testsrc/testdata/InvalidMafftParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes" ?>\r
   2 <runnerConfig xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:noNamespaceSchemaLocation="D:/workspace/clusterengine/testsrc/testdata/RunnerConfigSchema.xsd">\r
   3  <runnerClassName>compbio.runner.mafft.Mafft</runnerClassName>\r
   4     <options isRequired="false">\r
   5         <name>Shared 6mers distance calculation</name>\r
   6         <description>Distance is calculated based on the number of shared 6mers. Default: on</description>\r
   7         <!-- no optionName here! -->\r
   8         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
   9         <defaultValue>--6merpair</defaultValue>\r
  10     </options>\r
  11     <options isRequired="true">\r
  12         <name>Output sequences order</name>\r
  13         <description>--inputorder - Output order: same as input. \r
  14         --reorder - Output order: aligned. Default: same as input</description>\r
  15         <optionNames>--inputorder</optionNames>\r
  16         <optionNames>--reorder</optionNames>\r
  17         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  18         <defaultValue>--inputorder</defaultValue>\r
  19     </options>\r
  20         <options isRequired="false">\r
  21         <name>Sequence type</name>\r
  22         <description>\r
  23         --nuc - Assume the sequences are nucleotide.\r
  24         --amino - Assume the sequences are amino acid. </description>\r
  25         <optionNames>--amino</optionNames>\r
  26         <optionNames>--nuc</optionNames>\r
  27         <optionNames>--auto</optionNames>\r
  28         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  29         <defaultValue>--auto</defaultValue>\r
  30     </options>\r
  31     <options isRequired="false">\r
  32         <name>Pairwise alignment computation method</name>\r
  33         <description>\r
  34         --globalpair\r
  35                 All pairwise alignments are computed with the Needleman-Wunsch algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of globally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (G-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
  36         --genafpair \r
  37         All pairwise alignments are computed with a local algorithm with the generalized affine gap cost (Altschul 1998). More accurate but slower than --6merpair. Suitable when large internal gaps are expected. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (E-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
  38         --fastapair\r
  39         All pairwise alignments are computed with FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA is required. Default: off (6mer distance is used)\r
  40         --localpair\r
  41         All pairwise alignments are computed with the Smith-Waterman algorithm. More accurate but slower than --6merpair. Suitable for a set of locally alignable sequences. Applicable to up to ~200 sequences. A combination with --maxiterate 1000 is recommended (L-INS-i). Default: off (6mer distance is used)\r
  42         </description>\r
  43         <optionNames>--fastapair</optionNames>\r
  44         <optionNames>--genafpair</optionNames>\r
  45         <optionNames>--localpair</optionNames>\r
  46         <optionNames>--globalpair</optionNames>\r
  47         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  48     </options>\r
  49     <options isRequired="false">\r
  50         <name>FFT approximation</name>\r
  51         <description>Use / Do not use FFT approximation in group-to-group alignment. Default: off</description>\r
  52         <optionNames>--nofft</optionNames>\r
  53         <optionNames>--fft</optionNames>\r
  54         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  55     </options>\r
  56     <options isRequired="false">\r
  57         <name>No score</name>\r
  58         <description>Alignment score is not checked in the iterative refinement stage. Default: off (score is checked)</description>\r
  59         <optionNames>--noscore</optionNames>\r
  60         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  61     </options>\r
  62         <options isRequired="false">\r
  63         <name>Part tree</name>\r
  64                 <description>\r
  65         --parttree - Use a fast tree-building method (PartTree, Katoh and Toh 2007) with the 6mer distance. \r
  66                 --dpparttree - the PartTree algorithm is used with distances based on DP. \r
  67                 Slightly more accurate and slower than --parttree. \r
