uniref50_out.eps").exists());
 112     assertTrue("Didn't create an EPS file with any content["+harg+"]", new File("test_uniref50_out.eps").length()>4096);
 113     if (worker.exit == null){
 114       worker.interrupt();
 115       Thread.currentThread().interrupt();
 116       worker.process.destroy();
 117       fail("Jalview did not exit after EPS generation (try running test again to verify - timeout at 9000ms). ["+harg+"]");
 118     }
 119     } while (!withAwt);
 120     }
 121   }
 122 //  @Test
 123 //  public void testJalview2XMLDataset() throws Exception
 124 //  {
 125 //    String jalview_input = "examples/uniref50.fa";
 126 //    String jalview_output = "test_uniref50_out.eps";
 127 //    String cmd = ""+" -open "+ jalview_input + " -eps " + jalview_output;
 128 //    //String harg = _harg+(withAwt ? "-Djava.awt.headless=true":" NO AWT.HEADLESS");
 129 //    System.out.println("Testing with Headless argument: '"+harg+"'\n");
 130 //    Worker worker = jalviewDesktopRunner(withAwt, cmd, 9000);
 131 //    assertTrue("Didn't create an output EPS file.["+harg+"]", new File("test_uniref50_out.eps").exists());
 132 //    assertTrue("Didn't create an EPS file with any content["+harg+"]", new File("test_uniref50_out.eps").length()>4096);
 133 //    if (worker.exit == null){
 134 //      worker.interrupt();
 135 //      Thread.currentThread().interrupt();
 136 //      worker.process.destroy();
 137 //      fail("Jalview did not exit after EPS generation (try running test again to verify - timeout at 9000ms). ["+harg+"]");
 138 //    }
 139 //  }
 140 }