  68         --fastaparttree - The PartTree algorithm is used with distances based on FASTA. \r
  69         Slightly more accurate and slower than --parttree. \r
  70         All methods recommended for a large number (> ~10,000) of sequences are input.\r
  71         </description> \r
  72         <optionNames>--dpparttree</optionNames>\r
  73         <optionNames>--parttree</optionNames>\r
  74         <optionNames>--fastaparttree</optionNames>\r
  75         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  76     </options>\r
  77     <prmSeparator> </prmSeparator>\r
  78         <parameters isRequired="false">\r
  79         <name>Max iteration number</name>\r
  80         <description>number cycles of iterative refinement are performed. Default: 0</description>\r
  81         <optionNames>--maxiterate</optionNames>\r
  82         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  83         <defaultValue>0</defaultValue>\r
  84         <validValue>\r
  85                 <type>Integer</type>\r
  86             <min>0</min>\r
  87             <max>1000</max>\r
  88         </validValue>\r
  89     </parameters>\r
  90     <parameters isRequired="false">\r
  91         <name>Partsize</name>\r
  92         <description>The number of partitions in the PartTree algorithm. Default: 50</description>\r
  93         <optionNames>--partsize</optionNames>\r
  94         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
  95         <defaultValue>50</defaultValue>\r
  96         <validValue>\r
  97                 <type>Integer</type>\r
  98                 <min>1</min>\r
  99         </validValue>\r
 100      </parameters>\r
 101         <parameters isRequired="false">\r
 102         <name>Group size</name>\r
 103         <description>Do not make alignment larger than number sequences. Valid only with the --*parttree options. Default: the number of input sequences</description>\r
 104         <optionNames>--groupsize</optionNames>\r
 105         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 106         <defaultValue>20</defaultValue>\r
 107         <validValue>\r
 108                 <type>Integer</type>\r
 109                 <min>0</min>\r
 110         </validValue>\r
 111       </parameters>\r
 112     <parameters isRequired="false">\r
 113         <name>Guide tree rebuild</name>\r
 114         <description>Guide tree is built number times in the progressive stage. Valid with 6mer distance. Default: 2</description>\r
 115         <optionNames>--retree</optionNames>\r
 116         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 117         <defaultValue>2</defaultValue>\r
 118         <validValue>\r
 119                 <type>Integer</type>\r
 120                 <min>1</min>\r
 121                 <max>100</max>\r
 122         </validValue>\r
 123      </parameters>\r
 124     <parameters isRequired="false">\r
 125         <name>Gap opening penalty</name>\r
 126         <description>Gap opening penalty at group-to-group alignment. Default: 1.53</description>\r
 127         <optionNames>--op</optionNames>\r
 128         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 129         <defaultValue>1.53</defaultValue>\r
 130          <validValue>\r
 131                 <type>Float</type>\r
 132                 <min>0</min>\r
 133         </validValue>\r
 134      </parameters> \r
 135     <parameters isRequired="false">\r
 136         <name>Group-to-group gap extension penalty</name>\r
 137         <description>Offset value, which works like gap extension penalty, for group-to-group alignment. Deafult: 0.123</description>\r
 138         <optionNames>--ep</optionNames>\r
 139         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 140         <defaultValue>0.123</defaultValue>\r
 141          <validValue>\r
 142                 <type>Float</type>\r
 143                 <min>0</min>\r
 144         </validValue>\r
 145      </parameters> \r
 146    <parameters isRequired="false">\r
 147         <name>Gap opening penalty at local pairwise alignment</name>\r
 148         <description>Gap opening penalty at local pairwise alignment. Valid when the --localpair or --genafpair option is selected. Default: -2.00</description>\r
 149         <optionNames>--lop</optionNames>\r
 150         <furtherDetails>http://www.compbio.dundee.ac.uk/users/pvtroshin/ws/Index.html</furtherDetails>\r
 151                 <defaultValue>-2.00</defaultValue>\r
 152         <validValue>\r
 153                 <type>Float</type>\r
 154                 <max>0</max>\r
 155         </validValue>\r
 156    </parameters>  \r
 157 </runnerConfig>\r